genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  268  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80419803--80419847	23	1.9	23	86	13	65	42	17	0	40	1.50
80420126--80420343	43	5.1	43	83	4	269	29	27	16	25	1.97
80425456--80425481	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
80426298--80426342	18	2.6	18	82	3	56	15	35	28	20	1.93
80429237--80429572	48	7.0	48	94	0	564	35	6	27	30	1.82
80429617--80429761	37	3.9	37	93	0	245	22	19	33	24	1.97
80433358--80433443	39	2.2	39	83	4	102	46	20	4	27	1.71
80433378--80433453	39	1.9	39	86	5	109	44	22	6	26	1.77
80433509--80433661	67	2.3	67	85	3	191	40	18	7	32	1.80
80436620--80436667	6	7.5	6	86	9	60	83	2	0	14	0.74
80436637--80436673	15	2.5	15	91	8	58	83	2	0	13	0.74
80439342--80439405	32	2.0	32	96	0	119	51	6	14	28	1.66
80439780--80439962	96	1.9	96	93	0	312	18	19	19	42	1.89
80445059--80445092	16	2.1	17	88	5	52	17	14	14	52	1.74
80455146--80455338	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
80455176--80455338	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
80458214--80458246	9	3.7	9	91	0	57	36	0	30	33	1.58
80467016--80467069	27	2.0	27	100	0	108	33	14	7	44	1.73
80472845--80472875	15	2.1	15	93	0	53	35	12	19	32	1.90
80475116--80475178	24	2.6	24	97	0	117	33	26	17	22	1.96
80478988--80479018	6	5.3	6	92	7	55	83	0	0	16	0.64
80478983--80479018	11	3.2	11	88	7	54	83	0	2	13	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80479489--80479538	23	2.2	23	81	0	55	42	18	16	24	1.89
80491372--80491538	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
80491372--80491538	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
80492361--80492406	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
80499366--80499532	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
80499366--80499532	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
80500353--80500398	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
80508978--80509108	46	2.8	48	77	16	157	22	19	28	29	1.98
80514491--80514577	43	2.0	43	86	0	120	39	14	19	26	1.91
80514877--80515039	43	3.8	43	77	2	150	33	25	13	27	1.93
80520011--80520045	17	2.1	17	100	0	70	37	11	17	34	1.85
80522439--80522585	43	3.4	43	84	1	179	33	21	14	30	1.93
80523075--80523129	29	2.0	27	85	7	74	29	23	1	45	1.63
80524033--80524057	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
80526568--80526592	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
80528751--80528788	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
80531824--80532047	27	8.2	27	82	8	276	19	25	21	33	1.97
80531824--80532039	83	2.7	81	91	5	355	19	25	21	33	1.97
80533928--80534292	195	1.9	193	84	3	491	30	11	13	44	1.80
80534696--80534745	3	16.7	3	95	0	91	30	0	2	68	1.01
80536967--80537081	19	6.2	19	89	6	166	36	10	16	36	1.83
80543830--80543869	18	2.3	18	86	4	55	85	2	10	2	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80543828--80543874	19	2.6	17	73	26	51	82	2	10	4	0.88
80544734--80545227	44	11.2	44	74	8	355	30	16	23	28	1.97
80544734--80545109	175	2.1	175	87	2	531	30	17	23	28	1.97
80544864--80545212	132	2.6	132	92	0	563	31	16	23	27	1.96
80545174--80545915	206	3.6	206	89	1	1069	31	17	21	29	1.96
80546304--80546401	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
80546294--80546401	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
80548822--80549076	39	6.5	40	90	4	378	25	27	22	24	2.00
80548822--80549076	79	3.2	80	90	5	387	25	27	22	24	2.00
80548855--80549080	118	1.9	119	92	4	386	25	27	22	24	2.00
80556963--80557109	39	3.7	40	86	6	210	25	26	21	25	2.00
80563667--80563757	45	2.0	45	100	0	182	35	10	15	38	1.83
80565880--80565904	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80567507--80567634	39	3.3	39	89	0	202	31	21	26	21	1.98
80567506--80567660	78	2.0	76	86	5	213	30	21	27	21	1.98
80569997--80570123	46	2.7	46	84	7	150	29	20	29	20	1.98
80571136--80571230	41	2.3	41	94	0	163	18	23	42	15	1.89
80575028--80575154	48	2.6	48	83	0	164	26	24	24	24	2.00
80581977--80582174	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
80582011--80582174	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
80584077--80584295	48	4.7	48	74	10	182	26	21	23	29	1.99
80595141--80595193	25	2.1	25	85	0	70	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80596077--80596114	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
80613391--80613481	33	2.8	32	79	14	89	38	6	3	51	1.44
80614559--80614592	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
80615162--80615221	30	2.0	30	93	0	102	30	1	11	56	1.45
80615304--80615344	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
80618961--80618990	15	2.0	15	100	0	60	53	0	20	26	1.46
80627800--80627984	40	4.6	40	82	0	217	24	24	23	27	2.00
80631393--80631525	48	2.8	49	85	4	164	38	27	13	20	1.90
80631633--80631662	11	2.7	11	94	0	51	26	20	16	36	1.93
80636771--80636992	46	4.7	48	79	6	229	24	27	19	28	1.98
80636719--80636992	46	5.8	46	76	9	166	25	27	18	27	1.98
80648297--80648367	37	1.9	37	97	0	133	25	32	18	23	1.97
80648412--80649083	48	14.0	48	83	8	773	31	26	6	34	1.82
80648412--80649083	96	7.0	96	90	8	1055	31	26	6	34	1.82
80648412--80649083	144	4.7	144	87	8	1028	31	26	6	34	1.82
80648808--80648879	35	2.1	35	100	0	144	30	29	8	31	1.87
80648760--80649026	83	3.1	83	88	10	399	31	27	6	33	1.83
80648412--80649074	238	2.8	227	89	7	1002	31	27	6	34	1.83
80653885--80654003	46	2.6	46	85	2	150	25	28	16	29	1.97
80660784--80660870	45	1.9	45	95	0	156	37	26	12	22	1.90
80669622--80669718	27	3.6	27	91	0	149	38	20	13	27	1.90
80671798--80671927	48	2.7	48	82	0	170	33	29	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80673278--80673341	26	2.5	26	81	0	65	23	31	28	17	1.97
80674525--80674613	23	3.9	23	76	8	92	32	15	25	25	1.96
80674522--80674635	23	5.0	23	74	12	83	34	16	23	25	1.95
80674571--80674635	24	2.7	23	77	11	60	35	15	23	26	1.94
80684230--80684346	43	2.8	42	86	1	144	30	29	20	19	1.97
80687097--80687416	160	2.0	161	88	3	475	39	22	20	18	1.93
80687088--80687415	27	12.2	27	86	2	437	39	22	20	17	1.93
80687407--80687594	27	7.0	27	80	4	157	28	14	15	40	1.87
80687408--80687592	54	3.5	53	77	3	183	28	15	15	40	1.88
80689479--80689505	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
80696170--80696210	20	2.0	20	100	0	82	80	0	9	9	0.91
80696722--80696905	40	4.6	40	85	5	221	23	24	27	24	2.00
80700069--80700214	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
80700101--80700252	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
80702840--80702888	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
80703710--80703876	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
80710439--80710662	40	5.6	40	87	3	297	25	23	26	25	2.00
80710443--80710662	83	2.7	80	88	4	291	24	24	26	24	2.00
80712888--80713045	84	1.9	84	85	0	217	29	25	17	26	1.98
80712888--80713044	43	3.7	43	84	3	183	29	26	17	26	1.98
80714185--80714213	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
80717446--80717777	163	2.0	163	97	0	630	33	26	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80720415--80720585	27	6.4	27	89	1	247	25	15	17	41	1.89
80720415--80720584	53	3.2	54	88	3	254	25	15	17	41	1.88
80720415--80720627	54	4.0	54	81	8	202	25	17	17	39	1.91
80720518--80720623	27	3.9	26	75	18	83	28	19	16	35	1.93
80720903--80720950	18	2.7	18	83	0	69	22	20	10	45	1.81
80724146--80724191	20	2.3	20	88	0	65	17	26	32	23	1.97
80724287--80724412	27	4.7	27	80	0	135	26	14	17	42	1.87
80724740--80724777	18	2.1	18	90	0	58	23	15	10	50	1.75
80728514--80728581	21	3.1	21	65	19	57	41	26	11	20	1.87
80728501--80728591	45	2.0	45	91	0	146	38	25	13	23	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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