genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  211  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62518542--62518732	40	4.8	40	85	0	220	26	23	26	23	2.00
62518541--62518774	80	2.9	78	77	6	227	27	23	26	22	2.00
62518542--62518774	40	5.8	39	81	8	186	27	24	26	22	2.00
62518542--62518760	120	1.8	121	83	4	291	26	24	26	22	2.00
62523207--62523279	29	2.6	29	89	6	105	26	31	16	26	1.96
62523919--62523952	2	17.0	2	87	0	50	44	5	0	50	1.26
62528819--62528970	40	3.8	40	78	8	141	23	23	28	25	2.00
62531165--62531370	103	2.0	102	95	0	367	18	21	34	24	1.96
62537079--62537229	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
62537115--62537245	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
62545113--62545243	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
62553176--62553215	20	2.0	20	95	0	71	32	5	12	50	1.62
62553196--62553345	51	3.0	51	89	1	221	30	12	24	32	1.92
62554156--62554239	41	2.0	41	100	0	168	39	19	2	39	1.64
62554879--62554946	34	2.0	34	94	0	118	36	7	33	22	1.82
62557024--62557097	19	3.6	19	71	18	67	55	5	1	37	1.31
62559370--62559526	42	3.6	42	74	13	111	25	23	19	31	1.98
62559368--62559574	90	2.3	90	80	5	222	27	23	18	30	1.97
62559498--62559616	48	2.5	47	75	2	112	26	25	21	27	1.99
62559581--62559720	48	2.9	48	80	1	163	26	30	17	25	1.97
62562363--62562433	23	3.2	23	75	18	87	49	12	8	29	1.70
62564862--62565043	37	4.9	37	93	0	292	24	32	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62565193--62565425	50	4.7	49	89	5	362	30	25	6	36	1.82
62565190--62565425	98	2.4	99	92	4	388	30	25	6	36	1.82
62565396--62565587	47	4.1	47	90	1	271	26	29	10	32	1.90
62565487--62565558	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
62570941--62571097	43	3.7	43	72	12	126	28	16	24	30	1.96
62572248--62572286	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
62572601--62572659	29	2.1	27	81	12	66	50	3	18	27	1.62
62574330--62574364	15	2.3	15	100	0	70	42	20	8	28	1.81
62575867--62576092	40	5.7	40	88	4	264	24	26	22	26	2.00
62579607--62579641	15	2.3	15	100	0	70	34	11	11	42	1.77
62580647--62580693	25	1.9	24	82	4	58	59	4	2	34	1.29
62580672--62580740	29	2.4	27	77	15	68	65	5	1	27	1.24
62582466--62582784	179	1.8	175	82	8	412	28	25	16	28	1.97
62582921--62583272	177	2.0	178	87	2	512	28	25	17	29	1.97
62583571--62583807	62	3.9	64	82	10	307	38	15	16	30	1.89
62583669--62583787	55	2.2	55	89	1	177	39	13	15	31	1.86
62584885--62584942	25	2.3	25	78	0	62	10	12	5	72	1.26
62588795--62588880	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
62588934--62589190	49	5.1	49	86	10	349	29	32	8	29	1.86
62588995--62589158	59	3.0	58	88	11	242	29	32	7	29	1.86
62588946--62589158	108	2.0	106	96	1	390	29	33	7	29	1.86
62589054--62589196	47	3.0	47	92	4	225	30	31	8	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62593516--62593576	25	2.5	25	79	10	65	62	3	1	32	1.21
62601838--62601981	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
62601839--62602021	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
62609858--62610000	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
62609859--62610040	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
62612312--62612494	40	4.6	40	94	1	296	25	28	24	21	1.99
62616001--62616132	29	4.6	29	84	0	147	26	15	32	25	1.96
62617816--62618039	40	5.3	41	79	13	152	33	22	17	26	1.96
62617905--62618008	51	2.0	51	94	0	181	34	18	17	29	1.94
62617864--62618039	91	1.9	92	90	1	282	32	20	18	27	1.96
62617956--62618090	40	3.4	40	85	0	171	33	20	20	26	1.97
62624424--62624480	30	1.9	30	92	0	96	31	7	12	49	1.67
62629375--62629413	16	2.4	16	86	4	51	53	5	2	38	1.37
62629572--62629617	10	4.7	10	79	12	51	43	6	2	47	1.41
62629468--62630029	256	2.2	257	85	6	744	38	8	6	47	1.58
62629992--62630034	20	2.2	20	87	8	61	32	0	4	62	1.15
62630519--62631154	248	2.6	244	80	6	615	37	9	7	45	1.63
62632886--62632942	29	2.0	28	89	3	87	33	22	19	24	1.97
62634538--62634563	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
62638974--62639001	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
62640959--62641131	46	3.7	46	77	13	192	21	20	27	30	1.98
62640956--62641126	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62646353--62646504	43	3.5	43	76	8	121	25	15	25	32	1.96
62646353--62646523	42	4.0	43	73	9	127	23	15	26	33	1.95
62653150--62653292	39	3.6	39	86	4	110	25	20	27	26	1.99
62653137--62653320	40	4.7	40	85	4	232	23	22	27	26	2.00
62653138--62653353	79	2.7	79	77	11	228	25	21	27	25	1.99
62656058--62656245	86	2.2	87	88	0	270	37	14	27	19	1.91
62656080--62656245	57	2.9	58	88	1	253	37	15	27	18	1.91
62656058--62656245	29	6.5	29	85	3	245	37	14	27	19	1.91
62657998--62658093	40	2.4	40	77	3	104	33	26	15	25	1.95
62662156--62662338	40	4.6	39	86	7	219	25	22	26	25	2.00
62662156--62662373	80	2.8	80	80	12	245	26	22	26	24	2.00
62670182--62670367	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
62670182--62670400	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
62673137--62673215	39	2.0	39	87	0	113	29	29	18	22	1.98
62676928--62677134	53	3.8	53	75	6	193	39	17	23	19	1.92
62682838--62682938	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62690790--62690890	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62699320--62699409	29	3.1	29	90	1	146	30	12	26	31	1.92
62701034--62701066	16	2.1	16	100	0	66	12	12	45	30	1.78
62703294--62703371	29	2.7	29	84	9	106	30	12	24	32	1.93
62703294--62703383	29	3.1	28	78	10	94	31	13	24	31	1.93
62708844--62708919	40	1.9	40	86	10	111	34	23	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62718038--62718074	16	2.3	16	85	0	56	2	18	16	62	1.45
62720379--62720457	38	2.1	38	97	0	149	30	21	18	29	1.97
62731753--62731920	43	3.9	43	79	6	189	33	26	14	25	1.94
62736355--62736609	55	4.8	53	78	10	229	35	15	25	23	1.94
62742197--62742346	40	3.7	40	75	4	149	26	25	22	26	2.00
62742179--62742344	80	2.1	81	80	3	183	24	24	22	27	2.00
62775364--62775394	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
62782568--62782784	55	4.0	54	82	7	271	38	14	24	22	1.92
62788580--62788677	34	2.9	33	80	3	90	24	23	21	30	1.99
62790986--62791045	28	2.2	27	84	3	75	30	21	21	26	1.99
62791166--62791243	27	3.0	27	83	9	90	33	23	23	20	1.97
62791381--62791550	27	6.3	27	86	4	227	26	22	18	32	1.97
62791381--62791550	53	3.2	53	89	4	243	26	22	18	32	1.97
62795098--62795146	21	2.3	21	85	0	62	40	24	16	18	1.90
62800302--62800437	66	2.1	66	84	2	175	20	26	28	24	1.99
62800323--62800463	66	2.1	66	84	2	176	22	28	24	24	2.00
62804171--62804269	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
62812336--62812502	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
62820363--62820490	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
62825898--62825989	27	3.4	27	89	0	121	27	19	16	36	1.93
62825915--62826138	27	8.3	27	87	2	297	20	17	21	40	1.92
62828522--62828561	19	2.1	19	86	9	55	45	2	5	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62833440--62833590	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
62833477--62833606	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
62843663--62843825	39	4.2	39	92	0	254	24	32	20	22	1.98
62852031--62852074	21	2.1	21	83	8	54	45	15	11	27	1.81
62872484--62872609	62	2.0	62	100	0	252	32	11	15	41	1.82
62872558--62872692	70	1.9	70	87	3	200	33	13	16	37	1.87
62873478--62873639	43	3.8	42	80	4	173	25	20	30	22	1.99
62873572--62873667	42	2.3	43	82	8	108	29	20	29	20	1.98
62878053--62878141	34	2.7	32	81	6	88	22	23	23	30	1.99
62881588--62881618	14	2.2	14	94	0	53	6	25	6	61	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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