genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38477939--38478132	48	4.0	48	85	2	237	29	31	14	24	1.95
38491830--38491884	20	2.8	20	82	15	55	34	3	1	60	1.25
38491851--38491884	18	2.0	16	88	11	50	35	0	0	64	0.94
38496686--38496758	35	2.1	35	94	0	128	41	17	4	36	1.69
38496698--38496765	35	1.9	35	90	3	109	45	17	1	35	1.58
38500707--38500817	57	1.9	58	87	1	161	28	27	19	23	1.98
38500971--38501071	43	2.3	43	89	0	148	32	31	22	12	1.92
38501036--38501098	27	2.3	27	91	0	99	36	30	22	11	1.89
38501063--38501216	43	3.6	43	92	0	254	31	31	25	12	1.92
38500993--38501130	70	2.0	70	89	0	213	34	31	22	11	1.90
38500971--38501184	113	1.9	113	90	0	338	31	31	23	13	1.93
38502617--38502689	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
38507307--38507431	62	2.0	62	96	0	232	32	27	16	23	1.96
38522943--38523015	31	2.4	31	83	0	83	42	8	17	31	1.79
38523965--38524076	27	4.1	27	78	4	82	24	22	8	45	1.79
38523982--38524078	27	3.6	27	77	5	106	24	19	7	48	1.74
38524152--38524246	27	3.5	27	82	4	102	31	24	10	33	1.89
38529437--38529525	42	2.1	42	82	0	106	21	25	29	23	1.99
38529458--38529546	42	2.1	42	82	0	106	19	21	31	28	1.97
38538841--38539165	50	6.7	48	78	7	300	28	19	28	23	1.98
38538835--38539156	145	2.2	145	84	5	427	28	19	28	23	1.98
38541944--38542003	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38548795--38548854	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
38554526--38554805	50	5.7	50	79	8	274	26	18	28	25	1.98
38554531--38554806	148	1.9	146	82	7	344	27	18	28	25	1.98
38559873--38560008	67	2.1	67	81	12	158	41	13	10	33	1.79
38561437--38561537	24	4.2	24	94	0	157	32	1	40	24	1.67
38562947--38563051	27	3.9	26	82	6	111	18	21	20	39	1.93
38569323--38569422	24	4.2	24	89	5	139	33	3	39	25	1.71
38570810--38570910	27	3.8	27	88	6	143	15	24	20	38	1.92
38574108--38574159	12	4.2	12	75	2	50	17	9	5	67	1.38
38576472--38576514	22	2.0	22	86	4	61	13	32	34	18	1.90
38579375--38579417	21	2.0	22	95	4	79	27	18	4	48	1.68
38585005--38585043	18	2.2	18	85	0	51	56	2	10	30	1.46
38587931--38587999	21	3.1	21	66	18	50	21	14	21	42	1.89
38587923--38588013	45	2.0	45	86	0	128	24	14	23	38	1.91
38592543--38592583	18	2.3	18	86	0	55	29	7	19	43	1.78
38593591--38593695	37	2.8	37	80	0	111	45	17	4	32	1.69
38596166--38596288	36	3.5	36	69	8	108	22	20	26	30	1.98
38597145--38597207	30	2.2	28	78	10	72	23	22	33	20	1.97
38600760--38600812	18	2.9	18	86	5	72	43	13	20	22	1.86
38605248--38605299	24	2.2	24	85	0	68	23	46	0	30	1.53
38605256--38605295	12	3.3	12	85	0	53	30	37	0	32	1.58
38609407--38609440	13	2.6	13	95	0	59	35	29	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38611991--38612127	46	3.0	46	85	0	184	26	30	8	34	1.87
38612101--38612321	47	4.7	47	94	0	370	25	31	12	30	1.93
38612217--38612291	23	3.2	23	62	23	57	28	32	10	29	1.90
38614685--38614737	20	2.7	20	96	0	97	22	28	33	15	1.94
38620897--38620934	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
38623541--38623596	28	2.0	28	100	0	112	42	25	14	17	1.87
38624305--38624349	20	2.2	20	88	0	63	33	15	0	51	1.44
38625462--38625487	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
38625910--38625986	27	2.9	27	86	0	100	27	19	18	35	1.95
38625951--38626213	27	9.7	27	82	4	253	30	11	19	37	1.88
38625951--38626213	81	3.2	80	84	2	294	30	11	19	37	1.88
38625956--38626213	54	4.8	54	83	5	299	30	11	19	38	1.87
38626528--38626591	28	2.3	28	91	0	101	25	39	17	18	1.92
38636678--38636734	28	2.0	28	100	0	114	10	17	17	54	1.70
38638157--38638205	24	2.1	23	84	3	62	14	4	8	73	1.21
38641288--38641333	20	2.2	22	84	7	60	32	6	0	60	1.22
38656420--38656521	42	2.4	43	81	6	118	31	22	16	29	1.96
38663482--38663545	13	4.9	13	82	0	83	29	7	26	35	1.85
38663482--38663546	26	2.5	26	82	2	94	30	7	26	35	1.84
38663855--38663894	20	2.0	20	85	5	53	40	0	0	60	0.97
38667332--38667375	23	1.9	23	85	0	61	43	20	18	18	1.89
38667562--38667839	139	2.0	140	90	3	436	33	19	13	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38672804--38673069	46	5.6	45	74	14	139	28	19	28	23	1.98
38676303--38676351	19	2.7	17	81	9	53	38	2	0	59	1.09
38678902--38679001	49	2.0	49	96	0	182	39	17	13	31	1.87
38680899--38680928	6	5.0	6	100	0	60	16	33	16	33	1.92
38685613--38685649	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
38689183--38689244	33	1.9	32	87	9	90	54	1	4	38	1.31
38689845--38689900	29	1.9	29	100	0	112	53	10	7	28	1.62
38692723--38692779	16	3.8	15	77	9	55	56	0	3	40	1.17
38695625--38695672	25	1.9	25	87	8	71	39	4	10	45	1.58
38698817--38698841	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
38706969--38707010	17	2.4	19	80	15	54	35	2	7	54	1.41
38709165--38709260	30	3.2	30	68	21	92	36	17	9	36	1.82
38708926--38709553	331	1.9	331	91	0	1024	30	13	18	36	1.90
38713468--38713644	40	4.4	40	82	4	180	24	22	26	25	2.00
38713468--38713644	80	2.2	80	86	5	234	24	22	26	25	2.00
38713873--38713914	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
38721454--38721630	40	4.4	40	83	4	189	24	22	27	25	2.00
38721454--38721630	80	2.2	80	87	5	243	24	22	27	25	2.00
38721859--38721900	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
38725461--38725579	60	2.0	60	96	0	220	42	3	12	42	1.59
38726046--38726139	9	9.9	9	70	18	66	63	1	2	32	1.13
38726043--38726167	29	4.3	28	81	8	126	64	1	3	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38726532--38726590	27	2.3	25	82	8	73	38	1	0	59	1.08
38726532--38726590	26	2.3	26	80	13	68	38	1	0	59	1.08
38726575--38726614	21	1.9	21	85	10	55	30	7	2	60	1.38
38734242--38734285	23	2.0	22	86	4	61	36	2	2	59	1.23
38735057--38735081	9	2.8	9	100	0	50	44	0	20	36	1.52
38741736--38742023	30	9.7	30	74	8	142	22	25	12	38	1.90
38741915--38741986	29	2.4	29	81	2	90	20	27	9	41	1.84
38741746--38742023	149	1.9	149	86	0	394	23	24	13	38	1.91
38742799--38742830	12	2.5	13	90	10	57	21	6	0	71	1.07
38743359--38743398	21	2.0	20	85	14	55	20	25	40	15	1.90
38750337--38750465	45	2.9	44	87	8	176	25	24	27	22	2.00
38750354--38750505	41	3.6	41	84	7	137	27	22	28	21	1.99
38750992--38751024	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
38755460--38755682	49	4.7	49	74	7	172	23	28	22	25	1.99
38755468--38755786	46	6.8	47	72	12	192	24	28	19	26	1.99
38762559--38762783	46	4.8	44	76	12	141	26	18	30	24	1.98
38762646--38762780	47	2.8	47	87	6	182	26	18	30	24	1.98
38785023--38785078	28	2.0	28	82	10	69	19	42	19	17	1.89
38787749--38787919	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
38787744--38787913	46	3.7	46	77	10	175	30	27	19	22	1.98
38794137--38794181	21	2.1	21	84	8	56	31	26	17	24	1.97
38794724--38794791	20	3.4	20	100	0	136	11	33	36	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38795931--38796134	42	4.8	42	83	2	230	25	23	17	32	1.97
38803067--38803226	43	3.7	43	73	9	128	27	13	25	33	1.93
38805272--38805310	18	2.2	18	100	0	78	56	10	17	15	1.66
38818845--38818937	27	3.4	27	90	0	150	38	17	10	33	1.84
38818932--38819129	27	7.3	27	80	3	184	35	19	18	26	1.94
38818932--38819099	81	2.1	81	83	4	205	35	20	18	25	1.95
38818949--38819129	81	2.2	82	83	1	213	34	20	19	25	1.96
38819344--38819400	26	2.2	26	87	0	78	15	14	22	47	1.82
38823648--38823864	40	5.5	40	89	3	298	24	29	23	22	1.99
38826163--38826273	27	4.1	27	79	3	100	38	23	8	29	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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