genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  216  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64142266--64142317	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
64144821--64144882	31	2.0	31	100	0	124	32	22	19	25	1.97
64155037--64155179	71	2.0	71	98	0	277	55	11	15	16	1.68
64157439--64157614	46	3.8	46	74	16	175	21	19	29	29	1.98
64157435--64157605	93	1.8	93	92	2	290	21	19	29	28	1.98
64160521--64160600	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
64160512--64160599	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
64162980--64163151	45	3.8	46	73	19	164	20	18	29	31	1.96
64162976--64163142	90	1.8	90	89	6	266	21	17	29	30	1.97
64166165--64166348	40	4.6	40	84	2	244	24	25	23	26	2.00
64166129--64166348	80	2.8	80	84	5	261	25	25	23	25	2.00
64170797--64170905	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
64184974--64185060	34	2.5	34	79	5	86	29	19	26	24	1.98
64189686--64189710	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
64191181--64191235	26	2.1	26	96	0	101	21	14	21	41	1.89
64196747--64196785	20	2.0	20	84	0	51	7	30	20	41	1.80
64197284--64197322	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
64197760--64197874	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
64197785--64197874	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
64197980--64198044	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
64205131--64205169	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
64205605--64205719	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64205630--64205719	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
64205825--64205889	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
64206136--64206167	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
64222679--64222779	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
64228215--64228751	49	11.1	49	95	3	955	33	8	28	29	1.87
64228215--64228751	145	3.7	145	94	3	951	33	8	28	29	1.87
64228215--64228751	97	5.6	98	95	3	964	33	8	28	29	1.87
64228820--64228906	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
64231850--64231967	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64231818--64231981	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64238936--64239053	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64238904--64239067	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64241256--64241362	39	2.7	39	83	9	128	23	25	29	21	1.99
64241210--64241389	40	4.5	39	75	7	132	26	23	27	22	2.00
64249221--64249404	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64249261--64249449	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64257337--64257520	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64257377--64257565	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64259081--64259249	42	4.1	42	78	7	148	30	24	15	30	1.95
64264302--64264416	31	3.7	31	97	1	214	24	26	17	32	1.97
64272255--64272331	30	2.5	30	85	8	102	23	24	18	33	1.96
64272642--64272689	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64275464--64275639	56	3.1	56	90	0	262	30	14	22	32	1.93
64275464--64275670	112	1.8	112	81	4	256	28	14	23	33	1.94
64279953--64279984	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
64286176--64286227	27	1.9	27	84	0	68	23	25	21	30	1.99
64290904--64291036	45	3.0	44	78	8	119	36	23	17	23	1.95
64290945--64291036	44	2.1	45	85	2	123	36	22	17	22	1.94
64293630--64293796	42	4.0	41	74	6	138	32	25	14	27	1.95
64298294--64298412	60	2.0	61	80	6	134	25	26	20	28	1.99
64304055--64304122	25	2.6	26	69	4	66	52	17	2	26	1.58
64307176--64307209	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
64307196--64307247	19	2.7	18	88	11	77	48	15	9	26	1.76
64316977--64317483	27	18.7	27	84	0	627	25	13	19	41	1.88
64317791--64317839	18	2.7	18	80	0	53	22	14	14	48	1.79
64323786--64323957	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
64323778--64323953	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
64326328--64326392	15	4.4	15	84	9	89	61	12	15	10	1.56
64329334--64329505	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
64329326--64329501	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
64332277--64332443	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
64340273--64340439	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
64344116--64344153	15	2.5	15	86	0	58	18	10	15	55	1.68
64346920--64347059	50	2.8	50	90	1	210	27	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64356392--64356504	54	2.1	54	86	3	156	27	25	7	38	1.84
64356392--64356504	27	4.2	27	88	2	138	27	25	7	38	1.84
64356541--64356690	27	5.6	26	86	3	183	43	22	6	28	1.78
64356541--64356690	54	2.8	54	87	1	212	43	22	6	28	1.78
64356541--64356689	80	1.9	81	89	1	237	43	21	6	28	1.78
64356541--64356748	54	3.8	54	83	4	197	42	20	7	30	1.79
64356702--64356753	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
64357500--64357594	20	4.8	20	85	5	124	40	9	17	32	1.82
64357519--64357594	11	7.5	11	66	16	56	40	10	18	30	1.84
64357508--64357594	40	2.2	40	91	4	140	40	10	18	31	1.84
64357646--64357726	24	3.3	24	86	6	110	27	19	24	28	1.99
64357936--64357997	31	1.9	33	87	6	92	38	14	20	25	1.91
64375075--64375329	55	4.8	55	76	9	219	36	16	24	22	1.94
64375082--64375283	108	1.9	110	85	4	284	34	16	24	24	1.95
64377534--64377702	42	4.0	42	75	9	146	23	14	25	36	1.93
64384436--64384658	40	5.6	40	83	6	274	23	24	27	24	2.00
64392561--64392784	40	5.6	40	86	4	317	22	23	28	25	1.99
64392561--64392784	82	2.8	80	90	6	371	22	23	28	25	1.99
64410537--64410570	17	2.0	17	100	0	68	47	5	23	23	1.73
64415874--64416036	60	2.7	62	78	12	162	28	18	25	27	1.98
64421155--64421215	30	2.0	30	90	0	95	40	3	22	32	1.70
64421267--64421314	24	2.0	24	100	0	96	50	8	20	20	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64424164--64424259	48	2.0	48	91	4	158	23	11	15	48	1.77
64424528--64424586	9	6.4	9	80	3	64	23	3	18	54	1.59
64427177--64427281	39	2.7	39	83	1	102	27	22	27	21	1.99
64427191--64427328	40	3.5	39	83	4	145	25	23	28	21	1.99
64428703--64428768	28	2.4	28	97	0	123	33	33	0	33	1.58
64429922--64429975	21	2.5	22	76	8	58	66	3	24	5	1.29
64430040--64430090	18	2.8	17	82	11	66	62	0	25	11	1.29
64430171--64430204	18	1.9	18	88	5	52	58	8	23	8	1.56
64433934--64434245	49	6.4	49	94	0	489	32	8	29	30	1.87
64434314--64434400	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
64436594--64436681	27	3.3	27	91	1	142	34	18	22	25	1.96
64437035--64437098	27	2.3	26	76	10	65	25	21	25	28	1.99
64440175--64440296	46	2.6	47	81	5	138	26	23	13	36	1.93
64442496--64442702	24	8.6	24	96	0	360	21	17	24	36	1.94
64450055--64450176	46	2.6	47	81	5	138	26	23	13	36	1.93
64452203--64452264	28	2.2	28	94	0	106	27	24	25	22	2.00
64452203--64452274	28	2.6	27	84	8	99	26	25	25	23	2.00
64452250--64452354	33	3.4	34	75	15	93	28	23	20	27	1.99
64452286--64452349	27	2.3	26	76	10	65	28	25	21	25	1.99
64452505--64452591	27	3.3	26	78	9	86	37	18	21	21	1.94
64452727--64453058	27	12.4	27	88	2	436	22	21	21	34	1.97
64455571--64455618	21	2.2	21	96	3	87	33	8	33	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64455851--64456001	27	5.6	27	78	3	110	41	23	5	29	1.78
64456796--64456855	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
64461285--64461338	27	2.1	25	82	6	63	12	16	25	44	1.84
64461913--64461953	16	2.6	16	84	0	55	12	21	19	46	1.82
64466351--64466507	43	3.7	43	73	12	126	24	20	24	29	1.99
64470187--64470215	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
64471358--64471511	43	3.6	42	77	13	154	26	20	25	27	1.99
64471375--64471511	42	3.2	43	80	15	151	24	19	26	29	1.99
64472161--64472257	6	15.8	6	71	16	65	45	14	20	19	1.85
64472170--64472267	31	3.2	31	89	0	133	45	13	21	19	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378