genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  135  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38412063--38412227	40	4.2	40	78	9	162	26	22	27	24	2.00
38420098--38420206	38	2.8	40	84	8	143	22	23	29	23	1.99
38420058--38420222	40	4.2	40	78	9	162	26	22	27	24	2.00
38422087--38422257	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
38422079--38422259	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
38424623--38424711	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
38424623--38424702	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
38424634--38424711	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
38433707--38433836	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
38433723--38433874	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
38433723--38433872	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
38436779--38436946	40	4.2	40	80	4	169	24	27	23	24	2.00
38438715--38439063	185	1.9	186	86	3	506	22	26	26	24	2.00
38442414--38442585	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
38442406--38442581	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38444442--38444587	43	3.4	43	83	1	184	21	18	20	39	1.92
38444442--38444606	43	3.8	42	82	8	179	22	18	19	39	1.93
38453824--38454111	48	6.0	48	79	2	317	27	18	28	26	1.98
38453824--38454107	96	2.9	96	88	1	408	27	17	28	26	1.98
38465656--38465777	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
38465879--38466141	49	5.4	49	96	0	447	29	33	9	28	1.88
38469439--38469747	29	10.7	29	98	0	582	23	31	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38471834--38471955	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
38472057--38472320	49	5.4	49	97	0	456	29	32	9	28	1.88
38475685--38475911	29	8.1	29	95	4	398	23	32	16	27	1.96
38478004--38478094	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
38478189--38478495	49	6.4	49	94	3	500	29	32	8	28	1.87
38478189--38478495	97	3.2	96	93	3	496	29	32	8	28	1.87
38478189--38478495	146	2.1	142	93	2	524	29	32	8	28	1.87
38481797--38482134	29	11.7	29	98	0	631	23	31	17	27	1.97
38484222--38484343	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
38484445--38484708	49	5.4	49	96	0	456	29	33	9	28	1.88
38488121--38488196	39	1.9	39	89	0	116	28	15	23	31	1.96
38488115--38488196	13	6.3	13	82	0	92	26	14	25	32	1.95
38488339--38488393	24	2.3	24	84	6	67	30	23	12	32	1.92
38488352--38488411	24	2.5	23	76	10	57	31	21	11	35	1.90
38490657--38490720	29	2.2	29	86	5	85	48	3	9	39	1.51
38491895--38491924	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
38493511--38493633	47	2.6	47	82	0	156	25	24	17	32	1.97
38497953--38498016	19	3.4	19	74	8	76	35	17	6	40	1.75
38497949--38498027	38	2.1	38	100	0	158	34	17	5	43	1.71
38498020--38498117	51	2.0	48	88	9	146	35	22	8	33	1.84
38500198--38500238	20	2.0	20	95	0	73	26	31	31	9	1.89
38503912--38503947	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38504228--38504254	9	3.0	9	100	0	54	22	0	22	55	1.44
38504480--38504507	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
38508986--38509157	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	28	1.98
38508996--38509165	46	3.7	46	79	7	200	20	20	29	29	1.98
38509271--38509314	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
38514452--38514627	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
38514448--38514619	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
38517701--38517925	49	4.5	50	84	2	301	25	18	26	29	1.98
38522909--38522945	5	7.4	5	100	0	74	78	0	0	21	0.75
38525791--38526009	80	2.7	80	81	5	228	22	26	24	26	2.00
38525831--38526010	40	4.5	40	81	6	195	23	26	24	26	2.00
38533861--38534079	80	2.7	80	81	5	228	22	26	24	26	2.00
38533901--38534080	40	4.5	40	81	6	195	23	26	24	26	2.00
38539166--38539220	27	2.0	27	82	0	65	23	34	27	14	1.94
38545721--38545766	13	3.3	14	79	14	51	34	0	0	65	0.93
38555534--38555635	27	3.8	28	92	2	156	33	20	25	20	1.97
38555534--38555640	55	2.0	54	88	5	162	34	19	25	20	1.96
38556856--38556910	25	2.3	23	73	17	58	61	0	36	1	1.06
38558287--38558311	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
38559027--38559387	46	7.8	45	78	7	323	26	20	29	22	1.99
38559046--38559335	138	2.1	138	90	1	465	26	21	29	22	1.99
38560317--38560342	13	2.0	13	100	0	52	38	23	38	0	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38570154--38570224	35	2.0	35	100	0	142	25	8	33	32	1.86
38571140--38571164	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
38577288--38577333	18	2.6	18	82	0	56	26	34	23	15	1.94
38578840--38578900	30	2.0	30	96	0	113	29	11	19	39	1.87
38585060--38585096	6	5.4	7	90	9	51	21	0	0	78	0.75
38585064--38585106	11	3.9	11	82	17	54	23	0	0	76	0.78
38585060--38585106	16	2.8	17	84	15	62	23	0	0	76	0.78
38593807--38593858	19	2.8	18	82	5	59	30	7	17	44	1.77
38596519--38596679	29	5.6	29	93	0	259	26	32	14	26	1.95
38596461--38596679	87	2.5	87	82	2	244	26	33	15	25	1.95
38604350--38604449	27	3.5	28	89	5	130	27	13	28	32	1.93
38604380--38604461	27	3.0	27	87	5	76	28	14	25	31	1.95
38612170--38612269	27	3.5	28	84	5	94	29	13	26	32	1.93
38612194--38612268	27	2.7	27	89	2	105	29	13	24	33	1.93
38613961--38614039	25	3.3	25	63	22	69	32	10	27	29	1.89
38614035--38614110	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38613914--38614146	47	5.0	47	92	0	367	32	11	29	26	1.91
38614125--38614308	98	1.9	96	89	4	289	34	6	27	30	1.82
38614124--38614308	48	3.8	48	87	5	282	34	6	27	31	1.82
38614454--38614562	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
38616413--38616633	51	4.4	51	81	1	185	28	27	17	26	1.98
38616507--38616636	50	2.6	51	85	1	172	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38616478--38616649	51	3.4	51	81	0	193	30	26	17	25	1.97
38618601--38618785	79	2.3	81	85	7	245	26	27	22	24	2.00
38618601--38618785	40	4.7	40	84	7	243	26	27	22	24	2.00
38629657--38629687	14	2.2	14	94	0	53	35	32	9	22	1.87
38637182--38637211	16	1.9	16	93	6	53	60	10	0	30	1.30
38637176--38637214	15	2.4	16	83	12	53	61	7	0	30	1.24
38640058--38640103	23	2.0	23	95	0	83	32	19	4	43	1.71
38640115--38640197	40	2.1	40	81	0	94	30	27	18	24	1.98
38641748--38641811	31	2.1	31	100	0	128	37	21	0	40	1.54
38642003--38642029	14	1.9	14	100	0	54	37	18	14	29	1.91
38645172--38645197	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
38648031--38648073	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
38649093--38649125	16	2.1	16	100	0	66	30	12	21	36	1.90
38650285--38650344	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
38655343--38655571	46	4.9	48	79	10	219	24	31	17	27	1.97
38655438--38655612	46	3.8	45	77	8	163	25	28	18	27	1.98
38663044--38663168	47	2.7	49	80	12	145	24	32	16	27	1.96
38663138--38663308	46	3.7	44	76	12	139	25	28	18	28	1.98
38665720--38665826	56	1.9	55	94	1	187	38	8	11	42	1.71
38669662--38669703	16	2.5	17	80	11	50	11	7	4	76	1.15
38669671--38669716	24	1.9	24	82	8	58	10	4	6	78	1.08
38669655--38669725	9	7.9	9	73	10	56	12	4	4	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38669715--38669808	22	4.2	22	69	16	59	39	1	3	56	1.22
38669833--38669908	37	2.1	36	85	4	100	42	0	2	55	1.14
38669887--38669913	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
38669833--38669913	36	2.2	37	82	8	94	43	0	2	54	1.13
38669872--38669913	23	1.9	22	85	9	59	45	0	2	52	1.13
38669965--38670012	20	2.3	21	86	10	64	22	6	0	70	1.09
38670097--38670157	18	3.3	17	74	24	52	14	6	3	75	1.13
38670244--38670341	34	2.8	33	78	17	101	35	1	4	59	1.23
38670246--38670354	37	3.1	36	79	7	118	34	1	4	58	1.29
38670426--38670464	20	2.1	19	90	9	62	30	5	5	58	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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