genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66966883--66967058	46	3.8	45	79	10	203	21	21	28	28	1.98
66966879--66967050	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
66972736--66972765	15	2.0	15	100	0	60	26	6	6	60	1.47
66989173--66989273	28	3.5	28	83	6	105	30	26	12	29	1.93
66991150--66991243	28	3.4	28	89	0	143	18	39	19	23	1.92
66992269--66992552	48	5.9	48	78	4	259	25	27	17	28	1.98
66994611--66994794	40	4.6	39	82	7	185	26	26	22	25	2.00
66998969--66998998	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
67011800--67011963	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
67017649--67017746	30	3.3	30	72	4	81	27	25	16	30	1.96
67019600--67019850	27	9.3	27	85	2	218	39	21	7	31	1.82
67019774--67020228	27	16.9	27	85	2	486	29	23	8	38	1.84
67020085--67020247	81	2.0	81	81	0	191	33	22	7	36	1.83
67019595--67020319	27	26.8	27	81	4	134	34	21	8	36	1.83
67020381--67020445	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
67021603--67021650	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67021694--67021753	20	3.0	20	90	0	102	36	11	20	31	1.88
67021803--67021945	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	27	1.99
67021803--67021945	47	3.0	47	89	5	198	28	21	22	27	1.99
67021803--67021946	71	2.0	72	87	4	211	29	21	22	27	1.99
67022137--67022231	31	3.1	31	95	0	163	38	14	21	25	1.91
67027926--67027973	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67033281--67033313	12	2.8	12	95	0	57	6	3	6	84	0.84
67033687--67033737	14	3.6	14	81	0	57	43	3	33	19	1.70
67037860--67037956	30	3.2	30	73	2	88	30	13	25	29	1.94
67042066--67042113	20	2.4	20	82	6	62	27	16	20	35	1.94
67043800--67043845	20	2.3	20	88	0	65	36	13	28	21	1.91
67043800--67043846	10	4.7	10	83	0	58	36	12	29	21	1.91
67046459--67046506	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
67046453--67046512	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
67048358--67048454	30	3.2	30	70	8	81	27	14	28	28	1.95
67050554--67050638	30	2.8	29	83	13	109	14	22	0	63	1.30
67050589--67050644	18	3.1	18	79	5	60	8	19	1	69	1.24
67050614--67050638	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
67050710--67050763	16	3.5	14	82	14	54	3	16	1	77	1.00
67052194--67052290	30	3.2	30	74	8	99	26	14	30	27	1.95
67052320--67052383	21	3.2	20	78	12	60	26	14	37	21	1.92
67056239--67056379	43	3.3	41	77	6	129	27	17	25	29	1.98
67057946--67057993	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
67058422--67058469	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
67062720--67062801	31	2.5	33	80	7	98	45	13	12	29	1.80
67074499--67074560	12	5.2	12	82	3	72	17	22	0	59	1.37
67074493--67074560	35	1.9	36	85	8	95	16	23	0	60	1.36
67074658--67074699	14	2.9	15	79	10	52	0	19	4	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67079877--67080056	27	6.7	27	88	1	238	41	20	7	31	1.79
67079877--67080100	81	2.8	80	84	3	279	40	20	8	31	1.81
67080078--67080371	27	10.9	27	88	2	360	27	23	9	39	1.85
67079872--67080488	27	22.8	27	82	5	192	34	21	8	35	1.84
67080039--67080416	81	4.7	81	79	3	213	30	23	8	37	1.85
67080441--67080496	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
67080550--67080614	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
67081772--67081819	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67081863--67081921	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
67081972--67082114	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
67081972--67082114	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
67081972--67082115	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
67082306--67082397	30	3.1	31	93	4	154	39	15	21	23	1.92
67085115--67085293	27	6.7	27	87	3	229	40	20	7	31	1.79
67085115--67085336	80	2.8	80	84	5	261	40	19	8	31	1.81
67085276--67085338	27	2.3	27	88	0	99	38	19	11	31	1.86
67085315--67085633	27	11.8	27	84	4	268	28	22	8	39	1.84
67085315--67085623	81	3.8	81	83	6	349	28	22	8	40	1.84
67085315--67085608	54	5.4	54	84	4	360	27	22	9	40	1.84
67085585--67085671	27	3.2	27	79	8	88	40	25	6	27	1.81
67085276--67085653	81	4.7	81	78	3	204	30	22	8	37	1.85
67085678--67085733	27	2.1	26	83	9	69	39	10	10	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67085787--67085846	27	2.3	26	80	8	68	36	18	25	20	1.94
67085787--67085850	26	2.4	26	82	7	76	35	18	25	20	1.95
67087003--67087049	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
67087093--67087151	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
67087202--67087320	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
67087202--67087320	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
67087512--67087606	31	3.1	31	93	0	154	38	15	21	24	1.92
67088632--67088683	27	2.0	26	82	10	63	34	1	19	44	1.62
67096341--67096511	93	1.8	92	93	3	299	28	29	20	21	1.98
67096334--67096507	46	3.8	46	78	14	205	29	29	20	20	1.98
67103531--67103647	38	3.0	40	91	7	197	22	31	21	24	1.98
67110140--67110317	40	4.4	40	85	4	216	23	26	24	26	2.00
67110140--67110317	79	2.2	81	84	4	227	23	26	24	26	2.00
67115115--67115245	46	2.8	46	90	0	208	21	21	28	29	1.98
67120801--67120912	27	4.2	26	83	7	134	37	22	24	16	1.93
67130866--67130898	14	2.4	14	100	0	66	54	21	0	24	1.45
67132545--67132579	12	3.0	12	87	4	54	28	11	0	60	1.32
67134048--67134158	27	4.1	27	84	9	138	39	21	23	15	1.91
67139911--67139935	12	2.1	12	100	0	50	28	8	8	56	1.57
67143282--67143331	3	17.0	3	84	12	50	30	8	0	62	1.24
67143270--67143312	9	5.1	8	83	16	52	23	2	2	72	1.08
67143510--67143541	16	2.0	16	93	0	55	53	9	0	37	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67145901--67145952	26	2.0	27	82	17	65	26	0	3	69	1.06
67147280--67147344	20	3.2	20	71	0	58	15	18	24	41	1.89
67151105--67151212	29	3.8	29	79	8	105	26	15	28	28	1.96
67154881--67155017	27	5.1	27	84	5	152	37	14	21	27	1.92
67158617--67158797	40	4.6	40	79	8	176	23	28	24	24	2.00
67158648--67158797	77	1.9	80	85	6	209	23	28	22	25	1.99
67165257--67165366	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
67165257--67165406	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
67169863--67170078	40	5.5	40	76	12	135	24	28	23	24	2.00
67169889--67170079	40	4.8	39	79	7	172	23	28	23	24	1.99
67169929--67170079	78	1.9	80	83	5	200	23	28	22	25	1.99
67179683--67179775	29	3.2	29	89	0	132	37	22	16	23	1.93
67183128--67183188	29	2.1	29	100	0	122	55	19	6	18	1.63
67184644--67184682	13	3.2	12	86	13	53	35	0	5	58	1.20
67185835--67185908	37	2.0	37	100	0	148	29	18	10	40	1.85
67189230--67189417	6	30.8	6	75	15	163	47	15	18	18	1.82
67189241--67189389	37	3.9	39	80	11	150	46	16	19	16	1.84
67189296--67189354	23	2.5	24	83	5	75	45	15	20	18	1.85
67189225--67189417	25	7.8	25	75	13	138	47	15	18	18	1.83
67189241--67189389	19	7.8	19	77	14	148	46	16	19	16	1.84
67189536--67189587	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
67189520--67189673	67	2.3	67	98	0	299	31	22	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67189899--67190305	27	15.3	27	84	3	486	24	19	20	35	1.96
67189917--67190243	107	3.1	106	88	4	455	24	20	19	35	1.96
67190379--67190509	55	2.4	54	78	8	131	31	9	21	37	1.86
67190425--67190497	28	2.7	27	93	2	119	31	6	20	41	1.79
67190378--67190509	28	4.8	28	76	15	107	31	9	21	37	1.86
67190310--67190727	27	15.4	27	82	4	349	37	8	22	32	1.83
67190706--67190880	54	3.3	52	75	9	172	32	9	20	38	1.85
67190721--67190873	27	5.7	26	74	12	96	31	9	20	38	1.85
67198250--67198317	23	2.8	24	80	6	66	27	25	20	26	1.99
67198259--67198335	26	3.2	25	78	8	70	29	24	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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