genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  172  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50072688--50072874	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
50072711--50072874	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50072711--50072908	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
50080253--50080439	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
50080276--50080439	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50080276--50080473	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
50087845--50087896	21	2.5	21	96	0	95	19	28	23	28	1.98
50097618--50097802	79	2.3	82	82	7	220	23	24	27	23	2.00
50097619--50097802	40	4.6	40	76	8	169	23	25	27	23	2.00
50106079--50106119	22	1.9	22	90	5	66	24	24	36	14	1.93
50112236--50112422	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
50112259--50112422	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50112259--50112456	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
50115015--50115052	2	19.0	2	89	10	60	47	2	0	50	1.15
50119922--50120067	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
50132868--50133134	24	11.1	24	97	0	462	35	25	18	20	1.95
50140442--50140516	25	3.1	25	71	17	68	29	20	18	32	1.96
50140499--50140577	25	3.2	25	78	10	90	31	16	25	26	1.96
50145641--50145810	46	3.7	46	74	10	166	23	17	27	31	1.96
50150324--50150386	27	2.4	27	91	2	110	38	17	19	25	1.93
50151064--50151115	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
50156902--50156993	27	3.4	27	87	3	132	33	19	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50158571--50158742	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
50158563--50158738	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
50161123--50161211	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
50161123--50161202	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
50161134--50161211	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
50164161--50164332	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
50164153--50164328	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
50166089--50166132	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
50170271--50170306	10	3.6	10	96	0	63	25	41	22	11	1.86
50170579--50170609	15	2.1	15	100	0	62	51	12	0	35	1.40
50182166--50182267	38	2.7	38	80	6	125	23	19	26	30	1.98
50189155--50189226	28	2.6	28	82	8	92	30	12	25	31	1.92
50190247--50190278	16	2.0	16	100	0	64	43	18	6	31	1.75
50190505--50190898	27	14.6	27	84	1	486	39	20	8	31	1.82
50190505--50190952	81	5.5	81	84	1	515	39	20	8	31	1.83
50190505--50191007	27	18.7	27	76	6	369	38	20	8	31	1.83
50190997--50191182	27	6.9	27	84	3	180	37	17	20	24	1.93
50190999--50191182	54	3.4	53	82	5	210	38	16	20	25	1.93
50191699--50191891	6	31.3	6	70	16	128	18	17	15	49	1.79
50191699--50191870	31	5.5	31	77	12	149	18	17	15	49	1.80
50191727--50191809	43	1.9	43	82	0	103	16	15	16	50	1.78
50191699--50191840	68	2.1	68	91	0	239	18	16	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50191699--50191865	25	6.7	25	72	16	141	17	17	15	49	1.81
50193270--50193301	15	2.1	15	100	0	64	59	9	6	25	1.52
50195304--50195406	42	2.5	42	83	0	143	22	15	31	31	1.95
50195582--50195664	41	2.0	41	97	0	157	37	7	20	34	1.80
50200513--50200635	37	3.4	37	86	5	178	29	17	26	26	1.98
50200624--50200868	42	5.7	41	70	14	131	27	14	26	31	1.95
50200980--50201062	41	2.0	41	95	0	148	37	8	20	33	1.83
50204109--50204195	37	2.3	36	86	5	129	25	32	20	21	1.98
50204264--50204713	49	9.2	49	92	1	742	29	27	9	33	1.88
50207430--50207500	28	2.5	28	82	8	90	30	11	26	30	1.91
50207429--50207511	28	3.0	28	72	13	71	31	10	26	31	1.90
50225091--50225246	27	5.8	27	80	3	152	32	16	15	35	1.90
50225092--50225246	54	2.9	52	82	8	168	32	16	15	36	1.90
50225240--50225307	26	2.6	26	81	11	84	42	20	16	20	1.89
50225383--50225428	23	2.0	23	84	16	60	28	10	21	39	1.87
50226651--50226765	45	2.5	45	83	6	126	28	19	28	23	1.98
50226689--50226805	45	2.5	44	76	14	119	24	17	33	24	1.96
50234220--50234536	49	6.7	45	70	13	196	27	19	29	23	1.98
50237588--50237896	49	6.3	49	96	0	568	30	28	8	32	1.86
50240718--50240857	40	3.5	40	75	6	104	22	27	24	26	2.00
50241587--50241705	40	3.0	40	88	3	179	26	30	20	23	1.98
50241763--50241837	38	2.0	38	84	5	98	24	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50244014--50244322	49	6.3	49	96	0	559	30	28	8	33	1.86
50249965--50250054	42	2.1	42	93	0	153	35	6	28	28	1.83
50254749--50254781	14	2.3	15	89	5	50	39	0	39	21	1.53
50257753--50257990	39	6.1	39	83	3	248	18	33	17	30	1.94
50257801--50257940	19	7.2	19	65	15	63	18	33	16	31	1.93
50257753--50257980	117	2.0	116	86	2	323	18	33	17	30	1.94
50259922--50260091	46	3.7	46	81	12	179	26	17	30	26	1.97
50268691--50268738	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50268781--50268839	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
50268785--50268839	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
50268890--50269008	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
50268890--50269008	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
50269199--50269300	31	3.1	31	78	17	123	39	15	21	23	1.92
50269216--50269323	38	2.8	38	92	1	180	38	14	23	23	1.92
50270119--50270155	18	2.1	18	100	0	74	32	8	10	48	1.67
50277934--50278024	47	1.9	48	82	8	116	25	28	8	37	1.86
50278040--50278221	46	4.0	46	90	5	300	30	28	7	34	1.84
50278053--50278221	88	1.9	88	97	0	320	30	28	7	33	1.84
50280924--50281028	40	2.6	40	80	8	115	24	24	23	26	2.00
50281688--50281955	40	6.7	40	94	0	439	25	28	21	25	1.99
50284510--50284619	47	2.4	46	87	4	150	27	28	8	36	1.85
50284623--50284804	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50290210--50290260	25	2.0	25	85	7	68	29	21	17	31	1.96
50290304--50290348	10	4.4	10	83	5	54	33	17	15	33	1.92
50290398--50290459	25	2.5	25	91	0	97	25	25	24	24	2.00
50290398--50290467	25	2.8	25	86	2	79	24	24	24	27	2.00
50298065--50298109	10	4.4	10	80	5	54	37	20	13	28	1.90
50298154--50298221	25	2.7	25	84	4	84	27	22	25	25	1.99
50300106--50300148	20	2.1	21	83	12	54	53	25	0	20	1.46
50302942--50302997	27	2.1	27	86	0	76	25	14	21	39	1.91
50303234--50303276	20	2.2	20	87	4	61	25	37	23	13	1.92
50310712--50310807	42	2.3	42	98	0	183	21	34	27	16	1.95
50311054--50311088	11	3.2	11	95	0	61	34	25	0	40	1.56
50311748--50311905	43	3.7	42	79	10	151	32	25	17	24	1.97
50313277--50313314	19	2.0	19	100	0	76	42	5	5	47	1.48
50313840--50313898	30	2.0	30	100	0	118	38	23	10	27	1.87
50316369--50316503	29	4.6	29	81	7	148	28	14	30	26	1.95
50316369--50316501	60	2.3	58	82	5	151	27	15	30	27	1.96
50317930--50317965	18	2.1	18	89	5	56	27	13	13	44	1.82
50321655--50321827	93	1.9	93	85	2	240	25	21	24	28	1.99
50324939--50324998	27	2.2	28	85	8	88	31	26	15	26	1.95
50325272--50325338	34	2.0	34	85	5	91	25	20	25	28	1.99
50330117--50330383	24	11.1	24	97	0	462	35	25	18	20	1.95
50338141--50338386	68	3.6	68	91	5	365	36	25	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50338131--50338386	47	5.6	47	89	6	359	37	25	16	20	1.94
50338137--50338386	115	2.2	113	91	5	396	36	25	16	20	1.94
50340813--50340930	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
50340781--50340944	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
50347869--50347986	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
50347837--50348000	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
50349446--50349534	6	14.5	6	69	17	58	19	17	15	47	1.83
50349426--50349550	31	4.1	31	82	3	137	19	18	15	47	1.83
50349442--50349489	25	2.0	24	83	4	60	18	20	16	43	1.88
50349438--50349493	12	4.6	12	72	12	51	19	21	16	42	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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