genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56183904--56183988	43	2.0	44	83	2	109	38	18	18	23	1.93
56186472--56186534	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
56186598--56186633	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
56186712--56186750	20	1.9	21	84	5	53	30	17	0	51	1.46
56186906--56186968	25	2.7	24	83	11	78	19	7	1	71	1.19
56189840--56189895	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
56192809--56192841	15	2.1	17	88	11	52	30	21	0	48	1.50
56198675--56198710	2	18.0	2	88	0	54	50	0	2	47	1.15
56199862--56199952	39	2.3	39	84	0	119	29	18	26	25	1.98
56206363--56206470	23	4.5	22	72	18	72	12	3	37	45	1.61
56206325--56206445	51	2.3	52	80	10	133	18	4	33	42	1.71
56206638--56206724	21	4.1	21	79	7	95	16	20	25	37	1.93
56206881--56206920	19	2.2	19	86	8	57	52	0	22	25	1.47
56207806--56207991	46	3.8	46	72	14	142	26	15	27	30	1.96
56214400--56214424	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
56215776--56215941	43	3.9	43	90	0	244	25	20	31	22	1.98
56215791--56215969	43	4.2	43	87	2	121	27	19	30	22	1.98
56223152--56223207	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
56223141--56223207	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
56223258--56223394	23	6.0	23	89	7	208	27	20	22	29	1.98
56223257--56223394	45	3.0	47	88	9	212	27	20	22	29	1.98
56223587--56223644	29	2.0	30	89	3	91	36	15	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56231245--56231300	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
56231234--56231300	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
56231351--56231467	23	5.0	23	85	4	146	28	20	22	29	1.98
56231661--56231720	31	1.9	31	89	0	93	36	15	23	25	1.93
56236119--56236272	38	4.0	39	87	1	204	31	27	21	20	1.98
56244286--56244477	38	5.0	38	87	1	222	30	25	21	22	1.99
56257019--56257083	30	2.2	30	91	0	103	60	12	3	24	1.47
56264138--56264221	43	2.0	43	90	4	134	38	19	8	34	1.81
56275077--56275284	55	3.8	53	78	7	204	35	16	24	23	1.95
56275084--56275284	108	1.8	110	84	4	273	34	17	24	23	1.96
56275523--56275553	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
56279737--56279901	43	3.8	43	77	13	160	32	23	17	26	1.97
56279729--56279886	44	3.7	44	75	12	148	31	24	17	26	1.97
56280194--56280251	26	2.2	26	96	0	107	39	27	0	32	1.57
56286235--56286314	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
56294087--56294111	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
56294142--56294221	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
56299650--56299798	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56299691--56299798	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56303661--56303880	40	5.4	40	81	6	239	26	25	22	25	2.00
56303657--56303880	83	2.8	80	80	4	265	26	25	21	26	2.00
56304964--56304993	13	2.3	13	100	0	60	36	10	6	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56318578--56318740	24	6.8	24	97	0	290	20	18	26	34	1.95
56318578--56318762	48	3.9	48	91	2	239	22	18	25	34	1.96
56318578--56318762	72	2.6	72	84	6	259	22	18	25	34	1.96
56321887--56321940	28	1.9	28	96	0	99	37	22	9	31	1.86
56333018--56333184	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
56333018--56333184	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
56334009--56334054	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
56341012--56341175	40	4.2	39	79	6	163	24	27	21	26	2.00
56341028--56341135	37	2.8	39	81	9	123	24	29	23	23	1.99
56347695--56347774	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
56355546--56355576	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
56355607--56355686	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
56365344--56365473	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
56368845--56368919	21	3.4	21	64	16	53	22	13	26	37	1.91
56368852--56368939	45	2.0	45	93	0	149	26	13	23	36	1.92
56371372--56371497	48	2.6	48	88	0	180	35	7	26	30	1.85
56371383--56371526	48	3.0	47	81	6	164	34	8	27	30	1.86
56371657--56371735	37	2.1	37	90	0	122	21	22	31	24	1.98
56376652--56376766	43	2.7	43	86	4	153	23	12	26	37	1.90
56391341--56391370	13	2.3	13	94	0	51	10	26	30	33	1.89
56396130--56396260	65	2.0	65	95	0	235	43	23	15	17	1.87
56396926--56396953	12	2.3	12	100	0	56	28	46	0	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56408255--56408309	28	2.0	28	96	0	101	14	29	7	49	1.70
56408255--56408319	28	2.3	28	89	2	85	13	30	7	47	1.71
56409166--56409248	43	1.9	43	92	0	139	38	16	10	33	1.84
56413787--56413871	42	2.0	42	97	0	161	25	8	27	38	1.84
56421473--56421697	40	5.7	39	87	4	272	24	28	23	23	2.00
56427620--56427789	46	3.7	46	76	16	179	30	30	18	21	1.97
56427628--56427799	93	1.8	93	90	2	274	29	29	19	22	1.98
56431281--56431398	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
56431249--56431412	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
56434065--56434106	17	2.5	17	92	0	75	23	30	30	14	1.94
56436006--56436045	15	2.5	17	80	19	50	25	0	22	52	1.47
56438691--56438744	22	2.5	21	75	3	54	16	29	35	18	1.93
56439784--56439809	6	4.3	6	100	0	52	50	0	19	30	1.48
56445131--56445216	25	3.3	25	75	16	77	74	3	19	2	1.07
56449185--56449352	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
56452460--56452626	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
56460470--56460636	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
56466100--56466275	40	4.4	40	89	1	228	23	27	23	25	2.00
56473094--56473156	31	2.0	31	100	0	126	15	19	25	39	1.91
56473561--56473612	1	52.0	1	84	0	59	90	0	9	0	0.46
56474989--56475022	13	2.6	13	90	9	52	0	23	11	64	1.26
56507849--56508007	43	3.7	42	80	8	169	32	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56507879--56507999	44	2.8	43	83	6	156	31	28	17	22	1.96
56513198--56513258	30	2.0	31	90	3	97	45	3	13	37	1.59
56513205--56513269	30	2.2	30	86	5	87	43	7	10	38	1.68
56519889--56520056	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
56528193--56528360	40	4.2	40	77	6	171	25	22	27	25	2.00
56528193--56528360	80	2.1	80	83	5	207	25	22	27	25	2.00
56530699--56530970	47	5.9	45	70	15	162	23	29	20	26	1.99
56530702--56530958	94	2.8	95	81	5	240	24	29	20	26	1.99
56533577--56533736	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
56537396--56537565	46	3.7	46	77	10	202	21	19	27	31	1.97
56537384--56537558	93	1.9	93	91	0	287	22	19	28	30	1.98
56543948--56544003	28	2.0	28	100	0	112	32	25	10	32	1.90
56546127--56546237	51	2.2	52	88	4	163	30	19	6	43	1.76
56552627--56552807	91	2.0	92	90	1	283	27	20	19	32	1.97
56553317--56553562	31	8.3	30	67	18	142	30	26	14	29	1.95
56553441--56553531	26	3.3	26	71	24	87	31	23	12	32	1.91
56553351--56553599	57	4.3	57	86	2	284	30	24	13	32	1.93
56553351--56553582	115	2.0	116	83	2	288	30	24	13	31	1.93
56558848--56559103	55	4.8	54	80	8	244	35	16	25	23	1.95
56558856--56559058	108	1.9	110	88	4	313	33	16	25	24	1.96
56559296--56559326	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
56564591--56564629	20	2.0	20	84	0	51	35	0	17	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56570770--56570899	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
56570786--56570936	40	3.8	40	78	6	146	21	26	24	27	2.00
56578855--56579003	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56578896--56579003	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56585211--56585251	16	2.6	16	84	11	57	53	0	2	43	1.13
56588272--56588327	25	2.2	26	79	17	73	60	1	1	35	1.17
56589079--56589139	29	2.1	29	84	9	79	50	6	4	37	1.50
56597581--56597683	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
56605370--56605472	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
56611723--56611793	29	2.4	29	100	0	142	26	15	30	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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