genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63260335--63260456	37	3.5	37	79	13	139	50	13	18	18	1.78
63260347--63260425	31	2.5	31	95	0	149	49	12	18	18	1.79
63260575--63260634	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
63260969--63261109	27	5.3	27	86	0	167	24	19	19	36	1.95
63261131--63261269	27	5.2	27	80	4	140	30	8	19	41	1.81
63261131--63261269	53	2.6	54	80	7	149	30	8	19	41	1.81
63261146--63261285	53	2.7	51	75	10	131	31	8	20	40	1.82
63261455--63261489	17	2.0	18	88	5	54	22	31	22	22	1.98
63266882--63266991	40	2.8	40	82	0	139	27	23	25	23	2.00
63270199--63270252	17	3.2	17	100	0	108	27	29	5	37	1.80
63273649--63273851	105	1.9	105	96	0	379	38	19	15	26	1.91
63276686--63276870	40	4.6	39	87	4	221	25	21	27	26	1.99
63276719--63276903	80	2.3	80	79	11	202	28	21	25	25	1.99
63284743--63284897	40	3.9	40	93	0	267	25	21	28	23	1.99
63286330--63286549	46	4.7	47	78	6	187	23	27	20	29	1.98
63286285--63286549	46	5.7	48	75	7	174	24	27	19	28	1.98
63286330--63286549	94	2.3	93	84	5	264	23	27	20	29	1.98
63288217--63288387	66	2.6	65	81	8	168	32	16	29	22	1.95
63288241--63288423	66	2.8	64	78	10	203	28	16	31	23	1.96
63292597--63292768	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
63292621--63292804	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
63307452--63307550	48	2.1	48	84	3	128	36	21	14	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63316481--63316665	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
63316482--63316673	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
63324512--63324702	39	4.8	40	78	7	185	24	24	28	23	2.00
63324512--63324695	79	2.3	81	82	8	218	24	24	27	23	2.00
63330908--63330933	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63334903--63334945	21	2.0	21	100	0	86	27	23	4	44	1.73
63336303--63336374	37	1.9	37	94	0	126	44	5	29	20	1.74
63337974--63338136	29	5.6	29	88	1	202	28	26	15	29	1.96
63341382--63341552	24	7.1	24	95	0	288	21	17	25	36	1.95
63349307--63349477	24	7.1	24	95	0	288	21	17	25	36	1.95
63360801--63360881	37	2.2	37	93	0	135	24	32	22	20	1.98
63361007--63361165	48	3.3	48	83	2	185	31	27	6	34	1.83
63362294--63362324	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
63364948--63365526	47	12.3	47	95	0	987	32	9	29	27	1.88
63365647--63365723	37	2.1	37	87	2	111	22	22	33	22	1.97
63367682--63367733	25	2.1	25	100	0	104	36	23	23	17	1.95
63367646--63367773	65	2.0	65	96	0	238	32	21	24	22	1.98
63367707--63368429	40	18.1	40	96	0	1311	30	19	24	26	1.98
63371601--63372088	47	10.3	47	92	2	780	32	9	29	27	1.89
63372205--63372287	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
63391306--63391524	46	4.7	46	72	14	144	22	27	19	30	1.98
63394612--63394802	29	6.6	29	82	7	192	25	15	32	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63400925--63400969	20	2.2	20	84	4	54	2	22	17	57	1.50
63406420--63406471	21	2.5	21	78	12	61	17	5	5	71	1.26
63406864--63406928	19	3.3	22	66	29	65	46	18	4	30	1.69
63413986--63414217	40	5.8	40	92	3	360	25	22	26	25	2.00
63414468--63414511	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
63421994--63422218	40	5.6	40	93	3	373	23	23	27	26	2.00
63421994--63422250	120	2.2	120	87	4	369	24	22	26	26	2.00
63422476--63422519	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
63444614--63444683	21	3.3	20	82	7	77	1	50	20	28	1.57
63444598--63444694	42	2.3	42	80	0	113	1	46	20	31	1.58
63444626--63444692	21	3.2	21	79	8	82	0	47	22	29	1.51
63445109--63445137	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
63445302--63445330	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
63450163--63450397	9	26.7	9	69	16	100	37	2	15	45	1.60
63450167--63450387	34	6.6	34	70	13	100	37	2	14	45	1.59
63450167--63450384	16	13.0	16	68	12	116	37	2	14	45	1.60
63450200--63450397	16	11.7	18	69	20	124	37	3	15	44	1.62
63450593--63450781	62	3.2	59	74	17	192	55	2	5	35	1.38
63450550--63450781	118	2.0	118	90	2	369	53	3	5	37	1.40
63453738--63453809	25	2.9	25	97	0	135	34	4	30	30	1.77
63454648--63454683	13	2.7	13	95	4	63	50	41	0	8	1.33
63455433--63455712	105	2.7	105	88	3	397	29	22	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63463490--63463590	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
63467419--63467502	43	2.0	43	85	0	114	25	11	25	38	1.90
63483781--63483813	17	1.9	17	93	0	57	51	12	12	24	1.73
63492843--63493028	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
63499264--63499445	40	4.6	39	84	8	244	24	27	22	25	2.00
63499264--63499444	78	2.3	80	87	6	262	24	27	22	24	2.00
63503265--63503450	80	2.3	82	82	10	233	25	26	22	25	2.00
63503246--63503450	40	5.1	39	81	8	200	24	26	22	25	2.00
63505086--63505146	32	1.9	32	100	0	122	31	4	24	39	1.77
63507027--63507095	27	2.5	28	88	6	106	30	28	14	26	1.95
63517113--63517400	47	6.1	47	87	0	405	31	11	29	28	1.91
63517140--63517215	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
63517112--63517377	141	1.9	141	96	0	496	31	11	28	28	1.92
63517605--63517749	37	3.9	37	94	0	245	22	19	33	24	1.97
63533466--63533615	40	3.8	40	79	7	155	26	22	27	23	2.00
63533506--63533615	39	2.8	40	82	10	136	23	23	29	23	1.99
63543146--63543294	74	2.0	72	93	2	253	20	17	24	36	1.94
63543146--63543294	24	6.1	24	94	3	244	20	17	24	36	1.94
63552019--63552181	24	6.8	24	97	0	299	19	17	26	36	1.94
63552019--63552203	72	2.6	72	92	1	255	21	17	25	35	1.95
63558345--63558389	22	2.0	22	95	0	81	26	6	22	44	1.77
63558351--63558398	22	2.2	22	88	0	69	27	8	20	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63562016--63562076	23	2.8	22	75	18	65	24	1	0	73	0.92
63562022--63562083	7	7.8	8	77	21	51	24	3	0	72	0.99
63562017--63562099	31	2.6	31	77	5	78	27	3	0	68	1.06
63565142--63565323	40	4.6	40	85	9	248	24	23	27	24	2.00
63565141--63565323	79	2.3	81	85	7	259	25	22	27	24	2.00
63565171--63565348	79	2.3	79	84	7	220	26	21	26	24	2.00
63570569--63570611	17	2.5	17	92	0	68	25	4	11	58	1.52
63570586--63570619	17	2.0	17	88	0	50	29	5	8	55	1.54
63575787--63575812	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
63578528--63578554	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
63580554--63580614	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
63588647--63588687	21	1.9	22	85	14	59	31	0	12	56	1.36
63596669--63596836	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
63596685--63596834	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
63608022--63608153	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
63612455--63612515	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
63621808--63621858	10	4.9	10	79	9	57	60	1	0	37	1.08
63627360--63627518	42	3.9	42	83	4	189	24	13	28	33	1.94
63627360--63627513	40	3.8	40	83	4	173	24	13	27	34	1.93
63628706--63628816	43	2.6	42	80	4	141	22	25	32	19	1.98
63631240--63631455	40	5.4	40	91	2	305	25	27	21	25	2.00
63638005--63638254	40	6.3	40	86	3	285	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63642260--63642465	40	5.2	40	82	6	208	26	21	27	25	1.99
63642260--63642465	79	2.6	79	79	6	220	26	21	27	25	1.99
63644005--63644086	37	2.2	37	91	0	128	28	30	17	24	1.97
63644072--63644099	13	2.2	13	100	0	56	28	35	14	21	1.92
63644273--63644471	48	4.1	48	92	1	326	32	26	5	35	1.80
63648969--63649135	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
63648969--63649135	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
63649959--63650004	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
63656948--63657114	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
63656948--63657114	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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