genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  255  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76452859--76452980	46	2.7	46	92	0	190	30	27	20	21	1.98
76455024--76455065	21	2.0	21	100	0	84	52	9	4	33	1.55
76459512--76459551	21	2.0	21	90	5	64	20	22	40	17	1.92
76460339--76460375	18	2.1	18	100	0	74	21	10	21	45	1.82
76460723--76460939	46	4.7	45	82	11	226	23	29	19	27	1.98
76460723--76460947	94	2.4	92	83	11	273	24	29	19	26	1.98
76476770--76476844	31	2.5	29	79	10	80	40	1	5	53	1.32
76482787--76482832	24	1.9	24	82	8	58	23	13	17	45	1.83
76493929--76493985	24	2.4	23	82	8	69	31	15	29	22	1.95
76499913--76499966	25	2.2	25	82	0	63	25	20	18	35	1.95
76502867--76503070	40	5.1	39	85	4	230	26	26	21	24	1.99
76503157--76503472	64	5.1	64	58	18	146	33	26	11	28	1.90
76503039--76503623	123	4.8	123	98	0	1098	33	25	10	29	1.90
76513965--76514021	25	2.3	25	84	0	78	26	26	12	35	1.92
76513978--76514034	25	2.3	25	90	0	87	28	26	12	33	1.92
76514017--76514083	24	2.7	25	81	2	64	29	23	19	26	1.98
76516984--76517170	40	4.7	40	79	4	162	29	23	24	21	1.99
76516984--76517137	80	1.9	80	83	0	200	29	22	25	22	1.99
76516988--76517170	80	2.3	80	79	0	195	29	24	25	21	1.99
76519662--76519760	17	5.5	18	70	21	66	53	3	3	40	1.32
76519718--76519774	22	2.8	21	81	7	64	56	0	3	40	1.17
76535349--76535519	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76535343--76535516	46	3.8	46	81	10	210	28	28	21	21	1.98
76539156--76539204	18	2.5	20	84	15	59	32	2	4	61	1.26
76543666--76543698	17	1.9	17	88	11	50	66	0	9	24	1.20
76543951--76544003	17	3.1	17	83	0	61	24	18	28	28	1.98
76547329--76547500	46	3.7	46	78	11	199	22	20	27	29	1.98
76547326--76547495	92	1.8	93	92	1	288	21	20	28	28	1.98
76547725--76547762	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76554890--76555014	46	2.7	46	91	1	198	21	21	26	30	1.98
76555238--76555275	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76560098--76560152	28	2.0	28	85	0	74	29	16	12	41	1.85
76560580--76560649	25	2.8	25	82	0	77	41	27	17	14	1.87
76560664--76560731	21	3.3	21	72	12	68	42	20	19	17	1.89
76560678--76560744	20	3.3	19	74	12	53	40	23	17	17	1.91
76560644--76560757	41	2.8	41	80	0	129	40	21	21	17	1.92
76562228--76562358	26	5.0	26	98	0	253	30	4	26	38	1.77
76563117--76563278	54	3.0	54	87	2	229	20	25	21	32	1.97
76563120--76563278	27	5.9	27	81	8	166	20	25	21	32	1.97
76570182--76570247	30	2.3	29	77	12	73	33	7	3	56	1.43
76580234--76580283	10	5.0	10	81	13	59	68	0	8	24	1.16
76580707--76580763	28	2.0	28	100	0	114	38	7	10	43	1.66
76581005--76581355	173	2.0	173	96	0	657	43	8	13	33	1.75
76587029--76587201	46	3.7	46	79	11	201	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76587026--76587196	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
76587426--76587463	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76592286--76592340	28	2.0	28	85	0	74	29	16	12	41	1.85
76592768--76592837	25	2.8	25	82	0	77	41	27	17	14	1.87
76592828--76592941	20	5.6	20	72	12	88	41	22	21	14	1.90
76592828--76592945	41	2.9	41	81	0	146	40	22	20	16	1.91
76594415--76594515	26	3.9	26	96	0	184	31	4	26	36	1.78
76596120--76596278	27	5.9	27	82	10	184	19	25	22	33	1.97
76596117--76596278	54	3.0	54	90	2	247	19	25	22	33	1.97
76605458--76605523	30	2.3	29	77	12	73	33	7	3	56	1.43
76616522--76617195	353	1.9	353	99	0	1330	30	16	23	29	1.96
76617183--76617245	24	2.6	24	92	0	108	20	17	26	34	1.95
76618897--76618946	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
76619642--76619992	173	2.0	173	97	1	668	43	9	13	33	1.76
76621591--76621666	38	2.0	38	100	0	152	28	18	23	28	1.98
76625359--76625467	39	2.8	39	90	0	164	25	21	28	24	1.99
76625359--76625515	78	2.0	77	80	6	174	24	21	28	25	1.99
76629654--76629808	82	1.9	82	85	5	215	38	13	10	38	1.79
76631577--76631666	27	3.3	27	80	6	101	41	12	21	25	1.87
76631658--76631729	27	2.7	27	77	0	72	37	9	20	31	1.85
76631577--76631683	54	2.0	54	83	0	133	38	11	21	28	1.88
76631602--76631730	54	2.4	54	76	0	123	37	11	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76632880--76632965	43	2.0	43	84	4	111	52	2	20	24	1.58
76633852--76633890	17	2.3	17	95	0	69	30	20	7	41	1.80
76634932--76635029	36	2.7	36	87	3	126	26	12	17	43	1.84
76641713--76641740	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
76642057--76642124	19	3.5	19	71	13	59	35	2	2	58	1.28
76642096--76642135	19	2.1	19	85	0	53	42	0	0	57	0.98
76642241--76642278	9	4.2	9	86	0	58	31	10	10	47	1.72
76643203--76643256	24	2.2	24	78	12	65	44	0	1	53	1.11
76643445--76643498	26	2.0	27	82	3	65	38	5	5	50	1.49
76648786--76648823	18	2.1	19	85	5	51	47	18	2	31	1.62
76649110--76649268	42	3.6	43	75	10	117	27	25	18	28	1.98
76651449--76651511	30	2.1	30	88	5	92	23	3	14	58	1.50
76656663--76656687	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
76660719--76660806	6	14.3	6	73	17	74	47	13	18	20	1.82
76660719--76660806	19	4.8	18	72	18	74	47	13	18	20	1.82
76660727--76660806	31	2.6	31	87	0	115	47	12	18	21	1.81
76660926--76660977	27	1.9	27	84	0	68	30	21	26	21	1.98
76661000--76661037	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
76661359--76661502	27	5.3	27	84	6	134	27	20	15	35	1.94
76661360--76661493	54	2.5	54	84	7	173	26	22	16	34	1.95
76661532--76661716	27	6.9	27	81	5	148	32	7	21	38	1.81
76661532--76661716	81	2.3	81	82	5	205	32	7	21	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76661591--76661716	27	4.7	27	87	2	173	34	6	19	39	1.77
76667911--76667958	20	2.3	20	78	3	60	50	12	12	25	1.75
76671438--76671657	40	5.6	40	91	3	331	24	23	25	26	2.00
76679369--76679588	40	5.6	40	92	3	349	23	23	26	26	2.00
76681926--76681969	20	2.1	21	83	4	54	47	2	2	47	1.27
76682835--76683010	46	3.8	49	78	13	183	30	27	19	22	1.98
76682840--76683010	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	21	1.98
76683430--76683489	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
76692245--76692288	16	2.8	15	80	10	52	45	0	0	54	0.99
76692245--76692286	22	2.0	22	86	13	63	45	0	0	54	0.99
76693317--76693374	29	2.0	29	100	0	116	34	6	24	34	1.82
76695679--76695719	18	2.3	18	91	0	64	36	4	24	34	1.77
76699597--76699645	25	2.0	25	100	0	98	57	8	4	30	1.47
76699903--76699948	19	2.5	18	82	6	56	45	4	10	39	1.59
76699909--76699948	19	2.1	19	90	0	62	42	2	12	42	1.56
76704871--76705046	46	3.8	45	78	10	194	21	21	29	28	1.98
76704868--76705038	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.98
76709507--76709714	40	5.2	40	81	2	193	25	23	25	25	2.00
76709509--76709714	80	2.6	80	82	3	218	25	23	26	25	2.00
76717450--76717502	26	2.0	26	85	7	70	16	18	30	33	1.94
76717463--76717519	26	2.2	26	83	0	69	10	17	36	35	1.84
76727833--76727888	28	2.0	28	86	6	78	16	21	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76728217--76728243	14	1.9	14	100	0	54	51	0	14	33	1.43
76729921--76730091	45	3.8	45	88	1	245	36	17	19	26	1.94
76730014--76730183	45	3.7	44	78	9	126	41	17	20	20	1.91
76729917--76730132	90	2.4	90	81	1	236	38	16	19	24	1.92
76730102--76730218	48	2.5	47	83	4	139	44	15	22	17	1.86
76732254--76732420	40	4.2	40	79	5	162	23	26	23	26	2.00
76739702--76739869	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
76739718--76739867	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
76741745--76741850	52	2.0	52	98	0	203	43	2	22	31	1.68
76743514--76743657	43	3.3	43	82	3	173	31	15	20	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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