genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  244  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72550753--72550800	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72550843--72550903	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
72550953--72551095	24	6.0	24	90	4	200	28	22	21	27	1.99
72550953--72551095	47	3.0	47	89	5	198	28	22	21	27	1.99
72550953--72551096	71	2.0	72	87	4	211	29	22	21	27	1.99
72551286--72551349	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
72553185--72553311	42	3.0	41	77	6	119	27	24	14	33	1.95
72555840--72555900	20	3.0	20	68	0	59	37	19	21	21	1.94
72568748--72568964	40	5.5	40	86	3	271	23	23	27	25	2.00
72576857--72577019	40	4.1	40	92	2	258	22	23	29	25	1.99
72580115--72580196	29	2.9	29	96	1	148	26	29	14	29	1.95
72582578--72582647	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
72582578--72582659	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
72590501--72590570	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
72590501--72590582	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
72594154--72594194	13	3.2	13	92	0	73	14	29	36	19	1.92
72601856--72602080	40	5.7	40	81	5	251	25	20	26	27	1.99
72601938--72602113	80	2.2	80	83	6	207	26	21	27	24	1.99
72601856--72602113	119	2.2	119	81	6	292	26	20	26	26	1.99
72603533--72603638	42	2.5	42	75	0	113	31	26	12	30	1.92
72607616--72607691	40	1.9	40	91	0	125	17	18	22	42	1.89
72609536--72609568	13	2.5	13	95	0	57	51	15	3	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72614353--72614400	16	2.8	18	75	12	55	43	0	2	54	1.12
72614353--72614419	34	1.9	36	84	6	93	40	1	4	53	1.30
72617643--72617831	89	2.1	88	88	4	274	30	10	21	37	1.87
72620047--72620088	15	2.7	15	88	3	66	85	0	14	0	0.59
72620047--72620077	14	2.2	14	94	0	53	90	0	9	0	0.46
72620057--72620082	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
72620054--72620088	17	2.1	17	89	5	54	88	0	11	0	0.51
72620048--72620093	15	3.0	15	81	6	56	82	2	15	0	0.76
72624353--72624390	18	2.0	19	90	10	60	34	0	10	55	1.34
72626208--72626269	30	2.1	30	90	0	97	59	11	3	25	1.46
72640051--72640198	74	2.0	74	100	0	296	33	9	24	32	1.87
72640280--72640551	134	2.0	134	99	0	535	33	15	13	37	1.87
72645190--72645237	16	2.9	16	78	12	53	75	2	6	16	1.11
72647210--72647249	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
72651756--72651926	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
72651748--72651928	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
72654292--72654380	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72654292--72654371	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72654303--72654380	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72657334--72657504	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
72657326--72657506	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
72661107--72661314	40	5.2	40	81	3	186	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72661108--72661314	80	2.6	80	82	4	229	25	22	26	26	2.00
72670003--72670137	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
72671597--72671846	55	4.7	53	78	8	233	22	24	18	35	1.95
72671644--72671841	108	1.8	110	84	4	276	23	25	17	34	1.96
72680883--72681053	24	7.1	24	95	0	288	36	25	17	21	1.95
72684888--72684913	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
72687661--72687718	27	2.2	27	84	3	73	29	15	12	43	1.83
72693452--72693519	35	1.9	35	90	0	109	29	25	11	33	1.91
72693635--72693665	9	3.4	9	95	0	53	74	0	9	16	1.07
72700199--72700244	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
72700272--72700384	59	1.9	60	87	5	167	27	22	25	24	2.00
72704282--72704625	49	6.9	49	91	5	546	32	8	29	29	1.86
72704358--72704447	27	3.3	27	67	27	80	32	4	28	34	1.77
72704282--72704625	97	3.4	98	91	4	546	32	8	29	29	1.86
72704282--72704625	146	2.3	150	90	4	552	32	8	29	29	1.86
72704712--72704802	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
72707499--72707552	27	2.0	27	100	0	108	29	18	11	40	1.85
72710088--72710163	40	1.9	40	83	5	100	13	27	22	36	1.91
72714792--72714841	20	2.5	20	80	6	57	18	18	20	44	1.88
72714871--72714908	20	1.9	20	94	0	67	10	26	23	39	1.87
72714875--72714953	20	4.0	20	70	9	54	12	29	22	35	1.91
72719475--72719682	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72722181--72722275	48	2.0	48	100	0	190	18	29	25	26	1.98
72726475--72726704	6	38.3	6	100	0	460	33	0	16	50	1.46
72728140--72728181	20	2.1	20	86	8	59	59	2	2	35	1.23
72729663--72729780	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72729631--72729794	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72736283--72736349	25	2.7	25	83	0	80	49	13	16	20	1.79
72736467--72736574	27	4.0	26	83	5	126	36	21	24	18	1.95
72736469--72736572	54	1.9	53	86	1	145	36	19	25	19	1.95
72738457--72738675	40	5.4	40	87	2	278	26	23	26	24	2.00
72738457--72738675	120	1.8	121	87	3	325	26	23	26	24	2.00
72738456--72738701	80	3.1	80	82	1	206	26	23	26	23	2.00
72746552--72746766	40	5.3	40	85	2	252	26	23	25	25	2.00
72746552--72746784	120	1.9	121	84	2	308	27	23	25	24	2.00
72746619--72746796	80	2.2	80	79	0	176	28	23	25	23	2.00
72748632--72748738	27	4.0	27	85	4	135	24	24	18	32	1.97
72748636--72748738	54	1.9	53	88	2	152	24	25	17	33	1.96
72748742--72749118	27	14.2	27	80	5	358	31	10	20	37	1.86
72748731--72749118	53	7.3	53	78	7	351	31	10	20	37	1.86
72748796--72749067	105	2.6	105	81	8	313	32	10	18	38	1.85
72749164--72749217	27	2.0	27	96	0	99	24	38	18	18	1.93
72752401--72752441	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
72763578--72763748	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72763573--72763745	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
72766194--72766328	50	2.6	51	83	2	155	31	25	15	26	1.96
72766200--72766328	52	2.5	50	83	2	150	32	27	13	26	1.94
72769729--72769800	37	1.9	37	94	0	126	27	9	11	51	1.69
72778972--72779022	24	2.1	24	100	0	102	33	25	7	33	1.85
72788239--72788291	27	2.0	27	88	0	79	35	16	15	32	1.90
72793580--72793610	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
72804333--72804388	28	2.0	28	100	0	112	17	25	14	42	1.87
72805626--72805671	20	2.4	19	81	3	56	39	2	2	56	1.24
72809042--72809143	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
72815876--72815977	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
72817714--72817996	138	2.1	137	91	2	460	44	7	8	40	1.61
72817978--72818121	75	1.9	75	95	0	261	32	13	9	45	1.74
72820599--72820656	27	2.1	27	96	0	107	13	20	25	39	1.90
72820605--72820669	27	2.4	27	89	0	94	13	18	24	43	1.87
72824808--72824930	49	2.5	50	81	5	160	28	28	14	28	1.95
72829675--72829841	27	6.1	27	82	13	200	36	22	22	18	1.95
72829675--72829841	54	3.1	54	87	4	230	36	22	22	18	1.95
72837725--72837891	27	6.1	27	78	13	110	38	21	20	18	1.93
72837725--72837891	54	3.1	55	82	7	216	38	21	20	18	1.93
72849042--72849197	43	3.7	43	77	11	160	28	14	23	33	1.94
72852220--72852266	22	2.1	23	88	4	69	36	4	0	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72853562--72853595	18	1.9	17	88	5	50	8	23	0	67	1.18
72857709--72857872	40	4.2	40	90	3	253	25	21	27	25	2.00
72865983--72866249	40	6.8	40	91	4	411	23	21	28	26	1.99
72872831--72872938	52	2.1	52	94	0	189	27	7	17	47	1.74
72874910--72874979	28	2.5	28	86	4	97	32	25	12	28	1.93
72875536--72875561	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72881575--72881605	14	2.2	14	100	0	62	45	6	22	25	1.76
72886492--72886864	48	7.7	48	76	6	342	25	29	17	27	1.98
72886498--72886874	96	3.9	96	83	2	461	25	29	17	27	1.98
72894211--72894582	48	7.7	47	77	4	332	26	28	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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