genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.362.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  362  of  362  ( 43380 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119667159--119667277	38	3.2	38	79	7	118	40	10	19	29	1.85
119667337--119667408	35	2.0	36	86	2	101	41	12	15	30	1.84
119667676--119667762	45	1.9	45	92	0	147	40	19	8	32	1.81
119670190--119670253	18	3.4	18	69	12	56	34	25	25	15	1.95
119670655--119670695	21	1.9	22	85	5	57	36	14	4	43	1.67
119682357--119682464	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
119689763--119689870	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
119701031--119701092	29	2.1	29	96	0	115	38	16	16	29	1.90
119702692--119703544	141	6.1	141	86	3	1094	33	22	16	27	1.95
119702579--119703544	282	3.5	281	84	3	1156	33	22	15	27	1.95
119702579--119703526	423	2.3	421	84	5	1226	33	22	15	27	1.95
119704482--119705060	289	2.0	289	98	0	1131	29	18	14	37	1.91
119707246--119707275	11	2.7	11	94	0	51	86	0	13	0	0.57
119715951--119715976	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
119724019--119724076	29	2.0	29	90	6	91	10	24	10	55	1.65
119725654--119725700	24	2.0	24	91	8	78	36	4	0	59	1.17
119726111--119726156	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
119726118--119726162	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
119727614--119727742	35	3.7	34	79	9	127	27	13	24	34	1.92
119735072--119735199	35	3.5	35	88	5	166	31	9	25	33	1.88
119735072--119735241	75	2.4	74	84	8	210	31	11	24	33	1.90
119735075--119735239	35	4.6	35	83	10	158	30	11	24	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119745589--119745781	64	3.0	64	91	0	287	29	18	17	35	1.94
119745852--119746057	45	4.7	44	71	4	130	28	22	23	25	1.99
119746123--119746364	44	5.5	44	77	4	200	29	17	22	30	1.97
119746081--119746335	44	5.8	44	75	5	178	30	16	22	30	1.96
119746123--119746511	89	4.3	90	74	9	317	28	17	23	30	1.97
119748438--119748484	24	2.0	24	91	8	78	36	4	0	59	1.17
119763737--119763818	41	2.0	41	97	0	155	14	15	26	42	1.86
119767642--119767679	14	2.7	14	91	0	58	39	7	2	50	1.46
119771009--119771120	39	2.9	39	84	0	143	17	25	19	37	1.94
119781880--119781945	18	3.5	18	79	6	60	1	46	4	46	1.32
119786120--119786333	46	4.7	46	74	5	173	18	17	14	50	1.79
119786165--119786332	92	1.8	92	82	5	214	16	18	13	51	1.77
119786120--119786377	46	5.6	46	74	5	164	19	17	13	49	1.80
119789642--119789692	5	9.6	5	87	8	66	19	0	1	78	0.85
119789644--119789687	23	2.0	22	90	4	70	18	0	2	79	0.83
119789643--119789698	28	2.0	29	92	3	96	21	0	1	76	0.87
119797391--119797445	4	14.2	4	92	7	96	74	0	25	0	0.82
119804787--119804852	30	2.2	30	91	0	105	48	22	7	21	1.75
119807906--119808034	50	2.5	51	89	2	206	34	16	23	25	1.95
119808010--119808158	31	4.8	31	89	0	217	27	18	26	26	1.98
119808176--119808350	47	3.7	46	79	9	138	28	13	26	31	1.94
119808227--119808352	49	2.6	49	87	3	168	28	13	26	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119810476--119810516	22	1.9	21	85	5	55	26	0	7	65	1.18
119814755--119814797	19	2.2	20	87	4	61	30	18	4	46	1.69
119823272--119823356	44	1.9	44	90	0	134	28	22	25	23	1.99
119822947--119823370	227	1.9	225	83	4	557	32	18	21	28	1.96
119840784--119840853	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
119840822--119840889	35	2.0	33	86	13	95	27	2	19	50	1.62
119842194--119842260	34	1.9	35	90	3	109	43	11	10	34	1.76
119844053--119845056	503	2.0	497	97	1	1909	37	16	19	26	1.93
119846133--119846176	21	2.1	21	100	0	88	36	18	9	36	1.82
119847161--119847217	21	2.8	21	79	12	64	12	17	24	45	1.83
119847514--119847566	26	2.0	26	100	0	106	15	16	3	64	1.44
119858340--119858490	78	1.9	78	90	0	239	27	23	23	26	2.00
119863504--119864150	219	3.0	217	89	4	934	24	14	14	46	1.81
119877107--119877279	21	8.4	20	74	11	145	11	24	23	40	1.88
119877107--119877279	20	8.4	21	76	9	151	11	24	23	40	1.88
119877281--119882356	7	727.7	7	94	4	8881	13	0	42	43	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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The End!