genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83411481--83411597	43	2.7	43	94	0	207	47	11	4	37	1.59
83412856--83413615	381	2.0	382	96	0	1387	34	11	14	38	1.83
83416121--83416438	48	6.8	48	78	6	321	28	23	21	26	1.99
83416121--83416357	96	2.5	96	91	2	395	27	24	21	26	2.00
83417931--83418068	66	2.1	66	86	5	190	43	18	23	14	1.87
83424185--83424443	131	2.0	131	89	1	403	35	18	17	28	1.93
83425036--83425645	303	2.0	303	99	0	1193	48	9	9	32	1.67
83427739--83458887	45	710.6	45	64	12	2357	27	25	18	27	1.98
83427646--83459117	133	239.3	133	92	2	50475	27	25	18	27	1.98
83431418--83431783	88	4.1	87	65	14	217	27	24	20	28	1.99
83453067--83453149	44	1.9	43	82	7	105	31	24	14	30	1.94
83433001--83458841	88	295.2	88	64	14	1998	27	25	18	27	1.98
83459140--83459268	65	2.0	64	89	4	197	37	14	17	31	1.90
83462853--83463019	46	3.6	46	90	1	246	19	23	14	42	1.88
83465073--83465128	11	5.2	11	78	4	60	64	1	0	33	1.04
83465073--83465156	43	2.0	41	81	4	96	59	2	0	38	1.10
83465363--83465421	30	1.9	31	86	3	84	30	22	1	45	1.62
83477084--83477257	46	3.8	45	75	10	172	22	19	29	28	1.98
83477079--83477249	93	1.8	93	88	0	261	22	19	29	28	1.98
83487914--83488091	40	4.5	40	91	3	263	23	23	28	24	2.00
83489924--83490108	92	2.0	92	100	0	370	33	11	16	38	1.85
83495174--83495303	47	2.8	47	86	1	181	31	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83495174--83495300	46	2.7	46	87	1	173	31	26	18	23	1.97
83502113--83502139	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
83507247--83507421	94	1.9	95	86	3	255	29	19	28	22	1.98
83507247--83507422	48	3.7	48	77	5	187	29	19	27	22	1.98
83507347--83507606	142	1.8	145	80	7	325	29	19	25	26	1.98
83512757--83512835	41	1.9	41	100	0	158	24	13	24	37	1.92
83514232--83514291	5	12.0	5	73	19	54	76	0	0	23	0.78
83514237--83514293	30	1.9	30	85	7	80	75	0	0	24	0.80
83514237--83514282	24	2.0	23	91	4	74	76	0	0	23	0.79
83517642--83517670	15	1.9	15	100	0	58	17	0	41	41	1.49
83521238--83521682	46	9.6	46	90	0	611	20	23	14	41	1.89
83521238--83521690	185	2.4	185	91	0	708	20	23	14	41	1.89
83521238--83521682	139	3.2	139	89	1	651	20	23	14	41	1.89
83527661--83527720	5	12.0	5	74	13	52	73	1	0	25	0.93
83527656--83527718	24	2.9	21	78	15	74	71	1	0	26	0.95
83527666--83527722	30	1.9	30	85	7	80	71	1	0	26	0.95
83530011--83530278	48	5.6	48	73	9	244	29	19	28	22	1.98
83530011--83530278	94	2.8	94	85	1	358	29	19	28	22	1.98
83537813--83537902	45	2.0	45	97	0	171	48	16	11	23	1.78
83537907--83537950	22	2.0	23	87	12	67	34	13	6	45	1.70
83538174--83538233	25	2.4	25	82	0	66	33	21	20	25	1.97
83542900--83542971	26	2.7	27	73	6	74	19	25	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83543622--83543660	14	2.8	14	100	0	78	20	7	12	58	1.58
83547364--83547468	55	1.9	55	84	3	140	27	30	26	15	1.96
83573297--83573442	43	3.4	43	78	7	138	28	19	24	27	1.99
83573333--83573442	42	2.6	42	81	4	132	27	19	24	29	1.98
83578597--83578821	40	5.6	39	84	7	281	24	28	23	23	2.00
83578597--83578821	83	2.8	80	88	4	344	24	28	23	23	2.00
83586739--83586963	40	5.6	39	85	7	290	26	28	22	22	1.99
83586739--83586963	83	2.8	80	89	4	353	26	28	22	22	1.99
83593985--83594168	99	1.9	94	89	7	280	26	18	30	24	1.98
83594033--83594168	49	2.7	50	83	10	181	25	19	30	24	1.98
83595808--83595941	56	2.4	56	92	0	214	27	17	25	29	1.97
83595808--83595968	56	2.9	56	85	3	182	28	17	24	29	1.97
83599372--83599454	40	2.1	40	97	0	157	21	21	22	33	1.97
83603232--83603364	56	2.4	55	91	1	212	28	15	24	30	1.96
83603232--83603391	56	2.9	56	87	4	191	28	16	25	30	1.96
83607525--83607644	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
83609090--83609686	47	12.6	47	93	3	857	32	8	29	28	1.87
83609090--83609686	96	6.3	94	92	4	857	32	8	29	28	1.87
83614314--83614378	27	2.4	27	94	0	112	24	30	23	21	1.99
83614370--83614534	46	3.6	46	80	14	221	30	28	18	22	1.97
83614341--83614541	93	2.2	93	93	0	348	28	29	19	21	1.98
83614341--83614488	47	3.2	47	75	16	162	29	29	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83624959--83625022	32	2.0	32	100	0	128	28	15	9	46	1.77
83626748--83627052	46	6.6	45	71	16	166	27	18	28	25	1.98
83626928--83627061	49	2.7	50	82	9	159	25	17	30	26	1.98
83629736--83629803	31	2.2	30	80	10	75	63	4	1	30	1.23
83640551--83640680	54	2.4	55	84	2	163	20	21	31	26	1.98
83650824--83650879	24	2.3	24	93	0	94	28	16	1	53	1.53
83650824--83650895	24	3.1	23	88	4	74	27	16	1	54	1.51
83656426--83656608	39	4.7	39	86	1	242	25	21	26	26	2.00
83660574--83660905	47	7.1	47	92	0	520	33	10	28	27	1.90
83660574--83660951	141	2.7	141	88	1	499	33	10	29	26	1.90
83665659--83665709	25	2.0	25	100	0	102	15	19	23	41	1.90
83668365--83668407	20	2.2	20	100	0	86	16	13	25	44	1.85
83670265--83670303	16	2.4	16	87	8	53	41	2	0	56	1.13
83670302--83670335	17	2.0	17	100	0	68	76	5	0	17	0.98
83671446--83671518	25	2.9	25	87	0	110	24	17	15	42	1.88
83671458--83671565	25	4.6	23	75	14	89	20	22	15	41	1.90
83672099--83672144	23	2.0	23	100	0	92	34	4	21	39	1.73
83674771--83674940	46	3.7	45	76	9	182	30	30	20	20	1.97
83674779--83674950	93	1.8	93	91	2	283	28	30	20	20	1.98
83679246--83679328	7	11.4	7	84	7	112	46	36	0	16	1.48
83679247--83679328	22	3.7	22	86	3	121	47	36	0	15	1.46
83679922--83679988	26	2.7	25	84	11	84	41	26	20	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83684311--83684350	7	5.7	7	100	0	80	0	42	0	57	0.98
83693935--83693975	20	2.0	21	85	4	57	53	0	0	46	1.00
83693949--83694005	27	2.1	27	81	15	66	50	1	1	45	1.22
83694994--83695060	21	3.0	22	72	14	75	20	20	22	35	1.96
83698790--83698823	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
83705169--83705194	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
83705391--83705423	13	2.5	13	95	5	57	30	6	18	45	1.73
83705385--83705418	13	2.8	12	86	8	50	29	11	14	44	1.81
83706385--83706519	68	2.0	68	89	1	207	51	3	1	43	1.28
83706395--83706478	17	4.8	18	75	17	63	52	3	2	41	1.31
83706472--83706518	14	3.1	15	80	19	53	53	0	0	46	1.00
83706395--83706518	32	3.7	31	75	14	122	52	2	1	43	1.24
83708088--83708119	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
83713513--83713581	34	2.0	34	94	0	120	15	24	13	46	1.82
83713619--83713644	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
83718311--83718399	44	2.0	44	100	0	178	20	4	22	52	1.64
83720957--83721142	50	3.7	50	87	3	268	18	31	24	25	1.98
83720950--83721144	100	2.0	101	90	4	315	19	30	24	25	1.98
83721227--83721258	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
83721470--83721527	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
83728477--83728672	50	3.9	50	86	2	259	19	30	24	25	1.98
83728477--83728672	100	2.0	101	91	3	324	19	30	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83728754--83728785	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
83728997--83729054	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
83730484--83730543	24	2.5	24	79	12	79	50	1	0	48	1.11
83733836--83733984	68	2.2	68	88	0	226	36	20	20	22	1.95
83735690--83735776	43	2.0	43	91	4	140	26	29	19	24	1.98
83740737--83740800	19	3.3	18	72	20	58	35	1	1	60	1.15
83744085--83744126	22	2.0	22	90	4	68	69	4	0	26	1.08
83744348--83744496	9	15.6	9	70	15	68	34	2	0	62	1.14
83744302--83744503	19	10.4	19	68	16	76	32	4	1	61	1.25
83751577--83751627	16	3.2	16	77	5	50	45	3	21	29	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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