genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14769677--14769849	27	6.4	27	86	0	238	25	21	18	34	1.96
14769691--14769872	81	2.2	81	82	1	231	28	19	18	34	1.95
14769679--14769849	54	3.2	54	90	0	270	25	21	17	35	1.95
14769706--14769899	81	2.4	81	82	5	205	27	18	18	36	1.94
14769800--14770036	27	8.8	27	85	0	215	29	11	20	38	1.87
14770029--14770346	27	11.8	27	89	2	442	40	6	21	30	1.79
14773684--14773715	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
14780603--14781179	130	4.4	130	86	1	730	30	16	14	38	1.89
14785638--14785677	21	2.0	20	90	5	62	37	0	20	42	1.52
14785643--14785685	20	2.1	21	83	12	54	34	2	18	44	1.63
14789639--14789663	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
14798115--14798149	17	2.1	17	94	0	61	37	25	14	22	1.92
14810099--14810132	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
14813140--14813171	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
14815654--14816734	546	2.0	542	90	3	1713	32	17	16	33	1.92
14819194--14819219	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
14829496--14830000	47	10.7	47	94	0	841	32	8	29	29	1.87
14830119--14830197	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
14835367--14835407	20	2.0	20	100	0	82	34	14	34	17	1.90
14837572--14837610	20	2.1	19	85	9	53	5	23	17	53	1.63
14838928--14839116	44	4.3	44	68	7	123	31	19	17	30	1.95
14841422--14841454	14	2.3	15	89	5	50	60	9	0	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14843738--14843771	17	2.1	17	88	5	52	26	0	2	70	1.01
14844691--14844732	9	4.7	9	96	0	75	47	16	11	23	1.80
14845240--14845277	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
14845305--14845343	8	4.9	8	87	0	51	61	12	10	15	1.56
14849332--14849390	29	2.1	28	84	9	75	18	13	10	57	1.64
14851151--14851228	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
14851346--14852236	47	19.5	47	91	6	1426	28	29	8	32	1.87
14855801--14855956	40	3.9	40	84	5	199	24	28	23	24	2.00
14855931--14856073	39	3.6	40	76	9	141	22	26	23	27	2.00
14856374--14856450	27	2.7	28	84	6	93	27	33	15	23	1.95
14856432--14856534	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
14858278--14858356	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
14858474--14859478	47	21.1	47	93	2	1614	28	30	9	32	1.88
14858474--14859478	96	10.5	96	93	2	1620	28	30	9	32	1.88
14858474--14859475	286	3.5	286	94	1	1697	28	30	9	31	1.88
14863255--14863314	26	2.4	25	75	22	63	26	11	3	58	1.49
14863460--14863498	17	2.2	17	86	9	51	41	2	0	56	1.13
14863464--14863498	17	1.9	17	88	11	52	40	2	0	57	1.14
14863527--14863563	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
14863462--14863582	46	2.6	48	74	23	125	35	8	0	56	1.29
14863463--14863628	23	7.1	22	67	25	74	32	8	1	57	1.36
14863657--14863706	19	2.5	20	75	15	50	24	0	6	70	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14863601--14863703	25	4.2	24	71	9	66	28	3	2	65	1.25
14863727--14863770	16	2.7	15	80	13	52	29	4	2	63	1.26
14864234--14864267	17	2.1	17	88	5	52	23	8	8	58	1.56
14869513--14869565	14	3.9	14	75	20	51	79	0	18	1	0.83
14870419--14870612	44	4.4	44	78	8	180	33	14	24	27	1.95
14870604--14871185	119	4.9	119	94	0	1002	33	17	19	29	1.95
14871121--14871469	83	4.2	83	89	2	506	34	18	20	26	1.96
14873035--14873094	26	2.4	25	75	22	63	26	11	3	58	1.49
14873306--14873342	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
14873416--14873454	18	2.2	18	86	9	53	23	0	5	71	1.05
14873381--14873465	23	3.5	24	74	15	77	28	3	2	65	1.21
14873486--14873529	16	2.7	16	83	13	54	31	4	2	61	1.28
14873995--14874028	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
14876620--14876713	47	2.0	47	97	0	179	39	24	10	25	1.87
14879701--14879779	19	4.2	19	88	9	117	37	8	16	36	1.80
14879691--14879778	36	2.4	36	78	17	110	38	9	15	36	1.80
14879720--14879757	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
14884696--14884798	37	2.8	37	93	0	179	24	31	20	24	1.98
14884939--14885171	48	4.9	48	97	0	430	30	28	6	33	1.83
14885400--14885588	48	3.9	48	97	0	351	31	29	6	33	1.82
14884983--14885815	417	2.0	418	98	0	1623	34	23	7	34	1.83
14885945--14886026	38	2.2	38	97	0	155	41	12	10	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14895167--14895329	44	3.7	44	82	3	213	31	20	17	30	1.96
14895158--14895321	89	1.9	87	92	2	274	32	20	17	29	1.95
14895629--14895676	21	2.3	21	92	0	78	4	60	12	22	1.49
14896232--14896269	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
14900013--14900146	26	5.2	26	93	0	223	32	6	23	36	1.81
14905810--14905969	26	6.2	26	90	0	257	33	6	24	35	1.82
14905810--14905969	52	3.1	52	95	0	284	33	6	24	35	1.82
14908217--14909454	465	2.7	465	96	1	2308	41	11	11	35	1.77
14911432--14911478	23	2.0	23	95	0	85	48	10	19	21	1.78
14914084--14914135	25	2.1	25	96	0	95	40	21	7	30	1.81
14914294--14914369	39	2.0	38	85	7	102	40	23	5	30	1.77
14914549--14914849	41	7.4	41	87	1	390	19	22	22	34	1.96
14914904--14914929	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
14923088--14923112	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
14925926--14926226	149	2.0	149	98	0	575	29	10	11	47	1.75
14927429--14927460	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
14953673--14953710	19	2.0	19	94	0	67	39	13	0	47	1.42
14956057--14956116	30	2.0	29	87	3	84	38	15	13	33	1.86
14981758--14981828	28	2.6	28	91	6	110	26	4	16	52	1.63
14981777--14981828	20	2.6	19	82	8	68	26	1	15	55	1.50
14981762--14981828	7	9.9	7	75	16	61	26	2	16	53	1.57
14984812--14984874	32	2.0	32	100	0	126	25	15	19	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14985834--14985881	19	2.3	21	82	13	64	70	0	10	18	1.15
14989284--14989317	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21
14989811--14989983	7	23.1	7	73	22	88	65	1	1	31	1.07
14989809--14989983	12	15.6	12	75	16	121	65	1	1	32	1.07
14989804--14989984	33	5.6	33	74	19	143	64	1	1	32	1.10
14989809--14989984	80	2.2	81	82	10	229	65	1	1	32	1.07
14990017--14990073	29	2.0	29	92	0	96	66	0	0	33	0.92
14991558--14992151	90	6.6	90	89	0	839	28	25	14	32	1.94
14991610--14991752	45	3.2	45	65	15	114	29	21	16	32	1.95
14991912--14992189	45	6.2	45	69	10	176	27	27	13	31	1.94
15004183--15004334	3	49.7	3	71	26	99	64	0	1	34	1.02
15004185--15004334	7	21.9	7	76	17	111	64	0	1	34	1.02
15004183--15004330	28	5.2	28	77	18	137	64	0	1	33	1.02
15004365--15004419	28	2.0	29	85	7	78	69	0	0	30	0.89
15004654--15004868	108	2.0	108	93	0	367	32	26	21	19	1.97
15005793--15005831	12	3.2	12	89	7	53	2	2	12	82	0.89
15005799--15005837	11	3.5	11	89	3	51	2	2	10	84	0.81
15007241--15007415	44	3.9	44	81	10	217	28	29	20	21	1.98
15007249--15007418	93	1.8	91	93	2	295	27	30	21	21	1.98
15009178--15009284	27	4.0	26	85	8	124	17	22	23	36	1.95
15009350--15009389	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
15170085--15170261	27	6.6	27	84	2	203	29	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15170106--15170260	81	1.9	81	88	2	231	29	28	15	27	1.96
15174543--15174741	90	2.2	90	80	5	231	23	18	17	41	1.90
15174529--15174698	45	3.8	45	84	1	198	23	18	18	39	1.92
15174578--15174729	45	3.4	43	78	12	137	22	19	17	40	1.91
15177045--15177069	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15179461--15179671	42	4.7	45	84	10	247	28	27	15	28	1.96
15179461--15179715	97	2.8	93	81	12	275	29	26	14	29	1.95
15179531--15179684	48	3.2	48	92	5	240	30	27	14	27	1.95
15179548--15179776	48	4.8	48	83	6	159	31	26	14	27	1.95
15187114--15187297	67	2.8	64	74	8	167	30	16	29	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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