genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  283  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85314340--85314376	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
85318992--85319083	5	18.0	5	72	18	50	76	1	6	16	1.05
85318993--85319088	6	16.0	6	76	11	63	77	1	6	15	1.03
85319047--85319085	17	2.4	17	84	16	55	82	0	2	15	0.79
85318993--85319086	48	2.0	48	80	4	109	77	1	6	14	1.02
85320587--85320625	20	2.1	19	90	9	62	7	15	56	20	1.63
85326469--85326612	43	3.3	43	78	5	148	31	25	16	26	1.97
85329925--85330122	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
85329991--85330108	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85329959--85330122	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
85333735--85333890	43	3.6	43	85	2	206	32	21	15	30	1.94
85337643--85337765	39	3.2	38	88	3	174	23	19	32	24	1.97
85337660--85337800	39	3.6	40	83	7	132	22	21	32	22	1.98
85337643--85337795	77	2.0	78	84	3	202	23	20	32	23	1.98
85345710--85345872	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
85345710--85345903	39	4.9	39	90	0	253	23	21	31	23	1.98
85347650--85347685	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
85360276--85360406	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
85360293--85360443	40	3.8	40	85	4	171	23	26	21	28	1.99
85368850--85368996	40	3.7	40	79	8	167	25	23	27	23	2.00
85368850--85369000	78	1.9	80	85	5	209	25	23	28	23	1.99
85376704--85376883	40	4.6	40	78	8	172	24	25	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85376704--85376854	78	1.9	80	85	5	209	25	23	28	23	1.99
85376704--85376883	78	2.3	80	81	6	206	24	25	28	22	1.99
85383137--85383371	27	8.7	26	82	7	206	41	18	8	31	1.80
85383120--85383401	81	3.5	81	82	4	320	41	18	9	30	1.82
85383121--85383360	54	4.5	56	78	10	234	41	17	8	32	1.81
85383160--85383400	27	8.9	27	80	8	192	40	18	9	31	1.82
85383160--85383400	54	4.5	54	78	9	217	40	18	9	31	1.82
85383825--85383913	27	3.3	27	77	3	90	21	20	17	40	1.92
85395454--85395607	56	2.7	55	86	5	202	27	13	23	35	1.92
85397991--85398016	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85398889--85399096	40	5.2	40	84	2	249	25	21	26	26	1.99
85402375--85402439	20	3.3	20	64	12	53	18	35	18	27	1.94
85402361--85402454	39	2.4	39	92	1	154	18	31	19	30	1.95
85406849--85407003	42	3.7	42	84	1	202	30	24	16	29	1.96
85410077--85410126	24	2.1	24	81	7	57	54	6	2	38	1.37
85411073--85411179	20	5.8	18	70	22	62	52	3	2	41	1.34
85411073--85411180	37	2.9	36	78	16	107	52	3	2	40	1.33
85413153--85413282	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
85413153--85413316	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
85421191--85421320	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
85421191--85421354	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
85424380--85424455	23	3.4	22	85	7	100	27	18	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85430322--85430947	48	13.0	48	92	0	1000	35	6	26	31	1.82
85430992--85431063	37	1.9	37	91	0	117	20	19	31	27	1.97
85439796--85439943	46	3.2	46	74	13	144	29	27	19	23	1.98
85442332--85442498	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
85442332--85442498	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
85443323--85443368	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85450301--85450467	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
85450301--85450467	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
85451290--85451335	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85453850--85453978	40	3.2	40	81	5	156	23	24	27	24	2.00
85461897--85462026	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
85463989--85464021	16	2.1	16	100	0	66	39	18	12	30	1.87
85467571--85467671	25	4.0	25	75	0	94	26	20	23	28	1.99
85472195--85472250	22	2.5	22	94	0	94	19	32	35	12	1.89
85476162--85476436	48	5.7	48	94	1	469	34	5	27	32	1.80
85477909--85477992	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
85479487--85479860	48	7.8	48	95	0	622	35	6	28	30	1.82
85480001--85480103	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
85481390--85481786	40	9.9	40	89	0	580	22	21	29	26	1.99
85485346--85485733	48	8.0	48	93	1	650	35	5	27	30	1.81
85485346--85485729	194	2.0	194	94	0	669	35	5	27	30	1.81
85487087--85487185	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85488656--85488954	48	6.2	48	96	0	535	34	6	29	30	1.81
85489095--85489234	37	3.8	37	98	0	262	23	20	32	24	1.98
85495392--85495595	46	4.5	45	81	11	188	23	30	20	25	1.98
85495435--85495651	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	26	1.98
85495435--85495643	46	4.6	44	79	11	181	22	31	19	27	1.97
85501838--85501884	18	2.6	18	83	10	60	12	4	4	78	1.04
85501838--85501885	6	8.0	6	81	9	53	14	4	4	77	1.08
85514845--85514889	18	2.6	18	86	6	58	64	0	0	35	0.94
85518407--85518792	47	8.7	47	79	12	440	29	14	23	32	1.94
85518448--85518830	85	4.4	87	78	15	372	28	14	24	32	1.94
85518373--85518830	132	3.5	132	91	3	728	29	14	24	32	1.94
85519036--85519061	12	2.2	12	100	0	52	30	0	23	46	1.53
85528854--85528898	8	5.4	8	82	10	54	64	0	0	35	0.94
85528852--85528898	18	2.8	16	81	12	58	63	0	0	36	0.94
85534859--85534917	24	2.5	24	94	2	102	52	8	0	38	1.32
85541315--85541789	48	9.9	48	82	0	565	27	17	28	25	1.98
85541315--85541791	96	5.0	96	89	1	686	27	17	28	25	1.98
85545777--85545817	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
85546462--85546591	39	3.4	39	91	2	210	26	23	28	21	1.99
85546464--85546619	77	2.0	78	85	3	208	25	25	28	21	1.99
85548210--85548243	12	2.8	12	90	0	50	8	17	35	38	1.81
85552376--85552419	13	3.4	13	81	12	63	0	11	4	84	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85562622--85562655	17	1.9	18	88	5	52	44	29	20	5	1.75
85562974--85563243	62	3.9	67	77	12	262	27	16	25	30	1.96
85563102--85563953	74	10.9	75	74	13	495	30	17	20	31	1.95
85563248--85563953	75	9.1	74	77	11	625	30	16	19	32	1.94
85563647--85563853	80	2.5	81	81	12	226	32	16	18	32	1.93
85563981--85564125	75	1.9	76	87	2	211	33	18	21	26	1.96
85563624--85564615	169	5.9	168	84	8	1029	30	19	19	31	1.96
85564130--85564838	78	8.8	79	75	13	536	30	19	18	31	1.96
85564130--85564832	158	4.4	158	79	13	602	30	19	18	32	1.96
85563517--85564615	327	3.3	322	81	9	1168	30	18	19	31	1.96
85564365--85564555	92	2.1	92	88	0	283	26	20	17	35	1.95
85564457--85564832	77	4.7	78	71	18	272	30	17	18	34	1.94
85564208--85565316	250	4.3	249	74	12	816	28	18	18	34	1.95
85564556--85564758	81	2.4	81	81	11	225	32	15	18	33	1.92
85564724--85564865	76	1.9	75	86	2	205	29	17	21	30	1.96
85564943--85564975	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
85564778--85565130	181	2.0	179	82	5	426	28	18	18	35	1.94
85564778--85565191	181	2.3	178	79	8	419	28	17	17	36	1.93
85564800--85565284	93	5.4	88	78	10	318	28	16	18	35	1.93
85565161--85565371	87	2.4	87	79	7	205	29	13	19	36	1.91
85565436--85565480	21	2.1	21	87	0	63	31	8	31	28	1.88
85566321--85566364	13	3.4	13	75	12	54	0	11	6	81	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85566590--85566624	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
85566653--85566704	15	3.6	15	74	7	54	36	5	3	53	1.43
85566816--85566917	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
85567881--85568355	48	9.9	48	82	0	563	27	17	28	25	1.98
85567881--85568357	96	5.0	96	88	0	675	27	17	28	25	1.98
85575552--85575718	71	2.4	71	96	0	316	36	17	28	17	1.93
85578468--85578639	43	4.0	43	75	11	163	23	18	24	33	1.96
85578823--85578878	20	2.8	20	78	8	51	39	7	23	30	1.81
85580367--85580453	44	2.0	44	97	0	165	33	14	11	40	1.83
85587613--85587646	17	2.0	17	100	0	68	35	23	17	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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