genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27946958--27947128	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
27946950--27947125	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
27952911--27953091	40	4.6	40	90	2	267	22	21	30	25	1.99
27960902--27961082	40	4.6	40	90	2	267	22	21	30	25	1.99
27970441--27970558	44	2.7	44	81	1	148	23	16	27	32	1.96
27976853--27976913	32	1.9	32	100	0	122	32	9	18	39	1.83
27978754--27978864	46	2.4	46	92	3	179	56	4	13	25	1.56
27979505--27979569	32	2.0	33	88	5	98	36	7	20	35	1.81
27988765--27988983	40	5.4	40	83	1	233	22	25	24	27	2.00
27993744--27994151	47	8.7	47	92	2	622	32	7	30	28	1.86
27997553--27997604	20	2.6	20	96	0	95	19	32	28	19	1.96
28014142--28014323	65	2.8	64	79	8	210	29	17	30	23	1.97
28019810--28020027	40	5.5	40	91	1	332	23	22	27	26	1.99
28025063--28025232	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
28031421--28031587	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
28031421--28031587	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
28032411--28032456	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
28039384--28039550	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
28039384--28039550	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
28040376--28040421	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
28045842--28045889	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
28045933--28045991	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28046042--28046183	24	6.0	24	91	5	209	28	22	22	26	1.99
28046042--28046184	71	2.0	71	89	5	218	29	22	22	25	1.99
28046375--28046438	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
28050904--28050951	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
28050995--28051053	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
28051104--28051244	24	6.0	24	90	7	200	29	21	22	26	1.99
28051104--28051244	46	3.0	47	88	8	198	29	21	22	26	1.99
28051436--28051499	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
28056595--28056765	46	3.7	47	71	15	131	30	25	19	23	1.98
28056600--28056770	93	1.8	93	86	5	247	30	25	20	23	1.98
28060035--28060146	23	4.8	23	77	8	93	23	20	17	38	1.93
28065719--28065888	49	3.5	48	76	2	162	24	25	19	30	1.98
28065664--28065937	98	2.8	97	81	6	281	24	25	18	31	1.98
28070355--28070451	37	2.6	36	79	11	97	45	3	4	47	1.37
28071766--28071814	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
28072637--28072803	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
28079768--28079816	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
28080638--28080803	40	4.2	39	79	8	160	25	21	27	25	1.99
28082247--28082347	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
28090098--28090198	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
28090127--28090202	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
28091994--28092106	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28102395--28102506	40	2.8	40	85	5	149	25	23	26	25	2.00
28110417--28110542	40	3.2	40	86	0	189	23	22	26	27	1.99
28112591--28112656	28	2.3	29	86	2	89	33	21	1	43	1.62
28116589--28116795	80	2.6	80	82	6	231	26	21	27	25	2.00
28116588--28116795	40	5.2	39	83	4	202	26	21	26	25	1.99
28121993--28122089	37	2.5	38	81	6	124	26	22	28	21	1.99
28121940--28122089	77	1.9	78	84	8	198	25	22	28	23	1.99
28121940--28122122	40	4.7	40	77	8	162	24	24	28	23	2.00
28125534--28125669	40	3.4	41	82	8	145	27	16	26	29	1.97
28132742--28132934	28	6.9	28	84	0	242	30	27	12	30	1.93
28138101--28138240	40	3.5	40	82	11	171	26	15	29	28	1.96
28138101--28138257	40	3.9	39	79	9	140	26	15	27	29	1.96
28138142--28138258	41	2.9	41	84	5	123	26	14	28	30	1.95
28139108--28139266	79	2.0	79	96	0	291	23	25	29	21	1.99
28155046--28155181	40	3.4	40	80	8	125	27	16	26	29	1.97
28155064--28155181	40	2.9	41	82	8	143	28	16	26	27	1.97
28162274--28162478	28	7.3	28	88	2	277	30	29	12	27	1.93
28163466--28163514	23	2.1	23	92	0	80	24	14	14	46	1.81
28169073--28169187	40	2.9	39	86	2	122	26	20	28	24	1.99
28169089--28169225	40	3.5	39	88	5	170	24	21	29	24	1.99
28170604--28170635	16	2.0	16	93	0	55	21	9	43	25	1.82
28171505--28171565	17	3.6	17	77	0	59	34	27	18	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28171505--28171572	17	4.0	17	76	0	55	35	27	16	20	1.94
28176388--28176428	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
28176354--28176427	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
28177949--28178024	38	2.0	38	100	0	152	39	26	7	26	1.83
28178413--28178447	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
28179943--28179986	18	2.4	18	85	7	54	36	0	40	22	1.54
28180117--28180341	74	3.0	74	94	1	396	26	9	10	53	1.65
28180117--28180341	75	3.0	75	95	1	400	26	9	10	53	1.65
28180550--28180655	7	14.9	7	72	7	54	40	35	0	23	1.55
28180565--28180669	36	2.9	36	76	4	106	41	36	0	21	1.54
28180604--28180653	15	3.4	15	72	10	50	42	38	0	20	1.52
28180548--28180653	43	2.5	44	75	10	119	39	36	0	23	1.55
28180712--28180776	7	9.0	7	72	12	51	24	50	3	21	1.63
28180716--28180779	22	2.9	22	92	0	110	25	48	3	23	1.65
28180860--28180977	7	16.6	7	71	11	53	37	38	0	23	1.55
28180906--28180960	28	2.0	28	85	7	76	34	41	0	23	1.55
28180905--28180977	21	3.5	21	78	10	78	36	38	0	24	1.56
28181041--28181114	21	3.3	21	73	14	76	43	25	1	29	1.63
28181025--28181114	46	2.0	46	95	0	162	42	25	2	30	1.67
28180962--28181094	25	5.4	25	67	15	82	42	27	1	28	1.64
28181041--28181125	21	3.9	21	69	11	62	45	24	1	28	1.60
28181290--28181416	41	3.1	41	80	5	141	18	22	20	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28187244--28187465	40	5.6	40	87	6	267	22	23	28	24	2.00
28187284--28187498	78	2.7	79	83	5	265	23	24	27	23	2.00
28187244--28187498	40	6.5	39	84	6	261	23	24	28	23	2.00
28196666--28196800	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
28196612--28196801	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
28209607--28209755	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
28209648--28209755	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
28209922--28209963	21	2.0	22	90	4	68	47	26	0	26	1.52
28213522--28213596	37	2.0	37	100	0	150	46	24	8	21	1.77
28216367--28216402	8	4.5	8	92	0	54	47	11	25	16	1.79
28216656--28216762	29	3.8	27	78	13	108	26	14	33	26	1.94
28217802--28217835	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
28219261--28219406	43	3.4	43	77	11	129	32	25	17	24	1.97
28239228--28239711	48	10.0	48	95	0	860	34	5	28	31	1.81
28239851--28239959	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
28241344--28241376	17	1.9	17	100	0	66	9	36	36	18	1.82
28250618--28250787	40	4.3	40	87	2	229	25	25	22	26	2.00
28250618--28250787	79	2.2	79	86	4	227	25	25	22	26	2.00
28258637--28258814	40	4.5	40	88	2	261	25	26	23	24	2.00
28264713--28264795	43	1.9	43	92	4	141	28	24	24	22	1.99
28271761--28271886	43	2.9	43	84	2	137	34	25	15	24	1.95
28278046--28278542	54	9.3	54	74	7	334	38	21	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28278125--28278328	80	2.5	79	80	11	220	39	20	9	29	1.85
28278036--28278518	81	6.0	79	72	8	287	38	21	9	31	1.85
28278046--28278542	27	18.5	26	78	6	257	38	21	9	30	1.85
28278543--28278961	27	15.6	27	90	0	615	32	19	22	24	1.97
28279388--28279452	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
28279611--28279712	27	3.8	26	82	10	89	19	21	21	37	1.95
28279611--28279712	54	1.9	53	83	2	132	19	21	21	37	1.95
28279849--28280011	6	26.3	6	70	17	102	19	18	14	47	1.82
28279849--28279960	31	3.6	31	90	1	170	19	16	14	50	1.79
28279849--28280011	25	6.6	24	71	16	102	19	18	14	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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