genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53756177--53756232	19	2.9	19	76	10	60	12	30	23	33	1.92
53759459--53759634	46	3.8	46	78	15	209	20	20	29	29	1.98
53759456--53759625	93	1.8	93	96	0	313	21	20	29	28	1.98
53764674--53764744	27	2.6	27	88	0	106	26	21	12	39	1.89
53764681--53764810	66	2.0	66	87	3	190	30	18	10	40	1.85
53764747--53764842	27	3.6	27	84	0	129	31	22	7	38	1.82
53764767--53764988	27	8.2	27	75	5	126	38	22	6	31	1.79
53764744--53764870	54	2.4	54	79	0	146	33	21	7	37	1.81
53764821--53765044	54	4.1	54	74	5	166	41	20	7	30	1.80
53764845--53765073	83	2.8	82	75	4	221	40	19	8	31	1.82
53764821--53765050	27	8.4	27	73	9	126	40	20	7	31	1.81
53765067--53765168	27	3.8	27	72	10	73	38	19	19	22	1.94
53765975--53766044	25	2.8	25	91	0	113	25	22	24	27	2.00
53765975--53766057	25	3.4	24	83	8	96	28	20	24	26	1.99
53765975--53766069	50	1.9	50	80	8	113	27	22	24	26	2.00
53766264--53766409	31	4.7	31	92	0	231	28	16	25	29	1.97
53767449--53767688	94	2.6	94	96	0	453	38	20	12	29	1.88
53782897--53782960	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
53782995--53783234	94	2.6	94	97	0	453	38	20	11	28	1.88
53790442--53790774	94	3.5	94	98	0	630	39	20	11	29	1.87
53791778--53791818	21	1.9	21	85	5	55	9	17	2	70	1.25
53794456--53794775	27	11.8	27	75	6	162	37	20	9	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53794805--53794870	27	2.4	27	82	5	80	37	18	22	21	1.94
53795676--53795745	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
53795675--53795775	25	4.0	24	81	10	96	28	22	21	26	1.99
53795676--53795770	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
53795965--53796079	31	3.7	31	85	5	162	30	15	25	28	1.96
53799816--53799870	21	2.6	21	94	0	92	16	29	30	23	1.96
53801861--53801971	43	2.6	42	79	12	120	26	26	21	26	2.00
53803296--53803368	34	2.1	34	82	5	94	31	20	20	27	1.97
53807023--53807107	45	1.9	44	90	2	134	27	14	22	36	1.92
53811810--53812013	40	5.1	40	78	8	202	25	26	22	25	2.00
53818145--53818231	45	2.0	44	86	2	120	25	17	24	33	1.96
53820497--53820552	26	2.2	26	96	0	103	41	12	8	37	1.74
53830788--53830845	30	1.9	30	92	0	98	43	3	22	31	1.70
53832340--53832467	42	3.0	42	96	0	229	35	17	14	32	1.90
53832795--53832820	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
53834203--53834406	40	5.1	40	92	0	311	23	23	25	27	2.00
53840916--53840941	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
53842317--53842478	39	4.2	39	92	5	258	23	22	26	27	2.00
53844973--53845042	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
53845854--53845918	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
53845949--53846241	27	10.8	27	78	6	245	32	8	18	40	1.82
53846062--53846272	81	2.6	80	84	3	262	31	9	18	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53846063--53846272	54	3.9	52	81	6	213	31	10	18	40	1.84
53846271--53846387	27	4.3	27	90	4	173	38	6	25	29	1.82
53848639--53848784	31	4.7	31	95	0	258	28	26	17	28	1.97
53848814--53848941	42	3.0	42	93	0	202	34	17	14	33	1.90
53849089--53849158	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
53850064--53850354	27	10.7	27	79	5	210	32	8	19	39	1.82
53850072--53850387	54	5.8	53	77	7	226	32	9	18	39	1.83
53850175--53850387	81	2.6	81	85	1	302	30	9	20	38	1.84
53850150--53850354	27	7.6	27	83	3	245	30	7	21	40	1.80
53850386--53850475	27	3.3	27	87	6	119	38	6	25	28	1.81
53854012--53854187	46	3.8	45	77	10	176	21	18	28	31	1.97
53859559--53859728	41	4.2	40	74	18	152	28	27	21	22	1.99
53867877--53868046	41	4.2	40	74	18	152	28	27	21	22	1.99
53870617--53870788	68	2.6	64	76	11	177	30	15	26	27	1.96
53870774--53870914	50	2.8	50	85	3	194	26	19	25	29	1.98
53883899--53884049	43	3.5	42	79	8	137	29	25	19	25	1.98
53885703--53885733	12	2.6	12	100	0	62	45	25	0	29	1.54
53889298--53889442	47	3.1	46	88	3	186	27	31	8	33	1.86
53893129--53893441	40	7.8	40	89	1	450	28	29	20	22	1.98
53896263--53896750	47	10.4	47	97	0	868	33	8	28	30	1.86
53900395--53900471	22	3.4	22	71	16	66	28	31	6	33	1.83
53900362--53900512	47	3.3	46	85	3	180	29	30	6	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53907327--53907421	42	2.2	42	81	5	120	33	23	16	26	1.96
53907354--53907465	44	2.6	43	82	9	131	33	24	18	24	1.97
53911559--53911613	29	2.0	27	85	7	74	38	20	0	41	1.52
53917921--53918074	42	3.7	41	82	5	175	29	16	25	29	1.96
53917921--53918074	84	1.8	83	81	4	193	29	16	25	29	1.96
53923399--53923448	18	2.8	18	90	0	73	32	8	6	54	1.54
53925049--53925213	42	3.9	42	79	9	167	29	13	25	30	1.94
53929734--53929799	34	2.0	33	82	8	80	28	22	19	28	1.98
53935770--53935834	34	1.9	34	93	0	112	20	23	26	30	1.98
53938532--53938592	28	2.1	29	91	8	99	29	29	13	27	1.94
53938804--53938838	16	2.2	16	100	0	70	11	17	17	54	1.71
53940917--53940977	27	2.3	26	80	8	70	32	18	19	29	1.95
53945308--53945492	40	4.6	40	91	1	291	23	23	28	23	2.00
53947347--53947373	12	2.2	12	100	0	54	25	25	14	33	1.95
53956020--53956211	55	3.6	53	79	2	159	38	19	22	19	1.94
53956017--53956223	53	3.8	54	80	1	236	38	18	23	19	1.93
53960006--53960075	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
53960006--53960103	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
53968052--53968121	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
53968052--53968149	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
53971262--53971452	38	4.9	39	83	3	199	30	25	21	22	1.99
53971230--53971452	77	2.8	78	77	7	200	30	25	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53978073--53978278	52	3.8	52	75	6	180	37	18	24	19	1.94
53982565--53982602	20	1.9	20	100	0	76	31	21	18	28	1.97
53987954--53988185	49	4.7	50	77	3	218	31	26	17	24	1.97
53987954--53988183	100	2.3	98	81	3	255	31	26	17	24	1.97
53990145--53990362	40	5.5	40	90	4	311	22	23	28	25	1.99
53997271--53997361	46	2.0	46	100	0	182	39	21	7	30	1.82
53999583--53999620	19	2.0	20	90	10	62	36	5	0	57	1.21
54002832--54003015	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
54002832--54003012	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
54002913--54003062	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
54004498--54004621	59	2.1	58	81	14	139	37	4	3	55	1.35
54012633--54012676	20	2.3	19	84	4	52	50	4	4	40	1.43
54012640--54012676	20	1.9	20	88	5	58	51	2	5	40	1.39
54012639--54012682	20	2.4	18	79	17	54	54	2	4	38	1.33
54015511--54015623	43	2.6	43	73	15	115	25	25	19	29	1.99
54015595--54015813	48	4.6	48	88	2	314	26	28	18	26	1.98
54016198--54016282	42	2.0	42	97	0	161	31	21	8	38	1.83
54016404--54016447	20	2.3	19	84	4	52	27	22	0	50	1.50
54019397--54019499	36	2.8	36	80	2	116	30	25	15	29	1.96
54019399--54019532	36	3.7	35	76	12	110	28	26	14	30	1.95
54021553--54021583	10	3.0	10	90	9	53	29	0	0	70	0.87
54022352--54022523	48	3.6	48	90	0	272	24	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54023071--54023114	20	2.3	19	84	4	52	27	22	0	50	1.50
54024995--54025170	56	3.2	56	90	2	266	28	11	23	35	1.91
54035600--54035642	22	2.0	22	90	0	68	18	34	11	34	1.87
54037111--54037197	34	2.5	35	81	3	88	25	24	25	25	2.00
54038398--54038507	35	3.1	35	62	23	86	41	26	2	29	1.69
54038396--54038537	70	2.0	70	97	0	266	42	24	3	28	1.71
54038688--54039093	200	2.0	199	90	2	636	41	17	14	26	1.88
54041224--54041293	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
54041677--54041971	101	2.8	105	93	4	499	42	14	7	35	1.74
54041656--54041974	109	3.0	107	90	7	515	40	16	7	36	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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