genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  186  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54483157--54483323	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
54497865--54498048	78	2.3	80	79	7	196	24	23	27	24	2.00
54497866--54498067	40	5.1	40	73	10	139	24	23	28	24	2.00
54501445--54501487	19	2.3	19	81	14	54	37	4	4	53	1.43
54505009--54505319	110	2.8	110	94	1	529	23	24	17	34	1.96
54504962--54505326	55	6.8	53	79	10	340	22	24	17	35	1.95
54508383--54508510	37	3.4	37	95	1	220	25	31	17	25	1.97
54508550--54508701	48	3.2	48	88	0	241	30	27	6	34	1.82
54508693--54508985	98	3.0	98	93	5	518	31	28	7	32	1.86
54508693--54508985	51	5.9	49	95	3	518	31	28	7	32	1.86
54512699--54513166	49	9.7	49	92	1	705	27	30	8	32	1.88
54521508--54521538	15	2.1	15	93	0	53	32	22	0	45	1.53
54521775--54521982	55	3.8	53	79	6	222	22	25	16	35	1.94
54521775--54521975	108	1.8	110	89	4	318	22	25	16	34	1.95
54523873--54524000	46	2.8	44	87	6	175	26	19	29	24	1.98
54526351--54526522	67	2.7	64	79	6	193	25	28	16	29	1.97
54527257--54527317	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
54529612--54529743	29	4.6	29	78	5	106	23	32	15	28	1.95
54541805--54541871	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
54541919--54542063	25	6.0	24	80	7	143	28	18	20	31	1.97
54542256--54542314	30	2.0	30	86	0	82	37	15	20	27	1.92
54553948--54554078	29	4.6	29	89	0	165	29	14	30	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54556181--54556347	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
54564189--54564355	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
54570959--54571162	53	3.8	54	76	1	194	20	23	18	37	1.94
54570975--54571154	55	3.3	53	76	2	144	20	23	19	37	1.94
54575857--54575943	29	3.0	29	77	0	93	25	16	19	39	1.92
54582309--54582344	18	2.0	18	94	0	63	36	11	19	33	1.87
54591150--54591182	16	2.0	17	88	5	50	18	0	30	51	1.46
54591482--54591511	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
54596602--54596732	45	3.0	45	85	7	155	22	29	22	25	1.99
54597095--54597264	86	2.0	86	91	2	279	32	20	23	22	1.98
54606184--54606213	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
54616945--54617100	35	4.5	35	81	1	179	44	19	8	27	1.80
54624187--54624348	35	4.6	35	81	0	198	41	17	9	31	1.81
54631066--54631227	35	4.6	35	81	0	198	41	17	9	31	1.81
54637950--54638111	35	4.6	35	81	0	198	41	17	9	31	1.81
54642206--54642236	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
54644594--54644728	27	5.0	27	88	0	198	33	18	22	25	1.97
54644587--54644729	54	2.6	54	89	0	223	34	17	20	27	1.95
54644708--54644771	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
54646102--54646157	26	2.1	26	80	9	60	26	16	19	37	1.92
54648374--54648402	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
54648494--54648537	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54652093--54652133	20	2.0	20	90	0	64	17	17	26	39	1.91
54652345--54652400	6	9.3	6	78	7	60	21	16	10	51	1.74
54652345--54652400	12	4.7	12	84	0	67	21	16	10	51	1.74
54652339--54652383	18	2.5	18	88	0	72	24	20	6	48	1.73
54652388--54652439	18	2.9	18	91	8	81	21	11	15	51	1.74
54652431--54652495	34	2.0	32	85	14	89	24	20	24	30	1.98
54654486--54654619	27	5.0	27	75	8	94	35	19	17	26	1.94
54655232--54655291	12	4.9	12	76	11	59	25	18	8	48	1.75
54663564--54663738	46	3.8	46	77	10	203	29	29	20	21	1.98
54663571--54663743	93	1.9	93	95	0	310	28	29	20	21	1.98
54666123--54666205	42	2.0	42	88	4	123	36	27	10	25	1.89
54673277--54673311	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
54673615--54673720	42	2.5	42	86	4	135	29	26	16	28	1.96
54681761--54681818	20	2.9	20	84	0	71	46	5	25	22	1.72
54688443--54688566	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
54688443--54688566	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
54688443--54688595	81	1.9	81	83	5	202	41	18	8	30	1.81
54688549--54688610	27	2.3	27	88	0	88	41	16	14	27	1.87
54688443--54688592	54	2.8	53	84	4	149	42	18	8	30	1.80
54689198--54689266	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
54692488--54692558	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
54692542--54692665	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54692526--54692637	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
54692542--54692665	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
54692566--54692708	27	5.3	26	80	5	106	41	17	11	30	1.84
54692542--54692691	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
54692542--54692694	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
54693298--54693366	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
54696593--54696663	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
54696631--54696769	54	2.6	53	85	5	136	41	20	7	30	1.80
54696647--54696769	27	4.6	27	83	4	160	42	19	7	30	1.78
54696647--54696795	53	2.8	53	84	5	149	41	18	9	30	1.82
54696647--54696812	27	6.2	26	80	4	116	40	18	10	30	1.84
54697402--54697470	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
54699983--54700086	42	2.5	43	83	9	144	29	25	18	26	1.98
54702689--54702751	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
54702945--54703090	25	6.0	24	88	8	208	28	23	20	28	1.99
54702945--54703090	48	3.0	48	88	8	208	28	23	20	28	1.99
54703139--54703205	20	3.3	20	91	0	107	32	19	13	34	1.91
54707238--54707300	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
54707494--54707639	25	6.0	24	92	5	215	28	22	20	28	1.99
54707688--54707754	20	3.3	20	91	0	107	31	22	11	34	1.90
54711038--54711108	35	2.0	35	100	0	142	59	2	2	35	1.27
54714889--54715043	28	5.6	28	84	1	186	29	10	30	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54717283--54717687	47	8.5	47	89	5	577	27	31	8	32	1.87
54717283--54717687	96	4.2	96	90	5	626	27	31	8	32	1.87
54717511--54717593	27	3.3	27	63	27	72	32	30	4	32	1.79
54717298--54717687	192	2.0	190	97	1	726	27	31	8	32	1.88
54726232--54726361	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
54734267--54734396	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
54754368--54754502	70	1.9	70	90	3	218	31	11	19	37	1.88
54755956--54756165	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
54764092--54764341	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
54766788--54766941	43	3.6	43	83	4	193	25	19	29	24	1.98
54766889--54766983	42	2.2	42	82	12	106	31	18	27	22	1.97
54769074--54769150	29	2.7	29	79	0	91	22	18	19	40	1.92
54774083--54774340	43	6.0	43	83	1	311	24	18	28	27	1.98
54776374--54776425	27	2.0	26	84	3	68	34	21	25	19	1.96
54777023--54777076	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
54777077--54777275	27	7.4	27	84	1	229	25	20	17	36	1.94
54781906--54781939	18	1.9	18	94	5	61	14	26	11	47	1.79
54785829--54786288	47	9.7	47	92	1	713	32	8	30	28	1.86
54785829--54786288	96	4.8	96	91	3	734	32	8	30	28	1.86
54786869--54786914	23	2.0	23	100	0	92	17	21	17	43	1.88
54789232--54789334	29	3.6	28	76	5	98	29	32	17	21	1.96
54791260--54791310	27	1.9	26	84	4	66	35	19	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54791935--54792106	27	6.4	27	83	1	193	24	19	19	36	1.95
54800731--54800941	43	4.9	43	86	5	284	27	17	27	27	1.98
54805166--54805194	11	2.6	11	100	0	58	10	6	24	58	1.55
54807493--54807638	43	3.4	43	76	10	113	28	17	23	30	1.97
54810210--54810291	6	13.3	7	89	8	62	65	4	0	29	1.13
54810229--54810291	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
54812156--54812281	44	2.8	45	84	1	155	30	24	13	30	1.93
54812157--54812329	45	3.9	45	78	8	165	30	23	13	32	1.93
54812394--54812511	44	2.7	44	82	2	130	30	22	18	27	1.98
54812684--54812812	44	2.9	44	80	2	143	30	22	16	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378