genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16230651--16230801	54	2.8	54	84	2	151	29	9	19	41	1.82
16230649--16230801	81	1.9	81	85	5	211	30	9	18	41	1.82
16230678--16230801	27	4.6	27	83	2	160	30	7	19	42	1.78
16230785--16230855	27	2.7	26	75	4	70	30	7	25	36	1.83
16230678--16230801	54	2.3	54	91	0	194	30	7	19	42	1.78
16233680--16233718	3	13.0	3	83	0	51	71	0	25	2	0.98
16235313--16235347	17	1.9	19	88	11	56	51	0	20	28	1.47
16235924--16235986	31	2.0	31	100	0	126	34	3	15	46	1.62
16236765--16236813	22	2.2	22	85	7	64	30	30	24	14	1.94
16245126--16245179	22	2.4	22	93	3	81	38	24	12	24	1.90
16245132--16245179	22	2.2	22	100	0	96	39	22	14	22	1.91
16245841--16245909	33	2.1	33	91	0	111	42	2	7	47	1.46
16247522--16247572	24	2.1	24	85	7	68	29	7	0	62	1.23
16247520--16247718	17	11.4	17	67	21	76	34	4	3	58	1.32
16247593--16247720	8	15.5	8	65	26	54	35	3	3	57	1.33
16247605--16247642	19	1.9	19	89	5	58	34	5	5	55	1.45
16247546--16247658	52	2.2	53	79	9	117	37	3	2	56	1.30
16247681--16247718	3	13.0	3	83	5	51	34	0	0	65	0.93
16248960--16248984	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
16249141--16249183	20	2.1	21	87	12	63	67	4	6	20	1.33
16250069--16250107	18	2.1	19	90	4	62	41	5	5	48	1.47
16254532--16254639	26	4.2	26	95	0	198	29	6	26	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16256130--16256182	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
16263248--16263596	38	9.1	38	88	1	509	22	22	24	30	1.99
16263594--16263705	43	2.6	43	94	0	188	13	26	30	29	1.94
16263594--16263718	43	2.9	43	91	0	178	14	24	31	29	1.95
16273057--16273394	119	2.8	119	89	0	480	32	15	19	32	1.93
16283812--16283930	25	4.8	25	82	4	132	30	21	21	26	1.98
16283811--16283930	50	2.4	49	84	2	150	30	21	21	26	1.99
16286645--16286800	42	3.7	43	78	10	151	31	27	17	23	1.97
16286645--16286800	86	1.8	84	81	8	190	31	27	17	23	1.97
16293881--16294024	40	3.6	40	82	3	130	27	23	27	21	1.99
16293919--16294047	40	3.2	39	83	6	143	24	23	27	24	2.00
16301817--16301983	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
16311593--16311623	13	2.4	13	94	0	53	58	3	0	38	1.15
16321463--16321613	40	3.8	39	84	2	151	23	27	23	26	2.00
16321463--16321613	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
16329464--16329593	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
16329480--16329631	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
16329480--16329631	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
16332390--16332470	41	2.0	40	87	2	117	58	11	7	23	1.58
16333367--16333408	21	2.0	20	86	4	57	47	16	7	28	1.73
16339156--16339210	17	3.4	17	70	14	53	10	40	30	18	1.85
16343406--16343529	43	2.9	43	84	1	169	32	22	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16348234--16348346	43	2.6	43	91	2	174	27	26	18	27	1.98
16349473--16349501	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
16354673--16354754	43	1.9	43	82	5	103	31	20	17	30	1.95
16366193--16366237	18	2.6	18	89	3	65	22	28	33	15	1.95
16371666--16372009	131	2.6	129	75	4	303	28	18	17	35	1.94
16375796--16375862	31	2.2	31	97	0	125	50	14	7	26	1.70
16389796--16389852	26	2.2	26	87	0	78	35	21	24	19	1.96
16398849--16398940	40	2.3	38	81	10	96	29	26	16	28	1.97
16399264--16399297	9	3.9	9	96	3	61	64	23	0	11	1.26
16399264--16399297	17	1.9	17	94	5	59	64	23	0	11	1.26
16405059--16405284	113	2.0	113	99	0	443	35	5	15	43	1.70
16406983--16407386	46	9.0	46	89	5	551	22	23	15	38	1.92
16407299--16407374	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
16407423--16407555	54	2.4	54	81	11	144	32	24	17	26	1.97
16409517--16409568	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
16412405--16412761	46	8.0	45	88	6	476	22	22	15	39	1.91
16412405--16412760	137	2.6	135	89	3	515	22	23	14	39	1.91
16412674--16412749	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
16415975--16416076	30	3.5	30	82	10	129	29	26	13	30	1.94
16423726--16423856	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
16423725--16423856	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
16433351--16433464	30	4.0	29	83	5	99	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16433363--16433493	30	4.5	30	84	8	162	28	25	13	32	1.94
16433362--16433493	58	2.3	59	82	5	169	28	25	13	32	1.94
16435401--16435452	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
16438294--16438697	46	9.0	46	93	4	671	23	23	15	38	1.92
16438610--16438685	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
16445181--16445278	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
16448291--16448342	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
16449258--16449380	43	2.9	43	82	9	153	24	17	28	29	1.98
16450400--16450575	46	3.8	45	80	7	201	21	21	27	29	1.98
16474352--16474401	21	2.5	20	81	12	57	42	18	2	38	1.61
16484060--16484106	24	2.0	24	100	0	94	8	34	42	14	1.77
16485581--16485631	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
16485591--16485633	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
16485843--16485873	14	2.2	14	100	0	62	12	16	0	70	1.16
16491276--16491312	9	3.8	10	80	20	51	83	0	13	2	0.74
16491275--16491332	17	3.2	18	87	7	82	84	0	12	3	0.74
16492192--16493030	44	19.1	44	76	9	748	31	17	24	26	1.97
16492192--16493032	132	6.4	132	95	0	1468	31	17	24	26	1.97
16493612--16493690	19	4.2	19	88	9	117	40	8	15	35	1.78
16493602--16493689	36	2.4	35	82	17	117	40	9	14	35	1.78
16493900--16493930	14	2.2	14	100	0	62	12	16	0	70	1.16
16496809--16496849	19	2.2	18	86	4	55	63	4	7	24	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16500671--16500800	43	3.0	42	76	7	136	29	26	13	30	1.94
16505720--16505925	42	4.8	42	73	11	134	28	24	19	27	1.99
16505776--16505959	85	2.2	84	90	1	278	30	23	19	26	1.98
16513109--16513229	41	2.9	41	81	9	147	29	26	19	23	1.98
16513072--16513240	43	4.0	42	80	7	189	28	27	18	24	1.98
16517701--16517738	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
16526024--16526096	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
16527413--16527464	24	2.2	24	82	6	61	9	13	0	76	1.01
16534099--16534171	29	2.5	29	93	0	119	27	30	15	27	1.96
16539864--16539893	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16550055--16550097	17	2.5	17	80	3	50	69	2	6	20	1.23
16552878--16552906	15	1.9	15	100	0	58	55	10	6	27	1.59
16554658--16554866	111	1.9	109	85	5	287	10	29	4	55	1.54
16563915--16564175	46	5.7	44	74	12	195	29	20	28	21	1.98
16563912--16564176	138	1.9	138	87	3	390	29	20	28	21	1.98
16572039--16572087	23	2.1	23	92	0	80	28	20	16	34	1.94
16572047--16572121	23	3.0	25	78	5	64	29	21	17	32	1.96
16579455--16579488	13	2.6	13	100	0	68	17	47	29	5	1.71
16581436--16581477	21	2.0	20	86	13	59	14	2	4	78	1.01
16582756--16582792	18	1.9	18	89	10	56	5	5	35	54	1.47
16583896--16584163	91	3.0	89	81	7	274	32	27	13	26	1.94
16585986--16586034	23	2.1	23	85	7	64	44	6	4	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16587891--16587930	18	2.2	19	86	8	57	20	25	37	17	1.94
16591924--16591991	33	2.2	32	84	12	88	11	35	29	23	1.90
16591978--16592017	18	2.2	18	95	0	71	12	35	30	22	1.91
16601344--16601378	16	2.2	16	89	0	52	2	20	0	77	0.90
16602478--16602520	21	2.0	21	90	0	68	32	6	37	23	1.82
16604851--16604880	12	2.5	12	94	0	51	33	40	20	6	1.78
16608651--16608711	28	2.2	28	93	0	104	50	11	4	32	1.60
16609801--16609842	14	3.1	13	78	21	50	52	2	9	35	1.47
16625576--16625680	55	1.9	54	90	1	165	33	34	17	15	1.91
16628946--16629117	40	4.3	40	90	0	256	26	30	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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