genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57824120--57824152	9	3.5	10	88	12	52	24	12	42	21	1.86
57824228--57824293	26	2.4	28	72	10	73	24	15	33	27	1.95
57837545--57837600	20	2.8	20	91	0	94	71	19	8	0	1.12
57837550--57837600	25	2.0	26	88	7	79	70	21	7	0	1.12
57847530--57847590	8	7.5	8	78	10	61	34	0	1	63	1.04
57850096--57850135	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
57851326--57851685	48	7.6	49	70	11	155	23	28	20	28	1.99
57851469--57851688	46	4.7	46	77	9	203	23	29	20	27	1.99
57851466--57851688	94	2.4	94	81	5	263	22	29	20	27	1.99
57866986--57867217	50	4.6	50	75	8	213	31	26	17	25	1.97
57870039--57870075	18	2.1	18	89	0	56	40	13	0	45	1.43
57874208--57874449	50	4.8	50	78	11	237	32	26	16	24	1.96
57874211--57874449	101	2.4	98	83	5	275	32	26	16	24	1.96
57877270--57877306	18	2.1	18	89	0	56	40	13	0	45	1.43
57881710--57881951	50	4.8	50	80	4	256	29	25	19	25	1.98
57881713--57881951	101	2.4	99	83	4	275	29	25	19	25	1.99
57890947--57890985	18	2.2	17	86	4	51	41	2	0	56	1.13
57891292--57891325	16	2.1	16	88	0	50	29	32	2	35	1.73
57904016--57904065	17	2.9	17	79	5	57	40	22	18	20	1.92
57905787--57905855	22	3.2	22	80	10	79	17	33	30	18	1.94
57905818--57905863	22	2.1	22	91	0	74	17	30	32	19	1.95
57907975--57908023	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57910708--57910742	18	1.9	18	94	0	61	54	2	0	42	1.15
57911126--57911233	17	6.3	18	70	19	54	40	1	2	54	1.25
57911135--57911233	12	8.6	12	69	19	61	41	2	3	53	1.28
57911139--57911276	68	2.0	72	90	5	221	41	3	5	50	1.42
57919719--57919751	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
57920707--57920841	60	2.2	61	86	6	202	43	0	1	54	1.14
57920723--57920824	11	8.6	12	66	22	56	39	0	1	58	1.09
57920998--57921038	16	2.6	16	81	14	57	26	24	2	46	1.65
57921255--57921313	24	2.6	21	75	21	57	35	1	1	61	1.16
57922443--57922611	45	3.8	43	78	10	153	44	15	20	19	1.87
57925656--57925686	15	2.1	15	100	0	62	12	35	19	32	1.90
57932842--57933003	86	1.9	85	85	8	222	22	17	26	33	1.96
57932847--57933003	43	3.7	42	77	13	169	23	17	26	32	1.96
57944210--57944242	15	2.2	15	94	0	57	42	6	0	51	1.26
57945901--57945947	20	2.3	20	85	0	58	23	21	0	55	1.44
57954893--57954999	33	3.2	33	91	1	160	28	21	20	28	1.98
57969573--57969609	19	1.9	19	94	0	65	37	24	13	24	1.91
57969574--57969618	19	2.4	19	88	0	63	40	26	8	24	1.84
57975103--57975130	13	2.2	13	100	0	56	42	21	7	28	1.79
57977596--57977682	44	2.0	44	86	0	120	45	1	9	43	1.43
57979773--57979805	13	2.6	13	90	4	50	75	0	15	9	1.03
57989632--57989686	27	2.0	27	100	0	110	27	14	3	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57990057--57990106	18	2.8	17	87	6	55	52	26	2	20	1.57
57990072--57990108	18	2.1	18	100	0	74	48	27	0	24	1.51
57991151--57991249	39	2.5	39	86	3	128	34	15	12	38	1.84
57995812--57995860	25	2.0	25	95	0	89	12	24	32	30	1.92
57995913--57995964	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
57995738--57995996	103	2.6	100	90	4	398	19	19	30	30	1.96
58003273--58003324	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
58003195--58003457	103	2.6	102	90	4	415	19	20	30	30	1.97
58005804--58005855	18	2.7	19	88	5	70	53	3	9	32	1.51
58005876--58005930	5	10.8	5	96	3	101	41	0	0	58	0.98
58005950--58005987	18	2.2	17	90	4	58	71	0	18	10	1.14
58006865--58006999	40	3.4	41	74	12	138	26	18	23	31	1.98
58008636--58008662	10	2.7	10	100	0	54	22	0	14	62	1.31
58012970--58013139	43	4.0	42	79	9	177	30	26	18	24	1.98
58014836--58014945	26	4.2	26	95	0	175	32	5	25	36	1.79
58016430--58016482	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
58020058--58020113	28	2.0	28	100	0	112	46	7	7	39	1.59
58020069--58020113	14	3.2	14	75	12	56	48	4	8	37	1.55
58023568--58023622	19	2.9	19	91	0	92	45	32	1	20	1.61
58023650--58024287	320	2.0	320	94	0	1114	34	18	19	27	1.95
58025497--58025531	5	7.0	5	93	0	61	22	57	0	20	1.41
58026258--58026340	31	2.7	31	94	0	139	34	15	7	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58026258--58026329	16	4.7	15	73	14	58	34	16	8	40	1.79
58028856--58028882	6	4.5	6	100	0	54	48	0	33	18	1.49
58036967--58037007	19	2.2	19	100	0	82	48	4	14	31	1.65
58039323--58039395	30	2.5	30	93	2	121	30	19	21	28	1.98
58040347--58040427	24	3.4	24	89	5	128	28	22	18	30	1.97
58040354--58040426	23	3.1	23	92	2	119	30	20	19	30	1.97
58040477--58040543	20	3.3	20	85	0	98	32	19	13	34	1.91
58047245--58047373	67	1.9	67	91	0	213	26	13	24	36	1.92
58049344--58049403	21	2.9	22	80	9	63	40	0	3	56	1.16
58049368--58049425	29	2.0	29	89	0	89	50	0	1	48	1.11
58049734--58049758	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
58049732--58049761	14	2.1	15	93	6	53	0	10	0	90	0.47
58052997--58053063	29	2.3	30	81	2	82	40	10	8	40	1.71
58060944--58061126	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
58060923--58061126	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
58062817--58062850	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
58062800--58062859	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
58070282--58070458	27	6.6	27	82	5	178	29	27	15	27	1.96
58078770--58078998	48	4.8	48	93	0	368	34	6	27	31	1.82
58079042--58079144	37	2.8	37	98	0	197	22	20	32	25	1.98
58082439--58082483	22	2.0	22	100	0	90	40	4	28	26	1.75
58083027--58083079	28	1.9	27	88	3	79	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58083041--58083175	60	2.2	59	82	8	148	25	25	19	28	1.99
58089252--58089304	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
58093438--58093490	28	1.9	28	84	3	72	26	26	18	28	1.98
58093452--58093586	60	2.2	60	83	8	159	25	25	20	28	1.99
58096208--58096236	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
58096212--58096245	15	2.3	15	89	0	50	61	0	0	38	0.96
58096331--58096374	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
58109396--58109451	13	4.5	13	82	13	82	37	0	14	48	1.44
58111159--58111331	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
58111156--58111326	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
58111556--58111593	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58112982--58113035	21	2.6	21	93	0	90	24	42	7	25	1.80
58117586--58117871	139	2.1	139	94	5	499	32	16	16	35	1.90
58119016--58119067	20	2.6	21	90	6	81	25	42	7	25	1.81
58123209--58123381	45	3.8	46	79	13	187	21	21	28	28	1.98
58123213--58123383	46	3.7	45	79	12	204	21	21	28	29	1.98
58123607--58123644	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58130669--58130841	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
58130666--58130836	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
58131066--58131103	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58132161--58132221	28	2.2	28	94	2	106	31	19	11	37	1.87
58134612--58134671	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58135417--58135562	27	5.4	27	84	0	166	24	21	17	36	1.95
58138668--58138741	37	2.0	37	100	0	148	29	21	10	37	1.88
58140444--58140490	23	2.0	23	87	0	67	19	4	31	44	1.70
58142629--58142690	28	2.2	28	82	5	72	24	14	35	25	1.93
58143009--58143294	27	10.6	28	80	9	204	41	19	8	29	1.82
58143009--58143148	53	2.6	54	83	5	160	39	18	11	30	1.86
58143113--58143290	81	2.2	81	85	1	230	45	19	6	28	1.76
58143113--58143323	81	2.6	81	82	2	208	43	20	7	27	1.79
58149238--58149321	44	1.9	44	90	0	132	32	13	27	27	1.93
58154532--58154672	64	2.2	64	87	0	192	35	9	17	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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