genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64160703--64160737	6	5.8	6	86	0	52	54	11	17	17	1.71
64160703--64160793	19	4.9	18	65	15	60	50	10	17	20	1.76
64160696--64160771	12	6.2	12	74	8	64	48	11	18	21	1.79
64160715--64160793	31	2.5	31	81	0	95	49	11	17	21	1.78
64161009--64161060	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
64161296--64161705	27	15.2	27	85	0	469	40	7	21	30	1.80
64161657--64161717	27	2.3	27	85	5	79	31	9	19	39	1.84
64167972--64167998	14	1.9	14	100	0	54	3	29	0	66	1.09
64169447--64169583	60	2.3	59	83	8	161	28	21	25	24	1.99
64170613--64170717	43	2.5	42	81	10	117	23	19	26	30	1.98
64179011--64179167	43	3.7	42	77	7	156	23	17	26	32	1.96
64179461--64179590	64	2.0	64	100	0	260	18	7	23	50	1.72
64212029--64212078	25	2.0	25	100	0	100	40	16	16	28	1.89
64226067--64226108	21	2.0	21	81	9	50	26	30	9	33	1.88
64228202--64228287	40	2.2	39	82	2	100	31	27	16	24	1.96
64236123--64236260	37	3.7	37	92	0	213	25	31	19	23	1.98
64236499--64236762	47	5.6	47	88	0	375	27	29	10	32	1.90
64236499--64236763	141	1.9	142	93	1	460	27	29	10	32	1.90
64252978--64253073	44	2.2	44	80	7	108	34	25	14	26	1.94
64262694--64262867	49	3.7	46	81	9	201	25	32	18	22	1.97
64268742--64268963	46	4.7	49	74	9	167	25	27	18	27	1.98
64276666--64276756	40	2.3	40	92	0	155	36	18	28	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64276678--64276777	40	2.5	40	86	0	110	39	19	26	16	1.91
64280618--64280707	33	2.7	32	91	3	117	38	16	22	22	1.93
64280635--64280707	33	2.2	33	100	0	146	41	15	21	21	1.90
64282843--64282902	30	2.0	30	83	0	75	38	8	25	28	1.84
64299400--64299485	43	2.0	43	90	0	136	29	31	18	20	1.97
64304632--64304713	41	2.0	41	80	4	94	23	19	26	30	1.98
64304754--64304789	15	2.4	15	95	0	63	16	27	27	27	1.97
64318705--64318747	17	2.6	16	82	10	50	48	2	4	44	1.36
64324087--64324154	5	12.8	5	74	20	50	17	4	1	76	1.03
64324083--64324154	12	6.2	11	76	12	65	18	4	1	76	1.02
64324083--64324134	6	9.0	6	85	4	63	15	3	1	78	0.98
64330634--64330760	50	2.6	50	79	1	148	30	25	15	28	1.96
64331053--64331106	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
64334281--64334395	55	2.1	56	81	4	135	34	22	25	17	1.95
64334306--64334395	28	3.2	27	85	4	117	32	24	25	17	1.97
64334328--64334395	27	2.5	28	90	2	102	30	26	29	13	1.94
64334501--64334592	28	3.3	28	93	3	150	29	7	28	34	1.85
64334839--64334871	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
64338420--64338461	17	2.5	17	92	0	66	35	28	2	33	1.70
64341910--64342024	55	2.1	56	80	8	128	35	20	23	20	1.96
64341935--64342004	27	2.5	28	88	4	97	34	21	24	20	1.97
64341935--64342024	27	3.2	27	81	7	92	33	22	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64347429--64347460	13	2.5	13	94	0	55	21	25	34	18	1.96
64348865--64348987	43	2.9	43	82	1	140	34	30	15	19	1.93
64348878--64348987	42	2.6	43	82	1	132	36	30	15	17	1.91
64350969--64351125	42	3.8	42	75	8	133	31	15	24	28	1.96
64350984--64351101	41	2.9	41	75	8	114	33	15	23	27	1.95
64352200--64352372	56	3.1	56	88	4	224	26	14	26	33	1.94
64356484--64356748	44	5.7	44	78	9	199	23	16	31	28	1.96
64356574--64356697	49	2.5	50	88	5	173	26	18	29	25	1.98
64363604--64363728	51	2.5	51	82	5	146	28	29	15	27	1.96
64363658--64363886	51	4.5	51	79	1	199	31	27	15	25	1.96
64363698--64363886	50	3.7	50	80	3	191	32	26	16	23	1.96
64367042--64367082	21	2.0	21	90	4	66	39	0	19	41	1.52
64371357--64371528	93	1.8	93	88	2	265	23	22	28	26	1.99
64371362--64371536	46	3.8	46	73	10	167	23	21	28	26	1.99
64378215--64378334	43	2.8	42	75	10	118	25	20	25	28	1.99
64378542--64378625	41	2.0	41	100	0	168	44	7	16	32	1.75
64381831--64381893	32	2.0	32	100	0	126	31	15	23	28	1.96
64388139--64388236	29	3.4	29	90	1	144	27	14	27	30	1.95
64396059--64396159	29	3.5	29	87	1	141	26	14	27	30	1.95
64398558--64398635	15	5.2	15	74	11	79	14	15	12	57	1.65
64401025--64401198	93	1.9	93	84	2	233	22	19	28	29	1.98
64425899--64425944	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64427534--64427701	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
64427557--64427701	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
64435611--64435734	27	4.7	27	78	9	121	39	23	9	27	1.86
64435601--64435762	54	3.0	55	77	7	156	38	23	9	28	1.87
64435756--64435992	27	8.7	27	85	0	276	31	20	7	40	1.80
64435756--64435983	81	2.8	81	86	0	321	30	20	7	41	1.79
64440579--64440681	27	3.8	27	90	0	143	29	20	7	42	1.80
64441005--64441065	27	2.3	27	85	2	79	22	22	19	34	1.97
64441184--64441231	6	7.8	6	77	13	53	20	16	12	50	1.78
64441881--64443451	519	3.0	516	90	1	2448	27	23	22	26	2.00
64444854--64445045	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
64444825--64445044	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
64453044--64453194	40	3.8	40	88	2	169	25	27	22	25	2.00
64453044--64453230	80	2.3	80	82	3	198	26	26	21	25	2.00
64453088--64453230	40	3.6	40	90	1	207	27	25	21	25	1.99
64458909--64459003	43	2.2	43	83	3	111	31	26	15	26	1.96
64464100--64464271	46	3.7	46	80	10	206	29	27	20	22	1.98
64464105--64464275	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
64467974--64468012	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
64468517--64468608	28	3.3	28	92	0	157	23	16	34	25	1.95
64469836--64469869	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
64471528--64471625	42	2.3	43	80	5	110	27	16	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64484115--64484148	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
64486889--64486979	43	2.1	43	86	6	123	32	20	17	28	1.96
64494592--64494904	53	5.8	53	85	1	347	20	24	17	37	1.94
64494660--64494747	29	3.2	29	60	21	71	15	27	20	36	1.93
64497359--64497522	43	3.8	43	75	13	151	31	25	17	25	1.97
64509993--64510216	40	5.6	40	85	7	294	26	26	22	24	2.00
64509993--64510216	83	2.8	80	85	6	292	26	26	22	24	2.00
64520872--64520923	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
64520633--64521001	103	3.6	103	94	2	607	30	29	20	19	1.97
64521330--64521393	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
64521337--64521393	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
64530417--64530491	31	2.5	31	82	2	80	37	9	28	25	1.87
64530418--64530606	90	2.1	90	84	5	240	41	12	24	21	1.87
64530564--64530637	29	2.5	30	85	12	116	44	12	25	17	1.83
64530444--64530664	89	2.4	89	81	8	243	42	13	23	21	1.88
64530423--64530664	30	8.1	30	71	10	147	40	12	23	22	1.88
64530621--64530683	30	2.1	30	85	5	83	38	17	14	30	1.89
64539833--64539885	27	2.0	27	100	0	106	35	22	15	26	1.93
64539835--64539896	27	2.3	27	91	0	97	38	20	14	25	1.91
64547067--64547170	28	3.7	28	84	3	129	23	12	33	30	1.92
64549924--64549970	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
64552547--64552652	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64554321--64554367	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
64558552--64558688	56	2.4	56	93	0	238	34	23	16	26	1.95
64560437--64560617	40	4.6	40	90	4	269	25	28	20	24	1.99
64562825--64562981	43	3.7	43	81	5	176	24	17	28	29	1.97
64565191--64565234	21	2.0	22	91	4	72	34	22	2	40	1.67
64565625--64565703	28	2.8	28	92	0	131	27	24	12	35	1.92
64567492--64567559	30	2.2	30	84	7	84	52	2	4	39	1.36
64572335--64572359	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
64572987--64573628	214	3.0	214	99	0	1275	33	19	15	32	1.93
64577237--64577273	14	2.6	14	86	0	56	43	2	35	18	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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