genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12868405--12868451	22	2.1	22	84	0	58	21	27	23	27	1.99
12868602--12868683	27	3.2	26	82	3	76	19	24	19	36	1.95
12868831--12868888	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
12868820--12868945	6	20.3	6	71	18	80	19	15	15	50	1.79
12868820--12868891	31	2.3	31	97	2	135	19	15	15	50	1.79
12868849--12868934	25	3.5	25	80	4	104	18	16	15	50	1.79
12872770--12872816	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
12872787--12872865	19	4.2	19	87	9	117	34	16	10	39	1.82
12874188--12874229	21	2.0	21	86	9	59	52	19	2	26	1.58
12874198--12874263	21	3.0	21	73	16	69	54	15	3	27	1.55
12885064--12885124	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12886996--12887314	43	7.4	43	89	2	462	27	27	17	26	1.98
12888608--12888636	14	2.0	15	93	6	51	58	20	0	20	1.39
12891001--12891039	20	2.0	20	100	0	78	56	2	0	41	1.13
12893146--12893357	46	4.6	46	78	8	200	27	18	30	23	1.98
12893738--12894189	225	2.0	225	98	0	868	34	10	18	36	1.86
12895629--12895677	19	2.6	19	93	0	80	28	30	32	8	1.86
12905061--12905196	43	3.2	44	76	15	117	31	24	15	28	1.95
12905079--12905198	43	2.8	42	84	5	143	31	25	15	27	1.95
12910570--12910618	24	2.0	24	96	0	89	34	14	22	28	1.93
12911727--12911834	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
12913319--12913371	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12918764--12918869	51	2.1	51	94	3	187	33	6	24	35	1.81
12918764--12918869	25	4.2	26	91	3	180	33	6	24	35	1.81
12920351--12920403	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
12922351--12922540	43	4.4	43	76	9	154	30	23	16	30	1.96
12930590--12930766	51	3.5	50	85	4	230	29	14	29	26	1.95
12936005--12936091	42	2.1	42	89	4	131	31	25	16	27	1.96
12938126--12938174	23	2.1	23	96	0	89	28	24	8	38	1.84
12941365--12941482	43	2.8	43	78	6	132	33	23	18	24	1.97
12947852--12947877	13	2.0	13	100	0	52	46	30	23	0	1.53
12949072--12949170	44	2.3	43	81	8	112	34	23	17	25	1.96
12951677--12951739	31	2.0	31	96	0	117	33	14	15	36	1.88
12951870--12952020	42	3.6	42	81	3	169	29	25	13	30	1.94
12955748--12955801	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
12963684--12963737	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
12971622--12971675	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
12973305--12973355	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
12974808--12974835	12	2.3	12	100	0	56	14	25	25	35	1.93
12977243--12977437	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
12977470--12977661	104	1.9	103	86	7	282	40	3	6	50	1.45
12977560--12977611	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
12977461--12977715	104	2.5	102	78	12	270	40	2	5	51	1.38
12977689--12977730	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12977680--12977721	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
12977664--12977977	154	2.0	156	95	1	560	46	4	3	45	1.40
12977830--12977864	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
12977664--12977900	76	3.1	75	66	16	189	45	2	3	48	1.32
12978097--12978135	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
12978110--12978166	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
12978712--12978769	26	2.2	26	84	6	73	20	25	18	34	1.96
12983031--12983068	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
12984472--12984650	87	2.1	87	84	2	234	36	23	22	17	1.94
12992869--12992959	40	2.3	40	87	11	125	27	16	26	29	1.97
13000363--13000479	40	2.8	41	80	16	134	29	19	23	26	1.98
13000364--13000500	40	3.3	41	75	19	131	28	18	23	29	1.98
13004082--13004124	22	2.0	22	86	4	61	41	11	9	37	1.74
13012837--13012913	36	2.2	35	95	4	138	46	7	2	42	1.46
13018938--13019182	99	2.5	100	85	2	314	28	26	18	26	1.98
13018938--13019175	49	4.8	49	85	3	289	28	25	18	27	1.98
13021483--13021567	28	3.1	28	69	27	92	42	9	17	30	1.81
13021461--13021569	53	2.1	53	94	0	191	44	8	19	28	1.79
13021479--13021560	25	3.2	25	68	27	71	43	8	17	30	1.78
13029107--13029366	72	3.6	72	84	3	319	31	28	15	23	1.95
13037955--13038123	46	3.7	45	82	7	184	25	29	17	27	1.98
13040625--13040681	28	2.0	28	100	0	114	52	14	14	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13042442--13042612	93	1.8	93	91	2	281	28	28	22	21	1.99
13042440--13042609	46	3.7	46	75	17	172	28	27	22	21	1.99
13045084--13045276	30	6.5	30	77	9	141	21	25	14	38	1.91
13046903--13047013	55	2.0	55	100	0	222	33	19	3	43	1.69
13050835--13050879	16	2.7	17	86	6	65	17	0	11	71	1.14
13052251--13052312	24	2.7	22	80	9	70	24	30	19	25	1.98
13055235--13055315	35	2.3	35	82	4	92	40	34	13	11	1.80
13060385--13060490	40	2.7	40	83	2	124	22	17	26	33	1.96
13060479--13060581	28	3.7	28	92	2	172	29	12	28	30	1.93
13070144--13070245	42	2.4	42	83	6	116	29	24	18	27	1.98
13070144--13070282	43	3.3	43	79	8	122	29	25	18	26	1.98
13072721--13072818	49	2.0	49	97	0	187	35	18	15	30	1.92
13075170--13075265	36	2.7	36	81	1	113	43	36	7	12	1.70
13077958--13078069	55	2.0	55	100	0	224	33	28	5	32	1.80
13082878--13083003	42	3.1	39	76	7	119	33	4	5	56	1.44
13086879--13086930	20	2.7	20	78	3	61	40	11	0	48	1.40
13090005--13090854	289	2.9	290	77	8	695	35	14	10	39	1.81
13100818--13100876	22	2.7	23	72	15	61	35	0	5	59	1.20
13100834--13100858	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
13104258--13104318	31	2.0	31	100	0	122	16	19	6	57	1.61
13110290--13110384	50	1.9	50	100	0	190	50	6	6	36	1.53
13111756--13111882	35	3.6	35	86	0	155	29	13	20	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13111760--13111902	35	4.1	36	81	9	125	30	13	19	35	1.91
13115590--13115643	27	2.0	27	100	0	108	55	11	22	11	1.66
13127655--13127691	17	2.2	17	95	0	65	51	5	16	27	1.66
13127776--13127805	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
13131127--13131169	18	2.7	15	80	19	59	32	23	23	20	1.98
13131131--13131166	18	2.0	18	100	0	72	27	27	22	22	1.99
13131294--13131327	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
13132050--13132099	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
13133787--13133913	35	3.6	35	83	0	155	28	13	22	36	1.92
13135340--13135385	23	1.9	25	86	8	69	69	0	2	28	1.00
13144391--13144430	20	2.1	19	86	9	55	52	20	5	22	1.65
13148773--13148880	26	4.2	26	91	0	171	37	23	6	33	1.80
13162315--13162870	206	2.7	206	88	1	828	30	17	22	28	1.97
13165224--13165264	21	2.0	21	85	9	57	31	12	4	51	1.60
13166369--13166422	16	3.4	16	79	5	65	38	22	0	38	1.54
13172495--13172609	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
13172495--13172628	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
13174731--13174770	20	2.0	20	85	0	53	32	0	5	62	1.17
13174780--13174822	18	2.4	18	85	11	54	44	0	9	46	1.35
13174801--13175093	111	2.6	112	90	1	453	26	1	14	58	1.43
13175226--13175411	43	4.3	43	80	5	191	33	27	13	24	1.94
13176292--13176364	33	2.2	33	97	0	137	61	13	5	19	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13177381--13177426	18	2.5	18	85	3	65	47	8	0	43	1.34
13181781--13181830	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
13183102--13183156	27	2.0	27	96	0	101	58	10	12	18	1.63
13183399--13183453	15	3.6	14	77	18	56	78	0	0	21	0.76
13183411--13183448	5	7.4	5	94	5	67	81	0	0	18	0.69
13187163--13187267	7	15.0	7	74	7	52	42	37	0	20	1.52
13187199--13187235	14	2.7	14	87	4	58	32	48	0	18	1.49
13187233--13187278	14	3.2	14	82	14	58	50	28	0	21	1.49
13187295--13187334	14	2.9	14	92	7	64	47	27	2	22	1.64
13187657--13187995	155	2.2	154	78	3	376	29	18	17	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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