genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87255483--87255507	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
87257563--87257888	46	7.0	46	90	4	465	38	15	24	22	1.92
87257664--87257854	98	2.0	98	93	1	330	38	15	24	21	1.92
87260595--87260662	30	2.3	30	82	5	75	48	5	17	27	1.70
87263102--87263421	46	7.0	46	92	0	489	38	15	24	21	1.92
87272301--87272407	26	4.2	26	91	1	180	31	7	25	35	1.84
87275198--87275300	50	2.1	50	98	0	197	26	22	13	37	1.91
87275248--87275787	297	1.8	296	94	1	956	33	19	9	37	1.84
87278265--87278566	79	3.8	79	87	8	395	24	27	22	26	2.00
87278265--87278566	39	7.6	39	89	5	373	24	27	22	26	2.00
87285718--87285889	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
87285711--87285886	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
87288836--87288937	27	3.8	27	92	0	150	19	18	21	40	1.92
87288810--87288934	54	2.3	54	84	2	153	20	20	19	39	1.93
87288836--87288953	27	4.4	27	88	2	94	18	19	22	38	1.93
87288837--87288953	54	2.2	54	82	0	135	18	19	22	39	1.93
87289795--87289842	10	4.7	10	75	14	53	50	14	0	35	1.44
87289780--87289848	31	2.2	31	97	0	129	50	15	0	33	1.45
87299151--87299392	55	4.6	53	76	9	208	37	16	23	21	1.94
87299595--87299625	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
87307125--87307515	192	2.0	192	95	0	701	20	21	31	26	1.98
87307677--87307717	21	2.0	21	90	0	64	24	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87307682--87307723	21	2.0	21	85	0	57	23	30	21	23	1.99
87307859--87307928	34	2.1	34	91	0	113	28	15	21	34	1.94
87310083--87310140	9	6.2	9	82	7	53	0	18	3	77	0.91
87315254--87315373	44	2.8	42	84	3	159	35	17	23	24	1.96
87315505--87315571	31	2.2	31	83	0	80	56	17	5	19	1.61
87315823--87315898	21	3.6	21	75	10	84	1	47	19	31	1.58
87316310--87316338	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
87316826--87316866	22	1.9	22	95	5	75	21	7	14	56	1.63
87321333--87321445	9	12.8	9	70	12	65	32	1	20	45	1.62
87321347--87321596	36	7.0	36	70	15	151	34	0	15	49	1.48
87321380--87321596	43	4.9	43	77	9	204	35	0	15	49	1.44
87321450--87321474	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
87321385--87321530	56	2.7	52	79	8	166	35	0	16	47	1.47
87321504--87321596	27	3.9	25	70	29	87	35	0	11	52	1.38
87321390--87321596	70	3.0	70	79	10	266	35	0	14	50	1.43
87324059--87324097	19	2.0	20	90	5	62	51	5	5	38	1.46
87326229--87326263	13	2.6	13	95	4	61	54	5	0	40	1.24
87326415--87326612	7	28.3	7	66	12	59	39	35	2	22	1.66
87326499--87326568	21	3.4	21	78	7	72	42	34	0	22	1.54
87326533--87326629	42	2.3	42	78	7	108	39	38	3	19	1.68
87326818--87326864	14	3.3	14	82	8	51	42	29	2	25	1.67
87327254--87327538	106	2.7	107	81	5	321	32	18	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87329889--87329944	22	2.6	22	80	5	62	41	21	23	14	1.89
87331377--87331611	131	1.8	127	86	8	343	42	6	7	42	1.58
87341285--87341636	42	8.4	42	87	0	470	22	18	23	36	1.95
87341285--87341636	84	4.2	84	88	0	524	22	18	23	36	1.95
87341660--87341690	16	1.9	16	100	0	62	19	19	9	51	1.74
87342447--87342845	150	2.6	150	83	8	454	41	4	9	43	1.58
87343320--87343366	24	1.9	24	83	12	60	29	8	6	55	1.55
87346195--87346240	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
87346207--87346250	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
87350041--87350174	60	2.2	63	78	9	152	28	25	19	26	1.99
87350127--87350180	27	2.0	27	82	10	65	24	27	22	25	2.00
87350196--87350241	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
87350208--87350251	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
87354666--87354699	12	2.8	12	95	0	59	35	11	17	35	1.87
87365708--87365821	45	2.5	45	84	0	138	43	17	21	17	1.88
87368254--87368294	12	3.3	13	73	13	50	60	19	12	7	1.54
87368244--87368316	24	3.0	24	89	2	110	50	27	15	6	1.69
87368291--87368470	41	4.4	41	89	0	252	33	24	22	19	1.97
87368483--87368597	54	2.1	55	85	1	151	49	26	0	23	1.50
87368789--87368832	21	2.1	21	83	8	54	27	2	34	36	1.70
87368802--87368864	21	3.0	21	68	11	56	28	3	28	39	1.72
87368802--87368891	43	2.1	43	83	8	112	30	2	27	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87368991--87369029	14	2.8	14	84	0	51	25	2	28	43	1.68
87369486--87369525	19	2.1	19	85	0	53	75	2	5	17	1.10
87372428--87372605	43	4.1	43	88	0	248	28	19	26	25	1.99
87372401--87372605	86	2.4	86	85	2	261	28	19	26	25	1.98
87377711--87377763	19	2.7	19	81	18	65	75	3	7	13	1.15
87377959--87377984	11	2.4	11	100	0	52	57	0	7	34	1.27
87378084--87378133	14	3.7	13	82	15	57	66	4	6	24	1.32
87378019--87378142	65	1.9	65	83	0	158	57	4	9	29	1.49
87378126--87378171	19	2.5	19	85	3	58	54	4	15	26	1.59
87378300--87378336	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
87380575--87380610	17	2.2	16	95	5	63	27	0	11	61	1.30
87384716--87384885	83	2.0	84	98	1	333	21	17	15	46	1.84
87388352--87388400	24	2.0	24	100	0	98	28	12	20	38	1.89
87389216--87389251	6	6.0	6	96	0	63	0	19	33	47	1.50
87390475--87390528	21	2.5	20	80	11	54	31	12	1	53	1.50
87393765--87393843	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
87393962--87394093	47	2.8	49	82	6	173	28	31	7	32	1.85
87396665--87396783	35	3.2	37	65	23	95	29	23	19	27	1.98
87396640--87396929	75	3.9	75	86	4	388	26	23	20	29	1.99
87402187--87402231	3	15.3	3	82	13	58	31	0	2	66	1.04
87402396--87402455	9	5.9	11	72	20	51	35	1	5	58	1.30
87402477--87402524	23	2.0	25	84	12	64	41	6	4	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87402839--87402878	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
87403029--87403075	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
87403049--87403082	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
87406268--87406323	28	2.0	28	100	0	112	46	14	21	17	1.84
87414071--87414123	25	2.1	25	89	0	79	41	18	22	16	1.90
87415308--87415475	90	1.9	91	87	3	250	30	16	16	35	1.92
87415536--87415583	13	3.6	13	83	5	69	22	14	6	56	1.61
87415706--87415734	14	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
87415644--87415897	89	2.9	87	82	9	291	25	16	22	36	1.94
87415824--87415967	75	1.9	75	85	5	202	22	17	24	35	1.95
87417220--87417266	16	2.9	16	80	0	58	0	48	0	51	1.00
87417904--87417963	9	5.9	11	72	20	51	35	1	5	58	1.30
87418349--87418388	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
87418540--87418586	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
87418560--87418593	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
87420603--87420859	131	2.0	131	88	0	388	35	19	17	27	1.94
87424874--87424952	28	2.8	28	84	0	95	34	11	26	27	1.91
87426802--87427013	28	7.5	28	74	3	190	16	19	33	29	1.94
87426830--87427043	29	7.4	29	71	4	164	17	18	35	29	1.93
87426800--87427043	57	4.2	57	90	1	380	17	18	34	29	1.94
87431358--87431436	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
87432918--87433169	133	1.9	133	89	0	396	28	26	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87437591--87437646	17	3.4	17	75	5	69	28	23	0	48	1.51
87437589--87437668	33	2.4	33	97	0	151	30	21	1	47	1.59
87437594--87437651	20	3.2	20	61	38	51	27	22	0	50	1.50
87444903--87445160	131	2.0	131	90	1	410	36	18	18	26	1.94
87448228--87448268	17	2.3	19	87	8	59	75	0	0	24	0.80
87450383--87450449	29	2.2	31	89	7	111	38	1	0	59	1.06
87450394--87450446	10	5.4	10	75	4	54	30	1	0	67	1.01
87450376--87450450	29	2.6	29	86	0	105	40	1	0	58	1.06
87457677--87457728	22	2.4	22	96	0	95	15	11	5	67	1.40
87462576--87462616	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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