genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  223  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66087864--66088041	49	3.7	48	80	6	200	22	30	20	26	1.98
66092260--66092354	47	2.0	47	95	0	172	22	22	35	20	1.96
66093987--66094043	30	1.9	30	85	7	80	42	5	24	28	1.76
66099484--66099647	40	4.2	39	81	6	165	25	26	21	26	2.00
66099500--66099647	77	1.9	76	83	6	192	24	27	22	26	2.00
66100473--66100518	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
66107486--66107652	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
66107486--66107652	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
66108478--66108523	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
66111841--66111881	21	2.0	21	90	0	64	21	12	9	56	1.65
66112615--66112753	70	2.0	70	91	2	226	23	16	14	45	1.84
66118739--66118793	26	2.1	26	96	0	101	40	14	18	27	1.89
66120617--66120657	20	2.0	20	100	0	82	36	9	4	48	1.58
66123009--66123043	18	1.9	18	94	0	61	48	17	2	31	1.61
66123053--66123106	26	2.1	26	96	0	99	46	18	5	29	1.72
66123441--66123962	250	2.0	250	81	8	595	41	12	10	36	1.76
66123955--66124004	20	2.4	21	77	12	59	34	6	10	50	1.60
66134557--66134606	25	2.0	25	100	0	100	44	12	24	20	1.85
66135225--66135268	23	2.0	22	86	13	63	40	9	11	38	1.73
66137028--66137053	9	2.9	9	100	0	52	65	11	11	11	1.48
66137565--66137626	25	2.5	24	80	14	65	20	9	11	58	1.61
66141646--66142072	48	8.9	48	79	5	355	26	28	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66141643--66142072	96	4.5	97	78	5	401	26	28	17	27	1.98
66141644--66142072	144	3.0	144	83	3	506	26	28	17	27	1.98
66143727--66143835	43	2.5	43	85	2	148	28	14	22	34	1.93
66148253--66148409	43	3.7	43	73	10	149	28	24	17	29	1.97
66155940--66156108	43	4.0	43	74	11	159	30	28	14	26	1.95
66156937--66156996	24	2.5	24	91	2	93	25	5	3	66	1.27
66160824--66160863	20	2.0	20	90	0	62	37	5	25	32	1.77
66161994--66162029	17	2.1	17	90	10	56	61	2	0	36	1.11
66166286--66166342	25	2.2	26	87	3	80	14	28	21	36	1.92
66181973--66182003	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
66186560--66186649	29	3.1	29	83	0	99	21	34	24	20	1.96
66186573--66186673	29	3.5	29	81	0	94	24	34	20	19	1.96
66189263--66189534	46	5.7	48	77	10	238	27	19	30	23	1.98
66193585--66193752	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
66193601--66193750	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
66201590--66201757	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
66201606--66201755	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
66206253--66206311	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
66210336--66210462	46	2.7	45	78	6	137	28	21	26	23	1.99
66210336--66210507	46	3.7	45	74	11	125	27	21	27	23	1.99
66211713--66211751	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
66213424--66213670	123	2.0	123	99	0	485	24	10	20	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66221874--66222023	42	3.5	43	81	6	164	28	19	25	26	1.99
66221873--66222030	85	1.9	84	84	6	212	27	19	25	27	1.99
66223286--66223418	47	2.8	46	82	5	142	27	18	30	24	1.98
66223665--66223704	18	2.2	18	100	0	80	40	0	27	32	1.57
66227740--66227783	20	2.2	20	87	4	61	59	2	0	38	1.10
66227740--66227796	18	2.9	20	82	7	64	57	1	1	38	1.19
66228513--66228555	21	2.0	21	86	0	59	60	9	6	23	1.51
66233056--66233108	27	2.0	26	82	10	63	20	20	1	56	1.51
66233032--66233144	44	2.5	45	80	13	126	22	22	1	53	1.55
66236512--66236553	20	2.1	20	86	0	57	28	7	16	47	1.73
66238598--66238647	24	2.1	24	100	0	100	46	20	4	30	1.69
66240098--66240140	22	2.0	22	82	13	54	11	44	23	20	1.84
66243182--66243242	31	2.0	31	96	0	113	32	19	9	37	1.85
66245557--66245585	11	2.6	11	100	0	58	31	0	24	44	1.54
66247234--66247276	23	1.9	22	90	4	68	74	0	25	0	0.82
66246933--66247624	348	2.0	346	92	1	1125	43	15	22	18	1.88
66247586--66247656	23	3.0	24	74	11	74	61	0	36	1	1.05
66247714--66247757	23	1.9	23	85	0	61	11	2	11	75	1.15
66247746--66247777	13	2.5	13	95	5	57	28	0	9	62	1.26
66247745--66247779	16	2.1	17	89	5	54	25	0	14	60	1.35
66247750--66247932	39	4.7	39	77	10	203	33	4	12	49	1.61
66247752--66247932	78	2.3	78	96	0	335	34	4	12	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66250551--66250816	93	2.9	94	94	2	457	27	30	19	21	1.98
66250598--66250759	47	3.5	47	78	11	215	28	30	18	22	1.97
66250544--66250812	46	5.8	46	73	18	245	28	30	19	21	1.97
66252589--66252627	20	2.0	20	100	0	78	35	10	17	35	1.84
66254504--66254587	26	3.1	26	72	24	91	36	2	13	47	1.55
66254960--66255039	33	2.4	34	89	6	128	20	15	40	25	1.90
66257311--66258609	152	8.6	152	92	1	2091	28	6	7	57	1.50
66257313--66258609	452	2.9	452	91	3	2119	28	6	7	57	1.50
66257933--66257986	23	2.4	22	79	14	56	29	0	1	68	1.00
66257967--66258002	12	2.8	13	83	8	56	22	0	0	77	0.76
66257951--66258003	17	3.4	17	70	20	51	28	0	0	71	0.86
66257313--66258609	603	2.2	603	91	1	2111	28	6	7	57	1.50
66258647--66258714	32	2.2	31	86	7	93	20	2	2	73	1.09
66258646--66258724	16	4.9	16	75	9	72	21	3	2	72	1.13
66259114--66259169	14	4.1	14	73	13	55	0	33	0	66	0.92
66259203--66259261	22	2.7	23	79	15	79	0	30	0	69	0.89
66259842--66259875	18	1.9	17	88	5	50	17	0	41	41	1.50
66268873--66269058	93	2.0	93	89	2	284	18	11	13	56	1.67
66270459--66270498	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
66270463--66270506	20	2.2	20	91	0	70	52	0	2	45	1.13
66270581--66270624	19	2.2	20	96	4	81	50	13	11	25	1.75
66271934--66272022	45	2.0	44	93	4	153	55	3	23	17	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66274747--66274971	49	4.7	49	87	3	287	32	8	31	28	1.87
66279012--66279371	48	7.6	48	87	2	505	25	18	28	27	1.98
66279012--66279371	95	3.8	96	88	2	507	25	18	28	27	1.98
66279012--66279371	143	2.5	142	87	3	510	25	18	28	27	1.98
66280185--66280220	18	2.0	18	100	0	72	33	5	27	33	1.80
66286394--66286669	48	5.8	48	89	0	417	23	16	30	29	1.96
66287480--66287515	18	2.0	18	100	0	72	33	5	27	33	1.80
66287641--66287730	42	2.1	42	85	0	126	16	31	31	21	1.95
66288487--66288690	46	4.4	45	85	6	248	23	29	19	27	1.98
66288516--66288689	94	1.9	92	88	7	262	23	31	19	25	1.98
66293216--66293259	20	2.1	21	91	4	72	61	6	4	27	1.41
66295786--66295821	16	2.2	16	90	5	54	77	0	0	22	0.76
66296451--66296498	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
66298183--66298243	13	4.7	13	87	0	95	37	31	8	22	1.84
66299571--66300040	234	2.0	233	96	0	868	42	15	18	22	1.88
66300413--66300468	18	2.8	20	82	15	62	58	17	1	21	1.47
66300446--66300498	22	2.5	21	77	17	65	62	15	0	22	1.32
66300521--66300613	19	5.1	19	72	12	77	47	12	8	31	1.72
66300511--66300643	54	2.5	54	91	0	203	43	13	7	35	1.72
66302582--66302788	53	3.8	53	77	3	189	38	16	23	20	1.93
66304325--66304379	28	2.0	28	96	0	101	16	23	14	45	1.84
66308548--66308577	11	2.7	11	94	0	51	50	20	3	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66309032--66309134	27	3.8	27	85	2	118	27	15	19	37	1.92
66309032--66309229	54	3.7	54	84	4	170	30	11	18	39	1.86
66309099--66309466	27	13.7	27	84	2	395	31	9	19	39	1.84
66309099--66309466	80	4.6	81	84	3	458	31	9	19	39	1.84
66309101--66309466	53	6.8	54	87	2	429	31	9	19	39	1.84
66309783--66309846	28	2.3	28	100	0	128	23	39	18	18	1.93
66312305--66312487	50	3.6	50	82	2	197	29	24	19	26	1.98
66321813--66321930	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
66321785--66321944	71	2.3	71	100	0	320	35	16	28	18	1.93
66325210--66325310	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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