Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: Chr01 113035596 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Length: 113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  43  of  378  ( 45343 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10593887--10593971
21
3.9
21
75
11
89
27
2
27
43
1.67
10593894--10593987
46
2.0
46
95
0
170
28
3
26
41
1.71
10593894--10593962
14
4.6
14
71
13
57
28
2
24
43
1.69
10594035--10594145
7
15.6
7
70
10
57
22
0
39
37
1.54
10594231--10594288
22
2.6
22
88
0
89
27
3
46
22
1.68
10594289--10594392
7
14.7
7
70
8
59
21
0
30
48
1.51
10594332--10594401
28
2.5
28
86
6
88
20
0
35
44
1.52
10594342--10594400
15
4.1
15
78
6
59
18
0
35
45
1.50
10594349--10594439
36
2.5
36
83
3
121
21
0
36
41
1.54
10594656--10594873
68
3.0
75
88
7
337
53
10
10
26
1.66
10596955--10597010
23
2.5
22
72
8
60
33
16
25
25
1.95
10599250--10599281
16
1.9
17
93
6
57
37
12
25
25
1.91
10599603--10599787
43
4.3
43
92
0
289
24
18
29
27
1.98
10601439--10601467
15
1.9
15
100
0
58
44
0
13
41
1.44
10601437--10601479
15
3.2
13
78
18
52
37
0
13
48
1.43
10601493--10601524
10
3.3
10
95
4
57
31
6
0
62
1.20
10602087--10602125
19
2.0
20
90
5
62
46
28
7
17
1.76
10606680--10606739
10
6.0
10
84
11
79
21
8
1
68
1.25
10607399--10607432
18
1.9
18
94
5
61
26
11
5
55
1.58
10610843--10610881
21
1.9
20
84
5
51
53
10
5
30
1.56
10619884--10619920
17
2.2
17
100
0
74
56
10
5
27
1.55
10623762--10623799
19
2.0
19
94
0
67
42
7
15
34
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10632105--10632157
24
2.2
24
83
10
63
45
7
0
47
1.31
10632240--10632292
14
3.7
13
79
18
52
35
1
0
62
1.06
10632250--10632285
16
2.2
16
95
0
63
30
2
0
66
1.06
10632311--10632368
20
2.7
23
71
20
61
41
5
0
53
1.23
10632311--10632369
24
2.4
25
80
5
66
40
5
0
54
1.23
10632342--10632412
20
3.5
19
74
11
70
30
4
2
61
1.29
10632872--10632949
34
2.3
34
88
0
111
21
8
8
60
1.54
10636465--10636514
15
3.5
15
82
15
61
24
24
10
42
1.85
10644529--10645309
210
3.7
210
96
0
1400
29
18
21
30
1.97
10647281--10647334
24
2.2
25
86
6
74
44
7
0
48
1.31
10647417--10647462
16
3.0
15
90
6
67
32
2
0
65
1.05
10647497--10647548
24
2.2
24
82
0
59
40
5
0
53
1.25
10647521--10647593
22
3.5
19
68
17
56
30
4
2
63
1.27
10648054--10648130
34
2.3
34
88
2
111
22
10
7
59
1.55
10649654--10649691
19
2.0
19
100
0
76
42
10
15
31
1.81
10653749--10653859
27
4.1
27
79
8
120
39
23
21
15
1.91
10653749--10653859
53
2.1
54
84
5
145
39
23
21
15
1.91
10659757--10659798
20
2.1
20
90
0
66
42
11
0
45
1.41
10667622--10667659
18
2.0
18
90
10
58
47
0
0
52
1.00
10667777--10667823
3
15.7
3
79
16
53
36
0
2
61
1.08
10668877--10668965
23
3.9
23
92
0
124
8
4
35
50
1.54
10670402--10670524
48
2.7
46
75
13
119
60
1
3
34
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10670515--10670580
18
3.6
18
75
17
55
54
0
9
36
1.32
10672263--10673503
119
10.4
119
94
0
2061
27
20
18
32
1.96
10685523--10685645
48
2.7
46
75
13
119
60
1
3
34
1.23
10685636--10685701
18
3.6
18
75
17
55
54
0
9
36
1.32
10693909--10693935
13
2.1
13
100
0
54
55
7
0
37
1.28
10693920--10693953
9
3.9
9
88
7
52
58
5
2
32
1.37
10693920--10693953
17
2.0
17
94
0
59
58
5
2
32
1.37
10696855--10696899
6
7.5
6
87
0
63
80
0
6
13
0.91
10696836--10696898
18
3.5
17
82
8
72
77
0
6
15
0.96
10702254--10702280
13
2.1
13
100
0
54
55
7
0
37
1.28
10702265--10702298
9
3.9
9
88
7
52
58
5
2
32
1.37
10702265--10702298
17
2.0
17
94
0
59
58
5
2
32
1.37
10706872--10706912
21
2.0
21
85
4
57
53
17
9
19
1.70
10713958--10714185
46
5.0
47
87
2
268
21
21
14
42
1.87
10713958--10714185
92
2.5
92
86
1
305
21
21
14
42
1.87
10716250--10716281
11
2.9
11
100
0
64
65
0
0
34
0.93
10717849--10717906
30
1.9
30
92
0
98
18
27
32
20
1.97
10719949--10719987
12
3.4
11
86
10
51
82
2
12
2
0.89
10719955--10719981
6
4.5
6
100
0
54
85
0
14
0
0.61
10719949--10719987
11
3.5
11
86
6
51
82
2
12
2
0.89
10721076--10721134
27
2.2
27
100
0
118
30
20
13
35
1.91
10721271--10721465
18
10.3
18
68
13
106
42
15
9
33
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10731182--10731244
26
2.5
26
75
17
69
47
20
0
31
1.51
10731765--10731826
15
3.6
17
72
20
58
46
4
0
48
1.23
10731794--10731831
20
1.9
20
100
0
76
47
5
0
47
1.24
10737196--10737230
16
2.1
17
89
5
54
74
0
8
17
1.06
10752482--10752551
17
4.2
16
75
23
56
48
1
2
47
1.25
10756198--10756243
22
2.1
22
100
0
92
41
21
6
30
1.78
10757511--10757554
23
2.0
22
86
4
61
36
9
0
54
1.32
10770883--10771033
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
10770920--10771049
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
10775098--10775137
3
13.3
3
100
0
80
67
0
0
32
0.91
10775797--10775830
11
2.9
12
86
8
52
61
11
2
23
1.43
10776276--10776329
20
2.7
20
81
16
67
66
1
3
27
1.19
10776549--10776593
2
23.0
2
95
4
83
51
0
0
48
1.00
10807757--10807961
68
3.0
68
79
4
225
39
8
20
32
1.82
10807766--10807960
69
2.9
68
80
4
212
39
8
20
31
1.83
10808055--10808160
51
2.1
51
84
7
135
43
7
19
29
1.79
10808295--10808367
36
2.0
36
100
0
146
41
0
10
47
1.39
10812736--10812763
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
10813143--10813174
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
10818049--10818104
18
3.3
18
68
25
50
58
1
0
39
1.08
10820579--10820658
40
2.0
40
100
0
160
52
15
12
20
1.74
10823929--10823962
12
2.8
12
90
0
50
67
0
0
32
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10825880--10825922
22
2.0
22
85
0
59
67
2
2
27
1.15
10831910--10831953
20
2.3
19
81
14
54
75
4
6
13
1.17
10841949--10841974
7
3.7
7
100
0
52
15
11
0
73
1.11
10847901--10847929
1
29.0
1
100
0
58
100
0
0
0
0.00
10851425--10851628
108
1.9
108
91
2
338
30
12
25
30
1.93
10851425--10851653
108
2.1
108
87
1
325
31
13
25
29
1.94
10851737--10851799
29
2.2
29
94
0
108
15
9
26
47
1.76
10852778--10852861
42
2.0
42
100
0
168
38
26
9
26
1.87
10855256--10855329
37
2.0
37
94
2
132
54
10
17
17
1.71
10858275--10858331
6
9.5
6
88
0
78
77
3
1
17
1.00
10859940--10860055
5
23.2
5
67
18
55
72
1
5
20
1.13
10871048--10871128
33
2.5
33
83
2
101
25
25
32
16
1.96
10881383--10881447
21
3.1
21
80
8
71
35
0
7
56
1.28
10881399--10881447
20
2.5
20
86
6
64
36
0
6
57
1.24
10881433--10881481
3
17.3
3
76
19
52
28
2
0
69
1.00
10881437--10881475
11
3.5
11
92
0
69
28
2
0
69
1.02
10881433--10881474
19
2.2
19
87
8
59
26
2
0
71
0.98
10883508--10883554
25
2.0
24
83
8
60
10
27
21
40
1.86
10883628--10883757
23
5.5
23
70
11
93
15
24
23
36
1.94
10898105--10898147
17
2.5
17
75
10
52
27
2
0
69
1.00
10901991--10902122
35
3.6
36
82
9
151
33
24
10
31
1.89
10909453--10909584
35
3.6
36
82
9
151
33
24
10
31
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10922103--10922158
27
2.1
27
100
0
112
21
17
37
23
1.94
10931780--10931810
9
3.3
9
91
8
53
77
0
3
19
0.90
10932902--10933005
55
1.9
55
81
11
126
54
10
0
33
1.41
10932997--10933088
27
3.2
28
80
9
98
53
5
6
34
1.50
10933141--10933201
15
4.3
15
76
16
58
57
3
6
32
1.41
10933431--10933477
19
2.4
20
86
10
62
53
6
4
36
1.46
10933588--10933641
3
17.7
3
92
3
90
64
0
1
33
1.04
10933697--10933735
15
2.8
13
85
14
60
64
0
5
30
1.15
10935549--10935582
15
2.3
15
94
0
59
70
2
5
20
1.21
10935740--10935910
88
2.0
86
86
5
236
36
19
18
25
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378