genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  229  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67730733--67730758	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
67731944--67732093	63	2.4	62	85	4	194	20	16	28	35	1.94
67732008--67732055	24	2.0	24	87	0	69	22	12	29	35	1.91
67734644--67734751	38	2.9	37	72	10	103	39	16	15	27	1.89
67734763--67735006	112	2.2	111	84	0	317	37	15	16	30	1.90
67737830--67738098	40	6.5	40	85	10	292	27	27	21	22	1.99
67737800--67738098	80	3.7	80	80	12	270	27	27	22	23	1.99
67737952--67738054	51	2.0	51	100	0	206	26	27	23	23	2.00
67737912--67738094	91	2.0	91	94	0	321	27	26	21	23	1.99
67740088--67740135	24	2.0	24	100	0	96	29	12	16	41	1.85
67751758--67751811	20	2.7	20	88	0	81	16	29	33	20	1.95
67752085--67752166	42	2.0	42	82	4	103	21	36	25	15	1.94
67752907--67753016	43	2.6	42	80	5	123	27	25	17	30	1.97
67762307--67762358	20	2.6	20	90	0	77	15	25	32	26	1.95
67763987--67764040	27	2.0	27	96	0	99	37	12	7	42	1.72
67764576--67764609	8	4.4	8	88	3	52	61	0	0	38	0.96
67764573--67764613	13	3.0	13	89	7	55	58	0	0	41	0.98
67764575--67764648	33	2.2	33	81	9	80	56	1	5	36	1.31
67764727--67764765	17	2.3	17	86	8	53	53	0	2	43	1.14
67767998--67768223	40	5.7	40	93	1	355	23	19	27	30	1.98
67768002--67768251	40	6.2	40	90	2	342	23	20	26	29	1.99
67776291--67776516	40	5.7	40	89	1	319	23	18	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67776295--67776552	40	6.5	40	88	2	306	23	19	27	30	1.98
67778143--67778651	44	11.7	43	79	9	511	30	26	14	28	1.95
67778147--67778668	132	4.0	131	81	6	566	30	26	14	28	1.95
67778487--67778564	37	2.1	37	85	4	104	32	24	11	32	1.91
67790102--67790155	27	2.0	27	92	0	90	38	16	5	38	1.72
67790869--67790928	25	2.4	25	73	15	61	55	1	3	40	1.27
67792431--67793010	44	13.4	44	84	6	709	29	27	14	29	1.95
67792431--67793010	131	4.5	130	83	6	703	29	27	14	29	1.95
67792802--67792967	81	2.0	81	85	0	224	31	25	11	30	1.91
67795055--67795109	20	2.9	18	75	15	58	56	1	10	30	1.44
67795425--67795449	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
67796027--67796083	25	2.3	25	81	6	62	31	26	19	22	1.98
67797779--67797865	45	1.9	45	95	0	156	24	11	24	40	1.88
67804489--67804563	20	3.6	21	85	12	84	40	8	4	48	1.51
67805878--67805983	39	2.7	39	94	0	185	28	28	20	22	1.99
67811616--67811684	26	2.7	26	76	0	66	31	21	8	37	1.84
67817061--67817228	40	4.2	40	80	3	187	25	27	22	25	2.00
67817052--67817228	80	2.2	80	82	5	207	24	27	22	25	2.00
67837577--67837608	9	3.6	9	95	0	55	12	0	25	62	1.30
67839327--67839414	28	3.2	28	87	3	117	21	21	20	36	1.95
67847919--67848069	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
67847955--67848085	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67855894--67856058	40	4.2	39	75	6	147	26	23	27	23	2.00
67855895--67856042	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
67855894--67856058	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
67858161--67858218	26	2.2	25	73	8	62	39	20	6	32	1.79
67858174--67858223	26	1.9	26	87	0	73	38	20	10	32	1.85
67858326--67858389	28	2.3	28	94	0	110	21	20	21	35	1.96
67861348--67861373	13	2.0	13	100	0	52	30	30	30	7	1.85
67864032--67864195	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
67864032--67864229	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
67866497--67866666	86	2.0	85	82	7	211	21	17	27	33	1.96
67866503--67866661	43	3.7	42	79	10	180	21	18	27	32	1.97
67870030--67870139	40	2.8	40	84	0	148	27	23	25	23	2.00
67875747--67875810	31	2.1	31	100	0	128	42	25	9	23	1.84
67876733--67876848	44	2.7	42	80	7	126	32	29	15	22	1.95
67878500--67878540	19	2.1	20	86	4	57	46	0	24	29	1.53
67879033--67879348	47	6.7	48	67	11	161	29	18	28	24	1.98
67881480--67881609	40	3.2	40	81	4	156	23	23	28	24	2.00
67888629--67888710	29	2.9	28	89	5	128	23	15	32	28	1.95
67889029--67889405	27	14.1	27	82	6	364	38	18	9	33	1.84
67889038--67889513	80	5.8	81	78	9	471	38	18	10	33	1.84
67889038--67889513	54	8.7	54	79	12	434	38	18	10	33	1.84
67889370--67889443	38	1.9	38	88	0	112	39	14	10	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67889406--67889513	27	4.0	27	79	7	112	38	18	10	32	1.84
67889343--67889470	65	2.0	65	89	3	195	38	17	11	32	1.86
67889465--67889558	27	3.5	27	85	2	109	37	17	15	29	1.91
67892877--67893043	46	3.6	47	82	7	175	29	17	28	23	1.97
67894483--67894650	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
67894499--67894648	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
67897865--67898232	27	13.7	27	84	3	451	38	18	10	33	1.84
67897865--67898339	80	5.8	81	77	9	462	38	18	10	33	1.84
67898197--67898270	38	1.9	38	88	0	112	39	14	10	35	1.82
67898170--67898296	65	2.0	64	87	4	184	38	17	11	32	1.86
67898116--67898341	118	1.9	118	81	5	278	38	17	10	33	1.84
67898238--67898379	27	5.3	27	77	3	108	38	17	13	30	1.88
67898090--67898354	145	1.8	145	83	6	331	39	16	10	33	1.83
67898265--67898384	27	4.5	27	82	5	109	37	17	15	29	1.91
67901743--67901854	46	2.5	44	84	10	138	25	18	29	25	1.98
67903288--67903454	41	4.2	40	72	7	117	22	26	23	26	2.00
67906257--67906337	28	2.9	28	85	9	119	23	16	32	28	1.96
67906655--67907030	27	14.1	27	80	7	339	38	18	9	32	1.84
67906655--67907030	53	7.0	54	83	5	424	38	18	9	32	1.84
67906664--67907138	80	5.8	81	76	9	435	38	18	10	32	1.84
67906996--67907068	37	1.9	38	88	2	112	39	13	10	35	1.80
67907031--67907138	27	4.0	27	79	7	112	38	18	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67906969--67907095	64	2.0	65	85	4	177	38	17	11	32	1.86
67907090--67907183	27	3.5	27	85	2	109	37	17	15	29	1.91
67910499--67910665	46	3.6	47	82	7	175	29	17	28	23	1.97
67912112--67912216	36	2.8	36	83	10	124	20	29	25	23	1.99
67919279--67919445	40	4.2	40	76	4	142	22	26	23	27	1.99
67921918--67921944	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
67931951--67931992	21	2.0	21	95	0	75	30	23	21	23	1.99
67933014--67933068	29	2.0	29	85	7	78	41	3	25	29	1.72
67933568--67933726	43	3.7	42	77	9	153	27	18	23	30	1.98
67936919--67937035	58	2.0	58	98	0	225	40	22	17	19	1.92
67938201--67938494	39	7.4	39	79	6	311	31	19	12	35	1.89
67940133--67940198	32	2.1	32	94	0	114	22	22	16	37	1.93
67946260--67946301	20	2.1	20	95	0	75	19	11	26	42	1.85
67947465--67947521	25	2.3	25	100	0	114	19	28	29	22	1.98
67948833--67949004	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
67948825--67949000	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
67953216--67953400	40	4.7	40	82	7	218	23	22	27	26	1.99
67953216--67953398	79	2.3	81	83	7	232	24	22	27	26	2.00
67953269--67953433	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
67954781--67954830	15	3.3	15	88	0	73	58	14	18	10	1.63
67957773--67957900	46	2.8	47	93	3	224	30	28	20	20	1.97
67963457--67963585	48	2.7	48	87	4	181	22	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67963688--67963750	31	2.0	31	96	0	117	36	6	25	31	1.81
67968103--67968188	11	7.8	11	70	23	56	18	5	5	69	1.29
67968356--67968418	31	2.0	31	96	0	117	36	6	25	31	1.81
67971464--67971627	76	2.2	75	80	4	177	29	20	26	24	1.99
67979163--67979366	53	3.8	53	77	4	203	20	24	18	37	1.94
67979175--67979366	55	3.6	53	77	4	188	19	23	19	36	1.94
67986621--67986670	24	2.1	24	84	0	64	34	30	10	26	1.89
67999865--68000009	40	3.6	40	81	2	121	28	24	26	21	1.99
67999904--68000016	40	2.8	39	85	5	127	23	23	28	23	2.00
68005207--68005238	14	2.3	14	100	0	64	40	15	12	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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