genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57473241--57473443	26	7.8	27	83	8	226	29	23	7	39	1.82
57473241--57473443	53	3.9	53	87	8	278	29	23	7	39	1.82
57473241--57473454	77	2.8	77	83	7	186	30	23	7	39	1.81
57473214--57473454	104	2.3	105	82	7	305	31	23	7	38	1.82
57473228--57473481	104	2.4	103	81	7	266	31	22	8	37	1.84
57474678--57474725	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57474769--57474827	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
57474878--57475044	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
57474878--57475045	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
57475236--57475299	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
57478075--57478225	27	5.7	27	87	2	191	41	19	7	31	1.79
57478209--57478269	27	2.3	27	91	0	104	39	21	9	29	1.85
57478248--57478400	25	6.0	24	74	19	84	28	23	10	37	1.88
57478273--57478474	25	7.8	27	83	10	244	29	22	7	40	1.82
57478248--57478474	51	4.4	52	82	12	249	29	23	8	38	1.84
57478279--57478474	77	2.5	75	82	11	245	29	21	8	40	1.82
57478273--57478485	104	2.1	104	85	7	283	30	23	7	39	1.82
57478273--57478518	104	2.4	106	82	8	256	29	22	8	39	1.84
57479709--57479756	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57479800--57479858	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
57479909--57480075	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
57479909--57480076	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57480267--57480330	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
57483134--57483283	27	5.7	27	87	3	191	42	20	6	31	1.78
57483134--57483354	54	4.1	54	78	7	202	40	20	8	31	1.81
57483267--57483341	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
57483333--57483537	26	7.8	27	82	10	246	29	22	7	40	1.81
57483306--57483537	53	4.4	52	84	9	251	30	22	7	38	1.83
57484723--57484770	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57484814--57484872	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
57484923--57485089	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
57484923--57485090	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
57485281--57485344	31	2.1	31	93	0	110	39	14	21	25	1.91
57489899--57489986	43	2.0	43	91	8	144	23	28	27	20	1.99
57500244--57500330	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
57500222--57500333	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
57502975--57503013	16	2.3	18	86	8	55	23	5	5	66	1.32
57506614--57506794	40	4.5	40	88	1	229	22	27	23	25	2.00
57509728--57509761	8	4.2	8	100	0	68	52	0	23	23	1.47
57514624--57514669	20	2.3	20	88	0	74	41	10	13	34	1.79
57514684--57514856	43	4.0	43	78	6	181	32	26	14	27	1.95
57515540--57515572	17	1.9	17	88	11	50	63	18	3	15	1.43
57523432--57523475	18	2.5	19	85	10	58	47	6	9	36	1.62
57527916--57527956	17	2.4	17	95	0	73	46	24	0	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57528728--57528904	31	5.7	31	95	0	311	29	26	15	28	1.96
57528928--57529103	42	4.2	42	96	0	307	33	18	15	32	1.92
57529251--57529320	25	2.8	25	82	4	88	28	24	22	24	1.99
57530248--57530333	29	3.1	27	77	14	86	36	5	15	43	1.70
57530311--57530461	27	5.6	27	87	0	194	29	7	21	42	1.79
57530228--57530461	54	4.3	54	78	2	207	30	7	20	41	1.80
57530226--57530488	27	9.7	27	79	5	154	31	8	19	41	1.81
57530335--57530494	54	3.0	53	81	3	194	30	10	20	39	1.86
57530335--57530494	81	2.0	81	83	4	207	30	10	20	39	1.86
57530496--57530646	27	5.6	27	85	2	196	38	5	25	31	1.78
57530496--57530663	27	6.2	27	86	2	194	37	6	25	30	1.81
57530498--57530646	54	2.8	54	90	2	228	38	4	24	31	1.76
57534961--57535118	45	3.6	45	90	5	216	27	28	20	23	1.99
57537575--57537738	39	4.2	40	91	3	262	23	21	27	27	1.99
57537575--57537738	79	2.1	78	91	3	267	23	21	27	27	1.99
57543311--57543536	40	5.7	40	89	5	291	25	26	20	27	1.99
57547045--57547114	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
57547045--57547126	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
57552133--57552298	40	4.2	40	91	2	246	22	21	27	28	1.99
57553769--57553906	47	3.0	47	92	1	224	44	13	13	28	1.82
57556067--57556181	57	2.0	57	91	0	185	30	25	18	26	1.98
57557821--57557990	40	4.2	40	90	1	227	27	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57564263--57564487	40	5.7	40	83	5	260	25	22	26	25	2.00
57564267--57564487	79	2.8	79	82	6	234	25	22	26	25	2.00
57569261--57569470	40	5.2	40	91	1	289	26	25	22	25	2.00
57572189--57572246	6	9.3	6	75	14	55	50	13	15	20	1.78
57572384--57572435	27	1.9	27	88	0	77	34	15	25	25	1.95
57572401--57572456	26	2.1	27	83	3	69	37	23	21	17	1.94
57572615--57572679	22	3.0	22	75	8	69	33	24	23	18	1.96
57573132--57573191	27	2.2	27	93	0	102	26	16	18	38	1.92
57579401--57579425	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
57588253--57588404	43	3.5	42	73	10	130	30	21	17	30	1.96
57588514--57588572	17	3.5	17	85	0	82	45	16	5	32	1.70
57598807--57598864	20	2.9	21	84	5	66	22	29	0	48	1.51
57611752--57611893	40	3.5	40	82	1	115	28	23	26	22	1.99
57611791--57611919	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
57617300--57617397	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
57624966--57625063	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
57626559--57626767	42	4.7	42	75	11	150	28	30	16	24	1.97
57626601--57626862	48	5.6	48	80	9	170	27	31	15	25	1.96
57626691--57626874	48	3.9	48	89	0	244	24	33	15	26	1.95
57626691--57626874	95	1.9	95	84	1	242	24	33	15	26	1.95
57634228--57634304	37	2.1	37	90	0	118	32	14	14	38	1.86
57638608--57638659	6	8.2	6	89	10	77	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57638608--57638662	13	4.4	12	82	13	58	81	0	0	18	0.68
57650777--57650820	11	4.0	11	85	8	63	79	2	0	18	0.83
57650777--57650820	15	2.7	15	86	13	61	79	2	0	18	0.83
57655282--57655444	39	4.2	39	92	0	254	24	32	20	22	1.98
57669363--57669431	29	2.4	29	97	0	129	21	24	30	23	1.99
57675164--57675199	3	12.0	3	100	0	72	0	0	33	66	0.92
57679395--57679470	34	2.2	34	100	0	152	47	7	15	28	1.74
57679742--57679802	24	2.7	22	77	7	68	72	3	3	21	1.14
57680116--57680206	13	7.2	12	78	18	78	64	1	3	30	1.16
57680117--57680216	15	6.4	17	69	20	58	64	1	3	32	1.16
57680152--57680216	19	3.8	17	76	13	71	67	1	1	29	1.09
57680148--57680210	24	2.7	23	83	7	83	68	1	1	28	1.08
57682686--57682737	25	2.0	25	82	10	61	21	15	23	40	1.91
57683983--57684076	12	7.9	12	65	11	50	21	37	6	35	1.79
57683984--57684083	24	4.2	23	90	8	148	20	38	5	37	1.74
57683986--57684082	47	2.0	49	92	4	162	20	38	5	36	1.75
57684749--57684779	15	2.1	15	100	0	62	19	19	29	32	1.96
57690561--57690613	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
57691867--57691961	12	7.9	12	66	13	52	23	37	9	29	1.86
57691875--57691961	24	3.6	24	93	0	138	25	37	8	28	1.84
57706765--57706799	18	1.9	18	88	11	54	54	28	8	8	1.60
57707324--57707450	55	2.3	55	81	5	141	28	26	27	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57709421--57709504	40	2.0	42	82	13	104	30	1	1	66	1.07
57709472--57709512	13	3.2	13	85	0	55	26	0	0	73	0.84
57711974--57712171	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
57712040--57712157	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
57712008--57712171	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
57719545--57719742	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
57719611--57719728	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
57719579--57719742	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
57727909--57728076	40	4.2	40	79	6	171	26	22	26	25	2.00
57730969--57731183	40	5.4	40	88	2	315	25	23	28	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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