Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  354  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117065319--117065356
15
2.6
15
95
4
69
0
28
5
65
1.14
117067021--117067061
21
2.0
21
90
0
64
41
19
2
36
1.65
117071325--117071385
11
5.2
11
72
20
52
42
1
0
55
1.09
117071415--117071463
24
2.0
24
84
7
64
57
0
0
42
0.99
117071424--117071474
23
2.2
23
89
6
77
49
0
1
49
1.12
117076034--117076087
27
2.0
28
82
10
67
25
11
1
61
1.40
117076641--117076689
25
1.9
25
83
4
62
38
2
4
55
1.31
117078438--117078509
12
6.4
11
72
22
51
47
2
1
48
1.25
117078462--117078497
19
1.9
18
88
5
54
52
2
0
44
1.15
117078463--117078529
34
2.0
34
85
11
93
49
2
1
46
1.26
117085343--117085378
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
117085330--117085370
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
117085531--117085626
21
4.5
21
86
2
120
36
27
21
14
1.93
117085801--117085843
19
2.3
19
84
15
54
44
18
0
37
1.50
117086005--117086062
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
117086008--117086066
30
2.0
28
93
6
100
55
11
0
32
1.36
117096551--117096602
14
3.7
13
76
16
50
57
11
1
28
1.44
117097363--117097401
6
6.7
6
85
5
53
30
0
12
56
1.37
117097353--117097397
17
2.6
17
86
10
65
31
0
13
55
1.38
117098271--117098392
58
2.1
58
83
7
151
29
16
13
40
1.86
117114195--117114224
2
15.0
2
92
0
51
50
3
46
0
1.18
117114840--117114913
31
2.4
31
81
4
87
40
2
12
44
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117119353--117119407
16
3.4
16
76
11
58
32
3
3
60
1.32
117119923--117120003
29
2.8
28
80
12
74
50
13
3
32
1.59
117120350--117120382
11
2.9
11
95
4
57
21
0
18
60
1.36
117128908--117128949
20
2.1
20
86
8
59
73
4
7
14
1.21
117133456--117133518
33
1.9
33
96
0
117
33
14
12
39
1.84
117140530--117140575
21
2.2
21
85
11
60
50
0
4
45
1.21
117140834--117140868
13
2.7
13
95
0
61
51
25
0
22
1.48
117153335--117153376
15
2.8
16
78
10
52
40
0
0
59
0.97
117153362--117153435
29
2.5
29
80
6
78
43
0
4
52
1.20
117153350--117153435
30
2.9
28
76
10
82
44
0
3
52
1.18
117154237--117154294
26
2.2
24
80
14
62
56
5
3
34
1.38
117154288--117154333
19
2.3
20
82
14
60
56
0
0
43
0.99
117154404--117154441
17
2.3
16
83
16
51
47
0
2
50
1.15
117158173--117158220
23
2.0
24
92
4
80
31
4
14
50
1.62
117163582--117163649
16
4.2
16
90
5
111
26
0
35
38
1.57
117163582--117163649
33
2.1
31
91
5
109
26
0
35
38
1.57
117163630--117163720
45
2.0
45
82
2
112
28
6
27
37
1.82
117163865--117163919
15
3.4
16
80
16
53
54
1
0
43
1.10
117163871--117163919
16
2.9
18
80
20
61
55
0
0
44
0.99
117163967--117164179
67
3.1
67
65
20
163
46
4
3
46
1.38
117163772--117164099
156
2.1
156
97
0
611
42
3
6
46
1.47
117164041--117164075
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117163958--117164217
137
1.9
137
91
1
387
44
4
4
46
1.42
117163979--117164257
137
2.0
135
82
8
332
45
5
3
45
1.44
117168944--117168971
12
2.3
12
100
0
56
35
0
0
64
0.94
117178206--117178517
154
2.0
154
98
0
606
47
15
15
22
1.82
117182124--117182184
19
3.4
17
77
18
61
70
4
1
22
1.15
117183159--117183229
31
2.3
31
90
7
110
40
1
4
53
1.29
117190910--117191448
269
2.0
269
96
0
997
40
12
11
35
1.79
117193207--117193244
18
2.0
20
90
10
62
52
7
0
39
1.31
117195046--117195210
39
4.2
39
93
0
258
21
19
29
29
1.97
117195046--117195237
39
4.9
39
90
1
179
20
20
30
28
1.98
117195046--117195248
78
2.6
78
85
3
223
21
20
29
28
1.98
117203221--117203257
19
2.0
18
89
5
56
62
18
10
8
1.52
117215178--117215230
27
2.0
27
100
0
106
45
24
0
30
1.54
117214947--117215418
259
1.8
259
92
2
806
37
20
12
29
1.90
117220455--117220497
16
2.7
16
96
0
77
53
0
2
44
1.13
117220596--117220626
15
2.1
15
93
0
53
54
6
0
38
1.26
117220694--117220764
29
2.4
28
82
13
74
36
2
1
59
1.21
117220727--117220782
23
2.6
21
76
15
60
46
0
1
51
1.11
117220769--117220825
10
5.8
10
85
4
62
38
1
0
59
1.08
117228022--117228046
5
5.0
5
100
0
50
60
0
0
40
0.97
117229533--117229646
57
2.0
57
91
3
185
43
16
7
32
1.75
117230253--117230360
45
2.4
46
90
1
164
52
6
5
35
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117232106--117232344
120
2.0
120
99
0
469
35
7
8
48
1.62
117232723--117232770
23
2.1
23
84
0
60
27
2
20
50
1.60
117237855--117238091
76
3.0
78
80
6
214
43
3
7
45
1.49
117237933--117238091
83
1.9
81
85
2
219
42
4
8
44
1.54
117241610--117241650
21
1.9
22
85
5
57
19
17
17
46
1.85
117248062--117248112
18
2.7
18
84
6
57
41
15
17
25
1.89
117248301--117248327
13
2.1
13
100
0
54
44
33
14
7
1.73
117248330--117248388
7
8.3
7
81
3
73
16
16
13
52
1.75
117248635--117248740
37
2.9
37
88
0
158
32
3
13
50
1.59
117248740--117248806
9
7.4
9
89
0
107
34
7
22
35
1.82
117248966--117248990
12
2.1
12
100
0
50
16
24
36
24
1.94
117252472--117252538
34
2.1
33
86
8
93
46
17
11
23
1.82
117252482--117252549
34
2.0
34
85
0
91
44
19
11
25
1.84
117255859--117255920
31
2.0
32
90
3
99
35
11
11
41
1.77
117258829--117258868
20
2.0
20
85
5
53
70
2
5
22
1.19
117260107--117260133
12
2.2
12
100
0
54
77
0
0
22
0.76
117260106--117260139
12
2.9
11
87
12
50
70
0
2
26
1.01
117260401--117260461
9
6.6
9
73
19
54
62
1
1
34
1.15
117261996--117262324
175
1.9
177
84
5
450
26
12
15
45
1.82
117267835--117267878
22
2.0
22
86
0
61
31
2
22
43
1.66
117269908--117269947
16
2.4
17
83
4
55
37
2
10
50
1.50
117271014--117271039
11
2.4
11
100
0
52
7
7
26
57
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117272018--117272060
13
3.2
13
77
6
50
2
11
9
76
1.10
117282824--117282869
22
1.9
26
83
16
64
56
6
4
32
1.45
117288090--117288146
6
9.5
6
88
0
78
15
31
0
52
1.43
117288114--117288154
18
2.3
18
86
0
55
21
36
0
41
1.54
117289228--117289469
129
1.9
129
90
1
387
40
20
8
30
1.81
117290789--117290823
6
5.8
6
93
0
61
0
20
0
80
0.72
117297983--117298011
6
5.0
6
95
4
51
68
0
13
17
1.20
117302872--117302964
44
2.1
43
80
9
100
36
8
3
51
1.49
117304269--117304304
15
2.3
16
85
9
56
44
0
0
55
0.99
117304269--117304308
13
2.9
13
82
13
53
47
0
0
52
1.00
117306957--117307100
71
2.0
71
86
0
198
40
5
29
25
1.78
117320014--117320089
39
1.9
39
97
0
143
38
11
15
34
1.84
117324524--117324568
3
15.3
3
90
4
74
66
2
0
31
1.04
117326937--117326990
11
5.0
11
84
8
67
61
0
0
38
0.96
117326944--117327003
21
2.9
20
85
5
66
66
0
0
33
0.92
117326942--117326990
10
4.7
10
78
16
55
63
0
0
36
0.95
117329887--117330116
126
1.8
126
84
5
313
39
15
15
29
1.88
117330283--117330342
18
3.5
18
71
13
63
65
10
8
16
1.47
117330269--117330344
33
2.3
33
97
0
143
63
11
7
17
1.51
117332055--117332084
14
2.1
14
93
0
51
63
0
10
26
1.26
117332270--117332319
15
3.4
16
76
18
63
64
0
6
30
1.18
117333669--117333757
43
2.1
43
97
0
169
38
14
8
38
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117334829--117334883
27
2.0
29
82
7
69
50
9
3
36
1.51
117344643--117344969
163
2.0
164
92
1
541
28
10
19
41
1.85
117351481--117351592
47
2.4
46
86
5
152
41
11
8
37
1.73
117362585--117362668
6
14.0
6
70
0
60
34
4
30
29
1.78
117362609--117362667
30
2.0
30
93
0
100
35
5
32
27
1.79
117362585--117362647
24
2.6
24
89
0
99
33
4
33
28
1.78
117364126--117364163
17
2.2
18
90
4
60
23
5
13
57
1.56
117369552--117369695
73
2.0
74
90
1
227
35
11
5
47
1.62
117377014--117377059
23
2.0
23
100
0
92
43
26
17
13
1.85
117378750--117378782
16
2.1
16
94
0
57
42
24
9
24
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362