genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  241  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71672207--71672424	40	5.5	40	91	2	334	24	22	27	25	2.00
71679899--71679998	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
71679899--71680058	29	5.5	30	87	5	188	27	16	30	25	1.96
71684204--71684336	42	3.1	43	66	12	121	30	16	27	25	1.97
71684230--71684360	41	3.1	41	65	12	113	29	19	25	25	1.99
71684174--71684376	84	2.4	84	90	0	325	26	18	29	26	1.98
71684247--71684376	41	3.1	41	65	12	102	27	19	28	24	1.98
71686843--71687023	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
71686845--71687015	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
71692150--71692285	43	3.2	43	69	15	138	30	16	27	26	1.97
71692196--71692336	41	3.4	40	66	16	97	28	19	28	24	1.98
71692132--71692357	84	2.7	84	94	0	389	28	18	27	24	1.98
71692136--71692355	42	5.2	43	67	10	166	29	18	27	24	1.98
71697140--71697221	42	2.0	42	87	0	119	34	2	13	50	1.55
71701868--71702038	93	1.8	93	87	2	254	29	27	19	23	1.98
71701860--71702029	46	3.7	45	74	10	155	30	27	18	22	1.98
71702461--71702518	30	1.9	30	82	3	71	25	24	5	44	1.74
71714306--71714371	6	11.5	6	85	3	75	15	3	3	78	0.99
71714307--71714391	5	15.8	5	76	19	66	17	3	2	76	1.04
71717286--71717318	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71720610--71720638	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
71725807--71726051	40	6.1	40	89	3	343	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71727397--71727422	11	2.4	11	100	0	52	80	7	0	11	0.89
71732928--71732967	21	2.0	20	85	5	53	22	25	40	12	1.89
71737428--71737461	2	17.0	2	87	0	50	50	2	2	44	1.32
71738101--71738174	29	2.6	29	87	8	98	27	16	31	25	1.96
71740771--71740821	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
71742111--71742281	44	4.0	44	77	8	174	24	19	22	33	1.97
71742111--71742268	42	3.7	43	79	9	135	25	19	21	33	1.97
71744213--71744312	40	2.5	41	82	12	120	25	26	30	19	1.98
71744251--71744351	39	2.5	40	80	3	105	24	24	28	21	1.99
71751240--71751405	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
71751256--71751367	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
71751256--71751405	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
71752230--71752275	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
71756776--71756962	40	4.8	38	78	9	164	28	21	26	23	1.99
71760196--71760282	27	3.2	28	86	3	108	28	25	6	39	1.81
71760277--71760548	27	10.1	26	73	13	124	38	20	11	29	1.87
71760284--71760470	54	3.5	53	78	7	216	39	21	11	28	1.88
71760284--71760548	108	2.5	107	93	3	442	39	20	11	29	1.87
71760317--71760548	27	8.6	27	81	3	261	39	20	10	29	1.86
71760317--71760661	27	12.7	27	76	9	179	38	19	10	31	1.85
71760284--71760631	108	3.2	108	83	6	402	39	18	10	31	1.85
71760289--71760661	54	6.9	54	73	8	211	39	19	10	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71760679--71760756	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
71761566--71761635	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
71761855--71761962	31	3.5	31	92	0	180	29	17	25	27	1.97
71764430--71764470	20	2.0	20	100	0	82	29	19	14	36	1.92
71765520--71765622	44	2.4	41	81	10	125	33	26	17	22	1.96
71765534--71765621	44	2.0	44	88	4	133	32	28	15	22	1.95
71767000--71767157	68	2.3	68	78	13	162	20	27	15	35	1.94
71769902--71769998	40	2.3	44	84	8	130	28	28	15	26	1.96
71773064--71773122	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
71780805--71780850	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
71780812--71780856	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
71784339--71784420	33	2.4	34	80	13	98	30	20	23	25	1.99
71796227--71796258	16	2.0	16	93	0	55	34	21	0	43	1.53
71796467--71796587	50	2.4	50	84	2	154	32	27	14	26	1.94
71798391--71798598	40	5.2	40	92	1	303	23	21	28	26	1.99
71805245--71805448	40	5.1	39	83	3	178	26	26	21	24	1.99
71817948--71818106	29	5.5	29	89	5	223	27	25	13	33	1.94
71825755--71825826	29	2.5	28	88	6	101	27	26	13	31	1.94
71830991--71831075	25	3.4	25	75	0	89	29	20	27	23	1.99
71832774--71833029	39	6.6	39	86	1	336	29	26	21	22	1.99
71832774--71832997	117	1.9	117	93	0	385	30	25	20	23	1.98
71835296--71835695	27	14.9	27	83	3	502	26	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71835296--71835695	81	5.0	81	86	4	556	26	22	10	40	1.86
71835700--71835895	54	3.6	54	85	2	259	35	18	19	26	1.95
71835700--71835895	27	7.3	27	86	0	230	35	18	19	26	1.95
71836094--71836176	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
71836479--71836536	27	2.1	27	84	6	73	13	18	29	37	1.90
71836684--71836870	6	30.8	6	75	18	165	20	17	13	49	1.79
71836684--71836870	30	6.4	29	84	12	240	20	17	13	49	1.79
71836684--71836870	85	2.2	85	98	0	356	20	17	13	49	1.79
71836684--71836891	30	7.1	30	80	13	218	20	17	13	49	1.80
71839577--71839636	6	9.8	6	85	10	86	48	15	20	16	1.81
71839756--71839834	26	3.0	26	87	3	104	37	18	24	18	1.94
71839992--71840053	22	2.8	23	82	7	74	30	22	25	20	1.98
71840570--71841661	54	20.1	54	76	10	707	26	17	17	37	1.92
71840569--71841654	27	40.0	27	75	8	596	26	17	18	37	1.93
71841393--71841545	46	3.2	45	75	15	135	24	20	15	39	1.91
71841474--71841520	19	2.5	19	96	0	85	23	21	17	38	1.93
71841425--71841654	73	3.0	73	84	7	275	24	21	16	37	1.93
71841303--71841627	127	2.5	127	83	5	400	25	20	16	38	1.93
71841447--71841546	46	2.2	46	92	3	166	23	21	17	39	1.92
71841525--71841691	81	2.1	81	81	4	194	29	17	15	36	1.91
71841706--71841904	27	7.4	27	83	1	229	29	9	21	39	1.85
71841706--71841904	54	3.7	54	86	2	258	29	9	21	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71843900--71843962	25	2.5	25	84	0	81	49	14	17	19	1.80
71845833--71846004	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
71845857--71846040	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
71847121--71847151	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
71850486--71850583	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71854761--71854825	32	2.0	32	90	0	103	23	23	16	36	1.94
71856706--71856855	40	3.8	39	81	5	153	27	23	27	22	1.99
71858367--71858443	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
71858359--71858455	20	4.8	20	97	0	185	34	19	11	35	1.88
71858367--71858458	11	9.2	10	72	16	75	34	20	9	34	1.86
71861592--71861625	17	2.0	17	94	0	59	29	26	17	26	1.98
71863705--71863834	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
71863721--71863872	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
71863721--71863872	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
71868282--71868396	28	4.1	29	80	5	121	26	13	30	29	1.94
71868282--71868392	56	2.0	57	82	5	136	26	13	31	28	1.94
71879538--71879574	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
71882864--71883056	47	4.1	47	87	2	246	34	10	27	26	1.90
71882936--71883011	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
71882864--71883097	47	5.0	46	84	8	213	35	10	27	27	1.89
71883262--71883373	37	3.0	37	89	2	172	20	16	33	30	1.94
71884614--71884884	40	6.8	40	87	4	386	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71884614--71884884	80	3.4	80	90	1	429	25	21	26	26	1.99
71884614--71884884	120	2.3	119	90	1	427	25	21	26	26	1.99
71890390--71890468	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
71890381--71890467	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
71897094--71897286	47	4.1	47	88	2	255	33	10	29	26	1.90
71897123--71897241	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
71897246--71897340	50	1.9	50	89	4	147	37	8	26	27	1.85
71897491--71897599	37	2.9	37	93	2	184	21	17	32	29	1.96
71899570--71899612	21	2.1	20	83	12	52	34	23	20	20	1.96
71900772--71900802	16	1.9	16	93	0	53	48	19	22	9	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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