genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  190  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55881080--55881149	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
55888964--55889046	27	3.0	27	82	8	96	30	22	15	31	1.95
55888977--55889046	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
55893307--55893593	50	5.7	51	79	6	246	26	17	25	29	1.97
55893359--55893594	50	4.7	50	81	7	280	27	16	25	30	1.97
55893303--55893543	101	2.4	101	86	1	331	26	18	24	30	1.98
55902174--55902608	218	2.0	218	88	0	647	28	25	20	24	1.99
55905605--55905874	48	5.6	48	74	8	244	26	17	28	27	1.98
55905590--55905876	96	3.0	96	88	0	448	26	16	29	27	1.97
55909907--55910138	43	5.4	43	90	1	342	12	23	33	30	1.92
55913931--55914111	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
55913933--55914103	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
55917060--55917138	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
55917051--55917137	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
55919513--55919693	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
55919515--55919685	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
55921570--55921852	95	3.0	95	86	0	413	18	19	22	39	1.93
55921847--55921900	22	2.5	22	78	0	63	24	27	14	33	1.94
55924923--55925121	49	4.1	49	75	6	190	19	20	19	41	1.91
55925161--55925233	22	3.3	22	84	0	92	16	26	21	35	1.94
55928241--55928488	46	5.3	46	71	7	201	18	17	23	39	1.92
55928201--55928490	95	3.1	95	86	2	411	18	19	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55936789--55936826	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
55937051--55937221	46	3.7	46	79	12	208	29	27	21	22	1.99
55937056--55937224	92	1.8	91	94	1	302	28	28	21	21	1.99
55937053--55937240	46	4.1	46	72	20	144	28	28	20	22	1.99
55944368--55944405	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
55944635--55944805	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
55944630--55944802	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
55948516--55948805	38	7.5	39	89	5	387	19	22	28	30	1.98
55948516--55948795	153	1.8	152	89	2	436	19	21	28	30	1.98
55953339--55953661	39	8.3	39	89	3	454	20	22	28	28	1.99
55966126--55966310	40	4.7	40	88	6	218	25	21	27	26	1.99
55966160--55966343	79	2.3	80	79	12	202	28	20	25	25	1.99
55973028--55973211	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
55973068--55973256	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
55981146--55981329	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
55981186--55981374	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
55985623--55985804	40	4.6	39	82	8	174	26	21	26	25	1.99
55991180--55991228	19	2.5	20	83	12	66	32	22	0	44	1.53
56011268--56011335	34	2.0	34	100	0	136	26	5	29	38	1.80
56012822--56013017	92	2.1	92	88	1	286	35	26	14	23	1.94
56017987--56018053	33	2.0	33	100	0	134	32	8	17	40	1.81
56018182--56018431	55	4.7	53	80	9	244	21	24	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56018229--56018429	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
56021880--56022134	55	4.8	53	77	9	229	36	17	24	21	1.94
56022335--56022365	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
56025064--56025103	21	1.9	21	94	0	71	50	5	0	45	1.23
56029993--56030127	54	2.4	54	85	10	166	26	18	23	31	1.98
56031846--56031912	33	2.0	33	100	0	134	29	22	8	38	1.85
56033137--56033170	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
56033240--56033304	21	3.2	21	78	12	64	53	3	0	43	1.16
56033346--56033448	24	4.3	24	66	18	61	47	2	2	46	1.32
56033278--56033451	72	2.5	68	83	9	210	49	2	2	45	1.29
56034411--56034437	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
56039897--56039973	38	2.0	38	100	0	154	63	2	18	15	1.42
56042560--56042726	46	3.6	46	89	1	237	42	13	23	20	1.87
56043022--56043054	17	2.0	17	88	5	50	48	3	15	33	1.60
56049679--56049715	14	2.6	14	86	0	56	40	10	0	48	1.38
56049801--56049846	20	2.4	19	77	3	56	26	0	15	58	1.37
56049931--56049974	20	2.3	19	80	4	52	15	2	11	70	1.26
56051122--56051146	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
56051754--56051780	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
56052216--56052313	24	4.2	24	68	13	69	38	12	12	36	1.80
56052345--56052427	23	3.6	23	70	3	76	36	6	18	39	1.75
56052435--56052803	54	6.8	53	78	3	308	37	14	19	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56052488--56052804	53	5.9	53	78	6	253	37	13	20	28	1.91
56057734--56057844	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
56058607--56058638	4	8.2	4	93	6	57	0	25	0	75	0.81
56064991--56065101	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
56065864--56065892	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
56066720--56066795	25	3.0	25	81	9	82	35	21	22	21	1.96
56072670--56072708	19	2.1	19	90	0	60	28	25	12	33	1.93
56072686--56072778	27	3.4	27	88	5	143	27	25	7	38	1.83
56072741--56072960	27	8.2	26	76	6	154	38	20	10	30	1.86
56072809--56072929	27	4.5	27	86	2	163	41	19	9	29	1.82
56073924--56073993	25	2.8	25	88	0	95	27	22	24	25	2.00
56074213--56074295	31	2.7	31	92	3	143	28	15	26	28	1.96
56078110--56078260	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
56078147--56078276	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
56086131--56086281	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
56086168--56086297	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
56088001--56088087	43	2.0	43	82	12	108	31	28	14	25	1.95
56093099--56093369	48	5.6	48	84	3	305	28	29	17	24	1.97
56097025--56097202	39	4.6	39	92	0	293	39	24	24	11	1.88
56097025--56097225	78	2.6	78	85	6	280	39	24	23	11	1.89
56103767--56103904	68	2.0	68	100	0	276	28	15	27	27	1.96
56106898--56106940	21	2.0	21	95	0	77	30	13	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56112457--56112499	18	2.4	17	81	11	50	51	18	2	27	1.59
56120067--56120109	18	2.4	17	81	11	50	51	18	2	27	1.59
56122021--56122061	15	2.6	16	81	14	50	9	19	0	70	1.14
56123822--56124023	100	2.0	100	99	0	395	32	10	11	45	1.75
56124312--56124361	20	2.5	20	81	9	59	36	0	2	62	1.07
56124307--56124359	26	2.0	26	82	7	63	32	0	3	64	1.12
56124323--56124362	19	2.2	18	90	4	62	35	0	0	65	0.93
56124724--56124769	19	2.3	20	88	7	67	78	0	0	21	0.76
56124723--56124765	15	3.1	15	81	18	58	76	0	0	23	0.78
56124717--56124754	12	3.2	12	81	7	51	76	0	0	23	0.79
56124714--56124775	26	2.3	26	81	10	72	72	0	0	27	0.85
56124736--56124775	15	2.7	14	85	11	53	72	0	0	27	0.85
56125332--56125380	16	3.0	17	76	8	57	32	10	8	48	1.66
56125893--56125940	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
56129371--56129516	42	3.5	42	76	1	132	39	17	15	26	1.90
56129450--56129529	42	1.9	42	84	5	108	45	20	13	21	1.85
56132499--56132548	6	8.3	6	84	0	55	28	20	2	50	1.59
56134630--56134804	40	4.4	40	80	9	200	26	26	22	24	2.00
56134630--56134804	78	2.2	79	84	8	216	26	26	22	24	2.00
56138084--56138293	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56146195--56146404	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
56151245--56151373	46	2.8	45	90	2	195	20	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56152739--56152806	24	2.8	24	80	12	68	67	4	22	5	1.30
56154012--56154046	17	2.2	15	90	10	52	31	2	14	51	1.57
56160066--56160245	40	4.5	40	90	2	274	27	27	21	23	1.99
56165145--56165222	28	2.8	27	80	1	84	21	23	23	32	1.98
56165673--56165748	35	2.2	35	85	4	100	34	25	17	23	1.96
56166714--56166768	25	2.2	24	81	12	67	30	0	16	52	1.44
56166794--56167402	107	5.6	110	88	4	832	24	1	14	58	1.44
56167637--56167689	21	2.5	22	84	3	63	33	3	7	54	1.46
56169679--56169808	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
56169695--56169842	40	3.7	39	81	5	145	21	27	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378