genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70593524--70593563	18	2.3	17	86	4	53	60	2	7	30	1.38
70593753--70593782	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
70594186--70594234	13	3.7	13	81	10	55	22	0	4	73	1.00
70594282--70594322	18	2.3	18	76	19	50	73	0	9	17	1.09
70594285--70594323	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
70594514--70594576	26	2.4	25	85	12	83	6	4	19	69	1.28
70607238--70607349	40	2.8	40	82	8	138	24	28	24	23	2.00
70613587--70613729	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
70613547--70613728	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
70618098--70618250	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
70618067--70618249	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
70620974--70621009	18	2.0	18	94	0	63	11	30	11	47	1.74
70630114--70630159	24	1.9	24	81	0	56	73	0	17	8	1.07
70631884--70632065	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
70631914--70632066	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
70639956--70640137	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
70639986--70640138	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
70642161--70642418	40	6.5	40	86	2	324	26	27	22	23	1.99
70650818--70650902	34	2.5	34	82	5	100	20	28	23	28	1.99
70653073--70653255	40	4.6	41	78	9	182	25	24	26	23	2.00
70653073--70653257	79	2.3	82	82	7	220	24	24	27	23	2.00
70653073--70653290	79	2.7	79	78	6	174	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70661076--70661251	49	3.7	48	87	3	248	27	31	8	32	1.87
70668946--70669425	47	10.3	47	89	1	725	32	8	30	28	1.86
70668946--70669425	140	3.4	141	94	1	770	32	8	30	28	1.86
70668946--70669422	187	2.6	187	91	1	751	32	8	30	28	1.87
70676695--70676829	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
70678711--70678936	40	5.7	41	87	6	279	25	25	20	27	1.99
70691939--70692013	38	2.0	38	94	0	132	45	13	5	36	1.66
70698096--70698130	13	2.7	13	95	0	61	14	37	31	17	1.89
70705408--70706331	461	2.0	461	98	0	1776	31	23	13	31	1.93
70709805--70709842	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
70717640--70717696	30	1.9	30	96	0	105	22	29	22	24	1.99
70722389--70722443	5	10.8	5	78	18	60	74	0	5	20	1.01
70724845--70724953	41	2.7	41	82	12	127	22	26	29	21	1.99
70724845--70724994	81	1.9	81	81	2	185	22	25	30	22	1.99
70732923--70733106	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
70732963--70733151	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70734604--70734982	47	8.1	47	91	0	562	34	11	28	26	1.90
70734771--70734845	22	3.3	22	66	23	64	34	13	26	25	1.93
70734956--70735092	46	3.0	46	90	0	220	35	8	30	25	1.86
70739877--70739998	27	4.5	27	78	4	111	24	12	21	41	1.87
70741362--70741495	27	5.0	27	83	0	133	25	12	19	42	1.86
70741777--70741813	18	2.1	17	95	5	65	18	24	13	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70745085--70745266	54	3.4	54	87	1	267	24	14	20	40	1.90
70745085--70745282	80	2.5	81	86	0	263	25	14	20	39	1.90
70745085--70745287	27	7.6	27	84	3	239	25	13	20	40	1.89
70747631--70747797	46	3.6	44	78	13	176	23	20	27	28	1.99
70747626--70747796	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.99
70760977--70761065	42	2.1	43	97	2	171	20	23	33	22	1.97
70763808--70763848	21	2.0	21	95	0	73	17	21	19	41	1.90
70763764--70763941	27	6.9	26	77	9	111	23	21	17	36	1.95
70763933--70764165	27	8.7	26	75	8	166	28	8	23	39	1.84
70763934--70764127	54	3.6	54	87	4	275	28	9	23	39	1.85
70763933--70764127	81	2.4	80	80	6	241	28	9	23	38	1.85
70781200--70781343	43	3.4	42	77	7	148	29	24	18	27	1.98
70786426--70786662	49	4.8	49	83	3	269	27	18	25	28	1.98
70786418--70786662	98	2.5	100	83	2	316	26	18	26	28	1.98
70789582--70789618	15	2.5	15	100	0	74	21	27	5	45	1.73
70792809--70793082	49	5.7	48	92	2	408	27	29	9	33	1.88
70795830--70795954	46	2.7	46	92	0	205	21	20	27	31	1.98
70796179--70796216	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
70799074--70799208	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
70807091--70807225	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
70821105--70821224	28	4.3	27	77	6	114	24	11	33	30	1.91
70821105--70821224	57	2.1	56	83	4	143	24	11	33	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70825586--70825776	27	7.1	27	80	2	197	24	15	18	41	1.89
70825589--70825776	53	3.5	53	83	3	234	25	14	18	42	1.88
70825586--70825775	80	2.4	80	82	1	220	24	15	18	41	1.90
70827565--70827669	52	2.0	52	98	0	201	34	8	20	36	1.84
70832211--70832393	39	4.6	39	86	0	231	23	22	30	23	1.99
70834271--70834477	53	3.8	54	75	5	186	37	17	24	20	1.94
70837119--70837164	24	1.9	24	95	0	83	26	23	15	34	1.94
70837460--70837572	28	4.0	29	81	9	126	27	21	15	36	1.93
70837460--70837570	56	2.0	56	84	7	145	27	20	15	36	1.93
70838340--70838373	18	1.9	18	88	5	52	29	11	20	38	1.88
70843524--70843600	29	2.7	29	87	0	109	29	28	16	24	1.97
70843828--70843858	16	1.9	16	93	0	53	9	22	22	45	1.81
70846996--70847027	10	3.1	10	95	4	55	21	28	0	50	1.49
70850799--70850996	71	2.8	70	90	3	276	33	17	27	21	1.95
70850833--70850996	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	19	1.94
70861249--70861326	31	2.5	31	87	2	104	28	24	19	28	1.98
70861538--70861590	25	2.2	25	93	3	90	26	18	20	33	1.96
70861657--70861693	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
70861637--70861687	21	2.4	21	86	0	66	31	17	13	37	1.89
70869026--70869103	31	2.5	31	87	2	104	28	24	19	28	1.98
70869315--70869367	25	2.2	25	93	3	90	26	18	20	33	1.96
70869434--70869470	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70869414--70869464	21	2.4	21	86	0	66	31	17	13	37	1.89
70874374--70874421	22	2.1	23	88	3	71	47	18	14	18	1.82
70875942--70875999	29	2.0	29	100	0	116	55	3	27	13	1.55
70884832--70884869	18	2.1	19	90	5	60	31	0	28	39	1.57
70886537--70886720	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
70886577--70886765	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70894643--70894825	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
70894682--70894870	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
70898386--70898570	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
70898387--70898578	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
70898386--70898603	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
70906423--70906607	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
70906424--70906615	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
70906423--70906640	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
70908204--70908424	40	5.5	42	79	11	155	24	25	23	26	2.00
70908236--70908386	80	1.9	82	84	2	207	24	24	23	27	2.00
70912063--70912184	50	2.4	50	86	1	172	40	13	15	31	1.85
70915612--70915731	39	3.1	39	90	0	186	24	20	27	28	1.99
70915612--70915755	78	1.8	78	83	2	191	22	21	28	27	1.99
70915612--70915755	39	3.7	39	85	3	130	22	21	28	27	1.99
70930345--70930530	40	4.7	40	87	5	211	26	22	26	25	2.00
70930345--70930530	80	2.3	80	81	9	236	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70937476--70937649	46	3.8	46	78	10	210	22	20	26	30	1.98
70937475--70937644	93	1.8	93	93	0	295	22	20	27	30	1.98
70944354--70944402	22	2.2	22	79	13	57	59	18	2	20	1.48
70945659--70945714	26	2.1	27	86	3	78	44	1	0	53	1.11
70948667--70948720	16	3.4	16	92	0	81	37	5	25	31	1.79
70961039--70961154	44	2.7	43	80	10	121	22	17	25	34	1.96
70961090--70961196	44	2.5	43	79	7	110	25	15	22	36	1.94
70966236--70966431	39	5.0	39	85	4	139	31	30	20	17	1.96
70966263--70966431	39	4.3	39	90	4	236	30	28	21	18	1.97
70972827--70973005	39	4.5	39	89	4	245	30	27	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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