Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  91  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24661740--24661864
42
2.9
43
80
11
139
32
27
17
22
1.96
24661738--24661864
43
3.0
43
79
11
152
33
26
17
22
1.96
24666854--24666905
25
2.1
25
85
7
70
15
9
23
51
1.72
24670114--24670145
15
2.1
15
94
0
55
50
0
0
50
1.00
24670124--24670208
3
28.7
3
75
11
77
36
2
2
58
1.24
24671972--24672002
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
24671969--24672008
20
2.0
20
85
0
53
37
22
0
40
1.54
24672195--24672449
55
4.8
55
76
7
208
21
25
17
35
1.95
24672240--24672442
108
1.9
110
85
4
286
23
25
17
33
1.96
24673645--24673671
12
2.2
12
100
0
54
77
0
22
0
0.76
24674563--24674646
28
3.0
28
87
1
114
20
4
29
45
1.71
24680222--24680298
27
2.8
27
84
7
95
25
22
10
41
1.85
24680219--24680596
54
6.8
54
82
9
402
26
23
9
40
1.85
24680263--24680336
38
1.9
38
91
0
121
21
25
10
41
1.85
24680219--24680552
81
3.9
92
71
19
277
26
23
9
40
1.85
24680299--24680596
27
11.0
27
88
1
391
27
23
9
40
1.84
24680305--24680640
81
4.1
81
82
2
271
28
22
9
39
1.85
24681835--24681882
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
24681925--24681985
20
3.0
20
92
0
104
34
11
21
32
1.89
24682035--24682177
24
6.0
24
91
4
209
28
22
22
26
1.99
24682035--24682177
47
3.0
47
90
5
207
28
22
22
26
1.99
24682035--24682178
71
2.0
72
89
4
220
29
22
22
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24682369--24682432
31
2.1
31
96
0
119
39
15
21
23
1.92
24688726--24688763
20
1.9
20
84
10
51
47
0
10
42
1.38
24698710--24698768
10
6.3
9
79
13
66
62
1
1
33
1.15
24698803--24698862
27
2.3
26
82
8
68
65
1
5
28
1.23
24698832--24698865
17
1.9
18
94
5
61
73
0
2
23
0.97
24699477--24699522
24
1.9
24
86
8
67
28
2
0
69
1.00
24704622--24704682
22
2.7
23
77
7
72
31
9
22
36
1.87
24704877--24704930
27
2.0
27
88
0
81
25
24
29
20
1.99
24705551--24705597
24
2.0
24
100
0
94
12
29
4
53
1.58
24721918--24721951
17
2.0
17
94
0
59
17
2
0
79
0.86
24722618--24722661
14
2.8
16
86
10
56
65
6
0
27
1.17
24728826--24728860
12
2.8
13
86
8
54
80
0
20
0
0.72
24731315--24731406
32
2.9
32
96
0
166
52
18
4
25
1.64
24731315--24731433
32
4.0
27
88
7
78
52
18
4
25
1.63
24735467--24735519
17
3.4
17
75
20
69
54
20
11
13
1.69
24735462--24735520
30
2.0
30
96
0
109
54
20
11
13
1.70
24745531--24745589
22
2.7
21
78
17
66
64
1
6
27
1.28
24745729--24745778
24
2.1
24
85
7
66
70
4
4
22
1.21
24747466--24747514
24
2.0
24
96
0
89
65
10
4
20
1.39
24749300--24749361
28
2.1
30
82
11
76
37
1
0
61
1.06
24749314--24749357
18
2.3
19
84
11
63
31
0
0
68
0.90
24749314--24749363
22
2.2
24
85
7
68
32
0
0
68
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24749507--24749821
82
3.8
82
86
6
363
30
10
11
47
1.73
24749799--24749974
77
2.2
78
81
5
194
27
11
13
46
1.78
24750241--24750583
184
1.9
184
96
0
641
30
18
16
34
1.93
24750658--24750684
8
3.4
8
100
0
54
48
0
11
40
1.39
24752926--24752981
25
2.3
25
96
3
105
37
8
16
37
1.80
24756904--24756952
20
2.5
20
86
0
62
32
4
6
57
1.42
24758204--24758269
2
33.5
2
74
19
59
48
3
3
45
1.33
24758204--24758284
16
4.6
18
73
23
75
49
3
2
44
1.33
24758345--24758382
17
2.2
17
86
9
51
57
0
2
39
1.12
24759091--24759166
16
5.0
15
71
19
59
57
17
5
19
1.58
24759138--24759168
16
1.9
16
100
0
62
61
19
0
19
1.35
24760479--24760508
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
24761668--24761877
113
1.9
113
86
6
300
30
7
15
46
1.74
24762226--24762285
29
2.1
29
100
0
120
23
0
15
61
1.33
24764013--24764039
10
2.7
10
100
0
54
40
29
11
18
1.85
24765666--24765696
11
2.7
11
95
5
53
77
9
6
6
1.12
24765665--24765697
12
2.7
13
86
13
52
78
9
6
6
1.08
24770854--24770880
10
2.7
10
100
0
54
40
29
11
18
1.85
24774090--24774235
51
2.7
51
79
10
141
24
52
2
19
1.59
24774910--24774941
16
2.0
16
93
0
55
65
21
6
6
1.38
24776669--24776702
17
1.9
18
94
5
61
23
2
5
67
1.26
24776669--24776704
9
4.0
9
89
10
56
22
2
8
66
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24776733--24776771
17
2.2
18
86
9
53
28
2
2
66
1.18
24786257--24786352
28
3.4
28
82
0
111
31
27
13
28
1.94
24786366--24786447
40
2.0
40
90
0
128
31
25
18
24
1.97
24787153--24787195
19
2.3
19
95
0
77
32
18
18
30
1.95
24791196--24791367
45
3.7
46
77
12
183
22
19
27
30
1.98
24797420--24797462
19
2.3
19
100
0
86
32
18
16
32
1.93
24801680--24801850
46
3.7
46
76
15
192
22
20
28
29
1.98
24802073--24802110
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
24807792--24807836
17
2.6
17
100
0
90
31
8
24
35
1.86
24809247--24809418
46
3.8
45
73
13
154
22
20
27
29
1.98
24809642--24809679
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
24812982--24813091
28
3.9
28
79
0
121
30
29
12
28
1.93
24813100--24813183
40
2.1
40
88
0
123
32
25
17
25
1.97
24841514--24841563
26
1.9
26
83
0
64
40
22
2
36
1.65
24841494--24841563
13
5.3
13
68
1
50
37
24
2
35
1.70
24841646--24841873
46
5.0
46
90
0
294
20
23
14
42
1.88
24842417--24842458
17
2.4
18
80
4
50
50
7
0
42
1.30
24843964--24843995
11
2.9
11
95
0
55
68
0
3
28
1.04
24848191--24848285
39
2.4
41
85
5
124
29
17
29
23
1.97
24851444--24851468
3
8.3
3
100
0
50
64
0
0
36
0.94
24851930--24851981
25
2.0
26
85
10
72
3
15
3
76
1.07
24851943--24851984
14
3.2
13
83
6
50
2
14
2
80
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24852128--24852183
18
3.0
18
72
15
51
60
3
1
33
1.24
24852473--24852582
54
2.0
54
96
3
204
47
9
3
40
1.53
24856305--24856337
9
3.7
9
100
0
66
48
21
0
30
1.50
24856714--24856784
35
2.0
35
100
0
142
40
0
14
45
1.44
24860184--24860227
20
2.2
20
83
0
52
43
2
2
52
1.26
24861095--24861265
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
24861090--24861262
46
3.7
46
79
10
208
29
27
20
21
1.98
24868181--24868351
93
1.8
93
92
0
288
29
28
20
21
1.98
24868176--24868348
46
3.7
46
79
10
199
30
27
20
21
1.98
24873476--24873589
49
2.3
49
83
3
140
25
28
18
28
1.98
24873650--24873777
46
2.8
46
85
8
172
23
27
17
31
1.97
24875592--24875626
17
2.1
17
94
0
61
40
28
17
14
1.88
24875810--24875873
31
2.1
31
100
0
128
39
15
6
39
1.73
24885824--24885869
23
2.0
24
83
12
60
67
0
13
19
1.23
24886561--24886705
74
2.0
74
92
0
245
19
20
24
35
1.95
24892501--24892535
2
18.0
2
94
5
63
51
0
0
48
1.00
24896940--24896994
26
2.1
26
100
0
110
18
10
9
61
1.54
24918954--24919024
24
3.0
24
93
0
115
35
2
36
25
1.71
24920440--24920551
27
4.1
27
84
7
138
15
24
23
37
1.93
24920440--24920551
54
2.1
54
88
3
163
15
24
23
37
1.93
24925393--24925463
24
3.0
24
95
0
124
35
1
38
25
1.65
24926869--24926973
27
3.9
27
85
7
133
16
24
21
37
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24926869--24926980
54
2.1
54
86
3
154
16
24
22
37
1.93
24934768--24934828
31
2.0
31
90
0
95
22
9
16
50
1.74
24938740--24938861
61
2.0
61
100
0
244
42
13
8
36
1.74
24943325--24943585
126
2.1
126
97
0
495
21
11
21
46
1.82
24946589--24946766
40
4.5
40
87
3
227
25
28
23
23
2.00
24950958--24951000
2
22.0
2
95
4
79
48
0
0
51
1.00
24951026--24951084
16
3.7
16
90
0
100
40
15
1
42
1.57
24951017--24951084
32
2.1
33
94
2
120
38
14
2
44
1.61
24953760--24953797
20
1.9
20
94
0
67
31
26
7
34
1.85
24953917--24954022
47
2.3
49
85
11
143
7
53
2
35
1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378