genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  299  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90556907--90557006	48	2.1	49	84	1	130	38	9	18	35	1.82
90559530--90559697	40	4.2	40	82	1	176	24	26	22	26	2.00
90564943--90565004	27	2.3	27	88	5	90	38	37	6	17	1.76
90566392--90566462	6	11.7	6	89	3	97	56	1	0	42	1.08
90567399--90567438	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
90567499--90567613	27	4.3	26	83	7	133	36	22	23	17	1.95
90567499--90567613	54	2.1	54	85	4	153	36	22	23	17	1.95
90569230--90569339	26	4.2	26	90	6	161	37	23	3	35	1.73
90569675--90569722	20	2.4	18	78	18	51	47	18	0	33	1.49
90575629--90575724	27	3.4	27	80	12	97	41	34	5	18	1.73
90577120--90577155	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
90577820--90577862	22	2.0	22	100	0	86	32	0	20	46	1.51
90579493--90579789	39	7.7	39	90	3	415	30	28	21	19	1.97
90579862--90579943	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90
90585604--90585661	27	2.1	27	93	0	98	32	25	8	32	1.86
90585769--90585859	28	3.2	28	83	13	116	21	23	23	31	1.98
90586308--90586348	19	2.2	19	86	0	55	17	0	7	75	1.02
90588967--90589221	37	6.7	39	91	5	398	29	30	21	18	1.97
90588967--90589221	76	3.3	77	89	7	403	29	30	21	18	1.97
90589294--90589375	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90
90594983--90595070	32	2.8	31	74	5	86	52	17	3	27	1.60
90599518--90600128	305	2.0	305	99	0	1195	40	19	11	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90603818--90603900	26	3.2	26	94	3	141	33	4	24	37	1.77
90605378--90605425	24	2.0	25	83	4	62	39	20	14	25	1.91
90611197--90611348	40	3.8	40	86	5	184	24	23	27	25	2.00
90611197--90611388	40	4.8	40	82	6	160	23	22	27	25	2.00
90614075--90614159	26	3.3	26	96	0	152	32	4	24	37	1.76
90615999--90616063	32	2.0	34	85	11	91	24	18	26	30	1.98
90617911--90618062	40	3.8	40	86	5	184	25	24	26	23	2.00
90626203--90626239	16	2.2	17	86	13	51	62	5	0	32	1.18
90626691--90626717	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
90627141--90627171	16	1.9	16	93	0	53	29	12	22	35	1.91
90631003--90631043	20	2.0	20	100	0	82	51	9	14	24	1.72
90636167--90636276	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
90636167--90636316	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
90648469--90648577	39	2.8	40	82	2	139	26	22	26	23	2.00
90656511--90656620	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
90656511--90656660	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
90658467--90658558	27	3.4	26	78	11	96	27	23	8	40	1.84
90658561--90658687	54	2.4	54	82	5	141	42	21	10	25	1.84
90658590--90658686	27	3.6	26	77	13	90	43	22	8	25	1.81
90659648--90659717	25	2.8	24	91	4	104	24	28	24	22	1.99
90659647--90659730	25	3.4	24	83	8	98	27	25	23	23	2.00
90659865--90659956	42	2.2	42	90	3	141	29	13	21	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90659980--90660058	31	2.5	31	91	0	131	30	17	24	27	1.97
90660042--90660117	29	2.6	29	89	0	116	32	25	22	19	1.97
90661209--90661358	55	2.7	55	79	6	180	22	26	18	34	1.96
90664107--90664209	29	3.6	29	81	2	109	22	16	32	29	1.96
90670952--90670992	20	2.0	20	100	0	82	51	9	14	24	1.72
90671246--90671281	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
90684066--90684222	49	3.0	52	81	9	176	44	17	22	15	1.86
90685315--90686266	180	5.3	180	92	0	1460	31	18	22	28	1.97
90687956--90688140	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
90687957--90688148	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
90687956--90688173	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
90689565--90689904	174	2.0	172	81	5	407	28	17	27	26	1.97
90695771--90695801	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
90695768--90695807	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
90695993--90696247	55	4.8	54	81	7	265	21	24	17	37	1.94
90696040--90696240	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	34	1.96
90701188--90701252	33	2.0	33	96	0	121	36	13	12	36	1.83
90703938--90704033	42	2.3	42	85	3	131	14	20	19	44	1.86
90703955--90704036	21	3.9	21	75	0	65	13	19	20	46	1.83
90704537--90704581	25	1.9	22	82	13	54	26	4	24	44	1.72
90704834--90704960	60	2.1	60	97	1	238	18	23	28	29	1.97
90704851--90704977	60	2.1	60	89	1	193	21	25	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90706597--90706669	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
90711125--90711179	23	2.4	24	82	14	71	23	1	1	72	1.04
90712771--90712812	18	2.3	19	84	12	52	78	7	2	11	1.04
90712992--90713062	10	7.3	10	71	13	51	29	2	2	64	1.22
90717103--90717137	18	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
90717313--90717378	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
90728675--90728747	29	2.5	29	93	0	128	28	15	30	26	1.96
90728731--90728807	29	2.7	29	77	0	82	22	18	35	24	1.96
90728675--90728807	58	2.3	59	81	5	146	25	16	33	24	1.96
90728840--90728876	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
90733640--90733797	68	2.3	68	77	9	158	20	29	15	34	1.93
90747436--90747468	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
90755435--90755506	21	3.4	21	80	0	81	36	8	31	23	1.85
90755961--90755993	16	2.1	16	100	0	66	24	12	6	57	1.57
90762753--90762810	2	29.0	2	96	0	107	48	1	0	50	1.11
90763475--90763506	15	2.1	15	100	0	64	37	31	12	18	1.88
90788132--90788205	37	2.0	37	100	0	148	29	5	18	45	1.72
90789508--90789573	32	2.1	32	100	0	132	53	13	18	15	1.74
90795985--90796017	16	2.1	16	94	0	57	36	6	0	57	1.23
90796340--90796378	19	2.1	19	100	0	78	30	35	10	23	1.88
90816422--90816480	29	2.0	29	100	0	118	62	6	10	20	1.49
90818638--90818813	89	2.0	89	98	0	343	38	18	22	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90821083--90821199	43	2.8	42	81	6	146	29	15	24	30	1.96
90823112--90823252	41	3.4	41	86	3	196	25	12	24	37	1.91
90825622--90825653	13	2.3	15	89	10	50	37	6	34	21	1.79
90826540--90826592	26	2.0	26	96	0	97	33	7	16	41	1.77
90830657--90830898	41	5.9	41	89	0	281	25	15	26	32	1.95
90837137--90837167	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
90844512--90844636	62	2.0	61	98	1	241	31	8	9	51	1.63
90844725--90844891	58	2.9	58	80	10	184	42	1	2	53	1.24
90845025--90845085	19	3.3	19	67	17	56	52	0	0	47	1.00
90845015--90845124	36	3.1	36	87	7	145	50	0	0	49	1.07
90845024--90845124	24	4.3	25	78	17	101	50	0	0	48	1.07
90845070--90845223	61	2.6	57	80	10	152	45	1	1	51	1.20
90845188--90845238	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
90845382--90845436	16	3.4	16	92	0	92	30	27	5	36	1.79
90856335--90856386	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
90856835--90856882	24	2.0	24	95	0	87	31	25	16	27	1.97
90861451--90861715	44	6.0	43	68	13	128	29	26	15	29	1.96
90861362--90862120	177	4.3	177	88	1	1006	27	24	16	30	1.97
90861970--90862064	43	2.2	45	84	3	122	30	26	12	30	1.93
90861800--90862389	323	1.8	323	88	1	912	26	25	16	31	1.97
90861977--90862268	147	2.0	147	84	5	385	26	26	15	31	1.96
90862291--90862388	44	2.2	44	79	13	103	28	24	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90862123--90862701	177	3.3	177	82	3	576	26	23	19	30	1.98
90862466--90862565	44	2.2	44	84	5	121	32	20	21	27	1.97
90862771--90862960	64	3.0	64	89	3	301	37	15	17	29	1.90
90864069--90864117	23	2.1	23	84	0	62	4	14	0	81	0.83
90864084--90864125	16	2.6	16	96	0	75	4	11	0	83	0.79
90864075--90864125	23	2.2	23	86	6	68	3	13	0	82	0.81
90864697--90864759	29	2.2	28	83	8	74	4	14	7	73	1.23
90874362--90874536	46	3.8	46	74	13	187	29	30	19	20	1.97
90874369--90874540	93	1.8	93	92	0	290	29	30	19	20	1.97
90881826--90881998	46	3.7	46	77	13	192	30	30	19	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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