genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  150  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43115783--43115951	27	6.3	27	81	7	159	31	9	19	39	1.84
43115801--43115951	81	1.9	80	82	6	189	30	9	19	40	1.83
43115774--43115968	27	7.3	26	80	4	147	31	9	18	39	1.84
43121277--43121428	40	3.8	39	76	8	128	25	22	27	24	2.00
43121333--43121428	39	2.4	40	84	1	131	27	20	28	23	1.99
43121333--43121469	40	3.5	39	77	8	116	24	22	28	24	1.99
43122853--43123000	43	3.4	43	79	3	147	26	16	25	32	1.96
43124000--43124072	36	2.0	36	94	0	128	15	23	34	27	1.94
43127397--43127456	28	2.1	29	81	9	70	40	3	25	31	1.72
43130241--43130289	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
43131112--43131278	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
43132739--43132791	27	1.9	28	88	3	81	20	28	18	32	1.97
43132772--43132853	34	2.4	34	85	2	103	23	24	25	26	2.00
43134986--43135047	26	2.3	27	78	10	74	38	24	9	27	1.86
43135153--43135258	27	3.9	28	88	2	146	20	24	19	34	1.96
43135152--43135258	55	2.0	54	87	5	153	20	24	19	35	1.96
43139820--43139870	25	2.0	25	96	0	93	29	13	23	33	1.93
43143671--43143740	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
43143671--43143752	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
43151588--43151657	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
43151588--43151669	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
43154682--43154751	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43154682--43154763	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
43162605--43162674	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
43162605--43162686	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
43164726--43164833	56	1.9	56	83	7	139	36	18	16	28	1.93
43165216--43165382	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
43172417--43172583	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
43175223--43175361	42	3.2	43	79	9	131	30	17	22	30	1.96
43176598--43176625	13	2.2	13	100	0	56	25	7	42	25	1.80
43178178--43178378	40	5.1	40	87	3	266	27	29	19	23	1.98
43186285--43186471	40	4.7	40	85	3	234	25	29	21	23	1.99
43186265--43186476	80	2.7	79	84	3	264	27	28	20	23	1.99
43187607--43187663	21	2.8	20	89	10	89	42	28	5	24	1.76
43190129--43190213	43	2.0	43	81	9	102	28	28	17	25	1.98
43190194--43190345	56	2.7	56	86	2	198	34	25	13	26	1.93
43191371--43191414	17	2.6	17	81	0	52	40	2	2	54	1.25
43192129--43192218	45	2.0	45	97	0	171	23	25	4	46	1.71
43192362--43192419	30	1.9	30	86	6	82	25	22	3	48	1.66
43192362--43192429	30	2.3	30	82	10	77	26	20	5	47	1.73
43193100--43193141	2	21.0	2	95	0	75	2	0	47	50	1.14
43196129--43196229	27	3.7	28	82	2	125	34	18	25	20	1.96
43196125--43196230	55	1.9	54	86	5	151	36	17	24	20	1.94
43198131--43198314	40	4.6	40	86	3	219	25	25	21	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43198110--43198285	78	2.2	80	84	2	221	24	26	22	26	2.00
43198110--43198325	118	1.8	118	85	4	301	25	26	22	26	2.00
43204884--43205102	40	5.5	39	82	7	217	24	26	22	26	2.00
43204884--43205103	80	2.7	79	80	2	251	25	26	22	26	2.00
43204884--43205102	120	1.8	121	85	3	307	24	26	22	26	2.00
43207567--43207621	18	3.2	17	76	19	60	60	1	34	3	1.25
43207571--43207627	18	3.2	18	74	13	55	63	1	31	3	1.22
43208619--43208646	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
43213894--43214126	29	8.1	29	74	12	142	26	26	12	35	1.92
43214051--43214126	28	2.7	29	76	12	84	25	26	10	38	1.88
43228368--43228448	42	1.9	42	82	0	99	18	16	32	33	1.93
43234377--43234413	19	1.9	19	89	10	58	40	8	18	32	1.80
43237881--43238052	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
43237873--43238048	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
43244169--43244215	21	2.3	21	78	7	53	27	2	27	42	1.67
43256610--43256642	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
43257128--43257377	45	5.7	43	82	7	247	26	27	19	26	1.99
43257170--43257390	45	5.0	45	87	2	279	26	27	20	24	1.99
43257128--43257377	135	1.9	129	79	8	281	26	27	19	26	1.99
43257912--43257943	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
43258191--43258331	47	3.0	47	93	2	232	43	14	13	28	1.83
43265722--43265906	40	4.6	40	82	2	219	26	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43265722--43265906	80	2.3	81	84	4	241	26	22	25	24	2.00
43273851--43274034	40	4.6	40	80	6	205	26	23	25	25	2.00
43273851--43274041	80	2.4	80	83	6	244	25	23	25	25	2.00
43281134--43281333	78	2.5	78	89	4	303	28	28	20	24	1.99
43281154--43281333	40	4.6	40	90	3	267	26	28	20	24	1.99
43285005--43285117	27	4.2	27	85	4	147	37	17	19	25	1.94
43285001--43285115	54	2.1	54	88	1	169	36	17	20	25	1.94
43285758--43285808	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
43289088--43289141	27	2.0	27	100	0	108	48	22	11	18	1.79
43300587--43300631	20	2.2	20	92	0	72	35	11	2	51	1.50
43301057--43301090	17	2.0	17	88	11	52	26	11	11	50	1.73
43303423--43303456	14	2.2	16	90	10	54	79	5	5	8	1.05
43308547--43308731	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
43308547--43308729	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
43308548--43308764	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
43323761--43323926	40	4.2	40	81	3	176	24	27	22	25	2.00
43323777--43323884	39	2.7	39	85	7	130	24	29	24	22	1.99
43325950--43326153	40	5.1	40	83	8	247	24	22	27	25	1.99
43325950--43326132	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
43325951--43326157	79	2.6	80	80	11	239	25	21	27	25	1.99
43330751--43330811	5	12.0	5	73	16	54	75	0	1	22	0.89
43333178--43333350	47	3.7	47	92	0	274	28	31	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43333253--43333328	22	3.3	22	67	16	64	26	31	11	30	1.92
43341322--43341396	30	2.5	31	76	8	84	16	4	2	77	1.03
43341328--43341383	5	10.8	5	78	14	60	17	3	1	76	1.01
43341335--43341383	25	2.0	25	88	8	73	18	4	2	75	1.06
43343379--43343431	22	2.4	22	100	0	106	18	43	26	11	1.84
43344329--43344361	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
43345523--43345566	3	14.7	3	80	0	52	65	6	0	27	1.17
43347312--43347474	39	4.2	39	88	0	245	25	33	19	22	1.97
43355445--43355475	16	1.9	16	93	0	53	12	29	9	48	1.73
43362450--43362615	40	4.2	40	80	3	167	24	27	22	25	2.00
43363441--43363486	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
43368350--43368559	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
43370595--43370625	10	3.1	10	100	0	62	9	19	19	51	1.74
43377123--43377215	39	2.3	42	87	7	131	23	21	27	26	1.99
43385124--43385385	39	6.6	39	79	9	266	24	20	28	27	1.99
43385126--43385383	79	3.3	79	85	5	319	24	20	28	27	1.99
43386711--43386881	85	2.0	85	98	0	333	19	26	23	29	1.98
43391354--43391410	26	2.2	26	80	3	60	29	19	15	35	1.93
43396255--43396315	27	2.3	27	82	2	70	22	22	16	37	1.93
43404476--43404647	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
43404468--43404643	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
43407023--43407110	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43407023--43407101	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
43407034--43407110	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
43410061--43410232	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
43410053--43410228	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
43418445--43418624	40	4.5	40	79	10	199	26	27	21	25	1.99
43418445--43418629	79	2.3	81	81	8	218	26	27	21	24	1.99
43430109--43430147	20	1.9	20	89	5	60	46	7	7	38	1.61
43431468--43431540	37	2.0	37	100	0	146	45	21	8	24	1.79
43432133--43432208	27	2.8	28	72	7	68	38	21	21	19	1.94
43432215--43432293	22	3.6	22	68	0	68	39	22	20	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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