genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  221  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65421268--65421297	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
65423203--65423378	46	3.8	46	78	15	200	21	19	28	29	1.98
65423199--65423371	93	1.9	93	95	0	310	21	20	29	28	1.98
65425978--65426092	43	2.7	43	86	0	158	26	20	27	25	1.99
65427937--65427975	18	2.2	18	95	0	69	23	33	33	10	1.88
65434769--65434982	56	3.8	56	88	3	297	26	14	23	35	1.94
65434768--65435007	56	4.3	56	85	2	295	26	14	25	34	1.94
65441372--65441579	56	3.7	56	90	1	310	35	23	14	26	1.93
65442605--65442643	19	2.1	19	85	0	51	41	2	2	53	1.28
65445087--65445274	101	1.9	99	85	2	259	31	26	16	25	1.96
65445092--65445274	50	3.7	49	81	5	206	32	26	16	25	1.96
65449510--65449658	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
65449551--65449658	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
65457626--65457774	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
65457667--65457774	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
65466754--65466902	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
65466795--65466902	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
65471372--65471555	50	3.7	50	83	4	228	29	26	17	26	1.98
65471372--65471555	101	1.8	99	87	2	269	29	26	17	26	1.98
65473599--65473843	49	4.9	49	84	3	319	28	27	18	25	1.98
65473612--65473843	100	2.3	98	87	2	329	29	27	18	25	1.98
65476590--65476628	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65479353--65479582	49	4.7	49	82	6	277	30	27	16	25	1.97
65479339--65479576	100	2.4	97	83	4	291	30	26	16	26	1.97
65480226--65480285	30	2.0	30	83	6	77	30	23	8	38	1.84
65483069--65483103	17	2.1	16	89	10	52	17	2	2	77	1.02
65487923--65487951	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
65488464--65488494	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
65489045--65489248	45	4.7	45	82	7	217	22	17	26	33	1.96
65492272--65492342	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
65492326--65492449	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
65492310--65492449	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
65492326--65492478	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
65492432--65492493	27	2.3	27	94	0	106	41	16	14	27	1.87
65492326--65492476	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
65493114--65493210	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
65501900--65502030	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
65510643--65510707	27	2.4	28	92	2	105	32	27	7	32	1.85
65510813--65510901	27	3.2	26	76	13	81	21	22	22	33	1.97
65512537--65512622	45	1.9	45	95	0	154	25	15	24	34	1.94
65518640--65518673	16	2.1	16	100	0	68	5	0	32	61	1.20
65519310--65519427	43	2.7	43	81	0	146	27	15	23	33	1.95
65522860--65522919	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
65525338--65525429	37	2.5	37	92	1	148	27	29	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65525508--65525792	49	5.8	49	93	1	482	29	28	8	32	1.87
65528609--65528710	41	2.5	40	82	7	125	23	27	23	25	2.00
65529454--65529645	40	4.8	40	97	0	348	26	28	20	25	1.99
65531536--65531622	37	2.3	37	96	2	156	27	32	19	20	1.97
65531701--65532082	49	7.8	49	96	0	694	30	27	8	33	1.87
65532595--65532683	44	2.0	44	100	0	178	29	15	13	41	1.85
65537100--65537132	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
65537931--65538069	59	2.3	60	81	10	169	26	25	20	28	1.99
65541838--65541897	29	2.1	29	96	0	111	43	23	10	23	1.83
65542057--65542123	33	2.0	33	94	0	116	23	20	11	43	1.85
65545095--65545159	19	3.4	19	95	0	121	7	32	24	35	1.84
65548913--65549080	43	4.0	43	78	4	153	33	25	13	28	1.93
65552841--65552898	28	2.1	28	100	0	116	13	0	32	53	1.40
65560380--65560494	27	4.3	27	82	0	140	30	12	16	40	1.85
65560392--65560511	54	2.2	54	87	0	168	26	14	17	41	1.87
65568599--65568656	22	2.6	22	74	15	57	31	24	17	27	1.97
65569516--65569555	21	1.9	21	85	10	55	27	5	7	60	1.45
65571206--65571273	34	2.0	34	88	0	100	29	22	22	26	1.99
65574031--65574105	39	1.9	39	86	0	105	32	1	29	37	1.66
65576839--65577017	96	1.9	96	87	0	268	33	18	13	34	1.90
65577204--65577238	18	1.9	18	100	0	70	34	5	17	42	1.73
65579328--65579484	47	3.4	46	80	4	145	43	12	10	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65583650--65583777	28	4.5	29	79	7	93	28	14	28	29	1.95
65589654--65589685	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
65591161--65591272	28	4.0	28	78	6	111	26	16	31	25	1.96
65596261--65596376	52	2.2	52	95	0	205	34	14	24	26	1.94
65596261--65596376	24	4.4	27	82	15	154	34	14	24	26	1.94
65596400--65596620	51	4.3	51	90	0	343	31	12	25	30	1.92
65596400--65596649	102	2.5	102	86	1	349	32	12	25	28	1.93
65605329--65605359	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65605326--65605365	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65605438--65605482	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
65605551--65605805	55	4.8	53	82	7	245	21	25	16	36	1.94
65605598--65605798	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.95
65607059--65607143	42	2.0	42	84	8	111	30	22	16	30	1.96
65607104--65607374	48	5.8	48	81	7	306	29	25	18	26	1.98
65607103--65607373	138	2.0	138	86	2	384	28	25	19	26	1.98
65607356--65607438	37	2.2	37	85	4	105	25	26	19	28	1.98
65612850--65612883	17	2.0	17	94	0	59	38	23	14	23	1.92
65612914--65613141	27	8.5	27	76	11	107	31	12	17	38	1.87
65612957--65613245	54	5.4	54	81	8	277	31	12	19	36	1.89
65612959--65613245	81	3.6	80	83	5	355	31	12	19	36	1.88
65612999--65613245	27	9.2	27	79	10	224	31	12	19	36	1.88
65613563--65613624	28	2.2	28	91	0	97	27	37	14	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65615732--65615935	40	5.1	40	91	3	297	25	29	23	21	1.99
65620188--65620257	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
65628086--65628154	27	2.5	28	88	6	106	30	26	14	28	1.95
65641003--65641134	29	4.5	29	96	1	237	25	24	13	37	1.92
65641003--65641134	59	2.3	58	95	1	237	25	24	13	37	1.92
65641003--65641164	88	1.8	89	89	1	254	25	24	13	35	1.92
65642825--65643016	40	4.8	40	88	3	264	25	28	23	22	1.99
65647012--65647155	27	5.3	26	86	5	85	29	12	17	40	1.86
65647081--65647420	81	4.2	82	81	9	367	30	11	21	37	1.88
65647053--65647420	27	13.7	26	84	7	316	30	11	20	37	1.88
65648083--65648121	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
65648585--65648654	27	2.5	28	84	9	81	35	22	22	18	1.95
65648780--65648844	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
65653059--65653108	19	2.6	19	81	6	57	32	0	28	40	1.57
65658831--65658855	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65664074--65664138	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
65667151--65667293	49	2.9	48	84	8	198	28	29	17	24	1.97
65667205--65667280	23	3.2	23	62	17	55	28	28	15	26	1.96
65671320--65671506	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
65671343--65671506	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65671343--65671540	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
65678890--65679076	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65678913--65679076	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65678913--65679110	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
65685950--65686072	27	4.6	27	79	10	128	39	22	8	28	1.84
65685950--65686102	27	5.7	26	75	13	116	39	23	9	28	1.85
65685942--65686120	54	3.3	53	80	6	191	39	21	10	29	1.86
65685999--65686288	81	3.6	80	80	4	208	34	22	7	34	1.84
65686096--65686288	27	7.2	27	85	2	246	31	23	7	37	1.82
65686096--65686288	81	2.4	79	90	2	287	31	23	7	37	1.82
65686695--65686804	31	3.5	31	81	7	127	19	20	13	47	1.82
65686695--65686825	6	21.3	6	72	16	99	19	19	13	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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