genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  123  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34483034--34483075	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
34484833--34484900	34	2.0	34	91	0	109	39	19	16	25	1.91
34486357--34486555	84	2.4	85	93	1	339	30	24	13	31	1.94
34486481--34486594	48	2.4	47	86	1	165	32	23	13	30	1.93
34491221--34491384	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
34491221--34491418	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
34498759--34498921	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
34498759--34498955	71	2.8	70	90	4	258	20	28	17	33	1.95
34505175--34505361	47	3.9	47	92	2	320	33	9	28	29	1.88
34505175--34505361	96	1.9	96	95	0	338	33	9	28	29	1.88
34505461--34505538	37	2.1	37	100	0	156	25	19	32	23	1.98
34507364--34507595	40	5.8	40	92	0	374	24	18	28	28	1.98
34508339--34508444	41	2.6	41	78	10	110	27	24	24	23	2.00
34511286--34511525	49	4.9	49	95	2	430	33	8	27	30	1.86
34511612--34511739	37	3.4	37	93	1	211	23	17	32	25	1.97
34520599--34520656	15	3.9	15	74	0	62	56	13	15	13	1.67
34522056--34522139	41	2.1	40	90	2	132	25	17	25	32	1.97
34522064--34522194	40	3.2	40	82	1	127	23	17	25	33	1.96
34522216--34522280	28	2.3	28	81	0	76	32	9	27	30	1.88
34527560--34527645	43	2.0	43	95	0	154	30	32	18	18	1.95
34533976--34534124	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
34534017--34534124	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34542092--34542240	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
34542133--34542240	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
34544270--34544342	36	2.0	36	100	0	146	24	19	26	30	1.98
34548136--34548161	12	2.2	12	100	0	52	34	7	42	15	1.75
34552442--34552566	25	5.2	25	63	33	78	32	10	29	28	1.90
34552629--34552707	25	3.3	25	69	16	76	34	10	26	29	1.89
34552347--34552732	47	8.2	47	93	1	594	34	10	28	25	1.90
34552753--34552928	46	3.8	46	90	1	237	35	6	31	26	1.81
34554408--34554484	40	1.9	40	94	0	136	27	22	25	24	2.00
34554458--34554507	23	2.2	23	92	0	82	26	22	26	26	2.00
34554418--34554545	63	2.0	62	85	4	168	27	21	25	25	2.00
34554556--34554663	57	1.9	57	84	0	144	23	21	27	27	1.99
34558461--34558837	47	8.1	47	93	1	580	33	10	29	26	1.90
34558556--34558680	25	5.2	25	62	30	76	31	11	29	28	1.91
34558811--34558992	46	4.0	46	92	1	285	34	9	31	24	1.87
34568785--34569036	127	2.0	127	87	1	362	36	20	22	20	1.95
34573217--34573257	21	1.9	22	85	5	57	41	0	9	48	1.36
34573971--34574008	20	2.1	19	85	14	53	44	0	10	44	1.38
34579790--34579825	16	2.2	17	95	5	65	16	22	22	38	1.93
34581357--34581397	21	1.9	22	85	5	57	41	0	9	48	1.36
34584413--34584515	43	2.4	43	85	4	136	32	15	23	29	1.95
34587412--34587512	51	2.0	51	92	0	166	21	31	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34590661--34590882	124	1.8	122	82	3	284	31	11	24	32	1.90
34590840--34590991	40	3.8	40	80	3	171	26	24	26	22	2.00
34590840--34591007	80	2.1	80	83	4	214	26	23	26	23	2.00
34601564--34601958	27	14.6	27	85	0	475	41	19	7	31	1.79
34601564--34601958	54	7.3	54	89	0	556	41	19	7	31	1.79
34601564--34602013	27	16.7	27	79	5	270	40	20	7	31	1.81
34601644--34602066	27	15.7	27	80	4	131	39	21	8	31	1.82
34602051--34602216	27	6.3	27	80	6	178	33	18	21	26	1.96
34602049--34602216	53	3.2	53	81	7	191	34	18	20	26	1.96
34602643--34602707	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
34602866--34602967	27	3.8	26	84	5	114	19	22	21	36	1.95
34603127--34603216	6	14.8	6	70	19	53	20	16	15	47	1.82
34603112--34603176	31	2.1	31	97	0	121	18	13	15	52	1.75
34603133--34603199	24	2.8	24	86	2	89	19	16	14	49	1.80
34604832--34605020	43	4.4	43	87	2	254	33	16	20	29	1.95
34612472--34612573	34	3.0	34	80	7	100	24	21	27	26	1.99
34617370--34617490	24	4.6	27	70	19	94	36	14	21	27	1.93
34617377--34617490	52	2.2	52	90	3	176	35	14	21	27	1.93
34617520--34617670	52	3.0	52	81	3	200	31	13	27	27	1.94
34617523--34617702	51	3.5	50	79	5	200	30	13	28	27	1.95
34622610--34622976	27	13.7	27	79	5	332	40	19	9	31	1.83
34624340--34624365	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34625968--34626069	28	3.6	28	86	0	141	22	11	34	31	1.90
34626405--34626732	27	12.3	26	76	7	259	38	21	9	30	1.85
34626405--34626761	54	6.7	53	76	4	306	38	21	9	31	1.86
34626404--34626732	80	4.1	80	78	6	274	37	21	9	30	1.86
34626713--34626774	27	2.3	27	97	0	115	40	11	14	33	1.82
34627262--34627287	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
34631508--34631553	23	2.0	24	83	12	60	17	10	2	69	1.27
34631519--34631558	19	2.1	19	95	0	71	15	12	0	72	1.12
34635764--34635807	15	3.0	14	80	9	52	27	0	4	68	1.09
34637549--34637690	24	6.0	24	87	5	200	27	21	22	28	1.99
34637570--34637689	23	5.1	23	89	3	186	27	20	22	29	1.99
34637548--34637690	47	3.0	47	90	4	216	27	21	22	28	1.99
34637570--34637691	47	2.6	47	94	0	217	27	20	22	29	1.99
34637748--34637804	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
34637736--34637806	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
34637741--34637795	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
34637843--34637890	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
34638922--34639173	27	9.6	27	81	10	263	41	8	21	28	1.82
34638923--34639173	81	3.2	81	82	9	324	41	8	21	28	1.82
34639052--34639143	46	2.0	46	86	0	130	45	6	19	28	1.75
34639025--34639170	73	2.0	73	88	5	215	42	7	21	28	1.80
34638998--34639179	100	1.8	100	89	2	285	41	7	23	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34642284--34642449	24	7.0	24	88	4	230	25	21	23	28	1.99
34642283--34642449	47	3.5	48	87	4	232	25	21	23	29	1.99
34642284--34642450	71	2.3	71	90	3	255	25	21	23	28	1.99
34642507--34642563	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
34642495--34642565	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
34642500--34642554	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
34642602--34642649	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
34643684--34643916	27	8.6	27	87	3	290	39	8	23	28	1.83
34643658--34643916	54	4.8	55	80	6	154	39	8	22	28	1.84
34643685--34643916	81	2.9	81	85	3	324	39	8	23	28	1.83
34645073--34645118	23	2.0	24	83	12	60	17	10	2	69	1.27
34645084--34645123	19	2.1	19	95	0	71	15	12	0	72	1.12
34646764--34646864	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
34654699--34654799	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
34656839--34656936	43	2.3	43	81	11	121	33	27	15	23	1.95
34662587--34662707	39	3.1	39	93	0	206	20	24	31	23	1.98
34665976--34666116	49	2.8	50	86	8	171	29	14	28	27	1.96
34666001--34666116	52	2.3	50	86	10	157	29	14	28	27	1.95
34669010--34669118	37	2.9	37	83	1	119	26	26	24	22	2.00
34675176--34675324	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
34675217--34675324	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
34682491--34682639	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34682532--34682639	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
34687179--34687221	13	3.2	13	86	3	59	51	2	0	46	1.13
34692641--34692815	27	6.6	26	82	4	197	39	20	9	31	1.83
34692641--34692868	27	8.5	27	79	6	196	39	21	9	30	1.84
34692690--34692887	79	2.5	80	81	1	200	40	21	8	29	1.83
34692798--34692923	27	4.7	27	74	7	85	38	23	7	30	1.82
34692907--34693181	27	10.2	27	85	5	333	33	18	22	26	1.97
34693831--34693904	27	2.8	27	89	2	105	17	24	21	36	1.95
34694036--34694146	31	3.6	31	91	0	186	18	15	18	48	1.81
34694036--34694203	6	27.3	6	73	17	132	18	16	16	48	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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