Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  220  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65163371--65163417
11
4.1
11
80
20
60
70
2
8
19
1.24
65163371--65163417
12
4.0
12
78
15
62
70
2
8
19
1.24
65163371--65163417
23
2.1
23
92
4
78
70
2
8
19
1.24
65164513--65164551
18
2.1
19
85
4
53
66
2
23
7
1.30
65183850--65184074
49
4.5
49
85
3
281
29
26
17
26
1.97
65183842--65184081
99
2.4
100
83
4
306
29
27
17
25
1.98
65186210--65186274
15
4.4
15
78
16
73
63
13
13
9
1.53
65186210--65186278
30
2.3
31
83
14
92
60
17
13
8
1.56
65187252--65187310
31
1.9
32
86
13
88
35
1
25
37
1.66
65187512--65187539
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
65198262--65198319
30
1.9
31
85
3
82
41
6
20
31
1.79
65199030--65199177
67
2.2
66
82
8
165
32
17
27
22
1.96
65202219--65202389
93
1.8
93
87
0
252
29
28
19
22
1.98
65206849--65207103
55
4.8
55
81
9
264
21
25
16
35
1.95
65206894--65207096
108
1.9
110
89
4
322
23
25
17
33
1.97
65213231--65213433
31
6.5
31
93
0
325
30
27
15
27
1.96
65213456--65213547
42
2.2
42
94
0
157
35
19
11
32
1.88
65213695--65213764
25
2.8
26
84
4
81
27
24
22
25
2.00
65214563--65214627
27
2.4
27
82
5
78
21
24
18
35
1.96
65214681--65214766
27
3.1
27
80
14
104
36
9
15
39
1.79
65214768--65214900
27
4.9
27
77
5
135
29
9
21
40
1.83
65214899--65215331
27
16.3
27
83
6
492
39
7
23
30
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65214899--65215331
81
5.4
81
84
6
546
39
7
23
30
1.82
65215157--65215199
19
2.3
19
95
0
77
39
9
20
30
1.84
65215130--65215226
46
2.1
46
90
0
149
38
6
23
31
1.80
65215076--65215278
100
2.0
100
88
1
300
37
6
24
31
1.80
65215186--65215351
81
2.0
81
83
0
206
39
9
22
28
1.85
65221107--65221139
13
2.5
13
95
0
57
9
30
30
30
1.88
65223021--65223180
29
5.5
30
88
8
213
26
25
14
33
1.94
65223021--65223180
59
2.8
57
88
4
214
26
25
14
33
1.94
65228369--65228422
24
2.2
24
93
0
90
35
12
18
33
1.89
65228424--65228669
42
5.8
42
77
9
241
21
15
27
34
1.94
65228424--65228669
84
2.9
84
87
3
334
21
15
27
34
1.94
65228428--65228658
126
1.8
128
80
7
283
22
16
26
34
1.95
65231441--65231608
27
6.3
27
89
2
232
36
20
19
24
1.95
65231767--65231797
10
3.1
10
95
0
53
29
38
9
22
1.86
65232265--65232316
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
65232359--65232417
27
2.3
25
85
5
73
22
22
20
35
1.96
65238995--65239166
27
6.4
27
91
1
256
34
19
20
24
1.96
65238996--65239149
53
2.9
53
93
0
245
35
20
19
24
1.96
65238995--65239166
80
2.1
81
89
3
258
34
19
20
24
1.96
65239327--65239357
10
3.1
10
95
0
53
29
38
9
22
1.86
65239853--65239911
27
2.3
27
85
5
77
22
23
18
35
1.96
65243251--65243419
48
3.5
47
90
4
234
18
17
28
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65243251--65243485
48
4.9
47
81
8
190
18
17
29
34
1.94
65243246--65243465
96
2.3
95
80
7
248
19
16
28
35
1.94
65246276--65246331
24
2.3
25
75
9
62
1
30
1
66
1.12
65255473--65255597
47
2.7
47
83
3
137
50
12
8
29
1.68
65260696--65260828
50
2.7
50
85
1
160
29
28
16
25
1.97
65261065--65261118
27
2.0
27
88
0
81
37
14
7
40
1.74
65262118--65262174
19
2.8
19
73
19
53
36
0
8
54
1.32
65263202--65263299
28
3.5
28
95
0
169
26
7
14
52
1.67
65267917--65268013
49
2.0
49
83
4
124
23
24
19
31
1.98
65273192--65273227
18
2.0
18
88
0
54
30
22
8
38
1.83
65275865--65275996
29
4.6
29
84
0
147
26
15
32
25
1.96
65283449--65283580
29
4.6
29
84
0
147
26
15
32
25
1.96
65297081--65297325
49
4.9
49
84
3
328
28
27
18
25
1.98
65305519--65305554
18
2.0
18
88
0
54
2
11
2
83
0.86
65306854--65307332
48
10.0
48
94
0
807
30
27
6
34
1.83
65306854--65307332
239
2.0
240
94
0
843
30
27
6
34
1.83
65310988--65311254
40
6.7
40
94
0
455
26
27
19
25
1.99
65312494--65312566
37
2.0
36
91
2
119
23
32
19
24
1.97
65312607--65313037
48
9.0
48
91
0
675
30
27
6
35
1.82
65313014--65313043
15
2.0
15
93
0
51
40
16
0
43
1.48
65314131--65314163
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
65322500--65322914
47
8.7
48
94
2
660
32
7
30
29
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65322500--65322914
96
4.3
96
93
2
676
32
7
30
29
1.86
65324758--65324841
26
3.2
25
91
6
132
35
4
23
35
1.76
65326271--65326341
26
2.7
26
84
4
79
35
22
11
30
1.89
65326449--65326561
27
4.2
28
86
5
135
16
23
22
37
1.94
65326447--65326561
54
2.1
54
88
3
169
16
23
22
37
1.94
65326623--65326662
21
2.0
21
85
14
57
20
0
47
32
1.50
65327892--65328005
31
3.5
31
89
8
147
23
21
14
40
1.90
65327869--65328031
38
4.4
38
84
11
232
22
22
17
38
1.93
65327892--65328031
69
2.0
69
98
0
271
23
21
15
39
1.92
65328223--65328317
24
4.0
24
85
10
124
26
24
21
28
1.99
65328223--65328316
47
2.0
49
85
12
133
26
24
21
27
1.99
65328368--65328427
20
3.0
20
90
0
102
31
20
11
36
1.88
65328470--65328517
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
65332151--65332458
153
2.0
153
99
0
607
25
10
23
40
1.87
65333715--65333779
27
2.5
26
76
11
71
43
7
10
38
1.68
65336236--65336278
21
2.0
21
86
8
61
16
13
0
69
1.19
65336314--65336367
22
2.5
22
78
6
65
7
29
0
62
1.22
65336351--65336431
39
2.1
38
84
6
101
8
22
3
65
1.36
65338863--65338965
40
2.6
39
83
6
116
29
21
27
22
1.99
65338862--65338995
40
3.3
40
78
4
110
26
21
27
23
1.99
65342544--65342601
16
3.6
16
85
0
80
20
20
27
31
1.98
65342669--65342721
22
2.4
22
93
6
90
16
20
26
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65342687--65342830
38
3.8
38
81
5
175
22
19
25
33
1.97
65342589--65342795
98
2.1
98
82
3
247
22
17
25
34
1.96
65342687--65342830
76
1.9
76
84
5
193
22
19
25
33
1.97
65343277--65343403
61
2.1
61
80
2
139
25
30
21
22
1.98
65346461--65346488
13
2.2
13
100
0
56
7
21
14
57
1.61
65347898--65348023
46
2.7
46
95
0
216
30
27
21
20
1.98
65364318--65364405
6
14.3
6
71
17
56
50
14
15
19
1.79
65364318--65364405
25
3.6
25
77
7
83
50
14
15
19
1.79
65364542--65364670
27
4.8
26
80
5
132
36
19
21
22
1.95
65364560--65364670
54
2.1
54
96
0
204
36
21
20
20
1.95
65365320--65365865
27
20.3
27
88
0
763
25
21
20
33
1.97
65365849--65366208
27
13.3
27
78
8
119
30
9
21
38
1.86
65365901--65366244
27
12.7
27
83
2
323
29
9
21
38
1.86
65365958--65366244
27
10.6
27
85
0
340
29
9
21
39
1.85
65369830--65369887
28
2.1
28
87
6
82
43
13
25
17
1.86
65370596--65370714
63
1.9
63
84
6
161
26
27
22
22
1.99
65381049--65381131
35
2.3
36
91
6
134
51
8
20
19
1.72
65384270--65384640
50
7.6
50
77
8
388
24
29
19
26
1.98
65384319--65384640
97
3.3
97
85
4
339
24
30
19
26
1.98
65384269--65384640
145
2.5
146
86
5
495
24
29
19
26
1.98
65388998--65389424
38
10.0
40
71
20
280
30
24
14
29
1.95
65389007--65389424
85
4.8
85
78
14
422
30
24
14
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65389134--65389394
48
5.7
47
79
14
287
32
22
13
31
1.93
65389043--65389424
133
2.9
133
91
0
613
31
23
14
30
1.95
65394551--65394679
50
2.7
49
82
3
136
27
27
17
27
1.97
65394596--65394771
50
3.6
49
83
4
203
23
27
19
28
1.99
65395951--65395997
24
2.0
24
91
0
76
34
4
40
21
1.73
65397209--65397273
28
2.3
28
94
0
112
33
27
7
30
1.85
65397379--65397469
28
3.2
28
85
4
121
21
23
21
32
1.98
65401062--65401187
43
2.9
43
90
0
189
34
25
15
25
1.95
65412917--65413037
60
2.0
61
82
6
147
30
26
16
26
1.97
65416959--65417114
43
3.6
43
84
1
170
28
15
23
32
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378