Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  332  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100828909--100829042
27
5.3
27
59
17
72
30
32
6
29
1.83
100829027--100829101
37
2.0
37
100
0
150
26
32
10
30
1.90
100828978--100829149
86
2.0
86
95
0
308
27
32
9
30
1.88
100837858--100837982
64
2.0
64
88
3
189
29
15
16
38
1.90
100838176--100839125
45
21.3
44
69
18
210
31
19
22
27
1.97
100838095--100839107
134
7.6
133
78
7
914
30
19
22
27
1.98
100838095--100839080
267
3.7
266
83
4
1064
30
19
22
27
1.98
100838851--100839038
90
2.1
89
88
3
270
31
20
21
26
1.98
100838669--100839107
223
2.0
221
80
6
503
29
20
22
26
1.99
100838983--100839149
88
1.9
88
92
1
280
30
19
20
29
1.97
100838404--100839191
267
3.0
267
82
6
730
30
20
21
27
1.98
100838998--100839182
89
2.1
88
85
1
244
31
22
18
27
1.97
100839749--100839782
6
5.3
6
86
13
50
0
17
2
79
0.86
100841093--100841536
132
3.5
126
80
6
446
26
16
20
36
1.93
100842056--100842107
24
2.2
24
85
0
68
53
9
3
32
1.51
100844875--100845177
41
7.7
41
79
11
314
35
20
21
21
1.96
100844875--100845099
123
1.8
122
90
2
362
36
21
21
20
1.96
100845063--100845118
28
2.0
29
86
10
71
39
21
17
21
1.93
100845402--100845458
7
8.0
7
76
3
60
26
1
24
47
1.62
100845402--100845461
14
4.1
15
80
8
79
25
1
26
46
1.62
100846192--100846253
3
20.7
3
100
0
124
67
0
0
32
0.91
100850651--100850697
19
2.5
19
76
10
51
21
2
4
72
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100850783--100850841
19
3.1
19
80
7
66
25
3
3
67
1.21
100850838--100850942
43
2.4
43
95
0
183
25
22
29
21
1.99
100854125--100854154
3
10.0
3
100
0
60
66
0
33
0
0.92
100863443--100863485
18
2.5
17
76
3
50
34
0
2
62
1.08
100864182--100864222
19
2.2
19
86
0
55
63
0
4
31
1.15
100864317--100864366
20
2.7
17
80
17
55
56
2
2
40
1.22
100864852--100864888
12
2.9
13
88
8
58
35
0
5
59
1.20
100866590--100866697
12
9.3
11
69
18
51
53
1
5
38
1.35
100866891--100866921
13
2.3
14
94
5
55
51
6
0
41
1.27
100866983--100867022
12
3.4
12
82
3
55
60
2
0
37
1.11
100868149--100868180
16
2.0
16
93
0
55
12
6
40
40
1.68
100868667--100868751
44
1.9
44
88
4
127
25
28
22
23
1.99
100868766--100868917
55
2.8
55
94
2
261
40
15
12
31
1.85
100868897--100868929
13
2.4
14
85
10
50
60
6
12
21
1.53
100868866--100869098
86
2.7
85
88
3
335
39
18
15
26
1.91
100869086--100869112
14
1.9
14
100
0
54
59
7
18
14
1.58
100868901--100869277
177
2.1
178
89
4
569
38
18
16
25
1.92
100869100--100869347
79
3.0
83
84
11
366
35
19
17
27
1.94
100869353--100869548
74
2.7
72
79
6
216
35
20
15
28
1.93
100869136--100869734
199
2.9
200
91
5
923
34
19
16
28
1.94
100869552--100869800
71
3.5
71
82
4
336
31
22
16
29
1.96
100874239--100874281
18
2.5
17
76
3
50
34
0
2
62
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100874978--100875018
19
2.2
19
86
0
55
63
0
4
31
1.15
100875113--100875162
20
2.7
17
80
17
55
56
2
2
40
1.22
100875649--100875685
12
2.9
13
88
8
58
35
0
5
59
1.20
100876284--100876335
19
2.6
20
84
6
61
38
3
0
57
1.17
100877635--100877672
15
2.6
15
87
4
51
55
0
0
44
0.99
100882839--100883015
50
3.5
50
86
2
248
36
16
20
26
1.94
100882993--100883225
31
7.5
31
91
0
358
29
18
25
26
1.98
100883263--100883388
47
2.7
48
83
2
157
30
15
24
29
1.96
100886205--100886237
17
2.0
17
88
5
50
48
0
3
48
1.17
100888923--100888987
27
2.4
27
80
17
64
33
1
1
63
1.13
100900732--100900768
16
2.2
17
90
9
58
72
5
0
21
1.04
100901371--100901414
21
2.2
20
91
4
70
29
0
2
68
1.02
100901324--100901415
9
9.6
9
75
17
78
33
1
3
61
1.19
100904836--100904911
33
2.3
33
95
0
134
17
31
13
38
1.88
100905641--100905667
12
2.2
12
100
0
54
44
0
7
48
1.31
100908612--100908644
3
11.0
3
100
0
66
66
0
0
33
0.92
100920498--100920630
61
2.2
60
83
12
164
34
6
4
54
1.45
100922364--100922401
19
2.0
19
94
0
67
36
13
26
23
1.91
100925898--100926029
31
4.3
30
78
12
135
40
0
3
55
1.23
100925930--100926016
11
7.2
12
67
26
51
40
0
2
57
1.11
100925896--100926029
62
2.2
61
86
5
189
40
0
3
55
1.23
100926117--100926166
25
2.0
26
92
4
84
46
8
8
38
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100937869--100937906
20
1.9
20
88
0
58
34
23
15
26
1.95
100938035--100938078
21
2.0
22
82
4
54
29
6
29
34
1.83
100938254--100938336
45
1.9
43
85
7
114
54
4
6
34
1.46
100939677--100939715
19
2.1
19
95
0
69
28
5
12
53
1.60
100939799--100939836
18
2.1
18
85
9
51
18
2
13
65
1.37
100948212--100948291
42
1.9
42
100
0
160
53
7
18
20
1.68
100954156--100954259
39
2.7
39
89
0
154
38
23
24
14
1.92
100954173--100954237
21
3.2
21
63
12
55
40
20
26
13
1.89
100958813--100958852
20
2.0
20
85
9
55
25
15
20
40
1.90
100971457--100971648
40
4.8
40
91
1
287
23
23
28
23
1.99
100977659--100977731
33
2.2
33
85
4
94
17
24
34
23
1.96
100981065--100981127
33
1.9
33
83
6
83
25
4
19
50
1.66
100983347--100983387
5
8.2
5
94
0
73
58
21
0
19
1.39
100984004--100984141
42
3.3
42
79
0
123
44
14
22
18
1.86
100999262--100999333
35
2.1
35
89
0
108
36
11
25
27
1.90
100999533--100999565
12
2.8
12
95
0
57
18
30
3
48
1.63
101000337--101000389
15
3.5
15
71
5
52
69
5
3
20
1.25
101000423--101000955
147
3.6
147
90
4
792
57
7
6
27
1.52
101001152--101001201
26
2.0
24
88
7
73
64
6
0
30
1.18
101001172--101001230
21
2.8
21
78
12
59
69
8
0
22
1.15
101001277--101001309
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
101004496--101004634
56
2.5
56
91
0
233
47
14
3
34
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101004509--101004596
18
4.8
18
67
20
65
47
14
2
35
1.57
101004518--101004618
30
3.5
30
72
20
106
48
12
3
34
1.60
101007030--101007077
21
2.4
20
86
10
71
50
0
4
45
1.21
101009102--101009199
19
5.2
19
91
7
155
36
10
17
35
1.84
101009092--101009177
36
2.4
35
85
14
115
38
10
15
36
1.81
101009108--101009178
36
2.0
36
100
0
142
38
11
14
36
1.81
101010106--101010151
23
2.1
23
84
8
60
36
2
0
60
1.09
101010204--101010260
17
3.3
17
74
13
53
31
3
1
63
1.22
101011546--101011870
46
7.0
46
89
2
402
41
13
23
21
1.89
101011750--101011824
24
3.2
24
63
30
61
41
14
25
18
1.89
101012151--101012183
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
101014472--101014504
16
2.1
16
94
0
57
60
12
3
24
1.46
101014488--101014579
26
3.6
26
91
1
141
46
7
8
36
1.63
101015090--101015175
30
2.9
30
89
3
138
17
51
5
25
1.68
101015102--101015150
15
3.3
15
70
30
50
20
53
4
22
1.63
101015676--101015769
10
9.7
9
73
18
55
29
4
1
64
1.19
101015696--101015768
18
3.9
18
81
13
76
32
5
1
60
1.28
101015839--101015916
3
25.0
3
87
10
88
32
0
5
62
1.17
101015997--101016218
26
8.6
25
66
24
56
31
3
4
60
1.34
101035252--101035572
44
7.5
43
67
14
182
37
22
21
18
1.94
101035258--101035574
79
3.8
79
80
10
287
37
21
22
18
1.94
101035379--101035534
43
3.5
44
75
13
169
37
22
21
17
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
101035337--101035584
86
2.8
90
85
4
326
37
22
22
18
1.94
101036096--101036181
30
2.9
30
89
0
136
16
48
6
27
1.71
101036698--101036780
3
27.3
3
70
20
50
30
4
1
63
1.22
101036702--101036784
18
4.4
18
81
13
78
31
4
1
62
1.23
101036856--101036911
12
4.2
13
76
17
53
32
0
7
60
1.24
101037110--101037143
3
11.3
3
100
0
68
32
0
0
67
0.91
101038337--101038401
29
2.3
29
81
7
71
55
0
0
44
0.99
101045574--101045607
10
3.3
10
95
4
59
64
0
0
35
0.94
101052720--101052749
14
2.1
14
93
0
51
70
6
3
20
1.25
101055301--101055329
5
6.0
5
92
8
51
82
0
0
17
0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378