genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  181  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52947039--52947065	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
52950794--52950911	59	2.1	57	91	4	193	33	8	6	51	1.58
52952484--52952538	28	2.0	27	85	3	74	45	0	1	52	1.11
52952794--52952834	19	2.2	19	90	0	64	24	2	2	70	1.11
52959726--52959784	21	3.0	20	80	9	59	61	5	32	1	1.28
52959750--52959798	19	2.4	19	80	10	53	65	6	28	0	1.16
52961095--52961351	129	2.0	129	85	3	347	28	14	29	26	1.95
52962523--52962547	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
52963749--52963815	31	2.2	31	86	0	89	46	10	2	40	1.53
52965800--52965856	22	2.5	23	78	13	64	8	22	0	68	1.17
52967362--52967491	50	2.6	49	91	1	197	30	29	16	23	1.97
52967362--52967548	101	1.9	99	85	4	259	28	28	17	24	1.97
52969208--52969272	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
52969208--52969276	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
52969274--52969305	16	2.0	16	100	0	64	43	25	12	18	1.85
52972276--52972414	50	2.8	52	81	9	171	28	30	16	25	1.97
52976266--52976366	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52982365--52982505	69	2.0	69	100	0	282	32	17	21	29	1.96
52982808--52982987	47	3.8	48	80	10	212	21	31	19	27	1.97
52982806--52983027	94	2.4	93	83	7	270	22	31	18	27	1.97
52982808--52983013	47	4.4	46	78	8	184	22	30	19	27	1.98
52983918--52984030	59	1.9	59	92	0	190	15	30	11	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52990402--52990631	47	4.9	48	78	9	219	23	30	17	29	1.97
52990402--52990631	46	4.9	47	78	10	231	23	30	17	29	1.97
52990401--52990657	47	5.5	45	76	11	173	23	29	18	28	1.98
52990405--52990663	140	1.8	141	82	7	330	23	29	17	28	1.97
52991141--52991185	19	2.4	18	82	13	56	31	24	0	44	1.54
52992299--52992330	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
52994633--52994678	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
52994673--52994807	60	2.2	60	83	6	157	28	20	25	25	1.99
52997598--52997937	129	2.6	128	82	4	389	35	19	18	27	1.95
52998309--52998334	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
53000670--53000780	45	2.5	46	81	8	131	29	22	20	27	1.99
53000751--53001026	89	3.2	87	80	12	324	22	25	19	32	1.98
53000861--53001018	79	2.0	78	93	1	271	20	25	22	31	1.98
53012531--53012863	129	2.6	129	80	5	352	35	20	17	27	1.94
53012626--53012870	129	1.9	130	87	0	366	36	19	17	26	1.94
53013866--53013907	20	2.1	20	86	0	57	42	4	7	45	1.52
53017470--53017574	31	3.4	31	84	1	131	43	11	20	24	1.84
53017488--53017589	31	3.3	31	84	1	125	45	9	19	25	1.81
53017489--53017605	31	3.8	31	81	1	110	46	9	17	26	1.79
53023155--53023193	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
53024082--53024124	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
53025100--53025341	121	2.0	121	98	0	466	35	14	21	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53025483--53025560	27	2.9	27	86	7	113	15	25	23	35	1.94
53025483--53025603	54	2.2	54	80	2	136	17	23	21	37	1.94
53027252--53027396	50	2.9	50	93	2	238	40	18	12	28	1.87
53028662--53028699	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
53028928--53029093	46	3.6	45	78	12	167	29	28	19	22	1.98
53028929--53029099	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
53029519--53029574	29	1.9	29	85	0	76	33	23	5	37	1.78
53032588--53032726	40	3.5	40	88	3	183	25	28	21	24	1.99
53039519--53039556	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
53039786--53039955	93	1.8	92	93	1	295	28	28	20	21	1.98
53039781--53039952	45	3.7	46	79	11	208	29	27	20	22	1.98
53042405--53042432	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
53044710--53044789	40	2.0	40	97	0	151	38	18	20	22	1.93
53048593--53048632	21	1.9	21	94	0	71	25	35	20	20	1.96
53051228--53051272	20	2.2	19	81	14	54	33	0	4	62	1.15
53051225--53051272	22	2.3	22	85	7	64	33	0	4	62	1.14
53051247--53051278	12	2.6	13	85	14	50	28	0	3	68	1.04
53054326--53054402	37	2.1	37	100	0	154	33	10	18	37	1.85
53057257--53057475	49	4.6	49	72	13	177	26	29	17	26	1.97
53057232--53057475	93	2.6	91	82	8	283	26	29	16	27	1.97
53057257--53057532	142	1.9	142	87	1	401	26	29	17	26	1.97
53058581--53058619	14	2.8	14	88	0	60	46	17	2	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53064932--53065248	49	6.6	49	73	15	196	23	30	18	26	1.98
53064948--53065245	93	3.1	95	79	10	270	23	30	18	26	1.98
53064977--53065252	142	1.9	142	89	2	430	24	31	18	25	1.98
53067793--53068097	151	2.0	151	98	0	583	27	23	13	36	1.92
53080319--53080361	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
53080866--53080970	48	2.2	48	91	0	165	32	18	25	23	1.97
53080866--53080983	48	2.5	48	85	2	157	32	18	24	24	1.97
53081004--53081175	49	3.6	49	76	4	145	27	20	27	23	1.99
53099378--53099824	48	9.3	48	96	0	768	36	6	26	30	1.81
53099965--53100067	37	2.8	37	93	0	170	24	19	31	25	1.98
53103953--53104216	81	3.3	81	91	1	404	27	15	18	38	1.91
53103953--53104216	27	9.8	27	85	1	352	27	15	18	38	1.91
53106285--53106327	19	2.2	20	83	4	52	37	0	18	44	1.50
53113152--53113458	154	2.0	154	90	0	479	25	30	23	20	1.98
53114740--53114921	46	4.0	46	92	1	285	24	31	9	34	1.87
53114740--53114921	91	2.0	92	90	1	285	24	31	9	34	1.87
53114895--53115318	47	9.1	47	92	1	629	26	29	10	34	1.89
53114895--53115318	140	3.0	140	89	1	636	26	29	10	34	1.89
53114895--53115318	187	2.3	186	88	4	654	26	29	10	34	1.89
53114938--53115058	22	5.3	21	67	20	73	26	28	10	33	1.90
53115125--53115199	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
53119101--53119235	57	2.4	57	86	5	184	28	29	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53119134--53119231	28	3.5	28	73	8	99	29	27	21	21	1.98
53119263--53119755	40	12.4	40	94	0	828	26	27	20	24	1.99
53119263--53119755	159	3.1	159	93	0	860	26	27	20	24	1.99
53121224--53121406	46	4.0	46	89	0	258	24	31	9	34	1.88
53121380--53121570	47	4.1	47	91	1	276	26	29	10	33	1.90
53121470--53121544	22	3.3	22	68	17	71	26	29	12	32	1.92
53121445--53121570	25	5.3	25	63	18	79	28	27	10	33	1.90
53128942--53129001	28	2.1	28	87	6	86	33	30	26	10	1.89
53129459--53129488	14	2.1	14	93	0	51	36	13	3	46	1.60
53130842--53130881	18	2.3	18	86	4	55	65	5	2	27	1.27
53136002--53136121	43	2.8	42	79	3	141	30	16	21	30	1.96
53142099--53142143	20	2.1	21	88	12	65	62	0	2	35	1.08
53142813--53142861	2	25.0	2	91	4	82	51	0	0	48	1.00
53150707--53150767	31	1.9	33	83	12	83	62	1	1	34	1.15
53150707--53150767	32	1.9	31	83	12	79	62	1	1	34	1.15
53150746--53150788	22	2.0	22	90	4	70	67	0	0	32	0.91
53150721--53150786	10	6.5	10	70	16	55	65	1	0	33	1.02
53150814--53150877	24	2.7	24	86	13	80	64	0	0	35	0.94
53150861--53150900	18	2.2	19	86	4	55	62	0	0	37	0.95
53150747--53150882	17	7.3	20	66	21	73	63	1	1	33	1.12
53150737--53150904	57	3.0	53	74	22	157	61	1	1	35	1.11
53152459--53152665	24	8.6	24	97	0	369	36	25	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53160363--53160545	24	7.6	24	96	0	312	37	24	17	20	1.94
53163398--53163438	9	4.6	9	100	0	82	46	0	12	41	1.41
53166306--53166403	48	2.0	48	98	0	187	38	13	25	22	1.90
53179771--53179864	29	3.2	29	96	0	170	28	15	27	27	1.97
53179767--53179900	58	2.3	58	83	3	173	26	14	32	26	1.95
53184728--53184903	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53184724--53184895	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53187841--53187901	15	4.2	15	78	16	74	13	14	14	57	1.66
53187850--53187911	29	2.2	27	85	8	79	11	16	12	59	1.61
53187850--53187912	15	4.4	14	78	11	58	11	15	12	60	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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