genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36016383--36016560	40	4.5	40	78	4	144	21	24	30	23	1.99
36024348--36024531	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
36029308--36029460	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
36037261--36037410	39	3.8	39	88	6	205	24	28	23	23	1.99
36037194--36037410	79	2.8	78	78	10	210	24	27	23	24	2.00
36041894--36042023	43	3.0	43	79	8	156	30	28	16	23	1.97
36045090--36045227	43	3.2	43	73	10	111	29	18	22	28	1.98
36054508--36054541	18	1.9	18	94	5	61	52	32	8	5	1.56
36064310--36064458	43	3.5	42	79	9	167	28	19	24	28	1.98
36064307--36064465	85	1.9	85	88	2	239	27	19	24	28	1.99
36065801--36065898	24	4.0	24	90	1	142	36	6	37	19	1.77
36067519--36067611	33	2.8	33	73	15	86	26	19	24	29	1.98
36073709--36073806	24	4.0	24	90	1	142	35	5	37	21	1.76
36075676--36075749	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
36075733--36075808	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
36075676--36075808	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
36083556--36083629	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
36083613--36083687	28	2.6	29	78	4	89	22	20	34	22	1.96
36091426--36091499	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
36091483--36091558	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
36091426--36091558	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
36094265--36094321	12	4.5	12	76	8	51	38	7	0	54	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36094458--36094510	21	2.5	21	80	17	56	32	3	0	64	1.12
36094482--36094519	17	2.2	17	90	0	58	36	2	0	60	1.11
36094461--36094520	10	6.2	10	75	14	54	33	3	0	63	1.11
36094473--36094531	27	2.1	28	87	3	84	35	5	0	59	1.20
36106861--36107047	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
36106884--36107047	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
36116137--36116323	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
36116160--36116323	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
36116160--36116357	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
36118910--36119272	44	8.2	44	70	13	237	28	16	26	28	1.97
36118748--36119251	221	2.3	222	87	1	722	29	16	24	29	1.97
36119131--36119292	44	3.7	45	85	4	224	27	14	29	28	1.95
36119133--36119325	88	2.2	88	83	5	230	29	13	28	29	1.94
36119455--36119490	13	2.6	14	86	8	56	83	5	0	11	0.80
36120902--36120957	12	4.5	12	76	13	51	37	7	0	55	1.27
36120873--36120957	24	3.5	24	73	14	75	36	7	0	56	1.27
36121119--36121156	17	2.2	17	90	0	58	36	2	0	60	1.11
36121114--36121168	27	2.0	27	85	0	74	32	5	0	61	1.19
36125520--36125581	28	2.1	30	82	11	76	24	1	20	53	1.55
36125674--36125785	41	2.7	43	90	5	176	21	18	25	34	1.96
36127727--36127838	47	2.4	46	90	3	170	34	11	25	28	1.91
36127822--36128015	53	3.6	54	83	6	234	35	18	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36129747--36129844	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
36129956--36130003	21	2.4	21	80	16	57	4	25	0	70	1.04
36131461--36131541	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
36131461--36131551	32	2.8	31	72	9	74	26	18	26	28	1.98
36137679--36137776	24	4.0	25	86	2	121	35	3	38	22	1.70
36137679--36137776	48	2.0	49	88	5	146	35	3	38	22	1.70
36140233--36140282	24	2.0	25	92	3	84	62	4	4	30	1.32
36142095--36142221	55	2.3	55	86	0	164	28	29	17	24	1.97
36142983--36143207	47	4.7	47	80	10	228	24	30	18	26	1.98
36143035--36143202	93	1.8	92	88	6	259	25	30	17	26	1.97
36158997--36159247	113	2.2	114	85	0	324	13	22	29	35	1.92
36159002--36159247	76	3.3	75	80	3	278	13	22	29	34	1.92
36158997--36159237	38	6.4	38	82	6	247	13	22	29	34	1.92
36159029--36159279	76	3.3	75	78	7	256	15	22	27	35	1.94
36164877--36164911	17	2.0	18	88	5	54	20	40	28	11	1.87
36165748--36165797	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
36167158--36167213	28	2.0	28	100	0	112	50	10	7	32	1.64
36167546--36167715	38	4.5	38	72	8	114	15	21	27	35	1.94
36168241--36168525	142	2.0	143	98	0	554	35	13	14	37	1.85
36169635--36169776	27	5.3	27	86	1	169	25	21	19	33	1.97
36169624--36169732	54	2.0	54	80	3	121	27	22	20	30	1.98
36169758--36169831	27	2.7	27	89	0	103	28	12	21	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36169634--36169803	81	2.1	81	80	2	198	26	20	18	34	1.96
36169770--36169876	54	2.0	54	83	3	135	28	8	22	40	1.83
36169770--36169876	27	4.0	27	80	4	108	28	8	22	40	1.83
36169772--36169900	54	2.4	53	78	2	132	31	8	20	39	1.82
36169918--36170012	27	3.5	27	81	5	111	29	7	22	41	1.81
36171963--36172056	6	15.3	6	71	16	68	48	13	15	21	1.80
36171980--36172056	31	2.5	31	84	0	100	48	12	16	22	1.80
36172452--36172592	27	5.2	27	85	3	185	26	21	17	34	1.95
36172453--36172611	54	2.9	54	84	5	162	27	20	17	34	1.95
36172450--36172619	81	2.1	81	83	2	225	26	19	18	35	1.95
36172669--36172782	27	4.3	27	94	1	203	37	7	24	29	1.84
36172787--36172881	27	3.5	27	82	5	120	28	5	22	44	1.74
36182855--36183085	40	5.8	40	89	2	322	24	22	29	24	1.99
36185213--36185410	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
36185279--36185396	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
36185247--36185410	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
36192782--36192979	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
36192848--36192965	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
36192816--36192979	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
36200049--36200258	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
36208665--36208708	21	2.1	21	83	8	54	50	15	6	27	1.70
36210954--36211039	45	1.9	45	92	0	145	33	19	26	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36211925--36212535	27	22.6	27	77	9	169	34	20	9	35	1.85
36211925--36212078	81	1.9	82	81	6	188	38	22	8	30	1.83
36212084--36212336	54	4.7	54	93	1	425	29	20	8	41	1.82
36212084--36212328	81	3.0	81	90	0	400	28	21	8	41	1.83
36212330--36212507	81	2.2	81	83	2	223	41	19	8	30	1.82
36212330--36212538	54	3.9	54	79	4	192	39	20	9	31	1.84
36212526--36212669	27	5.3	27	88	0	207	35	19	21	23	1.96
36212521--36212673	81	1.9	80	90	1	243	35	18	20	25	1.95
36213123--36213183	25	2.4	25	91	0	95	21	18	13	47	1.82
36213088--36213191	31	3.5	31	75	15	112	21	17	12	49	1.79
36213940--36214244	55	5.6	54	80	5	339	36	16	24	22	1.94
36213948--36214242	108	2.7	107	90	2	446	35	16	24	22	1.95
36213940--36214255	53	5.9	54	80	5	334	35	16	24	23	1.95
36215587--36215674	6	14.3	6	75	17	74	51	15	14	18	1.77
36215587--36215674	19	4.8	18	74	18	74	51	15	14	18	1.77
36215596--36215674	31	2.5	31	93	0	131	51	15	15	17	1.76
36215601--36215671	25	2.9	24	85	8	81	50	16	15	16	1.78
36215794--36215879	27	3.2	26	83	4	91	38	19	22	19	1.94
36215795--36215900	27	4.0	27	81	6	74	39	17	22	19	1.92
36216060--36216123	22	2.9	22	75	9	58	32	18	25	23	1.97
36216514--36216997	27	17.9	27	89	0	628	25	20	18	35	1.95
36216961--36217174	81	2.6	81	80	4	216	32	9	19	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36217043--36217293	27	9.3	27	82	2	236	30	9	20	39	1.84
36217049--36217293	134	1.8	134	81	3	305	31	9	19	40	1.83
36220235--36220334	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
36221178--36221202	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
36228100--36228199	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
36229043--36229067	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
36236038--36236115	38	2.1	38	90	0	120	15	16	32	35	1.90
36238515--36238569	23	2.4	23	84	3	76	23	20	20	36	1.95
36240287--36240480	40	4.9	39	84	4	228	24	19	30	25	1.98
36240298--36240450	79	1.9	79	88	5	229	24	19	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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