genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  41  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10141469--10141528	29	2.1	29	81	6	68	51	15	10	23	1.72
10146627--10146651	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
10148829--10148875	21	2.2	21	88	7	69	51	0	10	38	1.37
10152029--10152063	10	3.4	10	92	4	52	68	0	5	25	1.11
10152009--10152066	19	2.9	19	82	12	64	67	1	3	27	1.17
10152500--10152541	21	2.0	21	81	13	50	66	7	4	21	1.35
10153700--10153769	12	5.2	13	70	16	54	2	21	0	75	0.93
10155977--10156128	18	8.4	18	85	1	171	34	15	13	37	1.86
10155977--10156128	36	4.2	36	83	1	189	34	15	13	37	1.86
10155977--10156128	54	2.8	54	87	2	216	34	15	13	37	1.86
10157124--10157166	13	3.3	13	81	18	54	53	2	0	44	1.13
10161577--10161831	55	4.8	52	76	11	207	36	17	25	21	1.94
10161584--10161784	108	1.8	110	85	4	282	34	17	25	22	1.96
10168854--10168887	17	1.9	18	88	5	52	11	41	32	14	1.82
10175184--10175246	28	2.2	28	88	0	99	36	7	26	28	1.85
10192045--10192083	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
10192485--10192516	9	3.7	9	91	8	57	56	6	12	25	1.59
10192590--10192645	24	2.4	23	85	5	69	57	0	12	30	1.36
10192633--10192689	22	2.6	22	83	5	71	56	0	10	33	1.34
10192871--10192924	15	3.6	16	74	20	53	61	1	9	27	1.37
10192980--10193229	132	1.8	140	81	10	322	58	6	5	30	1.45
10193207--10193382	3	58.7	3	73	14	107	60	1	7	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10195568--10195624	21	2.7	20	78	10	60	49	17	17	15	1.81
10195589--10195706	42	2.8	42	81	10	141	48	14	20	16	1.81
10197369--10197459	27	3.4	27	96	0	164	39	1	31	27	1.64
10205030--10205058	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
10209864--10209954	37	2.4	37	81	5	103	18	14	39	27	1.89
10212869--10212910	21	2.0	21	90	0	66	71	0	2	26	0.98
10214700--10214748	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
10214799--10214886	37	2.3	38	84	1	115	18	14	38	28	1.90
10215770--10215799	8	3.8	8	100	0	60	40	0	36	23	1.55
10222432--10222493	31	2.0	31	100	0	124	32	22	6	38	1.80
10222723--10222815	13	6.8	13	74	6	69	22	22	21	33	1.97
10222722--10222815	41	2.3	41	75	5	100	23	22	21	32	1.98
10222822--10222988	22	7.2	23	70	12	76	36	15	19	28	1.93
10222914--10222970	22	2.6	22	100	0	114	33	17	24	24	1.96
10225490--10225520	15	2.1	15	100	0	62	32	12	12	41	1.81
10225753--10225807	25	2.2	25	96	0	101	41	3	18	36	1.68
10226474--10226511	13	2.9	13	88	7	51	44	5	10	39	1.61
10228258--10228284	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
10232184--10232208	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
10244904--10244939	15	2.3	15	90	4	54	16	0	2	80	0.83
10246021--10246114	41	2.3	40	83	8	120	24	22	27	25	2.00
10246446--10246490	14	3.2	14	83	0	63	22	0	28	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10246575--10246623	25	2.0	25	95	0	89	20	2	46	30	1.62
10247550--10247894	159	2.2	156	83	6	444	34	13	21	30	1.91
10249605--10249655	8	6.4	8	95	0	93	39	0	33	27	1.57
10250451--10250612	48	3.3	48	65	19	134	32	5	3	58	1.39
10250499--10250528	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
10250451--10250679	58	4.2	57	67	21	179	32	4	3	59	1.34
10250441--10250622	100	1.8	101	98	1	357	30	6	3	59	1.40
10250563--10250657	29	3.3	29	66	16	88	37	4	3	54	1.36
10250455--10250764	95	3.1	99	80	12	270	34	5	3	56	1.42
10250552--10250679	58	2.2	58	95	2	233	32	3	2	61	1.24
10250609--10250839	105	2.3	98	88	10	328	33	6	3	56	1.42
10250454--10250774	153	2.1	152	92	5	448	33	5	3	57	1.40
10251038--10251144	9	11.7	9	70	13	67	44	14	1	38	1.57
10251044--10251144	18	5.5	18	69	13	80	45	14	1	37	1.57
10252870--10252959	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
10252894--10252969	27	2.8	26	76	7	80	38	19	10	31	1.86
10252870--10252975	54	2.0	54	83	9	137	37	19	10	32	1.86
10252872--10252987	54	2.2	53	80	11	130	37	20	11	30	1.88
10252965--10253390	27	15.8	27	83	6	447	27	23	7	41	1.82
10252965--10253390	81	5.3	81	86	6	551	27	23	7	41	1.82
10253262--10253434	81	2.1	81	78	4	179	30	19	9	41	1.82
10253378--10253544	27	6.1	27	73	8	113	41	18	7	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10253600--10253662	27	2.3	27	83	5	83	36	20	22	20	1.95
10254820--10254867	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
10254910--10254970	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
10255020--10255162	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
10255020--10255162	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
10255020--10255163	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
10255354--10255417	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
10260478--10260506	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
10260918--10260970	21	2.5	21	90	0	88	30	22	45	1	1.63
10261222--10261286	31	2.1	31	85	2	87	16	10	20	52	1.73
10262039--10262102	13	4.9	13	75	7	67	34	28	6	31	1.82
10265145--10265246	28	3.6	28	76	15	120	26	30	16	26	1.97
10265124--10265246	56	2.2	56	95	0	219	26	32	16	24	1.96
10272583--10272613	16	1.9	16	93	0	53	48	9	22	19	1.78
10277334--10277395	31	2.1	28	82	14	72	46	11	1	40	1.49
10278309--10278425	60	2.0	60	100	0	234	29	21	6	42	1.78
10280349--10280400	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
10281885--10281968	26	3.2	26	93	0	150	36	25	4	33	1.77
10286063--10286114	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
10287595--10287678	26	3.2	26	93	0	150	36	25	4	33	1.77
10289005--10289373	138	2.6	138	90	2	533	21	22	14	41	1.89
10289053--10289374	46	7.0	46	93	0	500	21	22	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10291523--10291563	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
10293027--10293080	26	2.0	27	86	10	76	46	0	0	53	1.00
10293024--10293097	28	2.7	27	81	8	78	43	2	2	51	1.30
10293588--10293637	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
10305905--10306152	44	5.5	44	71	15	139	28	19	22	29	1.98
10306087--10306339	45	5.6	45	72	10	131	33	19	19	26	1.96
10306121--10306414	137	2.1	137	90	0	462	35	20	17	26	1.95
10305939--10306339	182	2.2	181	81	5	434	32	19	20	27	1.97
10308059--10308113	2	29.5	2	82	14	73	49	0	0	50	1.00
10308622--10308661	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
10313224--10313499	92	3.0	92	94	0	462	22	23	14	40	1.90
10313176--10313484	138	2.2	138	88	3	449	21	23	14	41	1.89
10313224--10313498	46	6.0	46	93	0	415	22	23	13	40	1.90
10315577--10315614	15	2.5	15	91	4	58	0	31	0	68	0.90
10315682--10315723	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
10316558--10316584	6	4.5	6	100	0	54	0	29	0	70	0.88
10318622--10318655	7	4.6	7	89	10	50	41	0	11	47	1.40
10318691--10318717	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
10318813--10319073	41	6.4	41	94	0	452	33	25	22	18	1.96
10318748--10319073	82	4.0	82	90	1	449	34	24	23	18	1.96
10318748--10319073	123	2.7	122	90	1	492	34	24	23	18	1.96
10319253--10319328	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10323011--10323262	134	1.9	132	95	1	459	19	9	18	51	1.73
10324379--10324418	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
10325448--10326360	372	2.5	372	99	0	1817	36	15	10	38	1.82
10326448--10326515	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
10326692--10326747	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
10326852--10327076	9	24.6	9	77	9	152	47	13	0	38	1.49
10326852--10327076	44	5.1	44	75	10	174	47	13	0	38	1.49
10326852--10327076	35	6.4	35	76	8	197	47	13	0	38	1.49
10326861--10327076	61	3.5	62	77	9	183	47	13	0	37	1.49
10327028--10327126	43	2.3	45	81	10	125	47	13	1	38	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378