Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  156  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45117708--45117753
23
2.0
23
100
0
92
21
8
13
56
1.63
45120444--45120496
16
3.4
16
84
7
65
75
5
16
1
1.08
45120454--45120514
16
3.8
16
80
8
61
72
3
22
1
1.09
45120472--45120514
13
3.4
13
80
3
52
74
0
25
0
0.82
45129183--45129372
41
4.6
41
81
1
166
35
26
18
19
1.95
45129183--45129373
82
2.3
82
83
1
231
35
26
19
19
1.95
45131299--45131336
12
3.1
12
88
7
58
10
2
0
86
0.66
45139447--45139556
43
2.6
42
84
5
150
30
24
16
29
1.96
45144379--45144475
49
2.0
49
85
0
131
45
9
15
29
1.77
45146059--45146095
15
2.6
15
87
8
51
51
2
0
45
1.15
45147739--45147763
2
12.5
2
100
0
50
0
48
0
52
1.00
45147840--45147906
36
1.9
34
90
6
107
43
5
0
50
1.26
45147883--45147928
2
24.0
2
91
8
78
50
0
0
50
1.00
45147890--45147954
8
7.6
8
79
17
51
53
3
1
41
1.25
45149602--45149636
17
2.1
17
88
0
52
31
8
31
28
1.87
45150428--45150597
26
6.5
26
95
0
304
31
5
26
35
1.80
45150428--45150597
78
2.2
78
100
0
340
31
5
26
35
1.80
45151877--45151923
19
2.5
19
100
0
94
36
12
31
19
1.89
45156258--45156317
31
1.9
31
96
0
111
20
10
36
33
1.86
45157557--45157663
26
4.2
26
97
2
207
30
6
27
35
1.82
45157557--45157663
51
2.1
52
98
1
207
30
6
27
35
1.82
45161898--45162000
24
4.2
24
74
14
77
36
23
23
16
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45168532--45168588
23
2.4
24
85
14
82
31
5
0
63
1.17
45168532--45168581
21
2.2
23
89
10
77
32
4
0
64
1.12
45168811--45168853
5
8.6
5
100
0
86
79
0
0
20
0.74
45172396--45172494
42
2.3
42
84
5
128
31
20
19
29
1.97
45172377--45172498
43
2.8
43
80
9
142
30
21
18
29
1.97
45173470--45173543
38
1.9
38
97
0
139
43
20
14
21
1.88
45176583--45176632
16
3.3
15
74
20
50
56
0
0
44
0.99
45177289--45177328
20
2.0
20
90
0
62
22
5
32
40
1.76
45177291--45177336
20
2.3
20
84
0
56
26
2
28
43
1.66
45177524--45177579
28
2.0
28
83
10
71
53
5
0
41
1.24
45180193--45180379
40
4.7
40
80
6
200
25
26
22
25
2.00
45180193--45180378
79
2.3
79
84
4
214
25
26
22
25
2.00
45188148--45188351
80
2.5
80
84
4
243
25
26
22
25
2.00
45188164--45188351
40
4.7
40
80
5
200
25
25
22
26
2.00
45196886--45196929
17
2.6
17
81
0
52
36
15
9
38
1.80
45201861--45201894
17
2.0
17
100
0
68
23
23
29
23
1.99
45216185--45216470
39
7.3
39
85
1
340
23
18
26
31
1.97
45225161--45225221
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
45228154--45228303
40
3.8
39
79
5
131
28
22
27
22
1.99
45228152--45228305
80
1.9
80
83
0
200
28
22
27
22
1.99
45228276--45228354
40
2.0
40
82
0
95
30
25
27
16
1.97
45228156--45228338
80
2.3
80
77
1
197
28
23
26
20
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45236248--45236398
38
3.9
38
93
6
250
25
23
29
21
1.99
45236248--45236398
40
3.8
40
96
2
272
25
23
29
21
1.99
45238899--45238923
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
45242421--45242461
19
2.2
19
100
0
82
41
4
12
41
1.64
45244855--45244987
46
2.9
46
84
5
135
21
21
24
32
1.98
45245782--45245845
31
2.1
31
96
0
119
37
7
21
32
1.83
45249790--45249919
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
45249806--45249957
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
45249806--45249955
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
45255298--45255400
38
2.7
39
89
4
147
26
21
30
22
1.99
45263258--45263362
39
2.7
39
89
1
156
25
20
31
21
1.98
45270469--45270687
46
4.7
47
75
11
161
24
29
17
28
1.97
45270602--45270727
47
2.7
44
81
13
139
24
26
19
29
1.98
45272508--45272575
34
2.0
34
88
0
100
27
7
25
39
1.82
45278853--45278895
22
2.0
22
90
0
68
34
13
27
23
1.93
45283988--45284117
40
3.2
40
80
4
156
23
24
27
23
2.00
45289875--45289998
39
3.2
39
82
0
158
25
20
27
27
1.99
45290513--45290568
27
2.0
28
96
3
105
41
7
26
25
1.81
45297653--45297690
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
45305595--45305632
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
45307675--45307794
43
2.9
41
77
13
109
24
20
27
28
1.99
45317411--45317559
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45317452--45317559
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
45326822--45326912
45
2.0
45
100
0
182
26
19
6
47
1.74
45329061--45329109
24
2.0
25
88
4
73
8
32
0
59
1.27
45333700--45333757
22
2.6
22
86
0
71
34
22
24
18
1.96
45333865--45333947
27
3.1
26
86
5
103
38
21
20
19
1.93
45334178--45334399
27
8.2
27
87
0
309
25
18
17
37
1.93
45334383--45334508
27
4.7
27
78
9
116
30
8
19
41
1.81
45338275--45338318
22
2.0
22
90
0
70
34
11
29
25
1.91
45339148--45339173
13
2.0
13
100
0
52
30
23
38
7
1.83
45339818--45339847
6
5.2
6
92
8
53
86
0
13
0
0.57
45341130--45341176
24
1.9
24
86
4
67
8
34
0
57
1.29
45343028--45343098
34
2.1
34
97
0
133
33
14
16
35
1.89
45346052--45346087
18
2.1
16
90
10
54
36
0
0
63
0.94
45346052--45346087
8
4.2
8
86
13
54
36
0
0
63
0.94
45374693--45375134
81
5.5
80
79
8
439
32
10
17
39
1.84
45374680--45375140
27
17.1
27
79
9
360
32
10
18
39
1.85
45376436--45376655
46
4.7
47
75
10
175
28
17
29
24
1.97
45378493--45378522
15
2.0
15
93
0
51
50
13
16
20
1.78
45379889--45379945
28
2.0
28
96
0
105
38
12
17
31
1.87
45380075--45380554
27
17.6
28
77
13
196
31
11
17
38
1.86
45380080--45380560
54
8.8
53
75
12
333
31
11
18
38
1.86
45380094--45380560
81
5.7
80
76
12
378
31
10
18
38
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45380175--45380500
169
1.9
169
84
2
440
30
10
19
40
1.84
45380372--45380555
53
3.5
52
85
6
226
33
11
17
36
1.86
45380344--45380559
27
8.1
27
84
4
233
32
11
18
37
1.87
45385884--45386062
91
2.0
91
97
0
340
38
12
7
41
1.70
45391506--45391707
43
4.7
43
90
1
289
34
20
14
30
1.92
45393171--45393206
3
12.0
3
100
0
72
66
0
0
33
0.92
45394729--45394786
30
1.9
30
89
10
91
31
3
10
55
1.50
45394868--45394906
18
2.2
18
86
9
53
20
0
12
66
1.24
45394909--45394941
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
45404782--45405189
203
2.0
203
89
0
618
27
22
19
30
1.98
45405220--45405244
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
45412155--45412289
40
3.4
40
91
2
227
29
26
21
22
1.99
45424225--45424308
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
45426498--45426543
23
2.0
23
82
4
56
50
4
21
23
1.67
45428143--45428820
339
2.0
339
93
1
1171
32
23
13
31
1.93
45429639--45429738
18
5.6
18
80
0
101
34
17
14
35
1.89
45429627--45429738
36
3.1
35
83
2
134
35
16
13
33
1.88
45430903--45430940
20
1.9
20
88
0
58
0
28
0
71
0.87
45431642--45431667
13
2.0
13
100
0
52
30
23
15
30
1.95
45438472--45438571
18
5.6
18
78
0
92
33
17
14
36
1.89
45438460--45438571
36
3.1
35
82
7
127
34
16
13
34
1.88
45443914--45444006
44
2.1
44
97
0
177
24
18
23
33
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45453431--45453547
38
3.1
37
83
4
128
25
13
35
24
1.93
45455730--45455789
25
2.4
25
88
0
84
26
25
18
30
1.98
45459020--45459196
50
3.5
50
90
0
273
36
15
21
26
1.94
45459172--45459320
31
4.8
31
91
0
226
27
19
26
26
1.99
45459349--45459469
49
2.5
48
89
4
174
26
15
28
29
1.96
45463095--45463319
50
4.5
50
96
1
398
34
15
23
27
1.94
45463095--45463319
99
2.3
100
95
0
398
34
15
23
27
1.94
45463312--45463403
46
2.0
46
91
0
148
26
21
23
28
1.99
45463359--45463427
31
2.2
31
84
0
84
26
20
26
27
1.99
45468796--45468918
47
2.6
47
96
0
228
29
26
19
24
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378