Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  329  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100008435--100008558
49
2.6
49
83
3
135
24
29
19
27
1.98
100008578--100008746
48
3.6
48
79
4
209
21
27
20
30
1.98
100013015--100013218
104
2.0
105
81
4
243
22
27
23
26
1.99
100014650--100014684
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
100014908--100014999
36
2.6
36
89
1
132
14
7
38
40
1.74
100017577--100017607
14
2.2
14
94
0
53
25
0
16
58
1.38
100018035--100018199
24
6.9
24
79
7
156
22
12
30
34
1.91
100018035--100018168
72
1.9
72
85
0
187
22
11
29
35
1.90
100018035--100018199
72
2.3
72
81
0
177
22
12
30
34
1.91
100033816--100033892
29
2.6
29
80
13
77
24
16
9
49
1.75
100036578--100036850
46
6.0
46
90
1
379
39
14
23
22
1.91
100038154--100038195
22
1.9
22
85
9
59
16
26
19
38
1.92
100041038--100041110
38
1.9
38
83
5
94
43
2
9
43
1.51
100041890--100042159
46
6.0
46
90
3
379
39
14
24
21
1.91
100041890--100042159
91
3.0
91
89
2
375
39
14
24
21
1.91
100041890--100042159
137
2.0
135
86
5
384
39
14
24
21
1.91
100043515--100043636
60
2.0
60
98
0
235
31
14
4
48
1.65
100043539--100043632
30
3.2
28
63
16
73
32
13
5
47
1.66
100055750--100055787
19
2.0
19
85
10
51
68
0
10
21
1.19
100070354--100070390
12
3.1
12
96
0
65
27
5
27
40
1.78
100070378--100070424
22
2.1
22
96
0
85
27
6
29
36
1.82
100070697--100070738
21
2.0
21
100
0
84
33
19
23
23
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100073928--100073952
12
2.1
12
100
0
50
20
16
24
40
1.91
100075784--100075809
13
2.0
13
100
0
52
30
23
7
38
1.83
100080571--100080674
55
1.9
55
85
0
145
26
22
31
19
1.97
100097246--100097301
22
2.4
23
82
5
69
71
3
0
25
1.02
100103862--100104337
48
10.0
48
88
7
736
36
5
26
31
1.80
100104488--100104592
37
2.8
37
95
0
183
23
18
31
26
1.97
100107588--100107674
18
4.8
18
73
11
52
64
1
3
31
1.17
100107596--100107666
38
1.9
36
81
18
85
63
1
2
32
1.18
100107614--100107666
19
2.8
19
72
13
56
62
1
1
33
1.17
100107893--100107981
28
3.1
28
76
12
90
26
7
2
62
1.34
100107893--100108010
57
2.0
59
82
6
143
27
7
3
61
1.40
100107968--100108032
19
3.4
18
75
12
58
33
4
4
56
1.40
100108148--100108341
94
2.1
92
84
5
248
35
8
18
37
1.81
100112822--100112860
14
2.8
14
92
0
69
28
12
7
51
1.67
100113313--100113340
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
100113441--100113511
30
2.3
31
73
4
72
43
5
23
26
1.76
100113735--100113798
31
2.1
31
100
0
128
34
3
26
35
1.72
100114926--100115033
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
100116476--100116538
28
2.2
28
94
0
108
38
17
11
33
1.85
100116487--100116551
28
2.3
28
97
0
121
32
23
12
32
1.91
100116657--100116797
27
5.2
26
85
6
183
17
24
23
34
1.96
100116657--100116797
54
2.6
53
93
2
228
17
24
23
34
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100116657--100116815
27
5.9
26
78
15
146
18
24
22
34
1.96
100118545--100118594
19
2.6
19
81
9
57
62
0
10
28
1.27
100118651--100118707
29
1.9
30
86
10
82
42
0
0
57
0.98
100121844--100121921
25
3.1
25
86
0
111
35
14
10
39
1.80
100126531--100126608
25
3.1
25
83
0
93
34
12
11
41
1.80
100129566--100129590
6
4.2
6
100
0
50
32
16
0
52
1.44
100130244--100130276
17
1.9
17
100
0
66
48
6
21
24
1.72
100130246--100130284
17
2.4
17
87
8
55
51
7
20
20
1.72
100136134--100136184
21
2.4
21
100
0
102
13
21
11
52
1.72
100137149--100137181
17
1.9
17
93
0
57
51
6
18
24
1.68
100144566--100144611
22
2.1
22
95
0
83
41
8
8
41
1.67
100146869--100146898
14
2.1
14
93
0
51
20
16
6
56
1.62
100147260--100147500
130
1.8
132
84
8
332
29
19
16
34
1.94
100148671--100148722
25
2.1
25
100
0
104
48
23
9
19
1.78
100150760--100150803
18
2.6
17
86
10
63
27
20
20
31
1.97
100151533--100151570
19
2.0
19
89
0
58
34
28
7
28
1.85
100155889--100155956
17
4.0
17
80
0
73
13
14
33
38
1.85
100160307--100160342
17
2.1
17
100
0
72
30
19
22
27
1.98
100163184--100163352
41
4.1
40
74
8
126
36
22
21
20
1.96
100163357--100163462
45
2.4
45
83
0
131
48
33
0
18
1.49
100164321--100164842
114
4.6
115
81
4
520
25
14
24
35
1.93
100164928--100165048
59
2.1
58
88
1
179
22
37
3
37
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100166507--100166556
18
2.7
18
84
12
57
60
0
0
40
0.97
100168007--100168114
26
4.2
26
91
0
162
32
6
24
37
1.81
100174962--100175068
26
4.2
26
91
1
180
32
6
24
36
1.81
100179011--100179084
21
3.2
24
66
23
59
39
14
6
39
1.73
100179160--100179207
9
5.4
9
87
5
71
52
18
0
29
1.46
100179162--100179207
18
2.6
18
96
3
85
52
19
0
28
1.47
100179186--100179268
42
2.0
42
85
4
114
50
15
1
32
1.52
100179168--100179381
57
3.8
56
84
8
281
48
17
0
33
1.53
100179295--100179394
43
2.2
44
76
16
89
47
18
0
35
1.49
100179335--100179454
9
13.6
9
70
14
54
42
20
2
34
1.66
100185021--100185120
21
4.8
21
84
9
123
30
22
47
1
1.58
100185356--100185433
31
2.4
32
80
4
86
14
6
19
60
1.55
100187973--100188037
20
3.2
20
84
4
78
9
26
23
41
1.84
100188859--100188894
17
2.1
17
100
0
72
50
11
22
16
1.77
100190887--100191102
94
2.3
94
84
4
276
28
20
27
23
1.99
100190887--100191293
47
8.7
47
73
15
176
27
20
29
23
1.99
100190887--100191146
94
2.8
95
76
11
259
28
21
28
22
1.99
100191125--100191239
44
2.6
44
92
0
185
24
14
32
28
1.95
100200941--100200988
3
16.0
3
100
0
96
66
0
0
33
0.92
100204288--100204320
13
2.6
13
95
4
59
54
15
0
30
1.41
100205982--100206025
22
2.0
22
100
0
88
45
9
9
36
1.68
100207276--100207308
6
5.5
6
96
0
57
81
0
3
15
0.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100214350--100214393
16
2.6
17
80
16
56
25
6
11
56
1.58
100219149--100219190
5
8.6
5
97
2
77
38
0
0
61
0.96
100219267--100219305
4
9.5
4
83
5
51
74
0
25
0
0.82
100219273--100219304
17
1.9
17
93
6
57
81
0
18
0
0.70
100219272--100219314
21
2.0
21
90
0
68
74
0
25
0
0.82
100220905--100220981
9
8.6
9
81
5
84
45
22
7
24
1.78
100221067--100221118
5
9.2
5
77
22
50
7
0
51
40
1.30
100221067--100221113
18
2.6
18
100
0
94
8
0
51
40
1.33
100221066--100221090
13
1.9
13
100
0
50
12
0
48
40
1.40
100223579--100223608
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
100225947--100225988
17
2.4
17
84
15
50
71
2
26
0
0.98
100228280--100228336
3
19.0
3
100
0
114
66
0
0
33
0.92
100239050--100239089
16
2.5
16
100
0
80
17
12
25
45
1.83
100244173--100244237
33
2.0
33
93
0
112
21
9
33
35
1.85
100244183--100244312
33
3.9
33
74
7
104
24
8
31
35
1.85
100248170--100248208
20
2.0
20
94
0
69
48
0
2
48
1.15
100250963--100251009
11
4.3
11
83
0
58
59
10
12
17
1.60
100251159--100251278
63
1.9
63
96
0
222
34
21
16
27
1.95
100253034--100253215
3
59.3
3
71
15
99
63
2
3
29
1.26
100253089--100253177
35
2.8
29
74
22
79
64
1
4
30
1.21
100253034--100253205
23
7.7
22
73
16
113
63
2
4
29
1.27
100253668--100253716
25
2.0
25
100
0
98
12
0
28
59
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100253977--100254513
132
4.1
130
86
4
710
26
24
19
29
1.98
100253959--100254513
263
2.1
257
87
4
776
26
24
19
29
1.98
100254520--100254745
46
4.9
46
81
3
267
21
26
17
34
1.95
100254817--100254841
12
2.1
12
100
0
50
24
8
32
36
1.84
100261857--100262045
3
62.3
3
73
13
129
63
1
4
30
1.23
100261859--100262032
26
7.1
23
68
22
79
63
1
4
30
1.25
100261916--100262045
23
5.6
23
72
22
62
63
0
4
31
1.20
100261940--100262045
35
3.0
37
77
15
93
65
0
2
31
1.14
100262788--100262894
55
1.9
55
83
3
135
41
1
10
46
1.48
100263533--100263586
26
2.1
26
100
0
108
50
0
7
42
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378