genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  130  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36698740--36698805	28	2.4	28	89	5	98	33	3	22	40	1.69
36699884--36700074	43	4.4	43	83	1	213	25	16	25	32	1.96
36705525--36705727	40	5.1	40	83	4	214	24	27	23	24	2.00
36705525--36705727	80	2.6	78	84	3	246	24	27	23	24	2.00
36705546--36705727	40	4.6	40	86	2	242	25	27	23	23	2.00
36708652--36708745	29	3.2	29	90	0	143	25	26	15	31	1.96
36709201--36709234	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
36711746--36711920	46	3.7	46	81	14	189	30	21	26	21	1.98
36711744--36711918	92	1.9	91	84	8	228	30	21	26	21	1.98
36728281--36728484	40	5.1	40	92	2	313	21	23	29	26	1.99
36734554--36734705	78	1.9	80	85	5	211	23	28	23	25	1.99
36734502--36734707	40	5.2	39	78	5	182	23	27	23	24	2.00
36739058--36739210	40	3.8	39	85	3	164	24	23	28	22	1.99
36739019--36739210	79	2.4	81	81	6	214	23	22	28	24	1.99
36739053--36739235	79	2.3	77	77	9	188	26	22	26	24	2.00
36742722--36742923	40	5.1	40	90	2	282	21	21	28	27	1.99
36745049--36745076	9	3.1	9	100	0	56	67	10	10	10	1.42
36745517--36745564	25	1.9	25	95	0	87	54	4	16	25	1.60
36757109--36757228	46	2.6	44	83	10	136	30	18	28	23	1.98
36763846--36763933	45	2.0	45	95	0	158	39	25	12	22	1.89
36763862--36763937	21	3.5	21	68	16	64	38	26	13	22	1.91
36765671--36765865	31	6.5	31	74	17	126	49	14	17	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36765671--36765865	6	31.5	6	72	19	143	49	14	17	18	1.80
36765669--36765756	37	2.4	37	86	0	122	52	14	14	18	1.75
36765677--36765843	62	2.7	62	91	0	271	48	14	17	18	1.81
36765700--36765865	37	4.5	37	77	15	141	48	14	18	18	1.81
36765677--36765865	25	7.6	25	82	9	171	48	14	17	18	1.81
36765680--36765837	19	7.8	19	73	22	117	48	15	18	17	1.81
36766280--36766423	27	5.3	27	79	11	161	25	19	17	37	1.93
36766281--36766421	54	2.6	53	82	6	178	26	19	17	36	1.94
36766471--36766535	27	2.4	27	86	0	94	32	10	15	41	1.81
36766516--36766995	54	8.9	54	88	1	705	30	8	20	40	1.82
36766524--36766988	27	17.3	27	84	0	590	30	8	20	40	1.82
36766516--36766988	108	4.4	108	94	0	788	30	8	20	40	1.82
36786985--36787073	34	2.6	34	89	0	124	26	20	23	29	1.99
36799240--36799279	20	2.0	20	95	0	71	37	25	17	20	1.94
36810902--36811087	40	4.6	39	82	6	178	27	26	19	26	1.99
36810869--36811040	80	2.2	79	82	7	206	26	26	18	29	1.98
36813899--36814068	27	6.3	27	82	2	81	31	24	7	37	1.82
36813917--36814147	81	2.9	81	88	0	327	30	22	7	40	1.81
36813918--36814147	27	8.5	27	86	1	291	30	22	7	40	1.81
36813897--36814160	81	3.3	81	83	0	258	31	22	7	38	1.81
36814025--36814185	81	2.0	81	81	2	189	30	21	9	38	1.86
36815387--36815434	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36815477--36815537	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
36815587--36815715	24	5.4	24	94	2	206	29	21	22	26	1.99
36815587--36815715	47	2.7	47	92	3	204	29	21	22	26	1.99
36815921--36816015	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
36823970--36823996	13	2.1	13	100	0	54	37	14	0	48	1.45
36826300--36826451	42	3.5	42	76	12	123	23	30	19	26	1.98
36826341--36826516	43	4.0	42	81	7	174	25	27	19	27	1.99
36826342--36826515	88	2.0	87	86	5	244	25	28	20	26	1.99
36827314--36827455	47	3.0	46	92	1	230	45	14	12	28	1.81
36828084--36828717	316	2.0	316	98	0	1232	35	20	12	31	1.90
36829743--36829818	26	2.9	26	79	11	84	43	10	13	32	1.78
36836068--36836117	25	2.0	25	96	0	91	42	4	2	52	1.31
36836071--36836123	25	2.2	25	86	3	72	39	3	5	50	1.44
36837796--36838015	47	4.8	45	74	12	178	24	30	17	27	1.97
36837747--36838014	94	2.9	92	75	13	264	25	29	17	27	1.97
36838863--36838903	20	2.0	20	95	0	73	17	9	21	51	1.74
36841523--36841621	49	2.0	49	100	0	198	27	26	14	32	1.94
36841814--36842705	221	4.0	221	97	0	1687	31	27	14	27	1.95
36841814--36842705	441	2.0	442	98	0	1705	31	27	14	27	1.95
36845117--36845292	46	3.8	45	75	11	178	22	19	27	30	1.98
36845113--36845284	93	1.8	93	90	2	274	22	20	27	29	1.98
36850687--36850711	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36851857--36852066	47	4.6	46	74	10	155	23	28	18	29	1.98
36852789--36852813	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
36852895--36852964	36	1.9	36	91	0	113	50	5	30	14	1.66
36856163--36856200	8	4.9	8	83	3	51	65	0	31	2	1.06
36857575--36857700	43	2.9	43	86	2	155	34	26	15	23	1.94
36863791--36863901	58	1.9	58	88	1	170	26	31	17	25	1.97
36863794--36863901	29	3.8	29	85	6	139	25	30	17	25	1.97
36863991--36864015	9	2.8	9	100	0	50	28	36	12	24	1.91
36864133--36864171	16	2.4	16	91	0	60	10	20	20	48	1.78
36865730--36865780	21	2.3	22	90	6	77	21	27	29	21	1.99
36868277--36868391	29	4.0	29	82	10	139	27	28	15	27	1.96
36868270--36868378	58	1.9	57	88	1	164	26	29	16	27	1.97
36870953--36871022	27	2.6	27	93	2	113	31	27	12	28	1.93
36876320--36876503	40	4.6	39	74	6	129	26	23	27	22	2.00
36884432--36884615	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
36884472--36884660	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
36895847--36896037	40	4.8	39	78	7	172	24	22	28	24	2.00
36895880--36896062	79	2.3	77	77	9	179	26	22	26	25	2.00
36900198--36900275	39	2.0	39	92	0	129	34	20	12	32	1.90
36901158--36901187	14	2.1	14	100	0	60	50	13	6	30	1.67
36903055--36903114	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
36903069--36903136	28	2.4	28	92	0	109	27	25	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36905321--36905384	22	2.9	22	76	0	74	35	20	23	20	1.96
36905732--36905848	27	4.4	27	88	5	166	29	15	16	38	1.89
36905742--36905875	54	2.5	54	80	9	157	30	13	17	38	1.89
36908577--36908644	22	3.1	22	75	12	68	42	14	25	17	1.87
36909146--36909222	27	2.9	27	94	0	127	32	10	16	40	1.83
36909204--36909253	26	1.9	26	88	8	75	30	10	18	42	1.82
36911540--36911637	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
36919208--36919305	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
36923026--36923209	40	4.7	40	85	8	218	25	27	21	25	2.00
36925693--36925741	13	3.8	13	83	0	62	38	20	2	38	1.64
36933453--36933579	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
36935358--36935487	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
36935374--36935524	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	1.99
36935374--36935522	80	1.9	79	83	6	194	22	26	23	27	1.99
36943364--36943493	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
36943380--36943531	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
36943380--36943529	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
36960954--36960992	21	1.9	20	84	5	51	46	0	23	30	1.53
36963933--36964067	24	5.6	24	96	0	225	36	25	17	20	1.95
36963911--36964067	48	3.3	47	88	4	215	35	24	17	22	1.96
36971743--36971914	24	7.3	24	93	3	287	37	25	17	19	1.93
36971743--36971922	46	3.9	47	92	4	294	37	24	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36971743--36971922	70	2.6	70	90	7	285	37	24	17	20	1.94
36974728--36974891	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
36974728--36974925	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
36982291--36982454	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
36982291--36982488	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
36994417--36994460	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
37008542--37008691	42	3.6	42	82	4	178	27	22	18	31	1.97
37012994--37013141	38	3.8	38	82	5	154	35	9	10	43	1.72
37022574--37022792	40	5.5	41	82	7	227	22	26	24	26	2.00
37028666--37028928	49	5.4	49	93	0	409	32	8	28	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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