genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32922301--32922340	15	2.8	14	81	7	53	7	7	22	62	1.47
32924477--32924612	49	2.7	50	80	5	159	25	19	25	28	1.99
32927875--32928184	27	11.6	27	81	5	288	41	19	7	30	1.80
32927875--32928176	81	3.8	81	79	3	333	41	19	7	30	1.80
32928196--32928338	27	5.3	27	80	0	160	30	23	8	38	1.84
32928290--32928456	27	6.2	27	77	1	102	39	22	6	31	1.80
32927875--32928456	54	10.8	54	77	4	289	38	20	7	32	1.82
32928358--32928458	27	3.7	27	84	2	114	44	22	4	27	1.73
32928449--32928716	27	10.0	27	86	2	360	33	19	21	25	1.97
32928387--32928690	54	5.6	54	85	3	283	35	20	18	26	1.95
32929137--32929201	22	3.0	22	82	8	78	20	24	23	32	1.98
32929360--32929433	27	2.8	27	89	2	105	17	24	21	36	1.95
32929570--32929772	31	6.5	31	89	1	289	19	17	13	49	1.80
32929570--32929766	63	3.1	63	88	2	299	19	17	13	49	1.80
32929656--32929772	6	19.0	6	73	15	87	19	17	15	47	1.83
32930454--32930514	15	4.1	15	74	17	56	11	9	16	62	1.54
32930445--32930511	30	2.3	29	82	14	84	10	7	20	61	1.53
32932647--32932791	49	2.9	48	84	4	191	26	20	25	27	1.99
32937582--32937696	43	2.7	44	77	10	139	27	30	16	25	1.97
32953372--32953409	18	2.1	18	95	0	67	26	23	10	39	1.87
32969524--32969557	17	2.0	17	88	11	52	64	11	2	20	1.39
32971530--32971572	20	2.2	20	100	0	86	34	20	9	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32971606--32971682	40	1.9	40	89	5	120	35	25	15	23	1.94
32980934--32980975	22	1.9	22	100	0	84	26	9	19	45	1.80
33004043--33004096	20	2.7	20	97	0	99	20	37	25	16	1.93
33007535--33007594	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
33012061--33012197	46	3.0	46	83	0	175	25	30	9	34	1.88
33012171--33012306	47	2.9	47	92	0	218	25	29	11	33	1.91
33019164--33019223	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
33027368--33027481	28	4.0	29	87	4	153	28	29	14	27	1.96
33027359--33027468	57	1.9	57	87	3	159	27	30	15	26	1.96
33027691--33027734	8	5.6	8	82	12	56	4	20	22	52	1.65
33028841--33028872	16	2.0	16	93	0	55	12	3	31	53	1.54
33034946--33035060	29	4.0	29	83	10	139	27	28	15	27	1.96
33038925--33038969	9	5.1	9	83	2	56	26	11	0	62	1.29
33040567--33040619	6	8.5	6	89	8	79	15	0	1	83	0.74
33043204--33043660	85	5.4	85	92	1	753	29	15	24	29	1.96
33048487--33048774	48	6.0	48	90	1	454	36	6	25	31	1.81
33048487--33048774	94	3.0	96	93	2	490	36	6	25	31	1.81
33048915--33049024	37	3.0	37	94	0	193	23	19	31	25	1.98
33050896--33050937	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
33053177--33053417	38	5.5	46	79	14	246	31	14	23	30	1.94
33053211--33053417	85	2.4	85	94	1	362	30	14	24	30	1.94
33065770--33065932	40	4.1	40	95	2	276	23	29	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33073474--33073690	40	5.5	40	88	3	280	25	28	23	22	1.99
33078735--33078799	28	2.3	28	97	0	121	38	26	7	27	1.83
33078916--33078995	27	2.9	27	86	5	106	22	25	20	32	1.98
33078916--33079006	27	3.2	28	82	4	85	23	26	18	31	1.97
33078916--33079020	55	1.9	56	82	5	133	20	24	19	35	1.96
33085446--33085476	15	2.1	14	94	5	53	0	22	0	77	0.77
33086262--33086292	16	2.0	15	93	6	53	51	19	25	3	1.62
33086706--33086795	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
33086706--33086820	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
33089321--33089381	25	2.4	25	81	13	70	42	21	4	31	1.74
33089296--33089388	27	3.6	25	72	19	66	41	19	8	30	1.81
33089395--33089456	27	2.2	28	88	2	99	37	24	3	35	1.72
33089444--33089636	28	7.1	26	78	8	109	41	20	6	31	1.78
33089502--33089709	28	7.7	28	77	10	168	42	21	7	28	1.79
33089444--33089709	27	9.9	27	76	9	220	42	20	6	29	1.78
33089475--33089709	56	4.3	53	79	10	228	43	21	6	28	1.78
33089720--33089877	27	5.9	27	88	2	212	31	20	22	25	1.98
33089720--33089867	53	2.8	54	88	3	201	32	20	21	25	1.97
33090435--33090499	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
33090605--33090694	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
33090605--33090719	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
33097991--33098021	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33098269--33098333	28	2.3	28	91	0	103	33	27	9	29	1.88
33098440--33098529	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
33098440--33098554	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
33100593--33100725	50	2.7	50	86	1	187	28	27	16	27	1.97
33106940--33106991	26	2.0	26	92	0	86	36	13	13	36	1.84
33112417--33112497	40	2.0	40	83	11	103	64	3	1	30	1.19
33129439--33129558	43	2.8	43	85	1	143	23	31	20	25	1.98
33139156--33139264	43	2.6	42	81	5	130	35	16	22	24	1.95
33143425--33143453	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
33144572--33144729	43	3.8	41	74	11	133	25	18	25	30	1.98
33144597--33144729	43	3.2	40	82	12	144	24	18	27	30	1.97
33147018--33147150	70	1.9	69	95	1	239	36	3	21	39	1.71
33150750--33150920	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
33150742--33150916	46	3.8	45	79	10	201	28	29	20	21	1.98
33154079--33154331	55	4.8	53	78	10	225	35	16	24	22	1.95
33154405--33154449	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
33155838--33155894	28	2.0	29	82	3	71	31	22	3	42	1.71
33157881--33157962	6	13.3	6	71	19	62	47	14	18	19	1.82
33157890--33157962	31	2.4	31	90	0	110	47	13	19	19	1.82
33158081--33158133	27	2.0	27	84	0	70	32	18	26	22	1.97
33158369--33158726	27	13.2	27	82	2	385	40	6	21	31	1.79
33158654--33158872	109	2.0	107	79	3	233	32	8	20	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33158719--33158872	54	2.9	54	80	4	186	28	10	22	38	1.87
33158718--33158872	27	5.8	27	77	11	131	28	10	22	38	1.87
33161503--33161588	44	2.0	43	88	6	129	31	25	19	23	1.98
33178168--33178271	43	2.4	43	85	3	138	25	12	25	35	1.92
33181028--33181162	53	2.5	53	83	4	164	22	22	18	35	1.96
33188577--33188776	107	1.8	109	88	5	307	23	24	17	35	1.95
33188530--33188784	55	4.8	54	80	6	238	21	24	16	36	1.94
33190211--33190427	46	4.6	46	73	10	161	29	18	29	22	1.97
33191596--33191646	21	2.4	21	83	0	66	9	39	23	27	1.86
33198368--33198534	43	3.9	43	78	6	146	27	16	25	31	1.96
33209790--33209983	40	4.9	40	91	0	309	26	21	27	23	1.99
33213764--33213938	46	3.8	46	79	10	203	29	28	20	22	1.98
33213772--33213942	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
33213815--33213958	46	3.1	44	75	15	132	29	28	19	22	1.98
33217360--33217445	30	2.9	29	86	5	118	25	18	22	33	1.96
33217358--33217453	30	3.2	30	84	0	111	27	17	21	33	1.96
33218143--33218196	20	2.8	20	94	2	92	53	5	20	20	1.65
33239843--33240020	27	6.6	27	85	3	133	29	28	14	26	1.95
33239843--33240019	54	3.3	54	83	5	214	29	28	14	26	1.95
33239864--33240019	81	1.9	82	88	3	235	29	28	14	26	1.95
33247732--33247909	27	6.6	27	85	3	133	29	28	14	26	1.95
33247732--33247908	54	3.3	54	83	5	214	29	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33247753--33247908	81	1.9	82	88	3	235	29	28	14	26	1.95
33251981--33252032	22	2.4	21	75	15	52	25	26	5	42	1.77
33254520--33254558	13	2.7	14	88	11	53	56	5	0	38	1.22
33258890--33258914	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
33270632--33270708	26	2.9	28	78	9	88	38	15	10	35	1.82
33271080--33271138	22	2.7	22	81	0	73	23	22	22	32	1.98
33271490--33271558	32	2.2	32	82	10	79	14	17	26	42	1.87
33273841--33273945	55	1.9	55	94	0	183	17	26	29	26	1.97
33278953--33279164	40	5.3	40	87	2	257	24	20	26	28	1.99
33286368--33286394	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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