genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  146  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48689123--48689194	37	1.9	37	88	0	108	34	5	13	45	1.67
48689907--48690005	49	2.0	49	100	0	198	24	22	12	41	1.87
48695400--48695424	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
48697478--48697523	17	2.5	19	82	10	60	45	0	2	52	1.13
48713088--48713117	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
48714836--48714893	26	2.2	26	96	0	107	48	3	13	34	1.60
48719342--48719531	50	3.8	50	82	8	208	23	16	30	29	1.97
48719347--48719540	49	3.9	49	80	6	212	24	18	29	28	1.98
48726728--48726786	27	2.2	27	81	6	66	23	27	32	16	1.96
48727694--48727769	30	2.8	25	75	21	73	68	2	3	25	1.20
48727545--48728070	155	3.5	153	91	3	807	59	7	5	27	1.47
48728152--48728188	3	12.3	3	88	0	56	67	0	5	27	1.12
48731387--48731562	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
48731384--48731555	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
48743196--48743246	25	2.0	25	100	0	102	19	11	19	49	1.79
48746001--48746034	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
48746212--48746245	13	2.8	12	86	8	50	52	2	5	38	1.41
48746917--48746953	13	2.8	13	95	4	65	37	0	8	54	1.30
48752523--48752553	10	3.1	10	100	0	62	87	0	12	0	0.55
48753798--48754025	40	5.7	40	95	0	395	25	23	27	23	2.00
48760440--48760472	13	2.5	13	95	0	57	51	9	0	39	1.34
48761530--48761679	42	3.5	42	83	7	187	31	12	24	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48762649--48762682	13	2.6	13	90	0	50	5	26	44	23	1.76
48764332--48764380	25	2.0	25	100	0	98	44	26	0	28	1.54
48765449--48765474	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
48778818--48778907	46	2.0	46	86	0	126	27	30	6	35	1.83
48778887--48779400	94	5.5	94	89	0	677	26	28	11	33	1.91
48779065--48779140	22	3.3	22	66	16	64	26	28	11	32	1.92
48778921--48779369	47	9.6	47	92	0	664	26	27	11	34	1.91
48782629--48782669	17	2.4	17	100	0	82	29	12	19	39	1.88
48782875--48782991	28	4.2	28	84	0	144	31	30	9	28	1.88
48782975--48783075	40	2.5	40	81	0	112	33	24	15	25	1.95
48784902--48784945	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
48785964--48786054	20	4.7	20	74	19	77	4	34	0	61	1.16
48785986--48786050	5	13.2	5	76	13	55	3	33	0	63	1.10
48785971--48786050	15	5.6	14	76	15	58	5	33	0	61	1.18
48785955--48786055	52	1.9	52	86	7	143	3	32	0	63	1.13
48789523--48789568	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
48790569--48790680	15	7.7	15	66	22	69	4	32	0	63	1.14
48790571--48790683	10	11.3	10	67	15	56	4	31	0	63	1.14
48801202--48801331	55	2.4	55	89	0	197	13	31	30	25	1.93
48804291--48804343	21	2.6	19	77	16	52	69	3	1	24	1.15
48806807--48806910	28	3.7	28	82	10	124	26	13	31	27	1.94
48806799--48806909	57	2.0	56	89	1	168	28	12	30	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48811542--48811650	38	2.8	40	87	5	152	33	26	17	22	1.96
48816429--48816577	67	2.2	67	81	9	171	32	17	28	21	1.96
48816453--48816635	63	2.8	63	77	11	183	30	17	29	22	1.97
48823566--48823776	40	5.3	40	87	2	239	28	27	20	23	1.99
48829179--48829211	16	2.1	16	100	0	66	51	18	18	12	1.76
48829179--48829219	16	2.7	16	88	7	50	58	14	14	12	1.63
48834886--48834997	27	4.1	27	84	7	129	37	22	23	16	1.94
48842403--48842530	64	2.0	64	93	0	220	26	24	12	36	1.91
48846234--48846277	16	2.8	16	96	0	79	38	11	29	20	1.87
48846281--48846313	16	2.1	16	100	0	66	48	18	6	27	1.71
48847151--48847220	35	2.0	35	97	0	131	25	11	21	41	1.86
48854569--48854634	28	2.4	28	92	0	114	34	9	27	28	1.87
48862409--48862632	40	5.7	40	85	5	278	25	21	28	25	1.99
48862409--48862630	119	1.9	119	83	5	288	25	22	27	24	2.00
48862409--48862632	79	2.8	79	83	7	283	25	21	28	25	1.99
48862409--48862665	119	2.2	119	80	6	272	26	21	28	24	1.99
48870341--48870525	79	2.3	81	83	9	229	25	22	27	24	2.00
48870341--48870525	40	4.7	40	80	6	207	25	22	27	24	2.00
48870394--48870558	79	2.1	79	84	6	210	27	21	26	24	1.99
48876613--48876734	43	2.9	42	79	13	142	29	24	15	30	1.96
48879882--48880037	34	4.6	34	84	0	159	44	10	12	33	1.76
48882931--48883020	42	2.1	42	83	4	110	17	20	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48886114--48886954	49	17.6	49	93	2	1380	29	29	8	32	1.86
48886114--48886954	192	4.4	194	94	2	1372	29	29	8	32	1.86
48889565--48889593	14	2.1	14	100	0	58	13	13	37	34	1.85
48893037--48893258	77	2.8	78	83	7	245	24	21	28	25	1.99
48893037--48893258	39	5.6	39	82	6	245	24	21	28	25	1.99
48893037--48893290	77	3.2	76	79	9	205	25	21	27	25	1.99
48897921--48898151	40	5.8	39	90	2	295	22	23	29	25	1.99
48897921--48898151	120	1.9	119	87	6	342	22	23	29	25	1.99
48901650--48901772	46	2.7	45	83	6	149	28	18	29	23	1.98
48920369--48920524	27	5.8	27	89	0	242	41	17	14	26	1.88
48920366--48920524	81	2.0	80	93	1	273	41	18	14	25	1.88
48929290--48929353	28	2.3	28	86	0	83	18	17	37	26	1.93
48933249--48933388	37	3.8	37	96	0	253	25	32	20	22	1.98
48933529--48933713	48	3.9	48	96	0	343	30	29	6	34	1.83
48937335--48937367	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
48939428--48939503	27	2.8	27	80	7	100	46	23	5	25	1.73
48945103--48945220	47	2.5	47	92	0	200	36	12	25	25	1.91
48945203--48945508	55	5.6	54	83	5	366	36	17	24	22	1.95
48945211--48945508	109	2.7	109	94	1	510	35	17	24	22	1.95
48951046--48951427	27	14.2	27	87	3	520	27	22	9	40	1.85
48951432--48951627	27	7.3	27	85	0	239	35	19	18	25	1.95
48951432--48951628	54	3.6	54	86	2	270	36	19	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48951830--48951932	27	3.8	26	88	2	125	21	20	21	36	1.95
48952246--48952319	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
48952437--48952538	6	16.8	6	77	17	104	19	17	13	49	1.80
48952437--48952538	30	3.4	30	90	6	161	19	17	13	49	1.80
48963634--48963711	38	2.1	38	95	0	138	35	19	5	39	1.74
48968403--48969369	503	1.9	505	84	5	1293	30	27	15	26	1.96
48969650--48969744	29	3.3	29	86	1	129	30	28	13	27	1.94
48973777--48973872	37	2.6	37	98	0	183	25	30	20	23	1.99
48974042--48974488	48	9.7	48	88	8	633	30	28	6	33	1.84
48974078--48974159	37	2.2	37	95	0	146	28	25	9	36	1.88
48978139--48978208	25	2.7	25	84	6	79	25	25	24	24	2.00
48979006--48979070	27	2.4	28	80	14	75	30	23	15	30	1.95
48979019--48979082	27	2.4	27	81	5	76	25	25	14	35	1.93
48979136--48979243	27	3.9	27	74	13	85	33	7	17	41	1.77
48979224--48979350	27	4.7	27	87	2	175	29	7	21	40	1.81
48979224--48979382	54	2.9	54	79	5	180	30	10	20	38	1.85
48979224--48979382	81	2.0	81	82	7	198	30	10	20	38	1.85
48979200--48979389	27	7.0	27	77	13	142	29	10	21	39	1.85
48979381--48979483	27	3.8	27	84	5	136	39	5	23	31	1.78
48979381--48979497	27	4.3	27	83	6	130	38	7	23	29	1.83
48980628--48980681	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
48980683--48980851	27	6.3	27	85	7	193	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48980683--48980851	80	2.1	80	87	4	243	26	20	17	35	1.95
48987874--48987927	25	2.2	24	86	3	72	42	20	20	16	1.89
48992048--48992132	43	2.0	43	84	13	113	25	15	28	30	1.96
48994729--48994897	47	3.6	47	97	0	311	36	13	24	25	1.92
48994870--48995044	54	3.2	54	82	5	219	36	14	24	24	1.93
48994884--48995069	55	3.4	54	80	5	196	35	17	24	22	1.95
48994884--48995097	108	2.0	109	84	3	281	37	16	24	21	1.93
48998182--48998341	43	3.8	41	80	13	189	28	28	18	24	1.98
49000990--49001167	40	4.5	40	90	2	261	23	23	28	24	2.00
49001391--49001435	22	2.0	22	83	8	56	33	6	11	48	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362