genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  182  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53190297--53190472	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53190293--53190464	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53193447--53193485	21	1.9	20	84	5	51	46	17	5	30	1.70
53196219--53196334	43	2.7	43	82	11	166	29	25	14	31	1.95
53203640--53203700	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
53203907--53204033	23	5.4	24	88	6	197	28	21	20	29	1.98
53204082--53204148	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
53204082--53204137	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
53204185--53204232	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
53207788--53207899	43	2.6	42	81	10	138	25	24	18	32	1.97
53215013--53215047	10	3.4	10	88	7	52	85	0	14	0	0.59
53215013--53215046	11	3.2	11	91	4	52	88	0	11	0	0.52
53215017--53215046	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
53216279--53216482	40	5.1	39	82	7	216	24	21	27	26	1.99
53216332--53216496	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
53222744--53222869	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
53229294--53229330	15	2.5	15	95	0	65	5	8	21	64	1.40
53231544--53231625	26	3.2	26	66	19	73	24	13	30	31	1.93
53231493--53231670	50	3.6	49	81	7	189	25	16	28	30	1.96
53231769--53231912	39	3.7	39	94	0	243	27	25	20	25	1.99
53239938--53240091	39	4.0	39	88	0	238	24	27	22	25	2.00
53245391--53245424	16	2.1	16	88	5	50	0	11	11	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53247019--53247058	16	2.4	16	87	4	53	45	40	5	10	1.60
53247674--53247716	19	2.1	21	87	8	63	13	25	4	55	1.58
53248350--53248427	29	2.7	29	84	9	106	26	11	26	34	1.91
53251302--53251340	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
53258970--53259004	12	2.9	12	95	0	61	42	17	34	5	1.73
53264898--53264965	34	2.0	34	86	11	95	26	17	26	29	1.98
53279951--53280056	29	3.6	29	79	2	122	20	22	12	44	1.85
53282051--53282205	43	3.6	43	93	0	256	31	32	24	10	1.90
53282203--53282277	38	2.0	38	91	0	123	29	26	22	21	1.99
53287928--53288002	20	3.8	20	85	3	89	21	30	0	48	1.51
53288449--53288611	89	1.8	89	91	0	272	28	24	17	28	1.98
53291259--53291441	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
53291238--53291441	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	25	2.00
53293639--53293725	37	2.3	37	90	5	140	26	32	19	21	1.97
53293794--53294044	49	5.1	49	97	0	457	30	27	8	33	1.87
53300145--53300378	29	8.0	29	71	9	161	37	14	26	22	1.92
53300145--53300378	88	2.7	88	87	1	308	37	14	26	22	1.92
53300133--53300306	59	2.9	58	77	9	199	36	14	27	22	1.93
53302831--53302996	45	3.6	45	79	13	185	20	22	29	27	1.98
53305935--53305990	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
53308368--53308543	46	3.8	46	74	11	162	22	21	27	28	1.99
53308364--53308536	93	1.9	93	87	2	258	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53315865--53316047	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
53315844--53316047	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
53323986--53324168	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
53323965--53324168	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
53331008--53331203	27	7.3	27	83	4	254	25	21	18	34	1.96
53331008--53331203	79	2.4	81	87	3	281	25	21	18	34	1.96
53333894--53333972	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
53335073--53335110	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
53341666--53341744	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
53342844--53342881	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
53345510--53345577	33	2.0	34	85	2	93	26	25	20	27	1.99
53345546--53345604	27	2.2	26	79	8	64	28	25	22	23	1.99
53345558--53345609	27	1.9	27	88	0	77	28	23	21	26	1.99
53345954--53346120	27	5.9	27	71	12	100	25	21	20	31	1.98
53346014--53346088	36	2.1	36	82	0	87	25	21	20	33	1.97
53345986--53346107	63	1.9	63	86	0	172	25	22	19	31	1.98
53346974--53347035	30	2.1	30	93	0	106	51	25	9	12	1.70
53354494--53354660	40	4.2	40	80	2	185	25	26	21	25	2.00
53354485--53354658	80	2.2	79	81	4	206	25	26	21	26	1.99
53370747--53370914	40	4.2	39	80	5	160	25	27	22	24	2.00
53374750--53374879	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
53382744--53382867	40	3.1	40	80	4	126	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53392277--53392420	39	3.7	39	90	0	234	26	20	29	23	1.99
53392278--53392460	78	2.3	79	89	1	269	24	21	29	24	1.99
53394539--53394579	21	2.0	21	85	4	57	70	2	0	26	0.99
53397226--53397255	11	2.7	11	94	0	51	6	13	0	80	0.91
53399780--53399804	12	2.1	12	100	0	50	24	16	0	60	1.36
53400363--53400392	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
53405312--53405416	27	3.9	27	65	9	70	37	22	6	33	1.81
53405407--53405523	27	4.3	27	90	0	180	35	20	22	22	1.96
53405407--53405525	54	2.2	54	93	0	202	34	20	21	23	1.97
53405398--53405541	27	5.3	26	77	12	105	36	18	20	25	1.94
53407023--53407140	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
53406991--53407154	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
53414604--53414721	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
53414572--53414735	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
53416097--53416166	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
53416386--53416468	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
53418462--53418637	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
53418459--53418629	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
53421636--53421761	54	2.3	54	89	2	182	35	17	19	26	1.94
53421643--53421777	27	5.0	27	85	0	162	35	17	21	25	1.95
53421980--53422049	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
53421979--53422074	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53421980--53422074	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
53422269--53422351	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
53424637--53424676	21	2.0	21	85	14	57	15	40	25	20	1.90
53426179--53426358	48	3.8	47	86	4	227	33	26	17	23	1.96
53426176--53426358	96	1.9	96	86	2	260	33	25	17	22	1.96
53426916--53426954	21	1.9	20	84	5	51	43	20	2	33	1.65
53435100--53435277	38	4.6	38	80	8	164	24	21	24	30	1.99
53443091--53443252	38	4.2	38	82	7	168	22	21	25	30	1.99
53445079--53445273	48	3.8	48	76	15	165	33	26	16	22	1.96
53445086--53445205	60	2.0	60	90	0	186	31	28	16	23	1.96
53448751--53448888	40	3.5	40	87	4	174	23	23	28	24	2.00
53456939--53457156	40	5.5	40	91	2	316	23	22	27	27	1.99
53459773--53459905	27	4.9	27	82	1	97	26	24	13	35	1.93
53459800--53459905	54	2.0	54	83	3	133	27	25	13	33	1.93
53462276--53462321	22	2.1	22	95	0	83	54	0	17	28	1.43
53466041--53466078	15	2.6	15	87	4	51	76	5	5	13	1.13
53468743--53468795	27	2.0	26	82	10	63	62	7	7	22	1.47
53475000--53475041	21	2.0	21	95	0	75	59	11	4	23	1.51
53475003--53475055	21	2.6	20	85	5	70	60	9	9	20	1.55
53479154--53479350	95	2.1	95	91	0	313	37	14	20	27	1.92
53483546--53483753	40	5.2	39	82	6	233	25	27	21	24	1.99
53483546--53483753	80	2.6	80	83	6	260	25	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53487341--53487586	49	4.9	50	81	4	264	26	18	25	29	1.98
53497417--53497598	99	1.8	99	90	0	292	26	15	26	30	1.96
53497418--53497598	49	3.7	49	82	1	218	25	16	27	30	1.96
53503483--53503628	37	3.9	37	96	0	247	26	31	18	23	1.97
53503774--53504113	48	7.0	48	89	4	529	31	25	5	36	1.80
53503774--53504113	148	2.3	145	90	4	531	31	25	5	36	1.80
53506664--53506837	49	3.5	49	79	4	170	28	18	22	30	1.97
53508555--53508742	40	4.7	40	90	3	308	25	22	27	25	2.00
53508555--53508765	80	2.7	79	86	7	304	26	22	26	24	2.00
53513681--53513734	28	2.0	27	85	3	72	20	25	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378