genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  99  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27140646--27140763	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
27140614--27140777	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
27145584--27145733	45	3.3	45	84	3	176	44	7	34	14	1.73
27148014--27148048	13	2.6	14	86	13	56	0	11	0	88	0.51
27152554--27152668	42	2.7	43	81	6	126	31	30	16	21	1.95
27152563--27152668	44	2.5	43	84	3	124	32	30	16	21	1.95
27159324--27159480	42	3.7	42	77	9	149	31	27	18	22	1.97
27162434--27162480	10	4.6	10	85	12	51	61	4	0	34	1.15
27166158--27166375	40	5.5	40	89	4	316	26	29	22	21	1.99
27166119--27166375	80	3.2	80	85	5	317	26	28	22	22	1.99
27170183--27170346	53	3.1	52	75	6	166	20	23	18	37	1.94
27172206--27172282	40	1.9	40	89	5	120	31	22	16	29	1.96
27177576--27177741	39	4.3	39	93	0	260	32	21	25	21	1.98
27177576--27177760	78	2.4	78	87	1	228	32	21	25	20	1.98
27182390--27182550	47	3.4	47	90	3	259	29	30	7	32	1.85
27182390--27182547	49	3.3	49	89	5	252	29	29	7	32	1.85
27185039--27185296	40	6.5	40	90	4	380	25	27	23	23	2.00
27191475--27191699	40	5.6	40	84	3	299	23	23	28	25	2.00
27191475--27191699	83	2.8	80	88	4	353	23	23	28	25	2.00
27193480--27193540	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27196057--27196130	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27203808--27203880	29	2.5	29	88	4	103	26	16	32	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27205585--27205671	27	3.3	27	64	15	72	42	13	9	34	1.77
27205584--27205689	53	2.0	53	98	0	203	40	16	8	33	1.79
27207012--27207088	21	3.6	22	70	8	52	44	5	3	46	1.44
27207568--27207593	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
27208747--27208896	79	1.9	79	95	0	273	40	14	14	30	1.86
27217553--27217896	47	7.3	47	95	0	571	33	9	29	27	1.88
27218014--27218096	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
27223942--27224221	91	3.1	89	84	6	312	37	20	9	32	1.85
27224356--27224439	17	4.7	17	75	18	64	63	1	2	33	1.15
27224385--27224430	9	5.3	9	82	12	53	73	2	2	21	1.04
27224354--27224398	19	2.3	20	80	3	56	60	2	2	35	1.22
27224382--27224431	24	2.0	25	92	3	84	70	2	2	26	1.09
27224637--27224773	19	7.2	19	69	13	68	39	2	0	57	1.16
27224631--27224669	10	3.9	10	83	9	53	38	0	0	61	0.96
27224694--27224736	16	2.6	17	85	7	61	46	2	0	51	1.13
27224794--27224965	87	2.0	87	85	4	231	34	6	20	37	1.80
27227509--27227571	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
27230026--27230158	47	2.8	47	82	9	164	28	18	28	24	1.98
27230028--27230202	92	1.9	93	85	4	246	27	17	29	25	1.97
27232557--27232602	23	2.0	23	95	0	83	43	2	17	36	1.61
27232558--27232609	23	2.3	23	90	3	79	42	3	19	34	1.69
27234647--27234765	59	2.0	59	96	0	220	21	12	26	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27235384--27235663	27	10.4	27	80	10	308	39	18	10	31	1.85
27235383--27235663	54	5.2	54	85	6	342	39	18	10	31	1.85
27235376--27235673	81	3.7	80	82	9	365	39	20	10	30	1.85
27235386--27235720	108	3.1	108	82	10	239	40	19	11	29	1.86
27236121--27236211	27	3.4	27	71	0	74	19	21	19	38	1.94
27247822--27247913	37	2.5	37	82	8	116	32	22	1	43	1.61
27254547--27254611	22	2.9	22	71	15	53	26	23	15	35	1.94
27254799--27254911	20	5.7	19	76	6	84	36	10	18	34	1.86
27254796--27254933	40	3.5	40	87	6	167	35	10	19	34	1.86
27254796--27254936	20	7.1	19	76	7	79	36	9	19	34	1.85
27257383--27257435	22	2.4	22	100	0	106	28	32	28	11	1.91
27263481--27263633	40	3.8	40	80	4	155	23	22	28	26	1.99
27264108--27264265	40	4.0	40	88	6	207	27	20	26	25	1.99
27264108--27264293	40	4.7	40	85	7	195	26	21	26	25	1.99
27269964--27270089	39	3.2	39	80	4	130	25	23	26	23	2.00
27269947--27270109	78	2.1	77	78	7	170	23	22	26	26	2.00
27270318--27270367	2	25.0	2	95	0	91	52	0	0	48	1.00
27272487--27272638	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
27280506--27280648	39	3.6	39	88	0	187	23	22	31	23	1.98
27289337--27289464	39	3.3	39	82	2	150	26	24	25	23	2.00
27289328--27289484	78	2.0	77	81	6	183	26	22	26	24	2.00
27291307--27291442	23	5.8	24	76	12	115	25	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27291307--27291425	45	2.5	46	77	14	118	24	23	18	33	1.97
27291354--27291441	45	2.0	45	82	8	108	25	25	17	32	1.96
27291309--27291442	68	1.9	72	85	10	188	24	24	17	32	1.97
27291603--27291649	19	2.4	20	82	3	60	38	8	17	36	1.80
27294021--27294059	18	2.2	18	86	9	53	69	0	7	23	1.14
27305328--27305381	21	2.5	21	90	6	72	29	33	25	11	1.91
27305328--27305371	21	2.1	21	100	0	88	29	34	27	9	1.87
27309885--27310117	116	2.0	116	99	0	457	41	13	16	28	1.87
27314943--27315044	29	3.5	29	94	0	186	26	29	14	29	1.95
27322684--27322844	29	5.6	29	81	4	83	25	32	16	26	1.96
27322683--27322844	58	2.8	59	85	3	195	25	32	16	26	1.96
27327283--27327398	43	2.7	42	77	10	119	33	22	17	26	1.96
27334059--27334174	25	4.6	25	71	8	92	30	24	19	25	1.98
27334059--27334177	50	2.4	50	80	2	132	29	23	20	26	1.99
27341434--27341531	43	2.3	43	84	5	119	31	15	24	28	1.95
27351557--27351889	47	7.1	47	92	1	508	33	12	29	24	1.92
27351863--27351999	46	3.0	46	85	0	184	34	8	30	26	1.87
27354677--27354780	20	5.2	21	62	21	62	14	25	21	39	1.91
27354659--27354798	39	3.6	39	84	0	181	15	25	22	37	1.92
27354659--27354799	18	7.3	19	65	13	65	15	24	21	37	1.93
27360392--27360503	43	2.6	42	81	10	138	29	16	26	27	1.97
27361592--27361668	24	3.2	24	83	0	100	31	1	42	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27363076--27363187	27	4.2	27	82	3	84	15	21	22	41	1.90
27369923--27370289	48	7.7	48	74	10	252	24	27	19	28	1.98
27369972--27370104	49	2.7	50	82	4	162	24	28	19	27	1.98
27370115--27370292	98	1.9	94	83	7	232	23	26	19	30	1.98
27372709--27372903	40	4.8	40	85	7	250	30	24	22	23	1.99
27374843--27375049	40	5.2	40	86	2	267	23	21	28	27	1.99
27374839--27375049	79	2.7	78	86	2	305	23	21	27	27	1.99
27382244--27382345	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
27390132--27390233	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
27394552--27394678	27	4.7	27	86	1	175	42	19	7	30	1.78
27394552--27394678	54	2.4	54	93	0	209	42	19	7	30	1.78
27394552--27394707	81	1.9	81	87	5	226	41	19	8	30	1.82
27394661--27394722	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
27394553--27394705	54	2.8	54	86	3	166	41	19	9	29	1.82
27395342--27395438	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
27405211--27405435	47	4.7	47	80	4	157	28	18	28	24	1.98
27405313--27405437	47	2.6	47	87	1	178	28	16	29	25	1.97
27408311--27408451	40	3.5	39	82	3	165	32	26	17	24	1.96
27414379--27414403	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
27422507--27422652	40	3.7	40	87	2	161	23	31	21	23	1.98
27422537--27422652	41	2.9	39	92	3	178	24	31	19	24	1.98
27430556--27430699	39	3.7	40	88	0	166	23	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27430586--27430699	39	2.9	39	93	1	183	24	31	20	23	1.98
27436189--27436236	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
27436273--27436339	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
27436392--27436464	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
27436391--27436485	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
27436679--27436742	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
27438801--27438833	10	3.3	10	95	0	57	33	33	9	24	1.87
27441959--27441989	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
27443058--27443110	26	2.0	26	100	0	106	28	18	7	45	1.77
27448674--27448806	49	2.7	50	82	4	162	24	28	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378