Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  306  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92845531--92845640
26
4.2
26
95
2
177
36
23
5
34
1.78
92850235--92850721
243
2.0
243
98
0
947
36
8
22
32
1.85
92851085--92851452
47
7.8
46
71
12
205
27
19
29
23
1.98
92851089--92851451
94
3.9
94
74
10
287
28
19
29
23
1.98
92860137--92860314
40
4.5
40
83
4
191
25
27
20
25
1.99
92864070--92864176
7
15.4
7
70
16
71
20
1
27
50
1.58
92864070--92864225
14
11.1
14
66
15
54
19
1
30
48
1.60
92864149--92864255
7
15.0
7
68
14
58
19
0
38
41
1.58
92864642--92864675
18
1.9
18
88
5
52
50
2
2
44
1.32
92867703--92867748
18
2.5
18
92
3
74
43
0
6
50
1.28
92869400--92869442
19
2.3
19
88
4
61
20
2
2
74
1.04
92869370--92869454
18
4.7
18
72
16
68
25
3
1
69
1.12
92869673--92869706
18
1.9
17
88
5
50
44
0
0
55
0.99
92869706--92869833
43
3.0
43
89
0
184
25
14
30
29
1.95
92871819--92871869
25
2.1
24
88
3
75
39
21
21
17
1.93
92881328--92881384
3
18.3
3
75
13
53
64
0
5
29
1.15
92881328--92881372
18
2.4
18
88
3
63
66
0
4
28
1.11
92881679--92881725
2
23.5
2
83
16
62
48
2
2
46
1.25
92881782--92881839
30
1.9
30
82
6
73
46
1
10
41
1.48
92881844--92881901
3
19.3
3
100
0
116
67
0
0
32
0.91
92883908--92884555
44
14.9
44
70
9
222
21
22
20
35
1.96
92883853--92884555
87
8.1
87
82
4
821
21
23
19
35
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92883853--92884555
175
4.0
175
85
4
850
21
23
19
35
1.96
92884534--92884642
44
2.5
44
80
5
141
27
21
19
32
1.97
92888105--92888173
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
92889783--92889820
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
92896008--92896076
28
2.5
28
92
2
113
18
8
27
44
1.79
92896200--92896236
11
3.5
11
78
14
51
10
32
29
27
1.90
92896192--92896237
20
2.3
20
100
0
92
10
32
28
28
1.91
92896201--92896244
20
2.2
20
91
0
70
11
36
27
25
1.90
92902175--92902211
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
92906598--92906646
9
5.7
9
92
7
84
42
12
22
22
1.86
92906598--92906646
17
2.8
17
96
3
89
42
12
22
22
1.86
92906722--92906759
20
1.9
20
84
10
51
26
21
23
28
1.99
92910445--92910487
18
2.3
19
88
4
61
65
0
4
30
1.13
92910901--92910934
2
16.5
2
93
6
59
47
0
2
50
1.16
92910959--92910992
3
11.3
3
100
0
68
67
0
0
32
0.91
92915286--92915369
26
3.2
26
91
0
132
36
22
4
35
1.76
92917339--92917405
33
2.0
33
91
5
109
40
16
1
41
1.57
92937358--92937651
43
6.9
43
91
1
466
12
23
31
31
1.92
92937819--92937977
29
5.5
28
71
10
124
22
20
28
28
1.98
92937848--92938002
29
5.4
28
71
9
98
21
18
31
28
1.97
92937816--92938002
58
3.3
58
93
1
297
21
19
30
28
1.98
92938108--92938169
29
2.1
29
100
0
124
35
9
24
30
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92946728--92946760
17
2.0
17
88
5
50
27
12
9
51
1.69
92949546--92949584
12
3.3
12
89
10
55
20
7
0
71
1.10
92951088--92951202
21
5.2
24
72
22
83
62
0
8
28
1.25
92951135--92951251
29
4.0
29
70
8
85
64
0
8
26
1.28
92951116--92951202
44
2.0
44
82
13
108
65
0
8
26
1.20
92951114--92951242
15
8.9
14
73
18
70
65
0
6
26
1.23
92951775--92951801
5
5.4
5
100
0
54
81
0
0
18
0.69
92960276--92960312
13
2.8
13
91
4
56
51
21
0
27
1.48
92960648--92960741
40
2.5
37
82
8
118
32
29
21
15
1.95
92961915--92961975
3
20.0
3
96
3
113
65
0
1
32
1.02
92963606--92963652
23
2.0
23
95
0
85
25
17
19
38
1.92
92967509--92967565
28
2.0
28
100
0
114
40
10
10
38
1.74
92968328--92968421
40
2.5
37
82
8
109
31
27
23
17
1.96
92969579--92969645
3
22.0
3
96
3
125
65
0
1
32
1.02
92973877--92973910
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
92977834--92977878
22
2.1
22
88
8
67
33
2
0
64
1.06
92986282--92986323
13
3.2
13
89
3
66
30
0
7
61
1.22
92987177--92987208
15
2.1
15
94
0
55
18
9
6
65
1.42
92988802--92988855
5
9.7
6
73
15
53
50
0
1
48
1.11
92993731--92993835
51
2.1
51
96
0
192
46
17
16
20
1.84
92996626--92996820
39
5.0
39
86
3
239
31
3
20
45
1.67
92996626--92996820
78
2.5
78
87
2
266
31
3
20
45
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93000243--93000564
48
6.7
48
88
0
439
28
28
18
24
1.98
93015740--93015806
29
2.3
29
84
0
80
34
25
11
28
1.91
93015740--93015816
29
2.7
29
81
4
75
37
24
11
25
1.90
93016212--93016748
266
2.0
266
100
0
1074
32
14
26
27
1.95
93023973--93024190
98
2.2
96
81
4
242
33
7
10
48
1.65
93024709--93024874
45
3.6
45
79
9
197
29
19
18
33
1.95
93024679--93024878
96
2.1
96
94
0
346
28
18
18
35
1.94
93024501--93024878
45
8.0
47
68
13
193
29
19
16
34
1.94
93027333--93027387
3
18.0
3
96
3
101
65
0
0
34
0.93
93027679--93028013
44
7.5
45
78
3
275
28
21
17
33
1.96
93027717--93028012
89
3.3
87
78
9
278
27
21
17
32
1.96
93030627--93030802
46
3.8
46
79
12
207
20
20
29
29
1.98
93030624--93030794
93
1.8
93
93
0
297
20
21
29
28
1.98
93033665--93033697
17
1.9
17
88
11
50
15
12
6
66
1.42
93037730--93037783
6
9.3
6
85
4
58
64
0
33
1
1.04
93044170--93044283
42
2.7
41
77
9
122
16
21
15
45
1.85
93049218--93049620
69
5.8
69
79
3
384
35
22
23
19
1.96
93049218--93049596
207
1.8
207
84
2
519
34
22
23
19
1.96
93054783--93054811
13
2.2
13
100
0
58
31
0
13
55
1.39
93060269--93060294
6
4.3
6
100
0
52
15
0
0
84
0.62
93066430--93066627
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
93066496--93066613
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93066464--93066627
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
93077815--93077853
15
2.6
15
83
0
51
51
2
10
35
1.50
93077958--93078230
3
91.7
3
74
6
162
59
3
7
29
1.43
93078458--93078506
3
16.3
3
100
0
98
67
0
0
32
0.91
93078571--93078693
3
40.7
3
71
16
69
60
0
6
31
1.27
93078575--93078736
15
10.7
15
68
18
70
62
1
6
29
1.27
93078683--93078736
23
2.4
22
75
22
58
68
1
3
25
1.16
93081502--93081547
20
2.3
20
96
0
83
32
26
13
28
1.93
93082747--93082796
18
2.7
18
87
12
66
40
22
0
38
1.54
93083179--93083250
21
3.3
21
71
17
56
37
16
5
40
1.72
93083179--93083271
45
2.1
45
91
0
150
36
16
5
41
1.71
93083189--93083265
21
3.5
21
66
27
52
37
16
5
40
1.71
93083481--93083529
22
2.2
22
85
7
64
0
22
2
75
0.90
93088918--93088991
29
2.6
29
89
4
105
25
16
32
25
1.96
93092063--93092147
3
29.7
3
86
9
124
64
1
0
34
1.01
93095985--93096021
19
1.9
19
88
0
56
43
5
16
35
1.71
93096194--93096243
3
16.0
3
91
8
82
34
0
2
64
1.05
93096515--93096578
31
2.0
32
85
8
87
45
0
7
46
1.32
93096348--93096667
163
2.0
161
81
7
371
46
1
10
41
1.49
93096768--93096803
13
2.8
14
84
16
51
69
0
30
0
0.89
93097433--93097474
15
2.9
15
92
3
68
38
0
11
50
1.40
93098105--93098146
20
2.2
20
87
12
61
50
0
21
28
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93101807--93101845
20
2.1
19
90
9
62
38
20
0
41
1.53
93102740--93102791
3
18.7
3
77
15
58
61
1
0
36
1.07
93116068--93116106
21
2.0
21
90
10
64
43
23
0
33
1.54
93116263--93116287
13
1.9
13
100
0
50
32
12
8
48
1.69
93116470--93116539
31
2.2
31
82
12
81
30
7
11
51
1.64
93117188--93117262
37
2.0
37
84
0
96
34
17
21
26
1.95
93123393--93123446
16
3.3
16
74
10
56
35
0
1
62
1.06
93129369--93129418
19
2.5
19
80
9
55
66
14
4
16
1.40
93131548--93131585
4
9.8
4
82
5
51
21
5
0
73
1.02
93131593--93131640
5
9.8
5
95
4
89
58
0
0
41
0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378