genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  98  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26884559--26884762	39	5.2	40	84	4	256	27	29	19	23	1.98
26884559--26884765	79	2.6	76	86	6	288	27	28	19	24	1.98
26893771--26893870	27	3.7	27	86	1	139	35	16	14	35	1.88
26893862--26893924	28	2.3	28	91	2	101	47	19	15	17	1.83
26894322--26894379	18	3.2	18	78	9	64	27	17	13	41	1.87
26894370--26894449	34	2.4	34	86	0	106	28	20	23	27	1.99
26901705--26901764	30	2.0	30	96	0	111	20	33	11	35	1.88
26931266--26931798	268	2.0	269	96	0	978	37	15	13	33	1.86
26931823--26931852	15	2.0	15	100	0	60	53	20	0	26	1.46
26932928--26932993	32	2.1	32	97	0	123	45	16	3	34	1.63
26941903--26942022	6	19.3	6	69	19	68	50	15	15	19	1.79
26941914--26942022	31	3.5	31	92	1	155	50	14	15	19	1.78
26942159--26942253	27	3.5	26	85	5	118	36	20	23	20	1.95
26942416--26942476	22	2.8	22	78	9	70	36	24	19	19	1.95
26942919--26943169	27	9.3	27	90	1	351	24	21	19	34	1.96
26943172--26943324	27	5.7	27	88	0	216	39	8	22	30	1.84
26943172--26943324	81	1.9	81	90	0	243	39	8	22	30	1.84
26943305--26943368	27	2.4	27	84	5	76	28	6	25	40	1.79
26946289--26946472	67	2.8	64	75	11	178	28	16	30	23	1.96
26949612--26949757	37	3.9	37	95	0	256	25	32	19	23	1.97
26949906--26950091	50	3.7	50	98	0	354	31	25	6	36	1.81
26950061--26950160	47	2.1	47	86	0	137	28	29	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26952017--26952050	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26954201--26954329	43	3.0	43	97	0	240	31	34	24	10	1.89
26954338--26954449	40	2.8	40	88	0	170	24	30	22	23	1.99
26955724--26955869	37	3.9	37	93	1	240	26	32	18	22	1.97
26956074--26956173	47	2.1	47	84	0	128	27	29	11	33	1.91
26965664--26965706	16	2.7	16	81	0	59	55	18	16	9	1.67
26969204--26969379	40	4.4	40	88	3	241	23	28	23	24	2.00
26971770--26971932	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
26971770--26971963	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
26981247--26981409	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
26981247--26981440	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
26989156--26989318	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
26989173--26989354	39	4.6	40	87	0	154	21	21	32	23	1.98
27007143--27007175	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
27010486--27010587	46	2.2	46	78	3	116	30	19	27	22	1.98
27014280--27014406	50	2.5	51	88	1	175	33	14	23	28	1.94
27014382--27014685	31	9.8	31	89	2	441	27	18	26	27	1.98
27014714--27014923	42	4.6	46	82	7	189	29	15	26	29	1.96
27014853--27014950	42	2.3	42	92	3	162	30	14	27	27	1.95
27017941--27017965	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27023524--27023597	38	1.9	38	94	0	130	24	25	25	24	2.00
27023537--27023662	65	1.9	65	91	0	207	20	20	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27023602--27023700	38	2.6	38	91	0	153	19	20	27	33	1.96
27023693--27023802	46	2.5	45	84	11	140	20	23	28	27	1.99
27024835--27025007	43	4.0	44	77	14	173	31	23	19	26	1.98
27028450--27028621	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
27028442--27028617	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
27028493--27028636	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
27031069--27031138	35	2.0	35	97	0	131	25	24	2	47	1.66
27036251--27036622	47	7.7	47	86	8	485	28	31	7	32	1.85
27036251--27036622	93	3.8	94	84	8	485	28	31	7	32	1.85
27036438--27036597	58	3.0	54	88	8	222	28	30	7	33	1.85
27036391--27036597	105	2.0	106	97	1	389	28	29	7	33	1.85
27036346--27036622	154	1.8	153	94	1	493	29	30	7	32	1.84
27036346--27036647	152	2.0	152	86	2	419	32	29	6	31	1.84
27039900--27040354	47	9.7	47	93	1	732	29	30	7	32	1.86
27039950--27040169	25	9.3	25	60	21	80	30	30	6	32	1.84
27046199--27046227	7	4.3	7	91	8	51	34	24	13	27	1.93
27046199--27046224	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
27046583--27046633	20	2.5	21	81	9	61	31	17	27	23	1.97
27049673--27049736	31	2.1	31	87	0	92	25	25	15	34	1.95
27049928--27050070	24	6.0	24	90	4	200	26	23	21	28	1.99
27049928--27050069	47	3.0	48	89	5	198	26	23	21	28	1.99
27049927--27050070	71	2.0	72	87	4	211	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27050120--27050180	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
27051412--27051495	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
27051557--27051608	27	1.9	27	84	7	70	38	11	9	40	1.74
27051647--27051786	54	2.6	54	85	4	192	30	7	22	38	1.83
27051566--27051840	27	10.1	27	80	5	169	34	8	19	37	1.82
27051738--27051967	81	2.8	81	81	5	198	41	7	20	30	1.81
27051765--27051975	27	7.8	27	86	3	228	41	7	22	28	1.80
27051972--27052070	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
27051964--27052068	54	2.0	53	81	9	124	31	9	20	38	1.85
27051981--27052085	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
27054849--27054912	31	2.1	31	88	2	94	25	23	15	35	1.94
27055103--27055243	24	6.0	24	88	7	191	26	22	21	29	1.99
27055102--27055243	69	2.0	71	86	6	200	26	22	21	29	1.99
27055293--27055353	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
27055396--27055443	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27056583--27056666	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
27056705--27056941	53	4.4	54	75	8	173	31	9	19	39	1.84
27056705--27056941	27	8.8	27	76	5	185	31	9	19	39	1.84
27056736--27057009	27	10.1	27	80	6	169	33	8	19	37	1.82
27056933--27057135	27	7.6	27	87	3	230	41	7	21	28	1.81
27056933--27057142	80	2.6	81	82	6	257	41	7	22	28	1.81
27057139--27057236	27	3.7	26	78	9	92	30	10	19	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27057148--27057251	27	3.9	27	75	10	72	34	9	17	38	1.82
27064886--27065055	46	3.7	46	75	7	191	30	27	19	22	1.98
27064891--27065061	93	1.8	93	94	0	306	29	28	20	22	1.98
27067065--27067120	27	2.1	27	100	0	112	17	10	23	48	1.79
27068758--27068795	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
27075048--27075116	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
27076745--27076782	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
27079620--27079699	31	2.6	31	92	2	126	27	26	18	27	1.98
27080010--27080060	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
27087389--27087458	31	2.3	31	87	2	97	31	25	14	28	1.95
27087677--27087748	25	2.9	25	93	0	126	25	22	26	26	2.00
27087780--27087844	21	3.0	21	84	2	76	33	16	12	36	1.87
27091430--27091521	20	4.6	20	90	0	139	23	28	1	46	1.59
27103536--27103655	46	2.6	46	86	2	150	23	28	19	29	1.98
27103398--27103660	139	1.9	139	80	10	315	25	28	19	26	1.99
27104303--27104353	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
27107824--27108014	40	4.8	40	87	0	238	26	23	26	23	2.00
27107822--27108042	80	2.8	80	83	0	262	27	23	24	23	2.00
27107827--27108042	40	5.4	39	82	5	209	27	23	25	23	2.00
27107830--27108056	120	1.9	121	81	2	278	28	23	24	23	1.99
27107891--27108068	80	2.2	80	80	0	176	29	24	24	21	1.99
27115939--27116157	40	5.4	40	85	2	251	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27115940--27116171	120	1.9	121	84	2	306	26	22	26	24	2.00
27116100--27116183	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
27122209--27122375	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
27124265--27124377	45	2.5	45	92	1	192	43	9	33	13	1.77
27129798--27129995	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
27129864--27129981	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
27129832--27129995	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
27135192--27135309	58	2.1	55	83	12	150	40	16	16	26	1.89
27136501--27136667	40	4.2	40	77	6	144	25	22	28	24	1.99
27140580--27140777	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378